fix #13

RodrigoZepeda · Dec 26, 2022 · 4379ed5 · 4379ed5
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diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -1,6 +1,6 @@
 Package: covidmx
 Title: Descarga y analiza datos de COVID-19 en México
-Version: 0.7.4
+Version: 0.7.5
 Authors@R: 
     c(person("Rodrigo", "Zepeda-Tello", , "[email protected]", role = c("aut", "cre"),
            comment = c(ORCID = "0000-0003-4471-5270")),

diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md
@@ -1,3 +1,7 @@
+# covidmx 0.7.5
+
+* Se arregló #13 permitiendo ahora que los marcados con edad de cero años aparezcan. Los cortes de fecha ahora incluyen el límite inferior. 
+
 # covidmx 0.7.4
 
 * Se corrige el issue #14 [que devolvía agrupados los dataframes al correr casos y positividad](https://github.com/RodrigoZepeda/covidmx/issues/14).

diff --git a/R/casos.R b/R/casos.R
@@ -595,13 +595,17 @@ casos <- function(datos_covid,
   if (!is.null(edad_cut)) {
     # Obtenemos los grupos de edad
     .casos <- .casos |>
-      dplyr::mutate(!!as.symbol("EDAD_CAT") := cut(!!as.symbol("EDAD"), breaks = edad_cut)) |>
+      dplyr::mutate(!!as.symbol("EDAD_CAT") := cut(!!as.symbol("EDAD"), 
+                                                   breaks = edad_cut, 
+                                                   include.lowest = TRUE)) |>
       dplyr::filter(!is.na(!!as.symbol("EDAD_CAT")))
   }
 
   # Agregamos la entidad a la combinacion si fill zeros
   if (fill_zeros & !is.null(edad_cut)) {
-    .grouping_edad <- dplyr::tibble(EDAD_CAT = cut(edad_cut, breaks = edad_cut)) |>
+    .grouping_edad <- dplyr::tibble(EDAD_CAT = cut(edad_cut, breaks = edad_cut,
+                                                   include.lowest = TRUE)) |>
+      dplyr::distinct() |> #For n = 2, cut repeats the first label so keep only one
       dplyr::filter(!is.na(!!as.symbol("EDAD_CAT")))
 
     if (nrow(.grouping_edad) == 0) {

diff --git a/R/numero_pruebas.R b/R/numero_pruebas.R
@@ -286,13 +286,14 @@ numero_pruebas <- function(datos_covid,
   if (!is.null(edad_cut)) {
     .num_pruebas <- .num_pruebas |>
       dplyr::mutate(!!as.symbol("EDAD_CAT") := cut(!!as.symbol("EDAD"),
-        breaks = edad_cut
+        breaks = edad_cut,
+        include.lowest = TRUE
       )) |>
       dplyr::filter(!is.na(!!as.symbol("EDAD_CAT")))
   }
 
   # Cortamos la base en tipos de pruebas
-  is_pcr <- any(stringr::str_detect(tolower(tipo_prueba), "pcr"))
+  is_pcr  <- any(stringr::str_detect(tolower(tipo_prueba), "pcr"))
   is_anti <- any(stringr::str_detect(tolower(tipo_prueba), "ant.*geno"))
   if (is_pcr) {
     .pcr <- .num_pruebas |>

diff --git a/docs/404.html b/docs/404.html
diff --git a/docs/LICENSE-text.html b/docs/LICENSE-text.html
diff --git a/docs/LICENSE.html b/docs/LICENSE.html
diff --git a/docs/articles/CDMX.png b/docs/articles/CDMX.png
diff --git a/docs/articles/Ejemplos_de_analisis.html b/docs/articles/Ejemplos_de_analisis.html
diff --git a/docs/articles/Estudio_de_Caso_CDMX.html b/docs/articles/Estudio_de_Caso_CDMX.html
diff --git a/docs/articles/Estudio_de_Caso_CDMX_files/figure-html/unnamed-chunk-20-1.png b/docs/articles/Estudio_de_Caso_CDMX_files/figure-html/unnamed-chunk-20-1.png
diff --git a/docs/articles/Estudio_de_Caso_CDMX_files/figure-html/unnamed-chunk-21-1.png b/docs/articles/Estudio_de_Caso_CDMX_files/figure-html/unnamed-chunk-21-1.png
diff --git a/docs/articles/Preguntas_Frecuentes.html b/docs/articles/Preguntas_Frecuentes.html