Инструкция

Чистка и анализ изображений подразумевают использование как специального софта, разработанного сотрудниками СРГ (в частности, python-скрипты), так и другие пакеты програмного обеспечения ("CASA"). Необходимо понимать, что это накладывает ограничения на используемые операционные системы (unix-подобные), в частности мы можем использовать ОС с ядром Linux (предпочтительно - из ветки RedHat) и macOS. Данная инструкция рассматривает установку необходимого ПО на Linux дистрибутив Fedora.

1. Подготовка

Все описанные манипуляции производились на OC Windows

• Переходим на официальный сайт проекта Fedora. Выбираем вариант Fedora Workstation, далее - скачиваем x86_64 Live образ ISO
• Находим флешку, которую можно будет отформатировать (все данные будут удалены!)
• Скачиваем программу Rufus c официального сайта проекта. Можно скачать portable-version (не требует установки, нужно лишь запустить исполняемый .exe файл)
• Решаем вопрос с местом установки - куда мы поставим новую систему. Для этого нужно создать новый логический диск (ПКМ по иконке Пуск -> Управление дисками -> сжать том -> указать необходимые размеры).

При установке на другой физический диск могут возникнуть проблемы с настройкой grub (либо придется каждый раз менять порядок загрузки OC через BIOS), решение этих проблем в данной инструкции описано не будет

• Запускаем Rufus, в разделе "устройство" выбираем наш USB-накопитель, в разделе "метод загрузки" нажимаем на кнопку "выбрать" и указываем путь к скачанному ISO образу Fedora. Запускаем процесс создания загрузочной флешки.
• По окончании предыдущего этапа перезагружаемся в BIOS, меняем порядок загрузки, указывая USB-флешку приорететной, и сохраняя настройки перезапускаемся на нее.

2. Установка Fedora параллельно с Windows

• Выбираем в вариантах загрузки Grub пункт Fedora

• Выбираем в допоолнительном меню пункт "установить на Hard Drive"

• Выбираем язык, настраиваем дату и время

• Заходим в раздел "Место установки", далее выбираем необходимый диск и в разделе "Конфигурация устройств хранения" ставим чек-поинт на вариант "Дополнительно", после чего нажимаем на кнопку "Готово" слева вверху. После данного действия откроется среда BLIVET разбиения диска на разделы

• В открывшемся меню ставим выбор на нужный логический раздел диска, после чего с помощью ПКМ форматируем в новый формат ext4 и ставим точку монтирования "/", опять нажимаем "Готово", соглашаясь с диалоговым окном о принятии изменений.

• Далее нужно выбрать (скорее всего, первый, размером в ~100 МБ) загрузочный раздел диска и прописать через ПКМ ему точку монтирования /boot/efi

• Произвoдим установку системы и перезагружаем компьютер, попутно вынимая флешку

Чистая система после установки обновлений весит порядка 8 ГБ.

• Из появившегося окна grub выбраем запуск Linux Fedora
• Производим первичную настройку системы: подключение к Wi-Fi, отключение аналитики (по желанию), включение стронних репозиториев, ввод имени пользователя и пароля.

Если вы пользуетесь теми же приложениями, что и автор инструкции, можете воспользоваться следующими командами

Для установки VSCode последовательно выполнить:

sudo rpm --import https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc
sudo sh -c 'echo -e "[code]\nname=Visual Studio Code\nbaseurl=https://packages.microsoft.com/yumrepos/vscode\nenabled=1\ngpgcheck=1\ngpgkey=https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc" > /etc/yum.repos.d/vscode.repo'
sudo dnf check-update
sudo dnf -y install code

Для установки Opera последовательно выполнить:

sudo dnf config-manager --add-repo https://rpm.opera.com/rpm
sudo rpm --import https://rpm.opera.com/rpmrepo.key
sudo dnf upgrade --refresh
sudo dnf install opera-stable

4. Установка нужной версии Python

Ранее CASA не поддерживала версии Python выше 3.8, и конфигурационный файл был создан для того случая. Сейчас совместимая версия поднялась до 3.10. Если вам необходимо исользовать Python 3.8, то файл конфигурации лежит в папке old_files. Остальные шаги эквивалентны.

