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MembersInfo.csv

@@ -147,3 +147,4 @@ Species distribution",I am a spatial ecologist and conservation scientist with a
 05/03/2024 12:55:19,Rodrigo R. Granjel,[email protected],Basque Center for Climate Change (BC3),Investigador Postdoctoral,"Community ecology, stability, ecological interactions, BEF, global change",I combine experimental and field data with ecological theory to understand the stability and function of ecological communities.,"Quantitative ecology, reproducibility, data analysis",NA,https://github.com/Granjel,@Granjel,NA,NA,NA
 26/04/2024 12:04:33,Antonio Canepa Oneto,[email protected],Universidad de Burgos,Profesor Ayudante Doctor,"Ciencia de Datos, Biometereología, Bioacústica, Ciencia Ciudadana, Salud Humana","Mi investigación se basa en entender las restricciones ambientales que modifican la distribución y abundancia de especies que pueden afectar la salud humana, y como la vinculación de la ciudadanbía en investigación puede ayudar a desenredar procesos complejos.","Publicar trabajos, Reisar trabajos, Colaborar",https://investigacion.ubu.es/investigadores/35040/detalle,https://github.com/ajcanepa,https://twitter.com/CanepaOneto,Gracias!,NA,NA
 14/05/2024 18:35:31,Yolanda Santiago Calvo,[email protected],Instituto Tecnológico Agrario de Castilla y León,Técnico,"Agronomía, biodiversidad, mesofauna, suelo, patología","Investigación desde el punto de vista técnico en el área de cultivos herbáceos y hortícolas en distintas áreas: patología, biodiversidad, suelo, fauna edáfica, etc. Actualmente realizando la tesis doctoral en un grupo de psílidos transmisores de bacterias.","Llevo unos cuatro años manejando R y realizando diferentes análisis de datos. Interés por manejar datos en el campo de la ecología y biodiversidad, desde la modelización a la visualización de los mismos.",NA,NA,NA,NA,NA,NA
+14/07/2024 11:21:42,Manuel Pizarro,[email protected],Instituto Pirenaico de Ecología,Técnico,"Ecología de plantas y animales, Biodiversidad, Conservación, Montañas, Ecoinformática, SIG, Teledetección",Ecología de plantas de alta montaña. Detección de cambios de las cubiertas terrestres a largo plazo. Biología de la conservación de plantas.,"Análisis de datos en R, Google Earth Engine, Reproducibilidad, Cursos",https://biodiversidadipe.csic.es/,NA,NA,NA,NA,NA

docs/MembersInfo.csv

@@ -147,3 +147,4 @@ Species distribution",I am a spatial ecologist and conservation scientist with a
 05/03/2024 12:55:19,Rodrigo R. Granjel,[email protected],Basque Center for Climate Change (BC3),Investigador Postdoctoral,"Community ecology, stability, ecological interactions, BEF, global change",I combine experimental and field data with ecological theory to understand the stability and function of ecological communities.,"Quantitative ecology, reproducibility, data analysis",NA,https://github.com/Granjel,@Granjel,NA,NA,NA
 26/04/2024 12:04:33,Antonio Canepa Oneto,[email protected],Universidad de Burgos,Profesor Ayudante Doctor,"Ciencia de Datos, Biometereología, Bioacústica, Ciencia Ciudadana, Salud Humana","Mi investigación se basa en entender las restricciones ambientales que modifican la distribución y abundancia de especies que pueden afectar la salud humana, y como la vinculación de la ciudadanbía en investigación puede ayudar a desenredar procesos complejos.","Publicar trabajos, Reisar trabajos, Colaborar",https://investigacion.ubu.es/investigadores/35040/detalle,https://github.com/ajcanepa,https://twitter.com/CanepaOneto,Gracias!,NA,NA
 14/05/2024 18:35:31,Yolanda Santiago Calvo,[email protected],Instituto Tecnológico Agrario de Castilla y León,Técnico,"Agronomía, biodiversidad, mesofauna, suelo, patología","Investigación desde el punto de vista técnico en el área de cultivos herbáceos y hortícolas en distintas áreas: patología, biodiversidad, suelo, fauna edáfica, etc. Actualmente realizando la tesis doctoral en un grupo de psílidos transmisores de bacterias.","Llevo unos cuatro años manejando R y realizando diferentes análisis de datos. Interés por manejar datos en el campo de la ecología y biodiversidad, desde la modelización a la visualización de los mismos.",NA,NA,NA,NA,NA,NA
+14/07/2024 11:21:42,Manuel Pizarro,[email protected],Instituto Pirenaico de Ecología,Técnico,"Ecología de plantas y animales, Biodiversidad, Conservación, Montañas, Ecoinformática, SIG, Teledetección",Ecología de plantas de alta montaña. Detección de cambios de las cubiertas terrestres a largo plazo. Biología de la conservación de plantas.,"Análisis de datos en R, Google Earth Engine, Reproducibilidad, Cursos",https://biodiversidadipe.csic.es/,NA,NA,NA,NA,NA

