Reassembly and annotation of Thiomargarita magnifica

Background

https://en.wikipedia.org/wiki/Thiomargarita_magnifica

https://ru.wikipedia.org/wiki/Thiomargarita_magnifica

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.16.480423v1.full

https://www.science.org/doi/suppl/10.1126/science.abb3634/suppl_file/science.abb3634_sm.pdf

Страничка на JGI: https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi?section=GenomeSearchList&page=displayTaxonList&searchFilter=t.taxon_display_name&searchTerm=Thiomargarita%20magnifica&file=t.taxon_display_name1733603

Цель

Пересобрать и аннотировать геном гигантской бактерии.

Задачи

1. Скачать данные https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRR18724479 это пятый филамент, по статье самый удачный.
2. Сделать QC
3. Собрать SPAdes
4. Отбиннить
5. Провести оценку качества генома
6. Сравнить с авторской сборкой
7. Провести аннотацию генома Prokka
8. Провести аннотацию генома RAST
9. Проаннотировать О-антиген