Merge remote-tracking branch 'upstream/master' into update_to_latest

accept --theirs for Conflicts:
    configure
    fsys/fox_m_fsys_abort_flush.F90

.travis.yml

@@ -0,0 +1,45 @@
+language: python
+
+python:
+  - 2.7
+
+sudo: false
+
+cache:
+  apt: true
+
+addons:
+  apt:
+    sources:
+      - kalakris-cmake
+      - ubuntu-toolchain-r-test
+    packages:
+      - gfortran-4.9
+      - cmake
+
+env:
+  matrix:
+      # Using configure and make, run the tests.
+    - >
+      BUILD_SCRIPT="FC='gfortran -fno-backtrace' ./configure &&
+      make -j 2 && make -j 2 check && ./testcheck.sh"
+
+      # Using cmake - just build, tests not working yet.
+    - >
+      BUILD_SCRIPT="mkdir cmake_build/ && cd cmake_build &&
+      cmake ../ && make -j 2"
+
+install:
+  - |
+    if [[ ! -d "$HOME/.local/bin" ]]; then
+      mkdir -p "$HOME/.local/bin"
+    fi
+  - export PATH="$HOME/.local/bin:$PATH"
+  - ls -l /usr/bin/gfortran-4.9
+  - export FC=/usr/bin/gfortran-4.9
+  - ln -fs /usr/bin/gfortran-4.9 "$HOME/.local/bin/gfortran" 
+  - gfortran --version
+
+script:
+  - echo $BUILD_SCRIPT
+  - bash <<<$BUILD_SCRIPT

CMakeLists.txt

@@ -1,9 +1,9 @@
+CMAKE_MINIMUM_REQUIRED(VERSION 2.8.4 FATAL_ERROR)
+
 PROJECT(FoX Fortran)
 
 SET(CMAKE_VERBOSE_MAKEFILE FALSE)
 
-CMAKE_MINIMUM_REQUIRED(VERSION 2.6)
-
 #======================#
 # Enable testing
 #======================#
@@ -30,6 +30,8 @@ OPTION(${PROJECT_NAME}_ENABLE_WCML "Enable/disable Chemical Markup Language outp
 OPTION(${PROJECT_NAME}_ENABLE_WKML "Enable/disable Keyhole Markup Language output library" ON)
 OPTION(${PROJECT_NAME}_ENABLE_DOM "Enable/disable Document Object Model input library" ON)
 OPTION(${PROJECT_NAME}_ENABLE_EXAMPLES "Build examples" ON)
+OPTION(${PROJECT_NAME}_SUPPRESS_WARNINGS "Supress non-fatal warnings" OFF)
+OPTION(BUILD_SHARED_LIBS, OFF)
 
 #======================#
 # set another compiler #
@@ -120,6 +122,23 @@ INCLUDE(${${PROJECT_NAME}_SOURCE_DIR}/cmake/CheckAssociatedBug.cmake)
 INCLUDE(${${PROJECT_NAME}_SOURCE_DIR}/cmake/CheckAbortIntrinsic.cmake)
 
 SET(CMAKE_Fortran_FLAGS "${CMAKE_Fortran_FLAGS} ${FPPFLAGS}")
+set(CMAKE_INSTALL_RPATH "${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib")
+
+MACRO(MK_LIBS _NAME)
+  ADD_LIBRARY(
+    ${PROJECT_NAME}_${_NAME}
+    ${fox_${_NAME}_srcs}
+    ${fox_${_NAME}_srcs_pp}
+  )
+  SET_PROPERTY(TARGET ${PROJECT_NAME}_${_NAME} PROPERTY POSITION_INDEPENDENT_CODE 1)
+  FOREACH(ARG IN ITEMS ${ARGN})
+    TARGET_LINK_LIBRARIES(
+      ${PROJECT_NAME}_${_NAME}
+      ${PROJECT_NAME}_${ARG}
+    )
+  ENDFOREACH()
+  INSTALL (TARGETS ${PROJECT_NAME}_${_NAME} DESTINATION lib)
+ENDMACRO(MK_LIBS)
 
