Merge branch 'master' into sugar-organic-feedlot

bin/build-db

@@ -62,6 +62,15 @@ const elmWithFixtures = elmTemplate
     parseAndValidate(NODE_ENV === "test" ? dataFiles.foodDetailed : dataFiles.foodNoDetails, "id"),
   )
   .replace("%foodProductExamplesJson%", parseAndValidate("public/data/food/examples.json", "id"))
+  // Object JSON data
+  .replace("%objectExamplesJson%", parseAndValidate("public/data/object/examples.json", "id"))
+  .replace(
+    "%objectProcessesJson%",
+    parseAndValidate(
+      NODE_ENV === "test" ? dataFiles.objectDetailed : dataFiles.objectNoDetails,
+      "id",
+    ),
+  )
   // Textile JSON data
   .replace("%textileMaterialsJson%", parseAndValidate("public/data/textile/materials.json", "id"))
   .replace(

check-db.js

@@ -15,8 +15,9 @@ try {
 
 const elmApp = Elm.CheckDb.init({
   flags: {
-    textileProcesses: fs.readFileSync(dataFiles.textileDetailed, "utf-8"),
     foodProcesses: fs.readFileSync(dataFiles.foodDetailed, "utf-8"),
+    objectProcesses: fs.readFileSync(dataFiles.objectDetailed, "utf-8"),
+    textileProcesses: fs.readFileSync(dataFiles.textileDetailed, "utf-8"),
   },
 });
 

data/Makefile

@@ -12,18 +12,18 @@ env | grep ECOBALYSE_DATA_DIR || exit
 	docker exec -u jovyan -it -e ECOBALYSE_DATA_DIR=/home/jovyan/ecobalyse-private/ -w /home/jovyan/ecobalyse/data $(NAME) $(1);\
 else \
 	echo "(Creating a new container)" &&\
-	docker run --rm -it -v $(NAME):/home/jovyan -v $$PWD/../:/home/jovyan/ecobalyse -v $(ECOBALYSE_DATA_DIR):/home/jovyan/ecobalyse-private -e ECOBALYSE_DATA_DIR=/home/jovyan/ecobalyse-private/ -w /home/jovyan/ecobalyse/data $(NAME) $(1); fi
+  docker run --rm -it -v $(NAME):/home/jovyan -v $$PWD/../:/home/jovyan/ecobalyse -v $$PWD/../../dbfiles/:/home/jovyan/dbfiles -v $(ECOBALYSE_DATA_DIR):/home/jovyan/ecobalyse-private -e ECOBALYSE_DATA_DIR=/home/jovyan/ecobalyse-private/ -w /home/jovyan/ecobalyse/data $(NAME) $(1); fi
 endef
 
 all: import export
-import : image import_agribalyse import_ecoinvent import_method sync_datapackages
+import : image import_food import_ecoinvent import_method sync_datapackages
 export: export_food format
 
 image:
 	docker build -t $(NAME) docker
 
-import_agribalyse:
-	@$(call DOCKER,python3 import_agribalyse.py --recreate-activities)
+import_food:
+	@$(call DOCKER,python3 import_food.py --recreate-activities)
 
 import_method:
 	@$(call DOCKER,python3 import_method.py)
@@ -64,12 +64,12 @@ jupyter_password:
 start_notebook:
 	@docker run --rm -it -d \
     -v $(NAME):/home/jovyan \
+    -v $$PWD/../../dbfiles:/home/jovyan/dbfiles \
     -v $$PWD/../:/home/jovyan/ecobalyse \
     -v $(ECOBALYSE_DATA_DIR):/home/jovyan/ecobalyse-private \
     -e ECOBALYSE_DATA_DIR=/home/jovyan/ecobalyse-private/ \
     -e JUPYTER_PORT=$(JUPYTER_PORT) \
     -e JUPYTER_ENABLE_LAB=yes \
-    -w /home/jovyan/ecobalyse/data \
     -p $(JUPYTER_PORT):$(JUPYTER_PORT) \
     --name $(NAME) \
     $(NAME) start-notebook.sh --collaborative

data/README.md

@@ -6,8 +6,8 @@ Comment générer les données json utilisées par le frontal elm :
 - Si vous êtes sur Mac avec architecture ARM, affectez 6Go de RAM à Docker dans Docker Desktop :
   Settings → Ressources → Advanced → Memory = 6G
 - Préparez les bases de données à importer, elle ne font pas partie du dépôt :
-  - Agribalyse : compressé dans un fichier `AGB3.1.1.20230306.CSV.zip` dans ce dossier data/
-  - Autres bases alimentaire : consultez les noms de fichier dans `import_agribalyse.py`
+  - Agribalyse : compressé dans un fichier `AGB3.1.1.20230306.CSV.zip` dans un dossier `dbfiles/` au dessus du dépôt
+  - Autres bases alimentaire : consultez les noms de fichier dans `import_food.py`
   - Ecoinvent : décompressé dans un dossier `ECOINVENT3.9.1` dans ce même dossier
 - Lancez **`make`** ce qui va successivement :
   - construire l'image docker ;
@@ -20,12 +20,12 @@ d'abord un `make clean_data` (qui supprime le volume docker).
 ## Autres commandes :
 
