Cleanup before a distribution

Dfam-consortium · Nov 20, 2018 · 9564d95 · 9564d95
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commit 9564d95
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Showing 43 changed files with 123 additions and 261 deletions.
diff --git a/ArrayList.pm b/ArrayList.pm
@@ -29,10 +29,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: ArrayList.pm,v $
-#     Revision 1.59  2017/02/01 21:01:53  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 # To Do:

diff --git a/ArrayListIterator.pm b/ArrayListIterator.pm
@@ -26,10 +26,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: ArrayListIterator.pm,v $
-#     Revision 1.42  2017/02/01 21:01:53  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 # To Do:

diff --git a/CrossmatchSearchEngine.pm b/CrossmatchSearchEngine.pm
@@ -25,10 +25,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: CrossmatchSearchEngine.pm,v $
-#     Revision 1.111  2017/02/01 21:01:53  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 # To Do:
@@ -278,7 +275,7 @@ sub setPathToEngine {
 
 ##-------------------------------------------------------------------------##
 sub getParameters {
-  my $this           = shift;
+  my $this = shift;
 
   # Test if engine is available
   my $engine = $this->getPathToEngine();
@@ -330,6 +327,7 @@ sub getParameters {
     $parameters .= " -masklevel $value" if ( $value > 0 );
   }
   if ( ( $value = $this->getMatrix() ) ) {
+
     # test if matrix exists
     if ( -f $value ) {
       $parameters .= " -matrix $value";
@@ -385,6 +383,7 @@ sub search {
   my %nameValuePairs = @_;
 
   if ( %nameValuePairs ) {
+
     # TODO: Consider deprecating this way of setting up the object
     while ( my ( $name, $value ) = each( %nameValuePairs ) ) {
       my $method = "set" . _ucFirst( $name );
@@ -401,6 +400,7 @@ sub search {
   # Get matrix name for post-processing results
   my @matrixName = ();
   if ( ( my $value = $this->getMatrix() ) ) {
+
     # test if matrix exists
     if ( -f $value ) {
       my @path = split( /[\\\/]/, $value );

diff --git a/DFAMRecord.pm b/DFAMRecord.pm
@@ -20,10 +20,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: DFAMRecord.pm,v $
-#     Revision 1.19  2017/02/01 21:01:53  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 #

diff --git a/DateRepeats b/DateRepeats
@@ -21,10 +21,7 @@
 #
 # ChangeLog
 #
-#   $Log: DateRepeats,v $
-#   Revision 1.93  2017/02/01 21:01:53  rhubley
-#   Cleanup before a distribution
-#
+#   $Log$
 #
 ###############################################################################
 #

diff --git a/DeCypherSearchEngine.pm b/DeCypherSearchEngine.pm
@@ -26,10 +26,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: DeCypherSearchEngine.pm,v $
-#     Revision 1.49  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 # To Do:

diff --git a/FastaDB.pm b/FastaDB.pm
@@ -57,10 +57,7 @@
 ################################################################################
 # ChangeLog:
 #
-#   $Log: FastaDB.pm,v $
-#   Revision 1.107  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#   Cleanup before a distribution
-#
+#   $Log$
 #
 ################################################################################
 #

diff --git a/HMMERSearchEngine.pm b/HMMERSearchEngine.pm
@@ -25,10 +25,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: HMMERSearchEngine.pm,v $
-#     Revision 1.40  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 # To Do:
@@ -509,14 +506,14 @@ sub search {
   print "HMMER returned a the following result code >$resultCode<\n"
       if ( $this->getDEBUG() );
 
-  ## 
+  ##
   ## DEBUGING for Kaitlin
   ##
-  #if ( $resultCode )
-  #{
-  #  my $lowerCode = ( $? & 255 );
-  #  print "ERROR returned from nhmmer invocation: 16bit code = $?, high 8bits = $resultCode, lower 8bits = $lowerCode,  error file = $errFile, output file = $outFile\n";
-  #}
+#if ( $resultCode )
+#{
+#  my $lowerCode = ( $? & 255 );
+#  print "ERROR returned from nhmmer invocation: 16bit code = $?, high 8bits = $resultCode, lower 8bits = $lowerCode,  error file = $errFile, output file = $outFile\n";
+#}
 