docs/notas-ecoinformaticas.html

@@ -355,6 +355,11 @@ <h2>Qué son</h2>
 <div id="notas-publicadas" class="section level2">
 <h2>Notas Ecoinformáticas publicadas</h2>
 <ul>
+<li><p><a href="https://doi.org/10.7818/ECOS.2745">Tidyverse: colección
+de paquetes de R para la ciencia de datos</a></p></li>
+<li><p><a href="https://doi.org/10.7818/ECOS.2797">Camelot: Una
+herramienta intuitiva para el manejo y procesamiento de imágenes de
+cámaras trampa utilizando inteligencia artificial</a></p></li>
 <li><p><a href="https://doi.org/10.7818/ECOS.2527">La unión hace la
 fuerza: modelos de distribución de especies integrando diferentes
 fuentes de datos</a></p></li>

docs/site_libs/datatables-binding-0.23/datatables.js → docs/site_libs/datatables-binding-0.33/datatables.js

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 // some helper functions: using a global object DTWidget so that it can be used
 // in JS() code, e.g. datatable(options = list(foo = JS('code'))); unlike R's
-// dynamic scoping, when 'code' is eval()'ed, JavaScript does not know objects
+// dynamic scoping, when 'code' is eval'ed, JavaScript does not know objects
 // from the "parent frame", e.g. JS('DTWidget') will not work unless it was made
 // a global object
 var DTWidget = {};
@@ -166,7 +166,8 @@ HTMLWidgets.widget({
     // in order that the type=number inputs return a number
     $.valHooks.number = {
       get: function(el) {
-        return el.value * 1;
+        var value = parseFloat(el.value);
+        return isNaN(value) ? "" : value;
       }
     };
     $(el).html(' ');
@@ -347,6 +348,15 @@ HTMLWidgets.widget({
     var table = $table.DataTable(options);
     $el.data('datatable', table);
 
+    if ('rowGroup' in options) {
+      // Maintain RowGroup dataSrc when columns are reordered (#1109)
+      table.on('column-reorder', function(e, settings, details) {
+        var oldDataSrc = table.rowGroup().dataSrc();
+        var newDataSrc = details.mapping[oldDataSrc];
+        table.rowGroup().dataSrc(newDataSrc);
+      });
+    }
+
     // Unregister previous Crosstalk event subscriptions, if they exist
     if (instance.ctfilterSubscription) {
       instance.ctfilterHandle.off("change", instance.ctfilterSubscription);
@@ -431,10 +441,13 @@ HTMLWidgets.widget({
         regex = options.search.regex,
         ci = options.search.caseInsensitive !== false;
       }
+      // need to transpose the column index when colReorder is enabled
+      if (table.colReorder) i = table.colReorder.transpose(i);
       return table.column(i).search(value, regex, !regex, ci);
     };
 
     if (data.filter !== 'none') {
+      if (!data.hasOwnProperty('filterSettings')) data.filterSettings = {};
 
