- 背面左のスイッチをON(-)にする。
- Heartbeat (前面左の青色ランプの点滅が点灯に変わるまで待つ)
- HEPA moduleをONにする。
- OT-2を起動し、Devicesから下記のデバイスがAvailableになっていることを確認する。この時、Not availableになっている場合は、OT-2およびアプリケーション共に再起動する。
- デバイスのプレビュー画像をクリックし、下記画面に移動する。
- Lightsトグルからライトの点灯を確認する。(ライト点灯は接続チェックを兼ねる。)
5分程度で終わるため、実験ごとに行った方が良い。
- はじめにRobot settingsを開く。
Launch calirationを選択する。
- 下記画面から
left mountを選択する。
Tip Length calibrationおよびPipette Offset calibrationの２つについて、Recalibrateを選択してキャリブレーションを行う。操作の指示は画面に出てくるためここでは省略する。
-
OpenTrons公式サイトでAPIバージョンを確認する。本ドキュメントではAPIバージョンを2.18に固定する。
-
OpenTronsLabwaresからチップのAPIでの名称の確認等を行う。
今回使用するメタデータは以下のように定義する。
from typing import Annotated, Literal
PipetteType: str = Annotated[str, Literal["p20_multi_gen2", "p300_multi_gen2"]]
metadata: dict[str, str] = {
"protocolName": "OT-2 Basic Protocol",
"author": "ikeda042",
"description": "Basic Protocol for testing",
}
requirements: dict[str, str] = {"robotType": "OT-2", "apiLevel": "2.18"}ロボットアームの移動は下記のように大きく12区画に分割されており、API呼び出し時に区画を番号で指定する必要がある。
また、チップの位置も下記のように定義されている。
今回は下記のように区画1に300µL Tip Rackを配置する。
ここで、ロボットアームに取り付けられたPipetteTypeを下記画面から確かめる。今回は、300µL Tip Rackに対応するタイプはP300 8-channel GEN2であるため、Right Mountを使用して操作を行う。
有線接続の場合はUSBを、Wi-Fi接続の場合はワイヤレスネットワーク（ローカル)を通してSSH接続を行える。
- 下記コマンドでSSHキーペアを作成する。
ssh-keygen -f ot2_ssh_key- 下記コマンドで公開鍵を確認する。
cat ot2_ssh_key.pub- CurlでOT-2に公開鍵を登録する。デフォルトポートは31950
curl \
-H 'Content-Type: application/json' \
-d "{\"key\":\"$(cat ot2_ssh_key.pub)\"}" \
ROBOT_IP:31950/server/ssh_keys- ローカルIPアドレスを指定してSSH接続する。
ssh -i ot2_ssh_key root@ROBOT_IPSSH接続後に下記を実行することで、接続元のIPアドレスがわかる。
echo $SSH_CLIENTSSHを使用して新規pythonモジュールを導入する。
- 下記コマンドでローカル環境に必要モジュールをダウンロードする。
pip download requests- SCPを使用してOT-2サーバーにモジュールを転送する。
scp -O -i ot2_ssh_key *.whl [email protected]:/tmp/- OT-2に接続し、pythonモジュールをインストールする.
ssh -i ot2_ssh_key [email protected]
cd /tmp
pip install certifi*.whl