fixed #14

RodrigoZepeda · Dec 26, 2022 · 92f77b7 · 92f77b7
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diff --git a/.github/workflows/R-CMD-check.yaml b/.github/workflows/R-CMD-check.yaml
@@ -2,9 +2,9 @@
 # Need help debugging build failures? Start at https://github.com/r-lib/actions#where-to-find-help
 on:
   push:
-    branches: [main, master, MARIADB]
+    branches: [main, master]
   pull_request:
-    branches: [main, master, MARIADB]
+    branches: [main, master]
 
 name: R-CMD-check
 

diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -1,6 +1,6 @@
 Package: covidmx
 Title: Descarga y analiza datos de COVID-19 en México
-Version: 0.7.3
+Version: 0.7.4
 Authors@R: 
     c(person("Rodrigo", "Zepeda-Tello", , "[email protected]", role = c("aut", "cre"),
            comment = c(ORCID = "0000-0003-4471-5270")),

diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md
@@ -1,3 +1,9 @@
+# covidmx 0.7.4
+
+* Se corrige el issue #14 [que devolvía agrupados los dataframes al correr casos y positividad](https://github.com/RodrigoZepeda/covidmx/issues/14).
+
+* Se corrigió que arrojara problemas de lectura en la fecha al no poder parsear fechas del estilo 0001-11-03 al leer como `tibble`. Ahora dichas fechas son eliminadas automáticamente. 
+
 # covidmx 0.7.3
 
 * Se corrige el issue #12 [cannot open file 'NA/2022.csv': No such file or directory](https://github.com/RodrigoZepeda/covidmx/issues/12).

diff --git a/R/casos.R b/R/casos.R
@@ -686,14 +686,17 @@ casos <- function(datos_covid,
   if (nrow(entidades) > 0 & group_by_entidad) {
     name_join <- c("CLAVE_ENTIDAD")
     names(name_join) <- entidad_tipo
-    .casos <- .casos |> dplyr::left_join(datos_covid$dict[entidad_tipo][[1]], by = name_join)
+    .casos <- .casos |> 
+      dplyr::left_join(datos_covid$dict[entidad_tipo][[1]], by = name_join) |>
+      dplyr::ungroup()
   }
 
   if (length(clasificaciones_finales) > 0 & group_by_tipo_clasificacion) {
     name_join <- c("CLAVE")
     names(name_join) <- "CLASIFICACION_FINAL"
     .casos <- .casos |>
-      dplyr::left_join(datos_covid$dict["CLASIFICACION_FINAL"][[1]][, c(1, 2)], by = name_join)
+      dplyr::left_join(datos_covid$dict["CLASIFICACION_FINAL"][[1]][, c(1, 2)], by = name_join) |>
+      dplyr::ungroup()
   }
 
   if (nrow(pacientes) > 0 & group_by_tipo_paciente) {
@@ -702,7 +705,8 @@ casos <- function(datos_covid,
     paciente_df <- datos_covid$dict["PACIENTE"][[1]]
     colnames(paciente_df) <- c("CLAVE", "DESCRIPCION_TIPO_PACIENTE")
     .casos <- .casos |>
-      dplyr::left_join(paciente_df, by = name_join)
+      dplyr::left_join(paciente_df, by = name_join) |>
+      dplyr::ungroup()
   }
 
   if (nrow(ucis) > 0 & group_by_tipo_uci) {
@@ -711,7 +715,8 @@ casos <- function(datos_covid,
     uci_df <- datos_covid$dict["UCI"][[1]]
     colnames(uci_df) <- c("CLAVE", "DESCRIPCION_TIPO_UCI")
     .casos <- .casos |>
-      dplyr::left_join(uci_df, by = name_join)
+      dplyr::left_join(uci_df, by = name_join) |> 
+      dplyr::ungroup()
   }
 
   if (nrow(sectores) > 0 & group_by_tipo_sector) {
@@ -720,7 +725,8 @@ casos <- function(datos_covid,
     sector_df <- datos_covid$dict["SECTOR"][[1]]
     colnames(sector_df) <- c("CLAVE", "DESCRIPCION_TIPO_SECTOR")
     .casos <- .casos |>
-      dplyr::left_join(sector_df, by = name_join)
+      dplyr::left_join(sector_df, by = name_join) |> 
+      dplyr::ungroup()
   }
 
   .casos <- list(.casos)

