Carrera: Ingeniería en Bioinformática
Asignatura: Visualización Científica
Horas: Lunes de 14:00 a 17:30
Profesores responsables: Eduardo Castro ([email protected]), Matthieu Miossec ([email protected]).
Consultas por correo electrónico y en persona a través de cita
COMPETENCIAS ALCANZADAS AL FINALIZAR EL CURSO
El objetivo del curso es introducir al estudiante a la teoría y a la práctica de la visualización científica para poder comunicar resultados científicos de manera eficiente y concreta. La estructura del curso comprende dos grandes unidades, visualización científica propiamente tal y procesamiento de datos genómicos humanos y su visualización.
Al término del curso, el estudiante exitoso será capaz de identificar y producir visualizaciones científicas apropiadas a distintos tipos de datos: variables continuas y discontinuas, categóricas y numéricas, etc. Además, el estudiante será capaz de entender cómo se generan las imágenes científicas en biología, e.g., genómica humana, y cómo presentarlas para destacar información biológica relevante.
EVALUACIONES
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Pruebas escritas – 20% cada una; total 3 en el semestre = 60% de la nota de presentación al examen
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Presentaciones, Proyectos, y/o laboratorios – 40% de la nota de presentación al examen
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Examen – 30% del total del curso
CONTENIDOS Y CRONOGRAMA DE LA ASIGNATURA
- Semana del 12 de marzo: Excelencia gráfica y porqué importa usar la visualización apropiada. Introducción a R, R Studio y ggplot. clase en PDF
- Semana del 19 de marzo: Gráficos de dispersión. clase en PDF; Laboratorio 01.
- Semana del 26 de marzo: Histogramas y gráficos de densidad. clase en PDF; Laboratorio 02.
- Semana del 2 de abril: Diagramas de cajas (boxplots), de violín (Violin plots) y sinaplots. clase en PDF; Laboratorio 03.
- Semana del 9 de abril: Mapas de calor, diagramas de Venn, filogenias. clase en PDF; Laboratorio 04; Data para el lab; descripción de los datos, i.e., metadata.
- Semana del 16 de abril: Gráficos especiales en genómica, e.g., Alluvial plots, stacked bar charts, etc.
- Semana del 23 de abril: Libre disposición.
- Semana del 30 de abril: Introducción a datos genómicos y al genoma humano.
- Semana del 7 de mayo: Introducción al UCSC genome browser. Funcionalidades y anotaciones.
- Semana del 14 de mayo: Introducción a ExAC. Exploración de variantes génicas. Entrega proyecto N°1. Proyecto N°2.
- Semana del 21 de mayo: Control de calidad de datos genómicos con gráficos
- Semana del 28 de mayo: Operaciones con archivos BAM, cálculo de cobertura manipulaciones básicas.
- Semana del 4 de junio: Introducción a exploradores genómicos: IGV, Artemis, etc.
- Semana del 11 de junio: Gráficos en estudios de asociación genética (GWAS): Mannhattan Plots.
- Semana del 18 de junio: Libre disposición
- Semana del 25 de junio: Examen final
*Cualquier eventual modificación de la información entregada en este documento será informada oportunamente a los alumnos.
PRUEBA RECUPERATIVA
No existen pruebas recuperativas. Si el alumno no rindió alguna solemne de cátedra o laboratorio, deberá dar examen y la nota obtenida reemplazará la nota de la solemne faltante. El el caso excepcional en que un estudiante falte a dos pruebas solemnes, la segunda nota será reemplazada por una prueba oral. Todas las ausencias a pruebas y controles tienen que ser justificadas. La justificación deberá ser presentada al coordinador del curso (plazo máximo 72 horas. como se describe en el reglamento estudiantil) para su aprobación. En el caso de una justificación médica, el estudiante deberá al menos presentar un certificado médico y el comprobante del bono.
NOTA DE PRESENTACION Y EXAMEN
NOTA DE PRESENTACION A EXAMEN (NP) = ver sección evaluaciones
NOTA FINAL = NP(70%) + EXAMEN (30%)
Todo alumno cuya nota de presentación (NP) sea igual o superior a 5,0 puede eximirse de rendir examen, siempre y cuando no tenga notas inferiores a 4,0 en las pruebas y las otras evaluaciones.
METODOLOGÍA DE ACTIVIDADES ACADÉMICAS
Clases teórico prácticas, enseñanza basada en proyectos.
NORMAS DE DISCIPLINA Y PROCEDIMIENTOS EN LABORATORIOS
Durante todas las actividades, los alumnos deben cumplir las siguientes condiciones:
1. Puntualidad: La puntualidad es de máxima importancia en esta clase. Si el estudiante está atrasado por más de 10 minutos, se le recomienda no entrar a la sala de clases. Recuerde que todas las ausencias a evaluaciones tienen que ser justificadas.
2. Disciplina: Las normas de orden y disciplina deben ser mantenidas durante todas las actividades. Esto significa que no pueden hacer uso de telefonía celular u otra forma de comunicación digital mientras se encuentren dentro de la sala de clases. En cuanto a las normas de respeto y sana convivencia, se exigirá un lenguaje adecuado y un comportamiento acorde a un estudiante universitario.
3. Participación: Se espera participación activa en las clases (Ej.: hacer preguntas, discutir los temas, etc.)
4. Evaluación: Cada estudiante es responsable de traer consigo, lápiz pasta, goma, lápiz grafito, corrector, regla, calculadora (no se aceptará el uso de celulares con este fin), de manera que no se aceptarán préstamos entre los alumnos mientras se realice la evaluación.
BIBLIOGRAFÍA
- The visual display of quantitative information por Edward R. Tufte
- ggplot2. elegant graphics for data analysis por Hadley Wickham