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GIE/Ecology/Eol2App/CEFE/server.R

@@ -0,0 +1,206 @@
+#
+# Mortalité éoliennes [2]
+# Partie Server
+#
+
+library(shiny)
+
+# Define server logic required to draw a histogram
+shinyServer(function(input, output) {
+
+  ##------------------------##
+  # la fonction suivante se déclenche avec un clic sur le bouton GO,
+  # effectue 1000 simulations et 
+  # renvoie un dataframe de 5 variables x 1000 valeurs
+  ##------------------------##
+  simul <- eventReactive(input$go, {
+
+    # nombre de visites sur le terrain
+    Nvisites<-input$Nvisites
+    # intervale de temps entre les visites
+    l<-input$l
+    # nombre de cadavres posés pour le test de persistence
+    Nind<-input$Nind
+    # taux de détection des cadavres
+    d<-input$d 	# detection
+    # nombre de cadavres posés pour le test de détection
+    size<-input$size
+    # taux de persistence quotidien des cadavres
+    p<-input$p		# persistence quotidienne
+    # nombre de mortalités attendues par an
+    Natt<-input$Natt
+    # nombre de simulations 
+    Nboot<-input$Nboot
+
+    ##------------------------##
+    # script de simulations	
+    ##------------------------##
+    Njour<-Nvisites*l+100
+    Ncad<-Natt/365 	# nombre de cadavres moyen par jour
+
+    d_estim<-rep(0,Nboot)
+    Mortboot<-rep(0,Nboot)
+    t<-rep(0,Nboot)
+    ptemp<-rep(0,Nboot)
+    p_estim<-rep(0,Nboot)
+    Huso<-rep(0,Nboot)
+    Winkelmann<-rep(0,Nboot)
+    Erickson<-rep(0,Nboot)
+    Jones<-rep(0,Nboot)
+    Mort_true_interval<-rep(0,Nboot)
+
+    ## debut des bootstrap
+    withProgress(message = 'Bootstrap progression : ', value=0, {
+
+      for (boot in 1:Nboot) {
+        ###################################
+        # simulation - nombre de cadavres détectés
+        ###################################
+        Mort_an<-rpois(Njour,Ncad)
+        Ntotmort<-sum(Mort_an)
+        histM<-matrix(0,ncol=Njour,nrow=Ntotmort)
+        first<-rep(0,Ntotmort)
+        last<-rep(0,Ntotmort)
+        done<-0
+
+        for (j in 1:(Njour-1)) {
+          Nnew<-Mort_an[j]
+          if(Nnew>0) {
+            histM[(done+1):(done+Nnew),j]<-1
+            first[(done+1):(done+Nnew)]<-j
+            done<-done+Nnew
+          }
+          if (done>0) {
+            for (i in 1:done) {
+              if (histM[i,j]>0) {
+                histM[i,(j+1)]<-rbinom(1,histM[i,j],p)
+                if (histM[i,(j+1)]==0){
+                  last[i]<-j
+                }
+              }
+            }
+          }
+        }
+
+        init<-5
+        Sample_visites<-seq(init,(init+(l*(Nvisites-1))),length.out=Nvisites)
+        Mort_visites<-histM[,Sample_visites]
+        histdetect<-matrix(0,nrow=Ntotmort,ncol=Nvisites)
+        for (i in 1:Ntotmort) {
+          for (j in 1:Nvisites) {
+            if (Mort_visites[i,j]>0){
+              histdetect[i,j]<-rbinom(1,Mort_visites[i,j],d)
+            }
+          }
+        }
+
+        Mort_detect<-sum(rowSums(histdetect)>0)
+        Mortboot[boot]<-Mort_detect
+        Mort_true_interval[boot]<-sum(Mort_an[init:(init+(l*(Nvisites-1)))])
+
+        ###################################
+        ##  simulation estimation detect
+        ###################################
+        Ndetect<-sum(rbinom(size,1,d))
+        d_estim[boot]<-Ndetect/size
+
+        ###################################
+        # simulation estimation persistence
+        ###################################
+
+
+        NjourP<-100
