scRNAseq-LIHC

Introduction

2020-2021 Sem-2 NGS-02 scRNA-seq project
Based on: 2019-Cancer Cell-Tumor Cell Biodiversity Drives Microenvironmental Reprogramming in Liver Cancer

RProject Structure

├── data # ignore
│ ├── cellchat
│ ├── celltrajectory
│ ├── Enrichment
│ ├── inferCNV
│ ├── RemoveDoublets
│ ├── sample.data
│ ├── Set1.raw
│ ├── Set2.raw
│ ├── SingleR
│ └── tmp.data
├── output
│ ├── 10.Cellcellcommu
│ ├── 12.Enrichment
│ ├── 2.ExamineData
│ ├── 3.QC
│ ├── 5.ReDim
│ ├── 6.ClusterMarkers
│ ├── 7.Annotation
│ ├── 8.inferCNV
│ └── 9.celltrajectory
├── reports
│ ├── scRNAseq-analysis.html
│ └── scRNAseq-analysis.Rmd
└── src
    ├── bin # Paper
    ├── Figures # Uploaded figures
    └── script # R script