 # Base library directories
 ADD_SUBDIRECTORY(${${PROJECT_NAME}_SOURCE_DIR}/fsys)
@@ -176,7 +195,7 @@ ELSE()
     GET_PROPERTY(THE_INCLUDE_DIRS GLOBAL PROPERTY INCLUDE_DIRECTORIES)
     STRING(REPLACE "${${PROJECT_NAME}_SOURCE_DIR}/examples" "" NEW_INCLUDE_DIRS "${THE_INCLUDE_DIRS}")
     SET_PROPERTY(GLOBAL PROPERTY INCLUDE_DIRECTORIES ${NEW_INCLUDE_DIRS})
-
 ENDIF()
 
-
+# install modules
+INSTALL(DIRECTORY ${CMAKE_Fortran_MODULE_DIRECTORY}/ DESTINATION include)

DoX/Compilation.html

@@ -69,7 +69,7 @@ <h2>Testing</h2>
 
 <p>To run them all, simply run <code>make check</code> from the top-level directory. This will run the individual testsuites, and collate their results.</p>
 
-<p>If any failures occur (unrelated to known compiler issues, see the <a href="http://github.com/andreww/fox/issues">up-to-date list</a>), please send a message to the mailing list (<a href="&#x6D;&#x61;&#105;&#108;&#116;&#111;:&#x66;&#111;&#120;&#45;&#x64;&#105;&#115;&#99;&#x75;&#115;&#x73;&#64;&#x67;&#111;&#x6F;g&#108;&#101;&#103;&#114;&#x6F;&#x75;&#x70;&#x73;&#46;&#x63;&#x6F;&#109;">&#x66;&#111;&#120;&#45;&#x64;&#105;&#115;&#99;&#x75;&#115;&#x73;&#64;&#x67;&#111;&#x6F;g&#108;&#101;&#103;&#114;&#x6F;&#x75;&#x70;&#x73;&#46;&#x63;&#x6F;&#109;</a>) with details of compiler, hardware platform, and the nature of the failure.</p>
+<p>If any failures occur (unrelated to known compiler issues, see the <a href="http://github.com/andreww/fox/issues">up-to-date list</a>), please send a message to the mailing list (<a href="m&#x61;&#x69;&#108;&#116;&#x6F;:f&#x6F;&#120;&#x2D;d&#105;s&#99;u&#x73;&#115;&#64;&#x67;&#x6F;o&#103;&#x6C;&#101;&#x67;r&#x6F;&#x75;&#x70;s&#46;&#x63;o&#x6D;">f&#x6F;&#120;&#x2D;d&#105;s&#99;u&#x73;&#115;&#64;&#x67;&#x6F;o&#103;&#x6C;&#101;&#x67;r&#x6F;&#x75;&#x70;s&#46;&#x63;o&#x6D;</a>) with details of compiler, hardware platform, and the nature of the failure.</p>
 
 <p>The testsuites for the SAX and DOM libraries are very extensive, and are somewhat fragile, so are not distributed with FoX. Please contact the author for details.</p>
 

DoX/FoX_DoX.html

@@ -184,7 +184,7 @@ <h2>Testing</h2>
 
 <p>To run them all, simply run <code>make check</code> from the top-level directory. This will run the individual testsuites, and collate their results.</p>
 
-<p>If any failures occur (unrelated to known compiler issues, see the <a href="http://github.com/andreww/fox/issues">up-to-date list</a>), please send a message to the mailing list (<a href="m&#97;&#x69;&#x6C;&#116;&#111;:&#102;&#111;&#x78;&#x2D;d&#105;&#115;&#99;&#x75;&#115;s&#64;&#103;o&#x6F;&#103;le&#103;&#114;&#111;&#x75;&#x70;s&#46;&#99;&#x6F;&#109;">&#102;&#111;&#x78;&#x2D;d&#105;&#115;&#99;&#x75;&#115;s&#64;&#103;o&#x6F;&#103;le&#103;&#114;&#111;&#x75;&#x70;s&#46;&#99;&#x6F;&#109;</a>) with details of compiler, hardware platform, and the nature of the failure.</p>
+<p>If any failures occur (unrelated to known compiler issues, see the <a href="http://github.com/andreww/fox/issues">up-to-date list</a>), please send a message to the mailing list (<a href="&#109;ai&#108;&#x74;&#x6F;:&#102;&#x6F;&#x78;&#x2D;&#x64;&#x69;&#x73;&#x63;&#117;s&#115;&#64;&#103;&#111;&#111;&#x67;&#x6C;&#101;&#103;&#114;&#111;u&#112;&#x73;&#46;&#x63;&#x6F;&#x6D;">&#102;&#x6F;&#x78;&#x2D;&#x64;&#x69;&#x73;&#x63;&#117;s&#115;&#64;&#103;&#111;&#111;&#x67;&#x6C;&#101;&#103;&#114;&#111;u&#112;&#x73;&#46;&#x63;&#x6F;&#x6D;</a>) with details of compiler, hardware platform, and the nature of the failure.</p>
 
