Dplyr bind_cols error

[chrkuo]

I am using semla and stutility to run spatial transcriptomic data. following their vignette when calculating nearest cluster neighbors to certain clusters I input a column thats nearest to cluster 4 for example, other spots that are not close to cluster 4 will be NA but when I run and try to map it - dplyr doesnt seem to be able to combine columns because the rows dont match. which is odd.

> EWS4064$cluster_4 <- ifelse(EWS4064$seurat_clusters %in% "4", "4", NA)
> MapLabels(EWS4064, column_name = "cluster_4", override_plot_dims = TRUE, 
+           image_use = "raw", drop_na = TRUE, pt_size = 2) +
+   plot_layout(guides = "collect") &
+   theme(legend.position = "right") &
+   guides(fill = guide_legend(override.aes = list(size = 3), ncol = 2))
Error in `bind_cols()`:
! Can't recycle `..1` (size 1681) to match `..2` (size 74).
Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.
Warning message:
Removing 1607 cells missing data for vars requested 

[DavisVaughan]

This looks more like an issue with whatever underlying packages you are using here, so I would follow up with them if I were you. dplyr can't column bind two data sets with differing number of rows, which is intentional

[chrkuo]

This looks more like an issue with whatever underlying packages you are using here, so I would follow up with them if I were you. dplyr can't column bind two data sets with differing number of rows, which is intentional

I understand that dplyr cant column bind two data sets but the data sets have NA values in it so the rows are the same just different values.

Backtrace:
▆

1. ├─semla::MapLabels(...)
2. ├─semla:::MapLabels.Seurat(...)
3. │ └─dplyr::bind_cols(GetStaffli(object)@meta_data, as_tibble(FetchData(object, vars = column_name)))
4. │ └─vctrs::vec_cbind(!!!dots, .name_repair = .name_repair, .error_call = current_env())
5. └─vctrs::stop_incompatible_size(...)
6. └─vctrs:::stop_incompatible(...)

7. └─vctrs:::stop_vctrs(...)
   

8.   └─rlang::abort(message, class = c(class, "vctrs_error"), ..., call = call)
   

Appreciate it if you could provide some more insights.

[chrkuo]

@DavisVaughan I think its somehow registering that NA are not real values so discounting it as a row.

this is an example of my datatable generated

An example of the output datatable:

[1] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[15] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[29] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[43] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[57] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[71] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[85] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[99] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[113] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[127] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[141] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[155] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[169] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[183] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[197] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[211] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[225] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[239] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[253] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[267] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[281] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[295] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[309] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[323] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[337] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[351] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[365] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[379] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[393] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[407] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[421] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[435] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[449] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[463] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[477] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[491] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[505] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[519] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[533] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[547] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[561] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[575] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[589] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[603] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[617] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[631] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[645] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[659] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[673] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[687] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[701] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[715] NA NA NA NA NA NA "nbs_6" NA "nbs_6" NA "nbs_6" NA NA NA
[729] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[743] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[757] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[771] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA "nbs_6"
[785] "nbs_6" "6" "6" "6" "6" "6" "nbs_6" "6" NA NA NA NA NA NA
[799] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[813] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[827] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[841] NA NA NA NA "nbs_6" "nbs_6" "nbs_6" "nbs_6" "6" "6" NA NA NA NA
[855] NA NA "6" "6" "nbs_6" NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[869] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[883] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[897] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[911] "nbs_6" "nbs_6" "6" "6" "6" NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[925] "6" "6" "nbs_6" NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[939] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[953] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[967] NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
[981] NA NA "nbs_6" "nbs_6" "6" "6" "nbs_6" "6" "6" NA NA NA NA NA
[995] NA NA NA NA NA NA

[chrkuo]

@DavisVaughan i know the issue was closed but wanted to see if you have additional insight.

Thank you