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Welcome to the GraphGenerativeModel wiki!

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データ

• ZINC All Purchasable subset in gzipped SMILES (Reference pH 7 set): 6_p0
• 100万分子
• ZINC: 6_p0_1000000.smi

v0.2 のバージョンでの改善点（機能追加）

• 分子量300 or 500で停止，ターミナルのみでエネルギー計算
• エネルギー値の正（０は無限遠にある状態），原子数でエネルギーを割る
• ３次元の出力
• Conjugate している原子タイプGetIsConjugatedを使う．
• 環の数
• drug likeness等で最低限の評価

改善点

• 探索の改良
• （環を構成する原子の数、何員環か）
• VAEパートも特徴量変更：リングフラグ、Conjugated、の特徴量を使う
• 過去の探索結果（結合の種類）
• 結合の種類を使う
• エネルギー分布が近づくような探索
• GCNのエネルギー/確率
• エネルギー計算：３Ｄ構造の起こし上げを何回か行って、最小のものを選択

未実装

• 探索のバックトラック（可視化結果を見てnegativeの部分を修正するように探索）