 <p>The testsuites for the SAX and DOM libraries are very extensive, and are somewhat fragile, so are not distributed with FoX. Please contact the author for details.</p>
 
@@ -3855,9 +3855,9 @@ <h2>URI</h2>
 <h1>Further information</h1>
 
 <p>FoX evolved from the initial codebase of <a href="http://lcdx00.wm.lc.ehu.es/ag/xml/">xmlf90</a>,
-which was written largely by Alberto Garcia &lt;<a href="&#x6D;&#x61;&#x69;&#x6C;&#x74;&#111;:&#x61;&#x6C;&#x62;e&#x72;&#116;&#111;g&#64;i&#99;&#x6D;&#x61;&#98;&#x2E;&#101;&#x73;">&#x61;&#x6C;&#x62;e&#x72;&#116;&#111;g&#64;i&#99;&#x6D;&#x61;&#98;&#x2E;&#101;&#x73;</a>> and Jon Wakelin &lt;<a href="&#109;&#97;&#x69;&#108;t&#111;:&#x6A;&#111;&#110;&#x2E;&#119;&#97;&#x6B;&#101;&#x6C;&#x69;n&#64;&#98;&#x72;&#x69;&#115;&#x74;&#x6F;&#108;.&#97;&#x63;&#46;u&#x6B;">&#x6A;&#111;&#110;&#x2E;&#119;&#97;&#x6B;&#101;&#x6C;&#x69;n&#64;&#98;&#x72;&#x69;&#115;&#x74;&#x6F;&#108;.&#97;&#x63;&#46;u&#x6B;</a>>.</p>
+which was written largely by Alberto Garcia &lt;<a href="&#109;&#x61;&#105;&#108;t&#111;:&#97;&#108;&#98;&#x65;&#114;&#x74;&#x6F;&#103;&#64;i&#99;&#109;&#x61;&#x62;.&#101;&#115;">&#97;&#108;&#98;&#x65;&#114;&#x74;&#x6F;&#103;&#64;i&#99;&#109;&#x61;&#x62;.&#101;&#115;</a>> and Jon Wakelin &lt;<a href="&#x6D;&#97;&#105;&#108;&#116;&#x6F;:&#106;&#x6F;&#110;&#x2E;&#119;a&#x6B;&#101;&#x6C;&#105;&#110;&#64;&#98;&#x72;&#x69;&#x73;t&#x6F;&#108;&#46;&#x61;&#x63;&#46;&#117;&#107;">&#106;&#x6F;&#110;&#x2E;&#119;a&#x6B;&#101;&#x6C;&#105;&#110;&#64;&#98;&#x72;&#x69;&#x73;t&#x6F;&#108;&#46;&#x61;&#x63;&#46;&#117;&#107;</a>>.</p>
 
