Repositorio de Ciencia Reproducible del Capítulo Red de transmisión y vigilancia de farmacorresistencia del VIH en la CDMX

Introducción y objetivo

Este repositorio se desarrollo con el proposito de que las personas usuarias puedan reproducir la información (visualizaciones) de una forma similar a la que se encuentran en el capítulo Red de transmisión y vigilancia de farmacorresistencia del VIH en la CDMX que pertenece al Ecosistema Nacional Informático de Salud.

Para ello, 1) facilita la descarga de los datos directemante desde le portal, 2) lleva a cabo modificaciones a la base de datos descargada y extrae calculos necesarios para crear vizualizaciones y 3) finalmente proporciona un ejemplo de código que permite construir las diferentes visualizaciones que se muestran en el portal en la sección de Red yEstadísticas utilizando bibliotecas de Python.

La información mostrada en el sitio es obtenida y proporcionada por la Clínica Especializado Condesa en colaboración con el Centro de Investigación de Enfermedades Infecciosas y el Centro Nacional para la Prevención y control del VIH/SIDA, dicha información aporta conocimiento acerca de la red de transmisión de VIH en la Ciudad de México y su área Metropolitana.

Para poder reproducir las visualizaciones es necesario que todas las dependencias del repositorio estén instaladas (ver más adelante) e ir reproduciendo cada cuaderno integrado en la carpeta "procesamiento" en orden ascendente:

Requerimientos e instalación

Para instalar las bibliotecas y dependencias de este proyecto se puede utilizar cualquiera de los siguientes archivos:

• Pipfile usando pipenv.
• requirements.txt para instalar mediante pip o utilizando conda.

Las bibliotecas principales para ejecutar el procesamieto son:

• Python (versión 3.10)
• pandas (1.4.4)
• openpyxl (3.1.0)
• geopandas (0.12.2)
• rich (13.3.1)
• thefuzz (0.19.0)
• unidecode (1.3.6)
• levenshtein (0.20.9)

Para instalar dependencias con pipenv

• Inicar entorno con pipenv y paquetes

pip install pipenv
pipenv shell --python 3.10
python -m pip install --upgrade pip
pip install -r requirements.txt

• Salir del entorno virtual

exit

• Si se quiere eliminar entorno virtual pipenv

pipenv --rm

Para instalar dependencias con conda

• Al crear el entorno virtual

conda create --name <nombre_del_ambiente> --file requirements.txt

• En caso de que el ambiente virtual ya exista

conda install --file requirements.txt

Estructura del repositorio

El repositorio se encuentra dividido en las siguientes carpetas:

• datos: Carpeta donde se encuentran los datos de entrada y salida de los procesamientos.
  • datos_originales: Carpeta donde se descargaran los datos del portal.
  • datos_procesados: Carpeta donde se encuentran los datos de salida generados a partir del notebook "01_descarga" y que se utilizaran en el resto de los procesamintos.
  • imagenes: Guarda las imágenes de referencia del portal.
  • procesamiento: Carpeta donde se encuentran los notebooks de procesamiento.

y los siguientes archivos:

• README.md: Archivo que contiene la información del repositorio.
• requirements.txt: Archivo que contiene las dependencias del proyecto.
• Pipfile: Archivo que contiene las dependencias del proyecto en versión pipenv.
• Pipfile.lock: Archivo que contiene todas las dependencias y subdependencias del proyecto para pipenv.

Descripción detallada de los cuadernos

01_descarga

Este cuaderno contiene el código necesario para descargar los datos desde el portal sección: Datos. Posteriormente extrae los datos de la carpeta en formato ZIP descargada y genera las columnas de datos necesarias para los procesamientos porteriores. Al finalizar el proceso se generan los siguientes archivos en formato csv:

• nodos.csv
• enlaces.csv
• sig_nodos.csv

02_bigotes

Este cuaderno genera las visualizaciones de: I. Conteo de linfocitos con respecto a edad / II. Carga viral por rango de edad

03_barras_simples.ipynb

Este cuaderno calcula el promedio de la carga viral (cv) y del conteo de linfocitos (CD4_A) para diferentes rangos de edad partir de los datos descargados del portal y genera las visualizaciones de: I. Distribución del conteo de linfocitos T CD4+ / II. Distribución de la carga viral

04_linea_tiempo

Este cuaderno contiene el código para el calculo la cantidad de pacientes presentan resistencia a algún antirretroviral a partir de los datos descargados del portal y genera la visualización de: I. Cambio en la proporción de participantes con resistencia a antirretrovirales a través del tiempo. Además, calcula la cantidad de participantes que pertenecen a un conglomerado y el número de conglomerados a través del tiempo y genera las visualizaciones de: II. Participantes que conforman un conglomerado y III. Número de conglomerados en el tiempo.

05_barras_apiladas

Este cuaderno contiene el código para el calculo del número de participantes que cuentan con seguridad social segun su género y crea la visualización de: I. Segiridad social con respecto al género y II. Resistencia a antirretrovirales.

06_violines

Este cuaderno contiene el código para el calculo de los participantes que cuentan con algún tipo de seguridad social segun su edad y crea la visualización de: I. Segiridad social con respecto a la edad y II. Resistencia a antirretrovirales con respecto a la edad.

Licencia

SOFTWARE LIBRE Y ESTÁNDARES ABIERTOS

Sisdai está alineado a las disposiciones establecidas por la Coordinación de Estrategia Digital Nacional (DOF: 06/09/2021) en donde se estipula que las "políticas y disposiciones tienen como objetivo fortalecer el uso del software libre y los estándares abiertos, fomentar el desarrollo de aplicaciones institucionales con utilidad pública, lograr la autonomía, soberanía e independencia tecnológicas dentro de la APF".