Restructure Tutorial Image naming (#3181)

* Move small images to shared folder and name images that dont come from Skyline * Update tutorial script to support alt text for s- images * Fix javascript that numbers figure * Add figure anchor * Update javascript so anchor is followed on page load * tweak skyline.js to remove colons from Chinese and Japanese translations
ProteoWizard · Oct 9, 2024 · 5b26d91 · 5b26d91
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diff --git a/pwiz_tools/Skyline/Documentation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/index.html b/pwiz_tools/Skyline/Documentation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/index.html
@@ -60,7 +60,7 @@ <h1>Experimental Overview</h1>
         different calibrants.
     </p>
     <p>
-        <img src="image-0.png" />
+        <img src="s-experimental-overview.png" />
     </p>
     <p>
         <b>Tutorial Figure 1. Experimental Overview</b>
@@ -144,7 +144,7 @@ <h2>Configuring transition settings:</h2>
         The form should now look like this:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-1.png" />
+        <img src="s-1.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>Click the <b>Filter</b> tab. </li>
@@ -165,7 +165,7 @@ <h2>Configuring transition settings:</h2>
         The <b>Transition Settings</b> form should look like this: 
     </p>
     <p>
-         <img src="image-2.png" />
+         <img src="s-2.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>Click the <b>OK</b> button.</li>
@@ -182,7 +182,7 @@ <h2>Configuring peptide settings:</h2>
         The <b>Edit Isotope Modification</b> form should now look like this:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-3.png" />
+        <img src="s-3.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>Click the <b>OK</b> button.</li>
@@ -192,7 +192,7 @@ <h2>Configuring peptide settings:</h2>
         The <b>Peptide Settings</b> form should now look like this:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-4.png" />
+        <img src="s-4.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>Click the <b>OK</b> button. </li>
@@ -207,7 +207,7 @@ <h2>Inserting a peptide sequence:</h2>
         <li>Paste “IEAIPQIDK” into the <b>Peptide Sequence</b> cell and “GST-tag” into the <b>Protein Name</b> cell.</li>
     </ul>
     <p>
-        <img src="image-5.png" />
+        <img src="s-5.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>Click the <b>Insert</b> button.</li>
@@ -216,7 +216,7 @@ <h2>Inserting a peptide sequence:</h2>
         After performing the above steps, the main Skyline should now look like this:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-6.png" />
+        <img src="s-6.png" />
     </p>
     <p>
         Before exporting your first transition list, first save your document to the AbsoluteQuant folder by doing the following:
@@ -242,7 +242,7 @@ <h2>Exporting a transition list:</h2>
         <b>Transition Settings</b> – <b>Prediction</b> tab.
     </p>
     <p>
-        <img src="image-7.png" />
+        <img src="s-7.png" />
     </p>
     <p>
         You can also see that all of the other settings are appropriate for this very simple target list.
@@ -290,7 +290,7 @@ <h2>Importing RAW files into Skyline:</h2>
         The <b>Import Results</b> form should look like this:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-8.png" />
+        <img src="s-8.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>Click the <b>OK</b> button.</li>
@@ -299,7 +299,7 @@ <h2>Importing RAW files into Skyline:</h2>
         <li>In the <b>Import Results Files</b> form, find and select all eight “Standard” RAW files as shown below.</li>
     </ul>
     <p>
-        <img src="image-9.png" />
+        <img src="s-9.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>Click <b>Open</b> to import the files.</li>
@@ -322,7 +322,7 @@ <h2>Importing RAW files into Skyline:</h2>
         You will see the heavy (Blue) and light (Red) total chromatograms displayed together in a graph for each standard as shown below:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-10.png" />
+        <img src="s-10.png" />
     </p>
     <p>
         What to inspect when looking at the chromatographic traces for the standards:
@@ -368,13 +368,13 @@ <h1>Analyzing SRM Data from FOXN1-GST Sample</h1>
         You can then select either the light precursor:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-11.png" />
+        <img src="s-11.png" />
     </p>
     <p class="keep-next">
         Or the heavy precursor:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-12.png" />
+        <img src="s-12.png" />
     </p>
     <p>
          Verify the following:
@@ -402,7 +402,7 @@ <h1>Analyzing SRM Data from FOXN1-GST Sample</h1>
         points. This is ideal, as this portion of the calibration curve is best for quantification purposes. 