diff --git a/R/descarga_datos_abiertos_aux.R b/R/descarga_datos_abiertos_aux.R
@@ -698,14 +698,14 @@ parse_db_datos_abiertos_tbl <- function(datos_abiertos_unzipped_path,
       progress = !quiet,
       col_types = readr::cols(
         .default              = readr::col_character(),
-        FECHA_ACTUALIZACION   = readr::col_date(format = "%Y-%m-%d"),
+        FECHA_ACTUALIZACION   = readr::col_character(),
         ORIGEN                = readr::col_double(),
         SECTOR                = readr::col_double(),
         SEXO                  = readr::col_double(),
         TIPO_PACIENTE         = readr::col_double(),
-        FECHA_INGRESO         = readr::col_date(format = "%Y-%m-%d"),
-        FECHA_SINTOMAS        = readr::col_date(format = "%Y-%m-%d"),
-        FECHA_DEF             = readr::col_date(format = "%Y-%m-%d"),
+        FECHA_INGRESO         = readr::col_character(),
+        FECHA_SINTOMAS        = readr::col_character(),
+        FECHA_DEF             = readr::col_character(),
         INTUBADO              = readr::col_double(),
         NEUMONIA              = readr::col_double(),
         EDAD                  = readr::col_double(),
@@ -732,7 +732,10 @@ parse_db_datos_abiertos_tbl <- function(datos_abiertos_unzipped_path,
         MIGRANTE              = readr::col_double(),
         UCI                   = readr::col_double()
       )
-    )
+    ) |>
+    dplyr::mutate(dplyr::across(dplyr::starts_with("FECHA"), ~ dplyr::if_else(. == "9999-99-99", NA_character_, .))) |>
+    dplyr::mutate(dplyr::across(dplyr::starts_with("FECHA"), ~ dplyr::if_else(. == "-001-11-30", NA_character_, .))) |>
+    dplyr::mutate(dplyr::across(dplyr::starts_with("FECHA"), ~ strptime(., "%Y-%m-%d")))
 
     if (!quiet) {
       cli::cli_alert_info(

diff --git a/R/positividad.R b/R/positividad.R
@@ -234,12 +234,12 @@ positividad <- function(datos_covid,
     # Obtenemos los positivos
     .pcr_positivos <- .pcr_positivos |>
       dplyr::group_by_at(groups) |>
-      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_positivos") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "keep")
+      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_positivos") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "drop")
 
     # Obtenemos los totales
     .pcr_totales <- .pcr_totales |>
       dplyr::group_by_at(groups) |>
-      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_pruebas") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "keep")
+      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_pruebas") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "drop")
 
     .pcr <- .pcr_totales |>
       dplyr::left_join(.pcr_positivos, by = groups) |>
@@ -276,12 +276,12 @@ positividad <- function(datos_covid,
     # Obtenemos los positivos
     .anti_positivos <- .anti_positivos |>
       dplyr::group_by_at(groups) |>
-      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_positivos") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "keep")
+      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_positivos") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "drop")
 
     # Obtenemos los totales
     .anti_totales <- .anti_totales |>
       dplyr::group_by_at(groups) |>
-      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_pruebas") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "keep")
+      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_pruebas") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "drop")
 
     .anti <- .anti_totales |>
       dplyr::left_join(.anti_positivos, by = groups) |>
@@ -301,13 +301,13 @@ positividad <- function(datos_covid,
     # Obtenemos los totales
     .totales <- .numero_pruebas[list_name][[1]] |>
       dplyr::group_by_at(groups) |>
-      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_pruebas") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "keep")
+      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_pruebas") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "drop")
 
     # Obtenemos los positivos
     .positivos <- .numero_pruebas[list_name][[1]] |>
       dplyr::filter(dplyr::if_any(dplyr::starts_with("RESULTADO"), ~ (. == 1))) |>
       dplyr::group_by_at(groups) |>
-      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_positivos") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "keep")
+      dplyr::summarise(!!as.symbol("n_positivos") := sum(!!as.symbol("n")), .groups = "drop")
 
     .positividad <- .totales |>
       dplyr::left_join(.positivos, by = groups) |>

diff --git a/R/rt.R b/R/rt.R
@@ -245,15 +245,15 @@ estima_rt <- function(datos_covid,
   }
 
   mfec <- .casos[fecha_name] |>
-    dplyr::summarise(!!as.symbol("min") := min(!!as.symbol(fecha_name))) |>
+    dplyr::summarise(!!as.symbol("min") := min(!!as.symbol(fecha_name)), .groups = "drop") |>
     as.vector()
 
   df_rt <- .casos |>
     dplyr::arrange(!!as.symbol(fecha_name)) |>
     dplyr::summarise(
-      EpiEstim::estimate_R(as.numeric(!!as.symbol("n")), method = method, config = config, ...)$R
+      EpiEstim::estimate_R(as.numeric(!!as.symbol("n")), method = method, config = config, ...)$R,
+      .groups = "drop"
     ) |>
-    dplyr::ungroup() |>
     dplyr::mutate(!!as.symbol(paste0(fecha_name, "_start")) := mfec$min[1] + lubridate::days(!!as.symbol("t_start"))) |>
     dplyr::mutate(!!as.symbol(paste0(fecha_name, "_end")) := mfec$min[1] + lubridate::days(!!as.symbol("t_end"))) |>
     dplyr::mutate(!!as.symbol(fecha_name) := mfec$min[1] + lubridate::days((!!as.symbol("t_start") + !!as.symbol("t_end")) / 2))

diff --git a/docs/404.html b/docs/404.html
diff --git a/docs/LICENSE-text.html b/docs/LICENSE-text.html
diff --git a/docs/LICENSE.html b/docs/LICENSE.html
diff --git a/docs/articles/CDMX.png b/docs/articles/CDMX.png
diff --git a/docs/articles/Ejemplos_de_analisis.html b/docs/articles/Ejemplos_de_analisis.html