 - `make image` : pour construire l'image docker choisie
-- `make import_agribalyse` : pour importer les bases de données alimentaire dans Brightway.
-  Assurez-vous d'avoir les bon fichiers de données dans `data/`
-- `make import_ecoinvent` : pour importer Ecoinvent 3.9.1. dans Brightway. Assurez-vous
-  d'avoir le bon dossier de données dans `data/`
+- `make import_food` : pour importer les bases de données alimentaire dans Brightway.
+  Assurez-vous d'avoir les bon fichiers de données dans `dbfiles/` au dessus du dépôt
+- `make import_ecoinvent` : pour importer Ecoinvent 3.9.1. dans Brightway.
+  Assurez-vous d'avoir le bon dossier de données dans `dbfiles/` au dessus du dépôt
 - `make import_method` : pour importer EF 3.1 adapted dans Brightway.
-  Assurez-vous d'avoir le bon fichier de données dans `data/`
+  Assurez-vous d'avoir le bon fichier de données dans `dbfiles/` au dessus du dépôt
 - `make export_food` : pour exporter les json pour le builder alimentaire
 - `make delete_database DB=<dbname>` : pour supprimer une base de données (Ex avec espace: make delete_database DB="Ecoinvent\ 3.9.1")
 - `make delete_method` : pour supprimer la méthode EF3.1

data/common/import_.py

@@ -175,6 +175,7 @@ def import_simapro_csv(
     dbname,
     biosphere=BIOSPHERE,
     migrations=[],
+    first_strategies=[],
     excluded_strategies=[],
     other_strategies=[],
     source=None,
@@ -186,10 +187,10 @@ def import_simapro_csv(
     # unzip
     with ZipFile(datapath) as zf:
         print("### Extracting the zip file...")
-        zf.extractall()
+        zf.extractall(path=os.path.dirname(datapath))
         unzipped = datapath[0:-4]
 
-    if "AGB3.1.1" in datapath:
+    if "AGB" in datapath:
         print("### Patching Agribalyse...")
         # `yield` is used as a variable in some Simapro parameters. bw2parameters cannot handle it:
         # (sed is faster than Python)
@@ -221,11 +222,16 @@ def import_simapro_csv(
 
     print("### Applying strategies...")
     # exclude strategies/migrations
-    database.strategies = [
-        s
-        for s in database.strategies
-        if not any([e in repr(s) for e in excluded_strategies])
-    ] + other_strategies
+    database.strategies = (
+        first_strategies
+        + [
+            s
+            for s in database.strategies
+            if not any([e in repr(s) for e in excluded_strategies])
+        ]
+        + other_strategies
+    )
+
     database.apply_strategies()
     database.statistics()
     # try to link remaining unlinked technosphere activities

data/docker/Dockerfile

@@ -1,8 +1,8 @@
 FROM jupyter/minimal-notebook:notebook-7.0.6
 
-ENV BRIGHTWAY2_DIR /home/$NB_USER/data
-ENV BRIGHTWAY2_DOCKER 1
-ENV BRIGHTWAY2_OUTPUT_DIR /home/$NB_USER/output
+ENV BRIGHTWAY2_DIR=/home/$NB_USER/data
+ENV BRIGHTWAY2_DOCKER=1
+ENV BRIGHTWAY2_OUTPUT_DIR=/home/$NB_USER/output
 ENV XDG_CACHE_HOME="/home/${NB_USER}/.cache/"
 
 USER $NB_USER

data/docker/entrypoint.sh

@@ -12,7 +12,4 @@ fi
 mkdir -p /home/jovyan/.npm
 chown -R jovyan:100 "/home/jovyan/.npm"
 
-# Clear npm cache
-su jovyan -c "npm cache clean --force"
-
 exec gosu jovyan "$@"

data/import_ecoinvent.py

@@ -1,13 +1,16 @@
 #!/usr/bin/env python3
 
 
+from os.path import join
+
 import bw2data
 import bw2io
 from bw2data.project import projects
 from common.import_ import add_missing_substances, import_simapro_csv
 
 # Ecoinvent
-DATAPATH = "./Ecoinvent3.9.1.CSV.zip"
+EI391 = "./Ecoinvent3.9.1.CSV.zip"
+EI310 = "./Ecoinvent3.10.CSV.zip"
 BIOSPHERE = "biosphere3"
 PROJECT = "default"
 
@@ -20,7 +23,13 @@ def main():
     add_missing_substances(PROJECT, BIOSPHERE)
 
     if (db := "Ecoinvent 3.9.1") not in bw2data.databases:
-        import_simapro_csv(DATAPATH, db)
+        import_simapro_csv(join("..", "..", "dbfiles", EI391), db)
+    else:
+        print(f"{db} already imported")
+
+    if (db := "Ecoinvent 3.10") not in bw2data.databases:
+        import_simapro_csv(join("..", "..", "dbfiles", EI310), db)
+
     else:
         print(f"{db} already imported")
 

data/import_agribalyse.py → data/import_food.py

@@ -3,6 +3,7 @@
 import argparse
 import copy
 import functools
+from os.path import join
 
 import bw2data
 import bw2io
@@ -15,7 +16,8 @@
 )
 