Наиболее удобный вариант - запускать все необходимое в виртуальном окружении conda. (Подробнее о возможностях conda хорошо написано тут)

Можно использовать готовый конфигурационный файл conda_env_py310.yaml (находится в этом репозитории) следующим образом:

wget https://raw.githubusercontent.com/astronom-v-cube/howtostartSRHanalise/main/conda_env_py310.yaml

затем

conda env create -f conda_env_py310.yaml

Команда создаст виртуальное окружение с именем srh В этом случае команды, расположенные между двумя горизонтальными чертами ниже, можно опустить.

---

Выполняем в терминале:

sudo dnf install conda

и создаем виртуальное окружение с помощью команды:

conda create --name srh python=3.10 pip spyder && pip install python-casacore

После этого указываем

conda init bash

и перезагружаем окно консоли. Устанавливаем библиотеки:

pip install astropy matplotlib sunpy casatasks casatools numpy sympy python-casacore ephem scipy scikit-image 

---

Запускаем виртуальное окружение с помощью

conda activate casa

Консоль должна изменяться с (base)[username@fedora ~]$ на (srh)[username@fedora ~]$ при активации окружения. Для выхода из виртуального окружения используем

conda deactivate

5. Установка (сборка) casacore из исходников

Внимание! Этот шаг выполнять теперь не нужно!

casacore использовалась ранее для работы скриптов и программ, однако на данный момент она не нужна для их запуска. Тем не менее, этот пункт инструкции было решено оставить, так как найти эту информацию в интернете не так просто, а мало ли, что в жизни случится... :)

Скачиваем исходный код проекта:

git clone https://github.com/casacore/casacore

Устанавливаем зависимости:

sudo dnf install cmake cmake-gui gcc-gfortran gcc-c++ flex bison blas blas-devel lapack lapack-devel cfitsio cfitsio-devel wcslib wcslib-devel ncurses ncurses-devel readline readline-devel python-devel boost boost-devel fftw fftw-devel hdf5 hdf5-devel numpy

Затем во избежание получения ошибки FindGSL.cmake: gsl-config not found последовательно выполняем команды ниже (полный текст инструкции, в случае необходимости, можно найти тут):

wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-2.7.tar.gz
tar -zxvf gsl-2.7.tar.gz
cd gsl-2.7
mkdir /home/$USER/gsl
./configure --prefix=/home/$USER/gsl
make
make check
make install
gsl-config

Открываем папку с исходным кодом:

cd casacore

Производим сборку (процесс достаточно длительный, от часа и дольше):

mkdir build
cd build
cmake ..
make 
sudo make install

7. Обновление данных обсерваторий

Выполняем, находясь в виртуальном окружении conda srh:

pip install casaconfig && python -m casaconfig --update-all

8. Установка Python библиотеки srhdata

Выполняем, находясь в виртуальном окружении conda srh:

pip install git+https://github.com/maria-globa/srhdata.git

9. Решение известных ошибок

1. libGL error:

libGL error: failed to load driver: nouveau libGL
error: MESA-LOADER: failed to open swrast
error: failed to load driver: swrast

Решение: conda install -c conda-forge libstdcxx-ng

Если указанное выше не помогло, следует найти расположение данной библиотеки в системе с помощью

find / -name libstdc++.so.6 2>/dev/null

Затем любой из вариантов расположения (например, в /usr/lib64/) добавить в файл .bashrs или соответсвующий файл другого интерпретатора терминала в папке home в следующем виде:

export LD_PRELOAD=/usr/lib64/...path_to_file...

2. Черный экран при запуске скриптов

Решение: Spyder -> Tools -> Preferences -> IPython console -> Graphics -> Grapics backend -> Qt 5

3. Gnome error

Warning: Ignoring XDG_SESSION_TYPE=wayland on Gnome. 
Use QT_QPA_PLATFORM=wayland to run on Wayland anyway

Решение:

1. Расскоментировать строку WaylandEnable=false в файле /etc/gdm3/custom.conf
2. Добавить Add QT_QPA_PLATFORM=xcb в /etc/environment

4. В процессе работы появляется много кэша индексации файлов tracker3

Очистка кэша осуществляется так:

tracker3 reset --filesystem

Рекомендуется прописать в начале скрипта отключение данной службы, а в конце - включение

5. Любая другая ошибка

Просьба создавать issues, если не знаете как решить, или pull requests если знаете решение 😃