     </p>
     <p>
-        <img src="image-13.png" />
+        <img src="s-13.png" />
     </p>
     <h1>Generating a Calibration Curve</h1>
     <p>
@@ -420,7 +420,7 @@ <h2>Configuring quantification settings:</h2>
         The <b>Peptide Settings</b> form should look like this:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-14.png" />
+        <img src="s-14.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>Click the <b>OK</b> button.</li>
@@ -476,7 +476,7 @@ <h2>Specify the analyte concentrations of the external standards:</h2>
         The <b>Document Grid: Replicates</b> form should look like this:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-15.png" />
+        <img src="s-15.png" />
     </p>
     <h2>View the calibration curve</h2>
     <ul>
@@ -487,7 +487,7 @@ <h2>View the calibration curve</h2>
         You should see a graph that looks like this:
     </p>
     <p>
-        <img src="image-16.png" />
+        <img src="s-16.png" />
     </p>
     <p>
         The slope and intercept are displayed on the calibration curve. They can be used to convert between peak area ratio and concentration with a

diff --git a/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-1.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-1.png b/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-1.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-1.png
diff --git a/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-10.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-10.png b/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-10.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-10.png
diff --git a/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-11.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-11.png b/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-11.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-11.png
diff --git a/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-12.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-12.png b/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-12.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-12.png
diff --git a/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-13.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-13.png b/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-13.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-13.png
diff --git a/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-14.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-14.png b/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-14.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-14.png
diff --git a/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-15.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-15.png b/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-15.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-15.png
diff --git a/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-16.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-16.png b/...n/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-16.png → ...ation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-16.png
diff --git a/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-2.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-2.png b/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-2.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-2.png
diff --git a/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-3.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-3.png b/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-3.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-3.png
diff --git a/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-4.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-4.png b/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-4.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-4.png
diff --git a/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-5.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-5.png b/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-5.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-5.png
diff --git a/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-6.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-6.png b/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-6.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-6.png
diff --git a/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-7.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-7.png b/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-7.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-7.png
diff --git a/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-8.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-8.png b/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-8.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-8.png
diff --git a/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-9.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-9.png b/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-9.png → ...tation/Tutorials/AbsoluteQuant/en/s-9.png