       filterRow.each(function(i, td) {
 
@@ -492,11 +505,13 @@ HTMLWidgets.widget({
               $input.parent().hide(); $x.show().trigger('show'); filter[0].selectize.focus();
             },
             input: function() {
-              if ($input.val() === '') filter[0].selectize.setValue([]);
+              var v1 = JSON.stringify(filter[0].selectize.getValue()), v2 = $input.val();
+              if (v1 === '[]') v1 = '';
+              if (v1 !== v2) filter[0].selectize.setValue(v2 === '' ? [] : JSON.parse(v2));
             }
           });
           var $input2 = $x.children('select');
-          filter = $input2.selectize({
+          filter = $input2.selectize($.extend({
             options: $input2.data('options').map(function(v, i) {
               return ({text: v, value: v});
             }),
@@ -508,15 +523,14 @@ HTMLWidgets.widget({
               if (value.length) $input.trigger('input');
               $input.attr('title', $input.val());
               if (server) {
-                table.column(i).search(value.length ? JSON.stringify(value) : '').draw();
+                searchColumn(i, value.length ? JSON.stringify(value) : '').draw();
                 return;
               }
               // turn off filter if nothing selected
               $td.data('filter', value.length > 0);
               table.draw();  // redraw table, and filters will be applied
             }
-          });
-          if (searchCol) filter[0].selectize.setValue(JSON.parse(searchCol));
+          }, data.filterSettings.select));
           filter[0].selectize.on('blur', function() {
             $x.hide().trigger('hide'); $input.parent().show(); $input.trigger('blur');
           });
@@ -525,10 +539,12 @@ HTMLWidgets.widget({
           var fun = function() {
             searchColumn(i, $input.val()).draw();
           };
-          if (server) {
-            fun = $.fn.dataTable.util.throttle(fun, options.searchDelay);
-          }
-          $input.on('input', fun);
+          // throttle searching for server-side processing
+          var throttledFun = $.fn.dataTable.util.throttle(fun, options.searchDelay);
+          $input.on('input', function(e, immediate) {
+            // always bypass throttling when immediate = true (via the updateSearch method)
+            (immediate || !server) ? fun() : throttledFun();
+          });
         } else if (inArray(type, ['number', 'integer', 'date', 'time'])) {
           var $x0 = $x;
           $x = $x0.children('div').first();
@@ -614,13 +630,11 @@ HTMLWidgets.widget({
               filter.val(v);
             }
           });
-          var formatDate = function(d, isoFmt) {
+          var formatDate = function(d) {
             d = scaleBack(d, scale);
             if (type === 'number') return d;
             if (type === 'integer') return parseInt(d);
             var x = new Date(+d);
-            var fmt = ('filterDateFmt' in data) ? data.filterDateFmt[i] : undefined;
-            if (fmt !== undefined && isoFmt === false) return x[fmt.method].apply(x, fmt.params);
             if (type === 'date') {
               var pad0 = function(x) {
                 return ('0' + x).substr(-2, 2);
@@ -641,7 +655,7 @@ HTMLWidgets.widget({
             start: [r1, r2],
             range: {min: r1, max: r2},
             connect: true
-          }, opts));
+          }, opts, data.filterSettings.slider));
           if (scale > 1) (function() {
             var t1 = r1, t2 = r2;
             var val = filter.val();
@@ -656,13 +670,28 @@ HTMLWidgets.widget({
                 start: [t1, t2],
                 range: {min: t1, max: t2},
                 connect: true
-              }, opts), true);
+              }, opts, data.filterSettings.slider), true);
               val = filter.val();
             }
             r1  = t1; r2 = t2;
           })();
+          // format with active column renderer, if defined
+          var colDef = data.options.columnDefs.find(function(def) {
+            return (def.targets === i || inArray(i, def.targets)) && 'render' in def;
+          });
           var updateSliderText = function(v1, v2) {
-            $span1.text(formatDate(v1, false)); $span2.text(formatDate(v2, false));
+            // we only know how to use function renderers
+            if (colDef && typeof colDef.render === 'function') {
+              var restore = function(v) {
+                v = scaleBack(v, scale);
+                return inArray(type, ['date', 'time']) ? new Date(+v) : v;
+              }
+              $span1.text(colDef.render(restore(v1), 'display'));
+              $span2.text(colDef.render(restore(v2), 'display'));
+            } else {
+              $span1.text(formatDate(v1));
+              $span2.text(formatDate(v2));
+            }
           };
           updateSliderText(r1, r2);
           var updateSlider = function(e) {
@@ -679,7 +708,7 @@ HTMLWidgets.widget({
             updateSliderText(val[0], val[1]);
             if (e.type === 'slide') return;  // no searching when sliding only
             if (server) {
-              table.column(i).search($td.data('filter') ? ival : '').draw();
+              searchColumn(i, $td.data('filter') ? ival : '').draw();
               return;
             }
             table.draw();
@@ -695,7 +724,7 @@ HTMLWidgets.widget({
         // processing
         if (server) {
           // if a search string has been pre-set, search now
-          if (searchCol) searchColumn(i, searchCol).draw();
+          if (searchCol) $input.trigger('input').trigger('change');
           return;
         }
 