-<p>FoX is the work of Toby White &lt;<a href="&#109;&#97;&#x69;&#x6C;&#116;&#111;:&#x74;&#x6F;&#x77;&#64;&#x75;&#x73;&#122;&#108;&#x61;&#46;m&#x65;&#46;&#117;&#107;">&#x74;&#x6F;&#x77;&#64;&#x75;&#x73;&#122;&#108;&#x61;&#46;m&#x65;&#46;&#117;&#107;</a>>, and all bug reports/complaints/bouquets of roses should be sent to him. Andrew Walker &lt;<a href="&#x6D;&#x61;&#x69;&#x6C;&#x74;&#x6F;:&#97;&#110;&#x64;&#114;&#x65;&#x77;.&#x77;&#97;&#x6C;&#107;e&#114;&#64;&#98;&#114;&#x69;&#115;&#116;&#111;&#108;&#x2E;&#x61;c.&#117;&#107;">&#97;&#110;&#x64;&#114;&#x65;&#x77;.&#x77;&#97;&#x6C;&#107;e&#114;&#64;&#98;&#114;&#x69;&#115;&#116;&#111;&#108;&#x2E;&#x61;c.&#117;&#107;</a>> currently looks after maintenance of FoX.</p>
+<p>FoX is the work of Toby White &lt;<a href="&#x6D;&#x61;&#x69;&#x6C;&#x74;&#111;:&#116;&#111;&#119;&#64;&#x75;&#115;&#122;&#108;&#97;.&#x6D;&#101;&#46;&#x75;&#107;">&#116;&#111;&#119;&#64;&#x75;&#115;&#122;&#108;&#97;.&#x6D;&#101;&#46;&#x75;&#107;</a>>, and all bug reports/complaints/bouquets of roses should be sent to him. Andrew Walker &lt;<a href="&#x6D;&#x61;&#105;l&#116;&#111;:&#97;&#110;&#x64;&#114;&#x65;w&#x2E;&#x77;&#x61;lk&#x65;&#x72;&#64;&#x62;&#114;&#105;&#115;&#x74;o&#x6C;&#x2E;&#x61;c.&#117;&#x6B;">&#97;&#110;&#x64;&#114;&#x65;w&#x2E;&#x77;&#x61;lk&#x65;&#x72;&#64;&#x62;&#114;&#105;&#115;&#x74;o&#x6C;&#x2E;&#x61;c.&#117;&#x6B;</a>> currently looks after maintenance of FoX.</p>
 
 <p>There is a FoX website at <a href="http://www1.gly.bris.ac.uk/~walker/FoX/">http://www1.gly.bris.ac.uk/~walker/FoX/</a>.</p>
 

DoX/Information.html

@@ -10,9 +10,9 @@
 <h1>Further information</h1>
 
 <p>FoX evolved from the initial codebase of <a href="http://lcdx00.wm.lc.ehu.es/ag/xml/">xmlf90</a>,
-which was written largely by Alberto Garcia &lt;<a href="m&#97;&#x69;&#x6C;&#x74;&#111;:&#x61;&#x6C;&#98;&#x65;&#114;&#116;&#111;g&#64;i&#x63;m&#x61;&#x62;&#x2E;&#101;&#x73;">&#x61;&#x6C;&#98;&#x65;&#114;&#116;&#111;g&#64;i&#x63;m&#x61;&#x62;&#x2E;&#101;&#x73;</a>> and Jon Wakelin &lt;<a href="&#x6D;&#x61;&#105;&#108;&#116;o:&#106;&#x6F;&#110;&#x2E;&#119;&#97;k&#x65;&#x6C;&#x69;&#110;&#64;&#98;&#x72;&#105;&#x73;&#116;&#x6F;&#108;&#x2E;&#97;&#99;&#46;&#x75;&#107;">&#106;&#x6F;&#110;&#x2E;&#119;&#97;k&#x65;&#x6C;&#x69;&#110;&#64;&#98;&#x72;&#105;&#x73;&#116;&#x6F;&#108;&#x2E;&#97;&#99;&#46;&#x75;&#107;</a>>.</p>
+which was written largely by Alberto Garcia &lt;<a href="&#109;&#x61;&#105;l&#x74;&#111;:&#97;&#x6C;b&#101;&#x72;&#116;&#111;&#x67;&#64;&#105;&#x63;&#109;&#97;&#x62;&#46;&#101;&#x73;">&#97;&#x6C;b&#101;&#x72;&#116;&#111;&#x67;&#64;&#105;&#x63;&#109;&#97;&#x62;&#46;&#101;&#x73;</a>> and Jon Wakelin &lt;<a href="&#109;&#x61;&#105;&#x6C;&#x74;&#111;:j&#x6F;&#110;.w&#97;&#107;&#x65;&#108;&#x69;&#110;&#64;&#x62;&#x72;&#x69;&#115;&#116;&#111;&#x6C;&#x2E;&#97;&#x63;&#46;&#117;&#x6B;">j&#x6F;&#110;.w&#97;&#107;&#x65;&#108;&#x69;&#110;&#64;&#x62;&#x72;&#x69;&#115;&#116;&#111;&#x6C;&#x2E;&#97;&#x63;&#46;&#117;&#x6B;</a>>.</p>
 
