Use msconvert in Linux or Mac - Miao Yu | 于淼

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Use msconvert in Linux or Mac
https://yufree.cn/en/2019/10/15/use-msconvert-in-linux-or-mac/

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Originally posted by 申祖涛 on 2021-01-20 03:23:32
Great!

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Originally posted by slum on 2022-08-31 12:37:02
我想问一下，我按您的代码转换数据，程序是能够运行，看到"writing output
file: ",但是却始终没有发现转化后的.mzML文件。

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Originally posted on 2022-09-01 00:40:13
如果默认的话原有mzML文件会跟原文件出现在同一位置，另外就是 -v
后面的文件位置映射到了镜像中的 data
文件夹下，所以输出也一定要在data文件夹下才会映射回原文件位置。

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Originally posted by slum on 2022-09-01 01:33:49
谢谢，现在可以了！

[Ran485]

"processing file: Exp_75min_15cm_500ng_20230914_F1_R1.RAW
[RawFileImpl::getInstrumentMethods()] Access to the path 'C:\users\root\Temp\tmpc7da.tmp' is denied.
Error processing file Exp_75min_15cm_500ng_20230914_F1_R1.RAW" 请教一下，这种错误该怎么解决呀，好像就是只有转“.raw”格式的文件的时候才会出现这个问题

[yufree]

Thermo的还是用他们自己出的ThermoRawFileParser来转换吧，msconvert对型号比较新的仪器转换存在问题。

[CXMMMMMM]

可以请问一下为什么 在Mac上开terminal运行, 一只都是permission denied呀
所有目录里的文件都是drwxrwxrwx了呀

[CXMMMMMM]

啊 对不 是另一个问题, 我要转化的是Waters的raw文件, 在M4 的 Mac OS上, 他总是提示匹配不到文件,
是我平台的问题吗
WARNING: The requested image's platform (linux/amd64) does not match the detected host platform (linux/arm64/v8) and no specific platform was requested
[msconvert] no files found matching "./Test_MSconvert/140324_008.RAW"

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是平台问题arm构架CPU没法用 另外你路径可能也有问题