CDS tool chain v0.2.6

Allgemein

• Logging verbessert
• Dokumentation ergänzt
• Bugfixes

What's Changed

• remove mcrypt from REDCap-app/Dockerfile, refs #515 by @SebStaeubert in #516
• Fix Encounter Location FHIR path by @Flow191 in #519
• Write patient identifier value in fall_fe by @Flow191 in #520
• 503 unify database scripts in all r modules by @astruebi in #524
• Set timezone explicitly to Europe/Berlin by @astruebi in #529
• 506 db statusanzeige erweitern des verarbeitungsprozesses by @reuschem in #521
• Fix missing patient height and weight in frontend tables by @astruebi in #533
• 506 db statusanzeige erweitern des verarbeitungsprozesses by @reuschem in #530
• Update module Rproj files to new R-Studio file format by @astruebi in #536
• Fix debug observation table extention by @Flow191 in #538
• Update sql generation for definition lists by @astruebi in #539
• DB - Change the function to show the status of the semaphore - only s… by @reuschem in #540
• Add full toolchain description by @Flow191 in #542
• Develop v0.2.5 -> v0.2.6 by @Flow191 in #543
• Release v0.2.5 -> v0.2.6 by @Flow191 in #544

Full Changelog: v0.2.5...v0.2.6

CDS tool chain v0.2.5

CDS2DB:

• Performance Optimierung des Imports und der Verarbeitung der FHIR Ressourcen
• Überarbeitung der R-cds2db/cds2db_config.toml inkl. Einführung neuer und Entfernen von bisherigen Parameter
  • Achtung: Die bestehende R-cds2db/cds2db_config.toml kann nicht weiterverwendet werden! Bitte die in diesem Release zur Verfügung gestellten Datei anpassen und verwenden! Vgl. R-cds2db/cds2db_config_example.toml

DataProcessor:

• verbesserte Filtermöglichkeiten für die Übertragung relevanter Fälle (Encounter) zum Frontend

CDS_DB / DB-Jobs:

• Implementierung Datensatzüberwachung (Datensatzzählung) und Report
• Erweiterung der Datensatzmarkierung um zeitliche Zuordnung zu ermöglichen (Last Processing Number)
• Semaphore zur Steuerung der DB-internen Funktionen zur Sicherstellung der Datenkonsistenz
• Einführung detailierte Fehlererkennung und Dokumentation
• Optimierung der Code-Ausführung der Überführungsfunktion
• Einführung von Parametern zur standortbezogenen Konfiguration
• Verwendung von pg_background zur parallelen Ausführung von DB-Funktionen
• Referenzen in den Spalten-Namen der IP-DB wurden umbenannt von _id zu _ref

Allgemein

• Logging verbessert
• Dokumentation ergänzt
• Bugfixes

What's Changed

• 432 add debug tests for toml parameters for cds2db by @astruebi in #433
• Update cds2db config toml by @Flow191 in #435
• 431 restructure scrips in modul db2frontend by @Flow191 in #436
• Improve logging for Debug Test Errors by @astruebi in #439
• Fix syntax error in cds2db toml and example toml by @astruebi in #440
• Expand logging informations in case of empty last_processing_nr by @Flow191 in #446
• Fix wrong timezone on backlog filenames by @Flow191 in #452
• 454 fhir search debug parameter erweitern by @Flow191 in #458
• 457 add relevant changesfrom v030 develop in develop by @Flow191 in #464
• 441 melting dauert zu lange by @Flow191 in #465
• Add filter for Frontend displayed Encounter class in dataprocessor by @astruebi in #469
• added pg_background install to cds-hub postgres DB, refs #474 by @SebStaeubert in #475
• 404 fhir endpunkt curl parameter debug doku zertifikate mounten by @SebStaeubert in #477
• Configure Renovate by @renovate in #470
• 453 referenzen in den spalten namen der ip db nicht mehr id sondern ref nennen by @Flow191 in #489
• 479 correct sql query for getting pids from v encounter by @Flow191 in #490
• 484 fix db error handling by @reuschem in #491
• Fix error for Encounter Class Code FHIR Path in TableDescription by @astruebi in #496
• 494 semaphore um modulname erweitern by @Flow191 in #502
• Update example toml data by @Flow191 in #505
• 508 parameter bei fehlender partof referenz einfügen by @Flow191 in #509
• Develop->Release v0.2.5 by @SebStaeubert in #510
• Release->Main v0.2.5 by @SebStaeubert in #511

