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docs/404.html

@@ -205,6 +205,14 @@
 <li class="chapter" data-level="4" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><i class="fa fa-check"></i><b>4</b> Creando la infraestructura de un paquete</a>
 <ul>
 <li class="chapter" data-level="4.1" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#diapositivas-3"><i class="fa fa-check"></i><b>4.1</b> Diapositivas</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.2" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#los-primeros-pasos"><i class="fa fa-check"></i><b>4.2</b> Los primeros pasos</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.3" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#checks"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3</b> Checks</a>
+<ul>
+<li class="chapter" data-level="4.3.1" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#bioccheck"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3.1</b> BiocCheck</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.3.2" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#rcmdcheck"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3.2</b> rcmdcheck</a></li>
+</ul></li>
+<li class="chapter" data-level="4.4" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#modificando-el-archivo-description"><i class="fa fa-check"></i><b>4.4</b> Modificando el archivo DESCRIPTION</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.5" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#modificando-el-archivo-news"><i class="fa fa-check"></i><b>4.5</b> Modificando el archivo NEWS</a></li>
 </ul></li>
 <li class="chapter" data-level="5" data-path="creando-mis-primeras-funciones.html"><a href="creando-mis-primeras-funciones.html"><i class="fa fa-check"></i><b>5</b> Creando mis primeras funciones</a>
 <ul>

docs/compilación-e-instalación-de-paquetes.html

@@ -205,6 +205,14 @@
 <li class="chapter" data-level="4" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><i class="fa fa-check"></i><b>4</b> Creando la infraestructura de un paquete</a>
 <ul>
 <li class="chapter" data-level="4.1" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#diapositivas-3"><i class="fa fa-check"></i><b>4.1</b> Diapositivas</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.2" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#los-primeros-pasos"><i class="fa fa-check"></i><b>4.2</b> Los primeros pasos</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.3" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#checks"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3</b> Checks</a>
+<ul>
+<li class="chapter" data-level="4.3.1" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#bioccheck"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3.1</b> BiocCheck</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.3.2" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#rcmdcheck"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3.2</b> rcmdcheck</a></li>
+</ul></li>
+<li class="chapter" data-level="4.4" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#modificando-el-archivo-description"><i class="fa fa-check"></i><b>4.4</b> Modificando el archivo DESCRIPTION</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.5" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#modificando-el-archivo-news"><i class="fa fa-check"></i><b>4.5</b> Modificando el archivo NEWS</a></li>
 </ul></li>
 <li class="chapter" data-level="5" data-path="creando-mis-primeras-funciones.html"><a href="creando-mis-primeras-funciones.html"><i class="fa fa-check"></i><b>5</b> Creando mis primeras funciones</a>
 <ul>
@@ -296,9 +304,9 @@ <h2><span class="header-section-number">9.2</span> Metadatos de una paquetería<
 <h3><span class="header-section-number">9.2.1</span> Description<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#description" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
 <p>El campo Description describe lo que hace tu paquetería. Suele ser extenso, si requieres escribir múltiples líneas, deben estar indentadas.</p>
 <p>Por ejemplo:</p>
-<div class="sourceCode" id="cb43"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb43-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb43-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># Description: Este paquete contiene todas las funciones generadas en el curso </span></span>
-<span id="cb43-2"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb43-2" tabindex="-1"></a><span class="co">#   de escritura de paqueterías en R. También contiene las funciones que cada </span></span>
-<span id="cb43-3"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb43-3" tabindex="-1"></a><span class="co">#   participante propuso para solucionar un problema relacionado con su trabajo.</span></span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb61"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb61-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb61-1" tabindex="-1"></a><span class="co"># Description: Este paquete contiene todas las funciones generadas en el curso </span></span>
+<span id="cb61-2"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb61-2" tabindex="-1"></a><span class="co">#   de escritura de paqueterías en R. También contiene las funciones que cada </span></span>
+<span id="cb61-3"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb61-3" tabindex="-1"></a><span class="co">#   participante propuso para solucionar un problema relacionado con su trabajo.</span></span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="dependencias" class="section level3 hasAnchor" number="9.2.2">
 <h3><span class="header-section-number">9.2.2</span> Dependencias<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#dependencias" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
@@ -315,14 +323,14 @@ <h3><span class="header-section-number">9.2.2</span> Dependencias<a href="compil
 <p><strong>Nota Importante</strong></p>
 <p>Se recomienda listar los paquetes necesarios para el funcionamiento de nuestro paquete en <em>Imports</em> porque cuando se ponen en <em>Depends</em> se cargan los paquetes completos y probablemente solamente requerimos una o dos funciones.</p>
 <p>Cargar demasiados paquetes completos, sin ser necesario, sólo hace que nuestro paquete se vuelva pesado y lento. Es mejor llamar particularmente a las funciones usando la sintaxis explícita:</p>
-<div class="sourceCode" id="cb44"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb44-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb44-1" tabindex="-1"></a>Biostrings<span class="sc">::</span><span class="fu">translate</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb62"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb62-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb62-1" tabindex="-1"></a>Biostrings<span class="sc">::</span><span class="fu">translate</span>()</span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="cómo-añadir-dependencias" class="section level3 hasAnchor" number="9.2.3">
 <h3><span class="header-section-number">9.2.3</span> ¿Cómo añadir dependencias?<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cómo-añadir-dependencias" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h3>
 <ul>
 <li>Usando usethis:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb45"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb45-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb45-1" tabindex="-1"></a>usethis<span class="sc">::</span><span class="fu">use_package</span>(<span class="st">&quot;ggplot2&quot;</span>, <span class="at">type =</span> <span class="st">&quot;Imports&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb63"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb63-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb63-1" tabindex="-1"></a>usethis<span class="sc">::</span><span class="fu">use_package</span>(<span class="st">&quot;ggplot2&quot;</span>, <span class="at">type =</span> <span class="st">&quot;Imports&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Editando manualmente el archivo DESCRIPTION.</li>
 </ul>
@@ -366,22 +374,22 @@ <h2><span class="header-section-number">9.6</span> Instalando la última versió
 <ul>
 <li>Si el paquete se encuentra depositado en CRAN podemos usar la función</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb46"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb46-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb46-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb64"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb64-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb64-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Por ejemplo, para instalar la versión en desarrollo de dplyr usaremos el comando</p>
-<div class="sourceCode" id="cb47"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb47-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb47-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;dplyr&quot;</span>) </span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb65"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb65-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb65-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_dev</span>(<span class="st">&quot;dplyr&quot;</span>) </span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Si el paquete se encuentra en Bioconductor usaremos la siguiente función:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb48"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb48-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb48-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb66"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb66-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb66-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;pkgname&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Por ejemplo, para instalar la versión en desarrollo de regutools, el paquete desarrollado por miembros de la CDSB, usaremos el comando</p>
-<div class="sourceCode" id="cb49"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb49-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb49-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;regutools&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb67"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb67-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb67-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_bioc</span>(<span class="st">&quot;regutools&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="instalando-paquetes-desde-github" class="section level2 hasAnchor" number="9.7">
 <h2><span class="header-section-number">9.7</span> Instalando paquetes desde GitHub<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#instalando-paquetes-desde-github" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>
 <p>Para poder instalar un paquete desde GitHub necesitaremos conocer el usuario del creador y el nombre del repositorio.</p>
-<div class="sourceCode" id="cb50"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb50-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb50-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;usuario/repositorio&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb68"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb68-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb68-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;usuario/repositorio&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Por ejemplo, para instalar el paquete starwarssay desarrollado por Erick Cuevas (Erickcufe) utilizaremos el siguiente comando:</p>
-<div class="sourceCode" id="cb51"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb51-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb51-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;Erickcufe/starwarssay&quot;</span>)</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb69"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb69-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb69-1" tabindex="-1"></a>remotes<span class="sc">::</span><span class="fu">install_github</span>(<span class="st">&quot;Erickcufe/starwarssay&quot;</span>)</span></code></pre></div>
 <p>Independientemente de si el paquete se encuentra en CRAN, Bioconductor, o ninguno de ellos, podemos instalar un paquete depositado en una cuenta de GitHub.</p>
 <p>Para poder instalar un paquete desde GitHub necesitaremos conocer el usuario del creador y el nombre del repositorio donde se encuentra depositado el paquete. Con esta información usaremos la siguiente función:</p>
 </div>
@@ -391,15 +399,15 @@ <h2><span class="header-section-number">9.8</span> Instalando un paquete local<a
 <li><p>Paso 1: Abre el proyecto del paquete que estás desarrollando.</p></li>
 <li><p>Paso opcional: Ejecuta la documentación si realizaste algún cambio.</p></li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb52"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb52-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb52-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">document</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb70"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb70-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb70-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">document</span>()</span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Paso 2: Construye el paquete:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb53"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb53-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb53-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">build</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb71"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb71-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb71-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">build</span>()</span></code></pre></div>
 <ul>
 <li>Paso 3: Instala el paquete desde tu proyecto actual:</li>
 </ul>
-<div class="sourceCode" id="cb54"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb54-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb54-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">install</span>()</span></code></pre></div>
+<div class="sourceCode" id="cb72"><pre class="sourceCode r"><code class="sourceCode r"><span id="cb72-1"><a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#cb72-1" tabindex="-1"></a>devtools<span class="sc">::</span><span class="fu">install</span>()</span></code></pre></div>
 </div>
 <div id="contribuyendo-código" class="section level2 hasAnchor" number="9.9">
 <h2><span class="header-section-number">9.9</span> Contribuyendo código<a href="compilación-e-instalación-de-paquetes.html#contribuyendo-código" class="anchor-section" aria-label="Anchor link to header"></a></h2>

