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La función del script es analizar imágenes de fluorescencia de una muestra biológica registrada en un microscopio confocal con tres canales que representan distintos marcadores intracelulares. Se busca encontrar co-localizaciones entre distintos pares de marcadores y entre los tres a la vez para cuantificar cuánto de uno de los marcadores se encuentra libre y cuánto se encuentra asociado a uno de los marcadores o a los otros dos marcadores en simultáneo. Este trabajo se hizo en el marco de un aporte a un compañero que esta cursando su doctorado en Biología Molecular y que resultó de ayuda en el análisis de muestras para aportar información a un paper científico posteriormente publicado en la revista
1-Instalar anaconda (https://www.anaconda.com/download) 2-Crear una carpeta nueva en un destino accesible por el usuario. 2-Crear un entorno conda con python 3.9 (conda create --prefix "ruta_carpeta_nueva" python=3.9) 3-Activar el entorno. (conda activate "ruta_carpeta_nueva") 4-Instalar las librerias requeridas:
- OpenCv: conda install -c conda-forge opencv
- MatplotLib: conda install matplotlib
5-Clonar dentro de la carpeta nueva este repositorio.
6-Correr el programa python posicionados dentro de la carpeta clonada.(python Application.py)
obs: Las imágenes de prueba se toman de la carpeta Imagenes_Entrada y los resultados (imagenes cruzadas + .txt con áreas medidas) en la carpeta Resultados.