New Contributors

• @renovate made their first contribution in #470

Full Changelog: v0.2.4...v0.2.5

CDS tool chain v0.2.4

Zusammenfassung

• Frontend: finalen Stand IP-1a implementiert
• Verbessertes Debugging
• Verbessertes Logging
• Docker / Docker-Compose optimiert
• Bugfixes

What's Changed

• Release by @SebStaeubert in #376
• 375 doku um hinweise twendt ergänzen bzw hinweise umsetzen by @SebStaeubert in #377
• Add descriptive header to generated SQL files by @astruebi in #381
• Updating the frontend tables to the current status of the redcap project by @reuschem in #384
• add necessary redcap columns also for non-repeating instruments - mus… by @reuschem in #386
• 390 bereinigung globaler variablen by @astruebi in #391
• Fix wrong DB tables names if no resources loaded from FHIR server by @astruebi in #393
• 394 erweiterung der config toml debugparmeter by @Flow191 in #398
• Fix upper/lower case and add table description seperator by @Flow191 in #399
• 400 fix debug config toml comments by @astruebi in #401
• Expand parameter logging functionality by @Flow191 in #407
• Fix redcap_repeat_instrument contains instrument name and not label by @astruebi in #411
• 408 finale frontend struktur vom 04092024 umsetzen by @reuschem in #412
• DB fix bug at default values current timestamp data hist by @reuschem in #415
• Optimization of the timestamp in all tables by @reuschem in #417
• Add current on current_timestamp by @astruebi in #418
• Fix error if debug start and end date are set in cds2db.toml by @astruebi in #422
• 419 debug filter in cds2dbtoml erzeugen nur warnung wenn indizes nicht zur ergebnismenge passen by @Flow191 in #420
• Authorization to access the sequence is passed directly when the func… by @reuschem in #424
• 403 r env debug tools einfügen by @SebStaeubert in #425
• Develop by @SebStaeubert in #426
• Release by @SebStaeubert in #427

Full Changelog: v0.2.3...v0.2.4

CDS tool chain v0.2.3

Zusammenfassung

• Aktualisierung R-Umgebung, REDCap
• Anpassungen WP7 -> Frontend (REDCap)
• Aktualisierung / Synchronisierung FHIR-Daten / Frontend
• Bug fixes.
• Doku aktualisiert

What's Changed

• Update Dockerfile_R by @SebStaeubert in #325
• 290 checkerror wrong arguments for subsetting an environment by @astruebi in #327
• Add reference to Dataflow.md in README.md by @astruebi in #328
• 331 aus den fhir daten den kis pid statt die fhir id im frontend anzeigen im dp und db hinzufügen by @reuschem in #333
• Update docker-compose.yml by @astruebi in #338
• 326 fhir id in redcap by @Flow191 in #340
• Fill column redcap_repeat_instrument and redcap_repeat_instance by @Flow191 in #341
• 200 code umstrukturieren by @Flow191 in #342
• 334 error beim ausführen des befehls docker compose run rm no deps r env rscript r db2frontendstartdb2frontendr by @Flow191 in #343
• 339 daten aller patienten mit nicht abgeschlossenen faellen immer laden by @Flow191 in #347
• 355 unify r code in module db2frontend by @astruebi in #356
• 352 filter auf encounter daten umstellen by @Flow191 in #358
• Update Readme.md by @SebStaeubert in #357
• 362 install anleitung schritt redcap token einfügen by @SebStaeubert in #363
• 335 datenbankscripte für geänderte takeover funktonen generieren by @reuschem in #364
• 365 fix commit in cron job block by @reuschem in #366
• Remove fill redcap_repeat columns in patient_fe from dataprpcessor by @astruebi in #368
• Extend the waiting time for cron jobs by 10 seconds by @astruebi in #371
• 372 set error to warning if pids per ward table is empty for dataprocessor by @astruebi in #373
• Release by @SebStaeubert in #374

Full Changelog: v0.2.2...v0.2.3

CDS tool chain (v0.2.2)

Changes:

• Bug fixes
• improved documentation
• changed timezone for REDCap PHP-Environment
• removed env-file for REDCap-db -> moved env-Vars in docker-compose.yml

Known bugs:

• unwanted birthdate changes in db2frontend, refs #318
• error executing redcap_repeat_instance and redcap_repeat_instrument #308 (dataprocessor)

What's Changed

• 247 dokumentation von modul cds2db und dataprocessor by @astruebi in #301
• 211 dokumentation db tabellen schemata by @reuschem in #303
• DB fix of the frontend tables for reimporting the frontend data in or… by @reuschem in #305
• 302 datenflussbeschreibung verlinken und workflow nummern architektur grafik verwenden by @astruebi in #310
• 306 modul erfolgreich durchgelaufen meldung am ende ausgeben by @astruebi in #311
• 222 empfehlung für dimensionierung anforderungen der vmcontainer cpu ram storage erstellen by @SebStaeubert in #316
• Fix MRP table with adaptation to changed frontend by @reuschem in #315
• 318 frontend verändert gebutrstadatum by @SebStaeubert in #319
• Release by @SebStaeubert in #320

Full Changelog: v0.2.1...v0.2.2

KDS Pipeline (v0.2.1)

Fehlerkorrektur.

What's Changed

• 294 fix logging by @SebStaeubert in #295
• Release by @SebStaeubert in #296

Full Changelog: v0.2.0...v0.2.1

CDS tool chain ("IP 1-a", v0.2.0)

Fokus: Start von IP-1a (01.07.2024)

• Die für 1-a benötigten KDS Daten werden in die DB geschrieben (cds2db, cds_hub)​
  • Tabelle mit typisierten FHIR Daten erstellen #199, #206, #207 [done] und befüllen #173, #201
• DataProcessor: typisierte Daten in Frontend-Tabelle transformieren und übertragen
  • Tabelle für db2frontend #180
• Frontend: Formulare für 1-a entwerfen (inkl. Data Dictionary) #217
  • Anschließend werden sie von dort in die Formulare im Frontend übertragen​ (db2frontend) #180
  • Rückmeldungen aus den Formularen können in der DB gespeichert werden #214
• Tests (Pre-Release)
• Dokumentation
  • DB-Tabellen / Schemata #211
  • Installationsanleitung #212
  • Ressourcen-Anforderungen #222

Siehe Milestone Release v0.2.0

What's Changed

• Documentation by @SebStaeubert in #146
• Restructure scripts for text colorization by @Flow191 in #151
• 152 logging fehler beheben by @Flow191 in #156
• substitute ${PWD} with ".", refs #158 by @SebStaeubert in #160
• 159 konvertierung der datumsangaben by @Flow191 in #164
• 165 string längen überprüfen vor eintrag in der db by @Flow191 in #166
• 150 anlegen von ordner und skripten vom dataprocessor by @Flow191 in #170
• 171 fix patientenunabhängigen resourcendownload by @astruebi in #175
• U Rename some functions by @Flow191 in #176
• Rename sample resource functions by @Flow191 in #178
• U rename functions and restructure R files by @Flow191 in #179
• 182 hotfixes by @Flow191 in #183
• 177 berechnung drug disease mrps by @Flow191 in #184
• Update from Release by @SebStaeubert in #190
• 185 verbesserung des loggings von requests und fehlerbehebung in log datei by @Flow191 in #191
• 154 modellierung it architektur by @SebStaeubert in #192
• Documentation by @SebStaeubert in #193
• 189 umbenennung kds cds by @SebStaeubert in #195
• DB - check skripts by @reuschem in #197
• 199 datenbank sql scripte automatisch generieren by @astruebi in #205
• 155 pgadmin konfiguration aus den umgebungsvariablen docker compose env erzeugen by @SebStaeubert in #208
• 204 docker compose version entfernen by @SebStaeubert in #209
• 157 dockerredcap verschiedene redcap downloads bzw versionen testen und ggf bugfix by @SebStaeubert in #210
• 199 datenbank sql scripte automatisch generieren by @astruebi in #215
• Add missing variable in DB generating R script by @astruebi in #216
• 207 fix raw tabellen in die datenbank schreiben by @astruebi in #218
• Fix Database credentials for dataprocessor by @astruebi in #220
• 221 typisierte Tabellen fuer Dataprocessor bereitstellen by @reuschem in #223
• 224 aktualisierung der tabellen des frontends by @reuschem in #225
• Fix wron comments in DB script 46 by @astruebi in #226
• Customized tables for frontend and direct access for frontend to FHIR… by @reuschem in #228
• 229 fix missing raw ids in database log tables by @astruebi in #231
• 230 fix functions for convert column types by @Flow191 in #232
• 229 fix missing raw ids in database log tables by @Flow191 in #234
• DB 1. Frontend data structures updated (40) and updated in the login are… by @reuschem in #235
• pgadmin auf neues image und neuste Version aktualisiert. refs #236 by @SebStaeubert in #237
• 180 anzuzeigene daten für das frontend version 1a erzeugen by @astruebi in #238
• 200 code umstrukturieren by @Flow191 in #239
• 229 fix missing raw ids in database log tables by @Flow191 in #241
• Ip 1a db2 red cap by @mayadogh in #242
• Remove unused files in version 0.2.0 by @Flow191 in #244
• Remove unused functions in 0.2.0 by @Flow191 in #248
• Data source for frontend switched from temporary solution to DB core.… by @reuschem in #252
• R-dataprocessor hinzugefügt, refs #250 by @SebStaeubert in #253
• 247 dokumentation von modul cds2db und dataprocessor by @Flow191 in #254
• Fix DEBUG_CURRENT_DATETIME in dataprocessor by @astruebi in #255
• Umgebungsvar TZ gesetzt. refs #256 by @SebStaeubert in #258
• 257 fix encounter frontend table by @astruebi in #259
• Added 'record_id','redcap_repeat_instrument','redcap_repeat_instance' by @mayadogh in #262
• 261 datenbankverbindungen wieder schließen by @astruebi in #263
• 251 fix dataviews for frontend by @reuschem in #264
• 251 fix dataviews for frontend by @reuschem in #265
• 267 fuellen der neu dazugekommenen id spalten fuer patient fe und fall fe by @astruebi in #269
• Split SQL R-Code to get data for each REDCap form separately. by @astruebi in #272
• 251 fix dataviews for frontend by @reuschem in #275
• 274 bogenstatus setzen by @astruebi in #277
• 276 dbdp mitfuehren der getypten daten id im dataprocessor by @reuschem in #278
• Documentation by @SebStaeubert in #280
• 279 vereinfachen der view zum melten by @reuschem in #281
• DB Testdatasets by @SebStaeubert in #282
• Release 0.2.0 by @astruebi in #283