docs/control-de-versiones-con-github-y-rstudio.html

@@ -205,6 +205,14 @@
 <li class="chapter" data-level="4" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><i class="fa fa-check"></i><b>4</b> Creando la infraestructura de un paquete</a>
 <ul>
 <li class="chapter" data-level="4.1" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#diapositivas-3"><i class="fa fa-check"></i><b>4.1</b> Diapositivas</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.2" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#los-primeros-pasos"><i class="fa fa-check"></i><b>4.2</b> Los primeros pasos</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.3" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#checks"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3</b> Checks</a>
+<ul>
+<li class="chapter" data-level="4.3.1" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#bioccheck"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3.1</b> BiocCheck</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.3.2" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#rcmdcheck"><i class="fa fa-check"></i><b>4.3.2</b> rcmdcheck</a></li>
+</ul></li>
+<li class="chapter" data-level="4.4" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#modificando-el-archivo-description"><i class="fa fa-check"></i><b>4.4</b> Modificando el archivo DESCRIPTION</a></li>
+<li class="chapter" data-level="4.5" data-path="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html"><a href="creando-la-infraestructura-de-un-paquete.html#modificando-el-archivo-news"><i class="fa fa-check"></i><b>4.5</b> Modificando el archivo NEWS</a></li>
 </ul></li>
 <li class="chapter" data-level="5" data-path="creando-mis-primeras-funciones.html"><a href="creando-mis-primeras-funciones.html"><i class="fa fa-check"></i><b>5</b> Creando mis primeras funciones</a>
 <ul>