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table.R
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#! /usr/bin/Rscript
#quanquan::[email protected]
# 按照比率，筛选物种，
Args=commandArgs(T)
#test#####################
setwd("E:/git/Rtable-CLI/test")
Args=c('input.tsv','out.tsv','select=list1.txt','order','normal=100','T')
if (length(Args)==0 | Args[1] %in% c('-h','-help') | length(Args)<3){
h=TRUE
cat("Rscript /t/r/r/table2.R input.tsv output.tsv [opts] \n\n",
'select=names.txt-提取列\n',
'normal=100-均一化到100(列的和)\n',
'T -转置\n',
'top=10 按个数筛选\n',
'az 正向排序\n',
'za 逆向排序\n',
'filter=10 按行的和筛选\n',
'filter>10 按行的和筛选\n',
'filter<10 按行的和筛选\n',
'filter=1&<10&=10 按行的和筛选\n',
'filter=1|<10|=10 按行的和筛选\n',
'rowsum (行和，不改变表格)\n',
'colsum (列和，不改变表格)\n',
'\n')
stop("开始吧！")
}
#
pickdata<-function(idata,file,rc='row'){
# 提取行或列 idata=data;file='col.txt';rc='row'
if(file.exists(file)){
if (rc=='col'){idata<-t(idata)}
plist<-read.table(file,header = F,colClasses = 'character')$V1 #要挑选的行
plisti<-base::intersect(plist,rownames(idata)) #并集
if (length(plisti)==length(plist)){
odata<-idata[plisti,]
}else{
if (length(plisti)==0){
print ('名称都不在表格名中!')
odata<-idata
}else{
print (paste(c(setdiff(plist,rownames(idata)),'不在表格行名中!'),collapse = ' '))
odata<-idata[plisti,]
}
}
if (rc=='col'){odata<-t(odata)}
return(odata)
}else{
print (paste('文件不存在：',file));return(idata)
}
}
# 读取表格
data<-read.table(Args[1],header = T,row.names = 1,sep = '\t',check.names = F)
# 遍历每个处理
print (paste(c('开始：',dim(data)),collapse = ' '))
for (opt in Args[3:length(Args)]){
# opt=Args[6]
if(opt=='T'){ #转置
data<-t(data)
cat('处理（转置）：',opt)
}else if(startsWith(opt,'pcol=')){ #筛选列
data<-pickdata(idata = data,file = substring(opt,6),rc = 'col')
cat('处理（筛选列）：',opt)
}else if(startsWith(opt,'prow=')){ #筛选行
data<-pickdata(idata = data,file = substring(opt,6),rc = 'row')
cat('处理（筛选行）：',opt)
}else if(startsWith(opt,'normal=')){ #均一化
data<-apply(data,2, function(x){x/sum(x)*as.numeric(substring(opt,8))})
cat('处理（均一化）：',opt)
}else if(opt=='az'){ #正向排序
data<-data[order(rowSums(data)),]
cat('处理（正向排序）：',opt)
}else if(opt=='za'){ #逆向排序
data<-data[order(rowSums(data),decreasing = T),]
cat('处理（逆向排序）：',opt)
}else if(startsWith(opt,'top=')){ #前多少个
topn=as.numeric(substring(opt,5))
if (topn>nrow(data)){print(paste(topn,'超过了行数'));topn=nrow(data)}
data<-data[1:topn,]
cat('处理（取前',topn,'行）：',opt)
## 不处理，只统计
}else if(opt=='colsum'){ #逆向排序
cat('没处理（列和）：',opt,'\n')
cat('----\n');print(colSums(data));cat('----\n')
}else if(opt=='rowsum'){ #逆向排序
cat('没处理（列和）：',opt,'\n')
cat('----\n');print(rowSums(data));cat('----\n')
}else{
cat('没处理：',opt)
}
cat (' ',dim(data),'\n')
}
# 输出到文件
write.table(data.frame(names=rownames(data),data,check.names = F),
file = Args[2],col.names = T,row.names = F,sep = '\t',quote = F)
print (paste(c('输出：',Args[2],dim(data)),collapse = ' '))