Full Changelog: v0.1.0-alpha...v0.2.0

CDS tool chain (GMDS 2024)

This release represents the state of development at the time of submission of the conference paper to GMDS 2024.

What's Changed

• Documentation by @SebStaeubert in #146
• Restructure scripts for text colorization by @Flow191 in #151
• 152 logging fehler beheben by @Flow191 in #156
• substitute ${PWD} with ".", refs #158 by @SebStaeubert in #160
• 159 konvertierung der datumsangaben by @Flow191 in #164
• 165 string längen überprüfen vor eintrag in der db by @Flow191 in #166
• 150 anlegen von ordner und skripten vom dataprocessor by @Flow191 in #170
• 171 fix patientenunabhängigen resourcendownload by @astruebi in #175
• U Rename some functions by @Flow191 in #176
• Rename sample resource functions by @Flow191 in #178
• U rename functions and restructure R files by @Flow191 in #179
• 182 hotfixes by @Flow191 in #183
• 177 berechnung drug disease mrps by @Flow191 in #184
• Update from Release by @SebStaeubert in #190
• 185 verbesserung des loggings von requests und fehlerbehebung in log datei by @Flow191 in #191
• 154 modellierung it architektur by @SebStaeubert in #192
• Documentation by @SebStaeubert in #193
• 189 umbenennung kds cds by @SebStaeubert in #195
• DB - check skripts by @reuschem in #197

Full Changelog: v0.1.0-alpha...v0.1.0-gmds

KDS Pipeline

• Entwicklungsumgebung verfügbar
• Zugriffe für die Entwickler eingerichtet (VPN, Public-Keys, etc.)
• Docker-Umgebung Entwickler-VM einreichtet
• initiales docker-compose Setup erstellt ((opt: FHIR-Server), R-Umgebung, AMTS-Datenbank, Redcap+DB)
  • Zugriff auf FHIR-Server mit Testdaten (MII FHIR Server mit Testdaten)
  • R-kds2db Projekt inkl. Dokumentation aufgesetzt (roxygen)
  • ETL (Stage 0 (temp.), Stage 1 (pers.), Rohdaten): FHIR-Ressourcen werden in tabellarische Daten konvertiert und in der AMTS-DB abgelegt #53
  • Redcap: IP-Projekt aufgesetzt und exportiert
  • Aufbereitung/Harmonisierung (Stage 2 (in Rel. 0.1.0: SQL; später Scripte/R), 'für IP nutzbare Daten') #55
  • Redcap: Stage-2 Daten in Redcap-Formularen anzeigbar (Nachweis der technischen Machbarkeit), R-db2frontend #54
• Doku #58
  • Markdown-Dateien
  • github-Pages aktiviert
• Tests / QS
  • docker-compose
  • R-Scripte
  • DB