-<p>FoX is the work of Toby White &lt;<a href="&#109;&#x61;&#x69;&#108;&#x74;&#x6F;:&#116;o&#x77;&#64;&#117;&#x73;&#122;l&#97;&#46;&#x6D;&#101;&#46;&#x75;&#107;">&#116;o&#x77;&#64;&#117;&#x73;&#122;l&#97;&#46;&#x6D;&#101;&#46;&#x75;&#107;</a>>, and all bug reports/complaints/bouquets of roses should be sent to him. Andrew Walker &lt;<a href="&#109;&#x61;&#105;&#x6C;&#116;&#x6F;:&#x61;&#x6E;&#100;&#x72;&#101;&#x77;&#x2E;&#119;&#x61;&#108;&#107;&#x65;&#114;&#64;&#x62;&#x72;i&#115;&#x74;&#111;&#x6C;&#46;&#97;&#99;&#46;&#x75;&#x6B;">&#x61;&#x6E;&#100;&#x72;&#101;&#x77;&#x2E;&#119;&#x61;&#108;&#107;&#x65;&#114;&#64;&#x62;&#x72;i&#115;&#x74;&#111;&#x6C;&#46;&#97;&#99;&#46;&#x75;&#x6B;</a>> currently looks after maintenance of FoX.</p>
+<p>FoX is the work of Toby White &lt;<a href="&#x6D;&#97;&#105;&#108;&#x74;&#x6F;:&#x74;&#111;&#119;&#64;&#117;s&#122;&#108;&#97;&#46;me&#x2E;&#117;&#107;">&#x74;&#111;&#119;&#64;&#117;s&#122;&#108;&#97;&#46;me&#x2E;&#117;&#107;</a>>, and all bug reports/complaints/bouquets of roses should be sent to him. Andrew Walker &lt;<a href="&#x6D;&#97;&#x69;&#108;&#x74;&#x6F;:&#x61;&#110;&#x64;&#x72;&#101;&#119;&#x2E;&#x77;&#x61;&#x6C;&#x6B;&#101;&#114;&#64;&#98;&#114;&#x69;&#x73;&#x74;&#x6F;&#108;.&#x61;&#99;.&#117;&#x6B;">&#x61;&#110;&#x64;&#x72;&#101;&#119;&#x2E;&#x77;&#x61;&#x6C;&#x6B;&#101;&#114;&#64;&#98;&#114;&#x69;&#x73;&#x74;&#x6F;&#108;.&#x61;&#99;.&#117;&#x6B;</a>> currently looks after maintenance of FoX.</p>
 
 <p>There is a FoX website at <a href="http://www1.gly.bris.ac.uk/~walker/FoX/">http://www1.gly.bris.ac.uk/~walker/FoX/</a>.</p>
 

DoX/makefile

@@ -7,6 +7,7 @@ OBJECTS = FoX.html Versioning.html Compilation.html Embedding.html Standards.htm
 
 default: FoX_DoX.html
 	ln -sf FoX.html index.html
+	cp $(OBJECTS) FoX_DoX.html index.html DoX.css ../docs
 
 .md.html: head tail
 	sed -e 's/TITLE/$*/' head > $@; sed -e 's/|\(.*\)|/\1.html/g' $< | markdown >> $@; cat tail >> $@

FoX-config.in

@@ -118,13 +118,13 @@ esac
 
 case $FLAGS in
   FC)
-    echo @FC_MOD_FLAG@"$moddir"
+    echo @FC_MODINC@"$moddir"
     ;;
   LD)
     echo $LIBS
     ;;
   both)
-    echo @FC_MOD_FLAG@"$moddir" $LIBS
+    echo @FC_MODINC@"$moddir" $LIBS
 esac 
 
 exit 0