 PROJECT = "default"
-AGRIBALYSE = "AGB3.1.1.20230306.CSV.zip"  # Agribalyse
+AGRIBALYSE31 = "AGB3.1.1.20230306.CSV.zip"  # Agribalyse 3.1
+AGRIBALYSE32 = "AGB32beta_08082024.CSV.zip"  # Agribalyse 3.2
 GINKO = "CSV_369p_et_298chapeaux_final.csv.zip"  # additional organic processes
 PASTOECO = [
     "CONVEN~1.CSV.zip",
@@ -178,6 +180,19 @@ def remove_negative_land_use_on_tomato(db):
     return new_db
 
 
+def remove_some_processes(db):
+    """Some processes make the whole import fail
+    due to inability to parse the Input and Calculated parameters"""
+    new_db = []
+    for ds in db:
+        new_ds = copy.deepcopy(ds)
+        if ds.get("simapro metadata", {}).get("Process identifier") not in (
+            "EI3CQUNI000025017103662",
+        ):
+            new_db.append(new_ds)
+    return new_db
+
+
 GINKO_STRATEGIES = [
     remove_negative_land_use_on_tomato,
     remove_azadirachtine,
@@ -205,12 +220,25 @@ def remove_negative_land_use_on_tomato(db):
     bw2io.bw2setup()
     add_missing_substances(PROJECT, BIOSPHERE)
 
-    # AGRIBALYSE
+    # AGRIBALYSE 3.1.1
     if (db := "Agribalyse 3.1.1") not in bw2data.databases:
         import_simapro_csv(
-            AGRIBALYSE,
+            join("..", "..", "dbfiles", AGRIBALYSE31),
+            db,
+            migrations=AGRIBALYSE_MIGRATIONS,
+            excluded_strategies=EXCLUDED,
+            other_strategies=AGB_STRATEGIES,
+        )
+    else:
+        print(f"{db} already imported")
+
+    # AGRIBALYSE 3.2
+    if (db := "Agribalyse 3.2 beta 08/08/2024") not in bw2data.databases:
+        import_simapro_csv(
+            join("..", "..", "dbfiles", AGRIBALYSE32),
             db,
             migrations=AGRIBALYSE_MIGRATIONS,
+            first_strategies=[remove_some_processes],
             excluded_strategies=EXCLUDED,
             other_strategies=AGB_STRATEGIES,
         )
@@ -220,14 +248,16 @@ def remove_negative_land_use_on_tomato(db):
     # PASTO ECO
     if (db := "PastoEco") not in bw2data.databases:
         for p in PASTOECO:
-            import_simapro_csv(p, db, excluded_strategies=EXCLUDED)
+            import_simapro_csv(
+                join("..", "..", "dbfiles", p), db, excluded_strategies=EXCLUDED
+            )
     else:
         print(f"{db} already imported")
 
     # GINKO
     if (db := "Ginko") not in bw2data.databases:
         import_simapro_csv(
-            GINKO,
+            join("..", "..", "dbfiles", GINKO),
             db,
             excluded_strategies=EXCLUDED,
             other_strategies=GINKO_STRATEGIES,
@@ -238,13 +268,17 @@ def remove_negative_land_use_on_tomato(db):
 
     # CTCPA
     if (db := "CTCPA") not in bw2data.databases:
-        import_simapro_csv(CTCPA, db, excluded_strategies=EXCLUDED)
+        import_simapro_csv(
+            join("..", "..", "dbfiles", CTCPA), db, excluded_strategies=EXCLUDED
+        )
     else:
         print(f"{db} already imported")
 
     # WFLDB
     if (db := "WFLDB") not in bw2data.databases:
-        import_simapro_csv(WFLDB, db, excluded_strategies=EXCLUDED)
+        import_simapro_csv(
+            join("..", "..", "dbfiles", WFLDB), db, excluded_strategies=EXCLUDED
+        )
     else:
         print(f"{db} already imported")
 

data/import_method.py

@@ -24,7 +24,7 @@
 # Agribalyse
 BIOSPHERE = "biosphere3"
 METHODNAME = "Environmental Footprint 3.1 (adapted) patch wtu"  # defined inside the csv
-METHODPATH = METHODNAME + ".CSV.zip"
+METHODPATH = os.path.join("..", "..", "dbfiles", METHODNAME + ".CSV.zip")
 
 # excluded strategies and migrations
 EXCLUDED_FOOD = [

lib/index.js

@@ -71,6 +71,8 @@ function getDataFiles(dataDir) {
   return {
     foodDetailed: checkFile(`${dataDir}/data/food/processes_impacts.json`),
     foodNoDetails: "public/data/food/processes.json",
+    objectDetailed: checkFile(`${dataDir}/data/object/processes_impacts.json`),
+    objectNoDetails: "public/data/object/processes.json",
     textileDetailed: checkFile(`${dataDir}/data/textile/processes_impacts.json`),
     textileNoDetails: "public/data/textile/processes.json",
   };