What's Changed

• 46 fhir2sql initiale r projektstruktur anlegen by @astruebi in #49
• 50 add retrieval functions from template by @astruebi in #56

New Contributors

• @astruebi made their first contribution in #49

Full Changelog: https://github.com/medizininformatik-initiative/INTERPOLAR/commits/v0.1.0-alpha

What's Changed

• 46 fhir2sql initiale r projektstruktur anlegen by @astruebi in #49
• 50 add retrieval functions from template by @astruebi in #56
• 53 fhir2sql überführung der ressourcentabellen in ip datenbank by @astruebi in #62
• 63 release vorbereitung für fhir2db by @Flow191 in #65
• 64 kds2db datenbankzugriffsdaten für alle module in eine separate db configtoml verschieben by @astruebi in #66
• 69 db benennung initialer commit by @SebStaeubert in #70
• Rename mrputils -> etlutils by @astruebi in #72
• 73 initiale einrichtung docker auf der vm by @SebStaeubert in #74
• 79 finale anpassungen für release v01 im modul kds2db by @astruebi in #80
• 77 finalisierende arbeiten docker compose setup by @SebStaeubert in #78
• 29 skript zum daten in redcap schicken by @mayadogh in #82
• 81 initiale db skripte hinzufügen by @reuschem in #83
• 85 kds2db definition der table description erleichtern by @astruebi in #87
• 88 kds2db update table description by @astruebi in #89
• 92 kds2db fehlerbehebung beim logging und in der table description by @Flow191 in #95
• Release by @SebStaeubert in #96
• 84 redcap deploy variante 1 ip redcap from redcap plain download by @SebStaeubert in #97
• Change build of R environment from multiple Dockerfiles to a single D… by @SebStaeubert in #99
• Release by @SebStaeubert in #100
• kds2db korrektes arbeitsverzeichnis setzen by @Flow191 in #104
• 105 kds2db pfade für toml dateien korrigieren by @Flow191 in #106
• 84 redcap deploy variante 1 ip redcap from redcap plain download by @SebStaeubert in #107
• Release by @Flow191 in #108
• 106 db2frontend pfade für toml dateien korrigieren by @Flow191 in #110
• DB update init script with new tables by @reuschem in #111
• U Fix missing URL_PORT_SPEC variable by @astruebi in #113
• DB fix script by @reuschem in #115
• 112 ksd2db verbesserung des loggings by @Flow191 in #116
• DB change itemnames by @reuschem in #117
• DB change call to select by @reuschem in #118
• DB bigger med_code_system varchar by @reuschem in #119
• P Create initial DataProcessor project by @astruebi in #122
• Create README.md by @astruebi in #123
• 120 redcap api token und url in db2frontend configtoml by @Flow191 in #125
• Release by @SebStaeubert in #127
• 124 kds2db update table description by @astruebi in #128
• 126 kds2db kleine anpassungen für release v01 by @Flow191 in #129
• 130 add pids per ward in table description by @astruebi in #131
• 132 kds2db automatische generierung des initialen sql skriptes by @astruebi in #133
• 84 redcap deploy variante 1 ip redcap from redcap plain download by @SebStaeubert in #134
• 135 kds2db letzte fehlerbehebungen vor release v01 by @astruebi in #136
• K + DB Move template SQL Scripts to subfolder 'template' by @astruebi in #139
• 141 hotfix fuer release v01 by @Flow191 in #142
• Release v0.1 by @SebStaeubert in #144

New Contributors

• @Flow191 made their first contribution in #65
• @SebStaeubert made their first contribution in #70
• @mayadogh made their first contribution in #82
• @reuschem made their first contribution in #83

Full Changelog: https://github.com/medizininformatik-initiative/INTERPOLAR/commits/v0.1.0-alpha