diff --git a/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-0.png → ...oluteQuant/en/s-experimental-overview.png b/...on/Tutorials/AbsoluteQuant/en/image-0.png → ...oluteQuant/en/s-experimental-overview.png
diff --git a/pwiz_tools/Skyline/Documentation/Tutorials/AbsoluteQuant/ja/index.html b/pwiz_tools/Skyline/Documentation/Tutorials/AbsoluteQuant/ja/index.html
@@ -32,7 +32,7 @@ <h1>実験概要</h1>
         Vantage（四重極質量分析計）を用いて選択イオンモニタリング（SRM）で分析しました。97%以上の純度でに精製され、アミノ酸分析で濃度確認済みのさまざまな量の未標識IEAIPQIDKペプチドを使用して外部標準法による校正曲線が作成できます。安定同位体標識のIEAIPQIDKペプチドも、FOXN1-GNT試料と同じ濃度でこれらのキャリブラントに添加しています（<b>チュートリアル図1C</b>）。各試料内の安定同位体標識ペプチドの濃度が同じであれば値（濃度）はいくらであってもかまいませんが、試料内の安定同位体標識ペプチド量はFOXN1-GSTから生じる未標識のペプチドと量的に近いのが望ましいです。またFOXN1-GSTの未標識ペプチドの濃度はキャリブラントを使用して検定した濃度範囲の中央値に近いのが理想です。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-0.png" />
+        <img src="s-experimental-overview.png" />
     </p>
     <p>
         <b>チュートリアル図1. 実験概要</b>
@@ -112,7 +112,7 @@ <h2>トランジション設定を行う</h2>
         フォームは以下のようになります。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-1.png" />
+        <img src="s-1.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>[ <b>フィルタ</b> ] タブをクリックします。 </li>
@@ -132,7 +132,7 @@ <h2>トランジション設定を行う</h2>
         [ <b>トランジションの設定</b> ] フォームは以下のようになります。 
     </p>
     <p>
-         <img src="image-2.png" />
+         <img src="s-2.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>[ <b>OK</b> ] ボタンをクリックします。</li>
@@ -149,7 +149,7 @@ <h2>ペプチド設定を行う</h2>
         [ <b>同位体修飾を編集</b> ] フォームは以下のようになります。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-3.png" />
+        <img src="s-3.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>[ <b>OK</b> ] ボタンをクリックします。</li>
@@ -159,7 +159,7 @@ <h2>ペプチド設定を行う</h2>
         [ <b>ペプチド設定</b> ] フォームは以下のようになります。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-4.png" />
+        <img src="s-4.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>[ <b>OK</b> ] ボタンをクリックします。 </li>
@@ -173,7 +173,7 @@ <h2>ペプチドシークエンスを挿入</h2>
         <li>「IEAIPQIDK」を [ <b>ペプチドシークエンス</b> ] セルに貼り付け、「GST-tag」を [ <b>タンパク質名</b> ] セルへ貼り付けます。</li>
     </ul>
     <p>
-        <img src="image-5.png" />
+        <img src="s-5.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>[ <b>挿入</b> ] ボタンをクリックします。</li>
@@ -182,7 +182,7 @@ <h2>ペプチドシークエンスを挿入</h2>
         上記手順を実施すると、Skylineの画面は以下のようになります。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-6.png" />
+        <img src="s-6.png" />
     </p>
     <p>
         最初のトランジションリストをエクスポートする前に、まず次の手順でドキュメントをAbsoluteQuantフォルダに保存します。
@@ -205,7 +205,7 @@ <h2>トランジションリストのエクスポート</h2>
         <b>衝突エネルギー</b> ] で「Thermo TSQ Vantage」を選択しているので、[ <b>装置タイプ</b> ] リストには自動的に「Thermo」が選択されています。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-7.png" />
+        <img src="s-7.png" />
     </p>
     <p>
         また、他の設定もすべてこのターゲットリストに適切であることがわかります。
@@ -250,7 +250,7 @@ <h2>SkylineへのRAWファイルインポート</h2>
         [ <b>結果をインポート</b> ] フォームは以下のようになります。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-8.png" />
+        <img src="s-8.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>[ <b>OK</b> ] ボタンをクリックします。</li>
@@ -259,7 +259,7 @@ <h2>SkylineへのRAWファイルインポート</h2>
         <li>[ <b>結果ファイルをインポート</b> ] フォームで、以下の8個の「Standard」RAWファイルを選択します。</li>
     </ul>
     <p>
-        <img src="image-9.png" />
+        <img src="s-9.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>[ <b>開く</b> ] をクリックしてファイルをインポートします。</li>
@@ -280,7 +280,7 @@ <h2>SkylineへのRAWファイルインポート</h2>
         以下のように各標準の安定同位体標識（青）と未標識（赤）のクロマトグラムが同時にグラフに表示されるのがわかります。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-10.png" />
+        <img src="s-10.png" />
     </p>
     <p>
         標準のクロマトグラフトレースを見るときに注目すべきは以下の項目です。
@@ -320,13 +320,13 @@ <h1>FOXN1-GST試料のSRMデータ分析</h1>
         これで未標識ペプチドのプリカーサーイオン
     </p>
     <p>
-        <img src="image-11.png" />
+        <img src="s-11.png" />
     </p>
     <p class="keep-next">
         または安定同位体標識ペプチドのプリカーサーイオンを選択できます。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-12.png" />
+        <img src="s-12.png" />
     </p>
     <p>
         以下を確認します。
@@ -351,7 +351,7 @@ <h1>FOXN1-GST試料のSRMデータ分析</h1>
         <b>ピーク領域</b>グラフに表示される値は校正曲線に使用する値となります。このグラフから、FOXN1-GST試料の未標識と安定同位体標識比率は校正点のおよそ中央にあることが簡単にわかります。この濃度範囲は定量化に最適で理想的です。 
     </p>
     <p>
-        <img src="image-13.png" />
+        <img src="s-13.png" />
     </p>
     <h1>校正曲線の作成</h1>
     <p>
@@ -369,7 +369,7 @@ <h2>定量化設定</h2>
         [ <b>ペプチド設定</b> ] フォームは以下のようになります。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-14.png" />
+        <img src="s-14.png" />
     </p>
     <ul>
         <li>[ <b>OK</b> ] ボタンをクリックします。</li>
@@ -424,7 +424,7 @@ <h2>外部標準のアナライト濃度指定</h2>
         [<b>ドキュメントグリッド: 繰り返し測定</b> ] フォームは以下のようになります。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-15.png" />
+        <img src="s-15.png" />
     </p>
     <h2>校正曲線表示</h2>
     <ul>
@@ -435,7 +435,7 @@ <h2>校正曲線表示</h2>
         以下のようなグラフが表示されます。
     </p>
     <p>
-        <img src="image-16.png" />
+        <img src="s-16.png" />
     </p>
     <p>
         校正曲線線に勾配と切片が表示されています。これを標準の<b>y = m * x + b</b>式と共に使用してピーク領域比と濃度を変換できます。