+        hist<-matrix(0,nrow=Nind,ncol=NjourP)
+        last<-rep(1,Nind)
+        hist[,1]<-1
+        for (i in 1:Nind) {
+          for (j in 2:NjourP) {
+            hist[i,j]<-rbinom(1,hist[i,(j-1)],p)
+            if (hist[i,j]==1) {
+              last[i]<-j
+            }
+          }
+        }
+        last<-last-1
+        p_estim[boot]<-sum(last>l)/Nind
+        t[boot]<-mean(last) # durée de vie moyenne d'un cadavre
+
+
+        ### calculs Huso
+        if ((-log(0.01)*t[boot])>=l){
+          e_hat<-1
+        }
+        if ((-log(0.01)*t[boot])<l){
+          e_hat<-((-log(0.01)*t[boot])/l)
+        }
+        ptemp[boot]<-t[boot]*(1-exp(-(l/t[boot])))/l
+        Huso[boot]<-Mortboot[boot]/(d_estim[boot]*ptemp[boot]*e_hat)
+        Winkelmann[boot]<-Mortboot[boot]/(p_estim[boot]*d_estim[boot])
+        Erickson[boot]<-l*Mortboot[boot]/(t[boot]*d_estim[boot])
+        Jones[boot]<-Mortboot[boot]/(d_estim[boot]*exp(-0.5*(l/t[boot]))*e_hat)
+
+        # barre de progression Shiny (recalculee tous les 10 iterations)
+        if (boot%%10 == 0)
+          setProgress(boot/Nboot)
+      }
+      setProgress(1)
+    })
+    # fin des bootstrap
+    ##------------------------##
+
+    # valeur retour
+    data.frame(Huso, Erickson, Winkelmann, Jones, Mort_true_interval)
+  })
+
+  ##------------------------##
+  # rendu HTML résultats
+  output$quantiles <- renderTable({
+    df <- simul()
+    l <- nrow(df)
+    #nomcol <- c("Méthode" ,"Médiane", "IC 2.5", "IC 97.5", "IC 10", "IC 90","Proportion simulations sans Mortalité")
+    col1 <- c("Erickson", "Huso", "Winkelmann", "Jones")
+    col23456 <- rbind(
+      quantile(df$Erickson[df$Erickson<10000], probs=c(0.5,0.025,0.975, 0.1,0.9),na.rm = T),
+      quantile(df$Huso[df$Huso<10000], probs=c(0.5,0.025,0.975, 0.1,0.9),na.rm = T),
+      quantile(df$Winkelmann[df$Winkelmann<10000], probs=c(0.5,0.025,0.975, 0.1,0.9),na.rm = T),
+      quantile(df$Jones[df$Jones<10000], probs=c(0.5,0.025,0.975, 0.1,0.9),na.rm = T)
+    )
+    col7 <- c(
+      sum(df$Erickson==0,na.rm=T)/(l-sum(is.na(df$Erickson))),
+      sum(df$Huso==0,na.rm=T)/(l-sum(is.na(df$Huso))),
+      sum(df$Winkelmann==0,na.rm=T)/(l-sum(is.na(df$Winkelmann))),
+      sum(df$Jones==0,na.rm=T)/(l-sum(is.na(df$Jones)))
+    )
+    result <- data.frame(col1,col23456,col7)
+    colnames(result) <- c("Méthode" ,"Médiane", "IC 2.5", "IC 97.5", "IC 10", "IC 90","Proportion simulations sans Mortalité")
+    result
+  })
+
+  ##------------------------##
+  # rendu des graphiques
+  output$graphHuso <- renderPlot({
+    df <- simul()
+    hist(df$Huso, xlab="Estimation de la mortalité", ylab="fréquence sur les simulations", main="Formule de Huso")
+  })
+
+  output$graphErickson <- renderPlot({
+    df <- simul()
+    hist(df$Erickson, xlab="Estimation de la mortalité", ylab="fréquence sur les simulations", main="Formule de Erickson")
+  })
+
+  output$graphWinkelmann <- renderPlot({
+    df <- simul()
+    hist(df$Winkelmann, xlab="Estimation de la mortalité", ylab="fréquence sur les simulations", main="Formule de Winkelmann")
+  })
+
+  output$graphJones <- renderPlot({
+    df <- simul()
+    hist(df$Jones, xlab="Estimation de la mortalité", ylab="fréquence sur les simulations", main="Formule de Jones")
+  })
+
+  output$graphMortalite <- renderPlot({
+    df <- simul()
+    hist(df$Mort_true_interval, xlab="Nombre réeel de mortalités", ylab="fréquence sur les simulations", main="Mortalité réelle")
+  })
+
+})

