-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 12
Commit
This commit does not belong to any branch on this repository, and may belong to a fork outside of the repository.
wip: Nest genotype defining mutations under serotype defining mutations
- Loading branch information
Showing
1 changed file
with
222 additions
and
0 deletions.
There are no files selected for viewing
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
| Original file line number | Diff line number | Diff line change |
|---|---|---|
| @@ -1,28 +1,250 @@ | ||
| clade gene site alt | ||
| DENV1 E 52 N | ||
| DENV1 E 55 V | ||
| DENV1 E 88 A | ||
| DENV1 E 114 M | ||
| DENV1 E 122 V | ||
| DENV1 E 123 T | ||
| DENV1 E 125 L | ||
| DENV1 E 138 S | ||
| DENV1 E 157 E | ||
| DENV1 E 160 T | ||
| DENV1 E 173 I | ||
| DENV1 E 203 E | ||
| DENV1 E 205 S | ||
| DENV1 E 225 S | ||
| DENV1 E 228 Q | ||
| DENV1 E 229 E | ||
| DENV1 E 234 Q | ||
| DENV1 E 235 D | ||
| DENV1 E 242 T | ||
| DENV1 E 275 T | ||
| DENV1 E 277 T | ||
| DENV1 E 293 T | ||
| DENV1 E 300 V | ||
| DENV1 E 323 Q | ||
| DENV1 E 329 T | ||
| DENV1 E 340 Q | ||
| DENV1 E 345 V | ||
| DENV1 E 347 Q | ||
| DENV1 E 360 D | ||
| DENV1 E 425 I | ||
| DENV1 E 435 L | ||
| DENV1 E 466 L | ||
| DENV1 E 484 M | ||
| DENV2 E 7 S | ||
| DENV2 E 19 S | ||
| DENV2 E 23 I | ||
| DENV2 E 65 L | ||
| DENV2 E 81 S | ||
| DENV2 E 88 K | ||
| DENV2 E 89 R | ||
| DENV2 E 95 S | ||
| DENV2 E 124 N | ||
| DENV2 E 125 M | ||
| DENV2 E 143 P | ||
| DENV2 E 147 E | ||
| DENV2 E 156 G | ||
| DENV2 E 160 K | ||
| DENV2 E 161 E | ||
| DENV2 E 181 I | ||
| DENV2 E 183 M | ||
| DENV2 E 200 Q | ||
| DENV2 E 221 L | ||
| DENV2 E 222 P | ||
| DENV2 E 227 Q | ||
| DENV2 E 228 G | ||
| DENV2 E 229 S | ||
| DENV2 E 232 I | ||
| DENV2 E 274 S | ||
| DENV2 E 278 L | ||
| DENV2 E 280 T | ||
| DENV2 E 293 Q | ||
| DENV2 E 300 S | ||
| DENV2 E 309 V | ||
| DENV2 E 312 I | ||
| DENV2 E 323 R | ||
| DENV2 E 325 Q | ||
| DENV2 E 331 S | ||
| DENV2 E 340 M | ||
| DENV2 E 342 L | ||
| DENV2 E 343 E | ||
| DENV2 E 346 H | ||
| DENV2 E 348 L | ||
| DENV2 E 354 V | ||
| DENV2 E 383 E | ||
| DENV2 E 384 P | ||
| DENV2 E 385 G | ||
| DENV2 E 386 Q | ||
| DENV2 E 400 Q | ||
| DENV2 E 404 T | ||
| DENV2 E 406 M | ||
| DENV2 E 425 L | ||
| DENV2 E 436 L | ||
| DENV2 E 443 I | ||
| DENV2 E 447 A | ||
| DENV2 E 462 I | ||
| DENV2 E 479 L | ||
| DENV2 E 481 L | ||
| DENV3 E 46 Q | ||
| DENV3 E 63 G | ||
| DENV3 E 83 P | ||
| DENV3 E 96 Y | ||
| DENV3 E 120 Q | ||
| DENV3 E 123 E | ||
| DENV3 E 124 S | ||
| # DENV3 E 158 Q # DENV3 reference has a two amino acid deletion at 156 compared to DENV4 reference | ||
| # DENV3 E 163 E | ||
| # DENV3 E 174 I | ||
| # DENV3 E 177 E | ||
| # DENV3 E 182 G | ||
| # DENV3 E 214 F | ||
| # DENV3 E 225 T | ||
| # DENV3 E 227 E | ||
| # DENV3 E 228 T | ||
| # DENV3 E 229 P | ||
| # DENV3 E 272 N | ||
| # DENV3 E 277 S | ||
| # DENV3 E 293 E | ||
| # DENV3 E 303 L | ||
| # DENV3 E 304 N | ||
| # DENV3 E 307 V | ||
| # DENV3 E 309 K | ||
| # DENV3 E 313 S | ||
