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-#  Anotación de tipos celulares
+# Anotación de tipos celulares
 
 Erick Cuevas
 
@@ -7,8 +7,86 @@ Erick Cuevas
 ## Diapositivas
 
 [
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 ```{r,echo=FALSE}
 knitr::include_url("https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2023/brett_talk.pdf", height = "380px")
 ```
-](https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2023/brett_talk.pdf)
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+](<https://comunidadbioinfo.github.io/cdsb2023/brett_talk.pdf>)
+
+<style>
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+div.color { 
+border-radius: 5px; 
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+
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+display: flex;
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+text-align:center;
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+
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+margin: 30px 0px 30px;
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+
+div.alert{color:#bd475d; background-color:transparent}
+</style>
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+# Introducción
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+El análisis de secuenciación de ARN a nivel de célula única (scRNAseq) ha revolucionado nuestra capacidad para estudiar la heterogeneidad celular en diversos tejidos y condiciones. A diferencia de la secuenciación de ARN tradicional, que proporciona información promedio de todas las células en una muestra, el scRNAseq permite el estudio detallado de la expresión génica en células individuales. Esto ha abierto puertas a descubrimientos sin precedentes en biología celular, permitiendo identificar nuevos tipos celulares, estados transicionales y vías de señalización específicas de células.
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+Dentro de este contexto, la anotación de clusters en scRNAseq es esencial. Una vez que se han identificado grupos o "clusters" de células con perfiles de expresión similares, es crucial determinar qué representan estas agrupaciones en términos biológicos. Es aquí donde entra en juego la anotación.
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+## Motivación
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+-   **Identificación de Tipos y Subtipos Celulares:** La principal motivación para anotar clusters es identificar y etiquetar tipos y subtipos celulares específicos dentro de una muestra. Esto es fundamental para entender la composición celular de un tejido y cómo esta composición puede cambiar en diferentes condiciones, como en enfermedades.
+-   **Entender la Función Celular**: Al anotar clusters, no solo identificamos qué tipo de célula es, sino que también podemos inferir su función actual basándonos en su perfil de expresión génica.
+-   **Descubrimiento de Nuevos Tipos Celulares:** En algunos casos, la anotación puede revelar grupos de células que no se ajustan a tipos celulares conocidos, lo que indica la posible existencia de un tipo celular previamente no descrito.
+-   **Base para Análisis Posteriores:** Una vez que se han anotado los clusters, se pueden realizar análisis más detallados, como estudios de vías de señalización, análisis de reguladores maestros o estudios de interacción celular.
+-   **Comparación Entre Muestras y Condiciones:** La anotación permite comparar la composición celular entre diferentes muestras, tejidos o condiciones, lo que es esencial para estudios comparativos y de enfermedades.
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+## Aproximaciones para anotar
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+1. Modo artistico. Usando conocimiento previo de genes marcadores ya publicados.
+2. Usando referencias de conjuntos de datos ya anotados.
+3. Combinando el modo artistico con referencias. 
+4. Anclas con Seurat.
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+## Paqueterías de R mas "famosas" para anotar
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+- [SingleR](https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/SingleR/inst/doc/SingleR.html)
+- [scCATCH](https://github.com/ZJUFanLab/scCATCH)
+- [cellassign](https://github.com/Irrationone/cellassign)
+- [SCINA](https://github.com/jcao89757/SCINA)
+- [Garnett](https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/)
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+## Paqueterías de R con conjuntos de datos de referencia
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+- [SeuratData](https://satijalab.org/seurat/)
+- [celldex](http://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/vignettes/celldex/inst/doc/userguide.html)
+- [scRNAseq](https://bioconductor.org/packages/3.17/data/experiment/vignettes/scRNAseq/inst/doc/scRNAseq.html)
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+Otros sitios interesantes para obtener conjuntos de datos de referencia: 
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+- [Azimuth](https://azimuth.hubmapconsortium.org/)
+- [Single Cell Expression Atlas](https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home)
+- [GLIASEQ](https://www.liddelowlab.com/gliaseq)
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