my_scripts

我用于生物信息学分析的一些脚本。

fasta_stat.py

用于统计fasta格式文件

python fasta_stat.py -a genome.fa -o result.txt

call_snp.smk

使用snakemake写的call snp pipeline

snakemake --cores 56 --use-conda

call_snp.sh

用于提交到hpc的call_snp shell

bash call_snp.sh

gtf_extract.pl

根据给定的 gtf 文件和 id.txt 文件，筛选出特定的基因和转录本信息，并输出到新的 GTF 文件中。

perl gtf_extract.pl  input.gtf id.txt > output.gtf

id.txt需要一个包含两列的文本文件。第一列是 transcript_id（转录本 ID），第二列是 gene_id（基因 ID），两列之间用制表符（tab）分隔。

get_fasta_from_blast_xml.py

从blast生成的xml文件中提取命中序列在比对中的序列片段。

# 正常使用
python3 get_fasta_from_blast_xml.py -i blast.xml -o hseq.fasta
# 可以将所有的xml文件放在一个文件夹中批量提取。
ls *.xml | while read id ;do (python3 get_fasta_from_blast_xml.py -i ${id} -o ${id}.fa);done
cat *.fa