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SVSReader

A tool to read and annotate SVS Whole-Slide Images

使用方法:

step1:输入SVS文件的路径或者包含多张SVS文件的文件夹的路径,软件会自动记录所输入的路径,如果下次启动时还想打开相应路径,直接输入"last"即可。

step2:软件会自动打开SVS文件,如果输入的是文件夹路径,软件会依次打开文件夹中每一个SVS文件。如果打开的SVS文件已经标记过,软件会提示导入原来的标记文件继续标记(输入C)、重新对文件进行标记(输入R)以及跳过这一文件直接标记下一个(按任意键)。

step3:打开SVS文件后,会显示"Thumbnail"窗口,显示这个SVS文件的缩略图,左上角显示缩略图的缩放比例,如果显示50则表示缩略图相比原图缩小了50倍。

step4:在缩略图中按下鼠标左键拖动可以选择区域(红色框),选定区域会显示Box的左上角和右下角的坐标,箭头前的坐标表示缩略图中的坐标,箭头后的坐标是原图中的坐标。

step5:松开鼠标后选定区域会显示在"Selected Area"窗口中,如果选择区域较大,打开选定区域可能需要一定时间,请耐心等待。图片右上角有4行文字信息,第一行表示选定的区域范围,以左上角和右下角的原始图中坐标表示;第二行表示所显示的图层级别,第三行则表示相应图层级别的缩放比率,图层级别为0时表示原图,缩放比例为1;第4行表示显示图像与实际图像的缩放比率,如果显示区域的实际大小超出显示器分辨率会进行缩放,W和H分别表示水平和垂直方向的伸缩比例。

step6:在"Selected Area"窗口中,如果按下鼠标左键拖动可以进一步放大所选择的区域(红色框),按下鼠标右键拖动选择标记区域(绿色框),松开鼠标后会要求输入标记区域的描述,重复进行可以标记不同区域。

step7:如果标记结束,直接关闭"Thumbnail"窗口即可,标记信息会自动保存到拓展名为".mark"的与SVS文件同名的文件中。

在.mark文件中,一行数据表示一条标记,标记数据共有5项,分别为标记区域左上角在原图上的坐标x和y、标记区域的大小width和height以及标记区域的注释描述,每项数据以制表符(\t)分隔(如果后续处理需要特定的标记文件格式,可以通过修改程序实现)

该程序使用了OpenCV 3.10以及OpenSlide3.41,并且部分使用了Windows API函数,使用msvc2017编译

编译时注意事项: 修改OPENCV路径需要修改cv310debug.props和cv310release.props属性页文件,也可将OPENCV路径设置为环境变量CV3PATH

修改OPENSLIDE路径需要修改openslide_x64.props属性页,也可将OPENSLIDE路径设置为环境变量OSLPATH

编译时需要将opencv_world310.dll以及openslide bin文件夹下的除openslide-jni.dll外所有dll拷贝至执行目录下

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