| # DENV3 E 325 E | ||
| # DENV3 E 327 K | ||
| # DENV3 E 340 E | ||
| # DENV3 E 343 Q | ||
| # DENV3 E 357 V | ||
| # DENV3 E 360 K | ||
| # DENV3 E 363 E | ||
| # DENV3 E 389 I | ||
| # DENV3 E 430 N | ||
| # DENV3 E 435 M | ||
| # DENV3 E 471 K | ||
| # DENV3 E 477 F | ||
| DENV4 E 23 L | ||
| DENV4 E 37 G | ||
| DENV4 E 49 T | ||
| DENV4 E 53 V | ||
| DENV4 E 55 L | ||
| DENV4 E 58 T | ||
| DENV4 E 64 S | ||
| DENV4 E 72 T | ||
| DENV4 E 81 Y | ||
| DENV4 E 83 K | ||
| DENV4 E 89 Q | ||
| DENV4 E 91 I | ||
| DENV4 E 95 D | ||
| DENV4 E 120 S | ||
| DENV4 E 122 S | ||
| DENV4 E 123 G | ||
| DENV4 E 126 T | ||
| DENV4 E 128 N | ||
| DENV4 E 129 L | ||
| DENV4 E 132 I | ||
| DENV4 E 145 N | ||
| DENV4 E 148 A | ||
| DENV4 E 156 S | ||
| DENV4 E 167 R | ||
| DENV4 E 180 E | ||
| DENV4 E 186 E | ||
| DENV4 E 191 I | ||
| DENV4 E 199 M | ||
| DENV4 E 205 T | ||
| DENV4 E 222 A | ||
| DENV4 E 229 V | ||
| DENV4 E 230 H | ||
| DENV4 E 233 Y | ||
| DENV4 E 236 R | ||
| DENV4 E 242 V | ||
| DENV4 E 251 T | ||
| DENV4 E 262 S | ||
| DENV4 E 270 V | ||
| DENV4 E 271 D | ||
| DENV4 E 272 S | ||
| DENV4 E 273 G | ||
| DENV4 E 274 D | ||
| DENV4 E 277 H | ||
| DENV4 E 286 K | ||
| DENV4 E 287 V | ||
| DENV4 E 290 E | ||
| DENV4 E 293 R | ||
| DENV4 E 294 I | ||
| DENV4 E 300 T | ||
| DENV4 E 303 S | ||
| DENV4 E 307 S | ||
| DENV4 E 309 D | ||
| DENV4 E 320 T | ||
| DENV4 E 329 A | ||
| DENV4 E 343 N | ||
| DENV4 E 345 E | ||
| DENV4 E 346 K | ||
| DENV4 E 348 V | ||
| DENV4 E 351 I | ||
| DENV4 E 353 S | ||
| DENV4 E 355 T | ||
| DENV4 E 357 F | ||
| DENV4 E 359 E | ||
| DENV4 E 360 N | ||
| DENV4 E 361 T | ||
| DENV4 E 364 V | ||
| DENV4 E 365 T | ||
| DENV4 E 369 L | ||
| DENV4 E 385 S | ||
| DENV4 E 388 T | ||
| DENV4 E 390 H | ||
| DENV4 E 404 S | ||
| DENV4 E 406 Y | ||
| DENV4 E 417 E | ||
| DENV4 E 446 T | ||
| DENV4 E 454 M | ||
| DENV4 E 455 I | ||
| DENV4 E 456 R | ||
| DENV4 E 463 V | ||
| DENV4 E 464 L | ||
| DENV4 E 484 G | ||
| DENV4 E 488 F | ||
| DENV4 E 491 F | ||
| DENV4 E 492 T | ||
| DENV1/I clade DENV1 | ||
| DENV1/I E 461 V | ||
| DENV1/I E 484 L | ||
| DENV1/II clade DENV1 | ||
| DENV1/II E 345 A | ||
| DENV1/II E 432 M | ||
| DENV1/III clade DENV1 | ||
| DENV1/III E 297 V | ||
| DENV1/IV clade DENV1 | ||
| DENV1/IV E 339 S | ||
| DENV1/IV E 88 T | ||
| DENV2/AM clade DENV2 | ||
| DENV2/AM E 71 D | ||
| DENV2/AM E 81 T | ||
| DENV2/AM E 129 I | ||
| DENV2/AA clade DENV2 | ||
| DENV2/AA E 491 A | ||
| DENV2/AI clade DENV2 | ||
| DENV2/AI E 484 I | ||
| DENV2/C clade DENV2 | ||
| DENV2/C E 71 A | ||
| DENV2/C E 149 N | ||
| DENV2/C E 462 V | ||
| DENV2/S clade DENV2 | ||
| DENV2/S E 59 F | ||
| DENV2/S E 236 M | ||
| DENV2/S E 432 V | ||
| DENV3/I clade DENV3 | ||
| DENV3/I E 68 V | ||
| DENV3/III clade DENV3 | ||
| DENV3/III E 132 Y | ||
| DENV3/III E 301 T | ||
| DENV4/I clade DENV4 | ||
| DENV4/I E 429 L | ||
| DENV4/II clade DENV4 | ||
| DENV4/II E 265 A | ||
| DENV4/II E 46 T | ||
| DENV4/S clade DENV4 | ||
| DENV4/S E 132 V | ||
| DENV4/S E 154 S | ||
| DENV4/S E 162 T |