   print $CLASS
       . "::search: "

diff --git a/Libraries/RepeatAnnotationData.pm b/Libraries/RepeatAnnotationData.pm
diff --git a/LibraryUtils.pm b/LibraryUtils.pm
@@ -20,10 +20,7 @@
 #
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: LibraryUtils.pm,v $
-#     Revision 1.6  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 #

diff --git a/Matrix.pm b/Matrix.pm
@@ -26,10 +26,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: Matrix.pm,v $
-#     Revision 1.21  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 # To Do:

diff --git a/NCBIBlastSearchEngine.pm b/NCBIBlastSearchEngine.pm
@@ -25,14 +25,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: NCBIBlastSearchEngine.pm,v $
-#     Revision 1.48  2017/04/17 19:01:11  rhubley
-#       - Allow number of cores to be set with RMBlast
-#       - Deprecate -int and -low options
-#
-#     Revision 1.47  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 # To Do:
@@ -476,8 +469,8 @@ sub getParameters {
   #       on?
   if ( defined( $value = $this->getCores() ) ) {
     $parameters .= " -num_threads $value ";
-  }else
-  {
+  }
+  else {
     $parameters .= " -num_threads 4 ";
   }
 
@@ -610,12 +603,13 @@ sub search {
   my $outFile = $outputDirName . "/ncResults-$currentTime-$$.out";
 
   # TODO DEBUGGING
-  if ( $this->getDEBUG )
-  {
-    system("cp " . $this->getQuery() . " $outputDirName" . "/before-$currentTime-$$.fa" );
+  if ( $this->getDEBUG ) {
+    system(   "cp "
+            . $this->getQuery()
+            . " $outputDirName"
+            . "/before-$currentTime-$$.fa" );
   }
 
-
   open OUT, ">$outFile";
   while ( <$POUTPUT> ) {
     print OUT $_;

diff --git a/NCBIBlastXSearchEngine.pm b/NCBIBlastXSearchEngine.pm
@@ -25,10 +25,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: NCBIBlastXSearchEngine.pm,v $
-#     Revision 1.22  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 # To Do:

diff --git a/PRSearchResult.pm b/PRSearchResult.pm
@@ -19,10 +19,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: PRSearchResult.pm,v $
-#     Revision 1.29  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 # To Do:

diff --git a/ProcessRepeats b/ProcessRepeats
@@ -27,10 +27,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#   $Log: ProcessRepeats,v $
-#   Revision 1.279  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#   Cleanup before a distribution
-#
+#   $Log$
 #
 ###############################################################################
 #
@@ -2552,7 +2549,7 @@ CYCLE3:
         ##        matrix is also fixed to the average GC background rather
         ##        than the actual GC bin used to identify the original alignment.
         ##        Original alignment search parameters:
-        ##              180 cutoff, 
+        ##              180 cutoff,
         ##              7-11 minmatch,
         ##              18p## matrix,
         ##              -30 gap open,
@@ -6100,8 +6097,8 @@ sub generateOutput {
     printf $OUT "  have been counted as one element\n";
     printf $OUT "%54s\n", $exclnote;
     printf $OUT "\n";
-    if ( $options{'species'} ) 
-    {
+
+    if ( $options{'species'} ) {
       printf $OUT "The query species was assumed to be %-14s\n",
           $options{'species'};
     }
@@ -7647,8 +7644,7 @@ sub joinDNATransposonFragments {
     # Fake a range if hit name
     my @curRanges = ();
     if ( $curName eq $curHitName ) {
-      if ( $chainEndHash->{ $currentAnnot->getPRID() } )
-      {
+      if ( $chainEndHash->{ $currentAnnot->getPRID() } ) {
         push @curRanges,
             {
               'start'   => 1,

diff --git a/PubRef.pm b/PubRef.pm
@@ -20,10 +20,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: PubRef.pm,v $
-#     Revision 1.46  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 #

diff --git a/RepbaseRecord.pm b/RepbaseRecord.pm
@@ -20,10 +20,7 @@
 ###############################################################################
 # ChangeLog
 #
-#     $Log: RepbaseRecord.pm,v $
-#     Revision 1.46  2017/02/01 21:01:54  rhubley
-#     Cleanup before a distribution
-#
+#     $Log$
 #
 ###############################################################################
 #