GIE/Ecology/Eol2App/CEFE/ui.R

@@ -0,0 +1,61 @@
+#
+# Mortalité éoliennes [2]
+# Partie UI
+#
+
+library(shiny)
+
+# Define UI for application
+shinyUI(fixedPage(
+
+
+  # Application title
+  fluidRow(
+    column(width=3,img(src="cefe_160px.png", style="margin: 1rem auto;")),
+    column(width=9,h1("Préparer un protocole de suivi de mortalité"))
+  ),
+
+  wellPanel(
+    fluidRow(
+      column(width=6, 
+             numericInput('Nvisites', label='Nombre de visites sur le terrain = ', value=10, step=1),
+             numericInput('l', label='Intervalle de temps entre les visites = ', value=4, step=1),
+             numericInput('Natt', label='Nombre de mortalités attendues par an = ', value=80, step=5),
+             numericInput('Nboot', label='Nombre de simulations = ', value=1000, step=100)
+      ),
+      column(width=6,
+             numericInput('Nind', label='Nombre de cadavres posés pour le test de persistance = ', value=15, step=1),
+             numericInput('p', label='Taux de persistance quotidien des cadavres = ', value=0.75, step=0.05),
+             numericInput('size', label='Nombre de cadavres posés pour le test de détection = ', value=15, step=1),
+             numericInput('d', label='Taux de détection des cadavres = ', value=0.75, step=0.05)
+      )
+    ),
+    fluidRow(
+      column(width=6,
+             actionButton(inputId = "go", label = "SIMULER")
+      ),
+      column(width=6,
+             h4("A propos de cette page"),
+             p(HTML("•"), a(href="manuel_shiny.pdf", "Manuel d'utilisation")),
+             p(HTML("•"), a(href="estimations_de_mortalites.pdf", "Présentation sur l'estimation des mortalités"))
+      )
+    )
+  ),
+  fluidRow(
+    column(width=11,
+           h4("Estimations et leurs intervalles de confiance"),
+           tableOutput("quantiles")
+           )
+  ),
+  fluidRow(
+    column(width=6,
+           plotOutput("graphErickson"),
+           plotOutput("graphHuso")
+           ),
+    column(width=6,
+           plotOutput("graphWinkelmann"),
+           plotOutput("graphJones"),
+           plotOutput("graphMortalite")
+    )
+  )
+))

GIE/Ecology/Eol2App/Dockerfile

@@ -0,0 +1,12 @@
+FROM rocker/shiny:latest
+
+# Installing packages needed for check traffic on the container and kill if none
+RUN echo "force-unsafe-io" > /etc/dpkg/dpkg.cfg.d/02apt-speedup && \
+    echo "Acquire::http {No-Cache=True;};" > /etc/apt/apt.conf.d/no-cache && \
+    apt-get -qq update && apt-get install --no-install-recommends -y net-tools procps
+
+# Bash script to check traffic
+COPY CEFE /srv/shiny-server/sample-apps/CEFE
+ADD ./monitor_traffic.sh /monitor_traffic.sh
+COPY shiny-server.sh /usr/bin/shiny-server.sh
+CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]

GIE/Ecology/Eol2App/README.md

@@ -0,0 +1,3 @@
+# shiny-GIE-test
+Based on the work of https://github.com/65MO/Galaxy-E/tree/master/GIE/shiny-GIE-master
+

GIE/Ecology/Eol2App/monitor_traffic.sh

@@ -0,0 +1,10 @@
+#!/bin/bash
+
+while true; do
+    sleep 60
+
+    if [ `netstat -t | grep -v CLOSE_WAIT | grep ':3838' | wc -l` -lt 3 ]
+    then
+        pkill shiny-server
+    fi
+done

GIE/Ecology/Eol2App/shiny-server.sh

@@ -0,0 +1,10 @@
+#!/bin/sh
+
+# Make sure the directory for individual app logs exists
+mkdir -p /var/log/shiny-server
+chown shiny.shiny /var/log/shiny-server
+
+chmod +x /monitor_traffic.sh
+exec /monitor_traffic.sh &
+
+exec shiny-server 2>&1