@@ -741,15 +770,7 @@ HTMLWidgets.widget({
         $.fn.dataTable.ext.search.push(customFilter);
 
         // search for the preset search strings if it is non-empty
-        if (searchCol) {
-          if (inArray(type, ['factor', 'logical'])) {
-            filter[0].selectize.setValue(JSON.parse(searchCol));
-          } else if (type === 'character') {
-            $input.trigger('input');
-          } else if (inArray(type, ['number', 'integer', 'date', 'time'])) {
-            $input.trigger('change');
-          }
-        }
+        if (searchCol) $input.trigger('input').trigger('change');
 
       });
 
@@ -822,6 +843,7 @@ HTMLWidgets.widget({
       var disableCols = data.editable.disable ? data.editable.disable.columns : null;
       var numericCols = data.editable.numeric;
       var areaCols = data.editable.area;
+      var dateCols = data.editable.date;
       for (var i = 0; i < target.length; i++) {
         (function(cell, current) {
           var $cell = $(cell), html = $cell.html();
@@ -831,6 +853,8 @@ HTMLWidgets.widget({
             $input = $('<input type="number">');
           } else if (inArray(index, areaCols)) {
             $input = $('<textarea></textarea>');
+          } else if (inArray(index, dateCols)) {
+            $input = $('<input type="date">');
           } else {
             $input = $('<input type="text">');
           }
@@ -848,7 +872,7 @@ HTMLWidgets.widget({
 
           if (immediate) $input.on('blur', function(e) {
             var valueNew = $input.val();
-            if (valueNew != value) {
+            if (valueNew !== value) {
               _cell.data(valueNew);
               if (HTMLWidgets.shinyMode) {
                 changeInput('cell_edit', [cellInfo(cell)], 'DT.cellInfo', null, {priority: 'event'});
@@ -1008,6 +1032,9 @@ HTMLWidgets.widget({
         updateColsSelected();
         updateCellsSelected();
       })
+      updateRowsSelected();
+      updateColsSelected();
+      updateCellsSelected();
     }
 
     var selMode = data.selection.mode, selTarget = data.selection.target;
@@ -1366,7 +1393,7 @@ HTMLWidgets.widget({
     changeInput('cell_clicked', {});
 
     // do not trigger table selection when clicking on links unless they have classes
-    table.on('click.dt', 'tbody td a', function(e) {
+    table.on('mousedown.dt', 'tbody td a', function(e) {
       if (this.className === '') e.stopPropagation();
     });
 
@@ -1394,8 +1421,9 @@ HTMLWidgets.widget({
           console.log('The search keyword for column ' + i + ' is undefined')
           return;
         }
-        $(td).find('input').first().val(v);
-        searchColumn(i, v);
+        // Update column search string and values on linked filter widgets.
+        // 'input' for factor and char filters, 'change' for numeric filters.
+        $(td).find('input').first().val(v).trigger('input', [true]).trigger('change');
       });
       table.draw();
     }

docs/site_libs/datatables-css-0.0.0/datatables-crosstalk.css

@@ -21,3 +21,12 @@ See https://github.com/DataTables/DataTablesSrc/issues/160
 table.dataTable {
   display: table;
 }
+
+
+/*
+When DTOutput(fill = TRUE), it receives a .html-fill-item class (via htmltools::bindFillRole()), which effectively amounts to `flex: 1 1 auto`. That's mostly fine, but the case where `fillContainer=TRUE`+`height:auto`+`flex-basis:auto` and the container (e.g., a bslib::card()) doesn't have a defined height is a bit problematic since the table wants to fit the parent but the parent wants to fit the table, which results pretty small table height (maybe because there is a minimum height somewhere?). It seems better in this case to impose a 400px height default for the table, which we can do by setting `flex-basis` to 400px (the table is still allowed to grow/shrink when the container has an opinionated height).
+*/
+
+.html-fill-container > .html-fill-item.datatables {
+  flex-basis: 400px;
+}