wip: add serotype defining E gene mutations

nextstrain · May 13, 2024 · fc0fd6c · fc0fd6c
1 parent 0a9fe46
commit fc0fd6c
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diff --git a/phylogenetic/config/clades_serotypes_E.tsv b/phylogenetic/config/clades_serotypes_E.tsv
@@ -0,0 +1,209 @@
+clade	gene	site	alt
+DENV1	E	52	N
+DENV1	E	55	V
+DENV1	E	88	A
+DENV1	E	114	M
+DENV1	E	122	V
+DENV1	E	123	T
+DENV1	E	125	L
+DENV1	E	138	S
+DENV1	E	157	E
+DENV1	E	160	T
+DENV1	E	173	I
+DENV1	E	203	E
+DENV1	E	205	S
+DENV1	E	225	S
+DENV1	E	228	Q
+DENV1	E	229	E
+DENV1	E	234	Q
+DENV1	E	235	D
+DENV1	E	242	T
+DENV1	E	275	T
+DENV1	E	277	T
+DENV1	E	293	T
+DENV1	E	300	V
+DENV1	E	323	Q
+DENV1	E	329	T
+DENV1	E	340	Q
+DENV1	E	345	V
+DENV1	E	347	Q
+DENV1	E	360	D
+DENV1	E	425	I
+DENV1	E	435	L
+DENV1	E	466	L
+DENV1	E	484	M
+DENV2	E	7	S
+DENV2	E	19	S
+DENV2	E	23	I
+DENV2	E	65	L
+DENV2	E	81	S
+DENV2	E	88	K
+DENV2	E	89	R
+DENV2	E	95	S
+DENV2	E	124	N
+DENV2	E	125	M
+DENV2	E	143	P
+DENV2	E	147	E
+DENV2	E	156	G
+DENV2	E	160	K
+DENV2	E	161	E
+DENV2	E	181	I
+DENV2	E	183	M
+DENV2	E	200	Q
+DENV2	E	221	L
+DENV2	E	222	P
+DENV2	E	227	Q
+DENV2	E	228	G
+DENV2	E	229	S
+DENV2	E	232	I
+DENV2	E	274	S
+DENV2	E	278	L
+DENV2	E	280	T
+DENV2	E	293	Q
+DENV2	E	300	S
+DENV2	E	309	V
+DENV2	E	312	I
+DENV2	E	323	R
+DENV2	E	325	Q
+DENV2	E	331	S
+DENV2	E	340	M
+DENV2	E	342	L
+DENV2	E	343	E
+DENV2	E	346	H
+DENV2	E	348	L
+DENV2	E	354	V
+DENV2	E	383	E
+DENV2	E	384	P
+DENV2	E	385	G
+DENV2	E	386	Q
+DENV2	E	400	Q
+DENV2	E	404	T
+DENV2	E	406	M
+DENV2	E	425	L
+DENV2	E	436	L
+DENV2	E	443	I
+DENV2	E	447	A
+DENV2	E	462	I
+DENV2	E	479	L
+DENV2	E	481	L
+DENV3	E	46	Q
+DENV3	E	63	G
+DENV3	E	83	P
+DENV3	E	96	Y
+DENV3	E	120	Q
+DENV3	E	123	E
+DENV3	E	124	S
+DENV3	E	158	Q
+DENV3	E	163	E
+DENV3	E	174	I
+DENV3	E	177	E
+DENV3	E	182	G
+DENV3	E	214	F
+DENV3	E	225	T
+DENV3	E	227	E
+DENV3	E	228	T
+DENV3	E	229	P
+DENV3	E	272	N
+DENV3	E	277	S
+DENV3	E	293	E
+DENV3	E	303	L
+DENV3	E	304	N
+DENV3	E	307	V
+DENV3	E	309	K
+DENV3	E	313	S
+DENV3	E	325	E
+DENV3	E	327	K
+DENV3	E	340	E
+DENV3	E	343	Q
+DENV3	E	357	V
+DENV3	E	360	K
+DENV3	E	363	E
+DENV3	E	389	I
+DENV3	E	430	N
+DENV3	E	435	M
+DENV3	E	471	K
+DENV3	E	477	F
+DENV4	E	23	L
+DENV4	E	37	G
+DENV4	E	49	T
+DENV4	E	53	V
+DENV4	E	55	L
+DENV4	E	58	T
+DENV4	E	64	S
+DENV4	E	72	T
+DENV4	E	81	Y
+DENV4	E	83	K
+DENV4	E	89	Q
+DENV4	E	91	I
+DENV4	E	95	D
+DENV4	E	120	S
+DENV4	E	122	S
+DENV4	E	123	G
+DENV4	E	126	T
+DENV4	E	128	N
+DENV4	E	129	L
+DENV4	E	132	I
+DENV4	E	145	N
+DENV4	E	148	A
+DENV4	E	156	S
+DENV4	E	167	R
+DENV4	E	180	E
+DENV4	E	186	E
+DENV4	E	191	I
+DENV4	E	199	M
+DENV4	E	205	T
+DENV4	E	222	A
+DENV4	E	229	V
+DENV4	E	230	H
+DENV4	E	233	Y
+DENV4	E	236	R
+DENV4	E	242	V
+DENV4	E	251	T
+DENV4	E	262	S
+DENV4	E	270	V
+DENV4	E	271	D
+DENV4	E	272	S
+DENV4	E	273	G
+DENV4	E	274	D
+DENV4	E	277	H
+DENV4	E	286	K
+DENV4	E	287	V
+DENV4	E	290	E
+DENV4	E	293	R
+DENV4	E	294	I
+DENV4	E	300	T
+DENV4	E	303	S
+DENV4	E	307	S
+DENV4	E	309	D
+DENV4	E	320	T
+DENV4	E	329	A
+DENV4	E	343	N
+DENV4	E	345	E
+DENV4	E	346	K
+DENV4	E	348	V
+DENV4	E	351	I
+DENV4	E	353	S
+DENV4	E	355	T
+DENV4	E	357	F
+DENV4	E	359	E
+DENV4	E	360	N
+DENV4	E	361	T
+DENV4	E	364	V
+DENV4	E	365	T
+DENV4	E	369	L
+DENV4	E	385	S
+DENV4	E	388	T
+DENV4	E	390	H
+DENV4	E	404	S
+DENV4	E	406	Y
+DENV4	E	417	E
+DENV4	E	446	T
+DENV4	E	454	M
+DENV4	E	455	I
+DENV4	E	456	R
+DENV4	E	463	V
+DENV4	E	464	L
+DENV4	E	484	G
+DENV4	E	488	F
+DENV4	E	491	F
+DENV4	E	492	T
diff --git a/phylogenetic/config/config_dengue.yaml b/phylogenetic/config/config_dengue.yaml
@@ -27,7 +27,7 @@ clades:
   clade_definitions:
     all:
       genome: 'config/clades_serotypes.tsv'
-      E: 'config/clades_genotypes_E.tsv'
+      E: 'config/clades_serotypes_E.tsv'
     denv1:
       genome: 'config/clades_genotypes.tsv'
       E: 'config/clades_genotypes_E.tsv'