From f7abcc08d8f1f34efc48d41e567404e3fe9308cd Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: AndySomogyi Date: Fri, 20 Jun 2014 12:44:30 -0400 Subject: [PATCH] add benchmarking files --- data/sosbench/00009/00009-sbml-l2v4.xml | 1337 +++ data/sosbench/00009/00009-settings.txt | 9 + data/sosbench/00009/bench.py | 27 + data/sosbench/00014/00014-sbml-l2v2.xml | 12390 ++++++++++++++++++++++ data/sosbench/00014/00014-settings.txt | 14 + data/sosbench/00022/00022-sbml-l2v1.xml | 1702 +++ data/sosbench/00022/00022-settings.txt | 9 + data/sosbench/00033/00033-sbml-l2v1.xml | 1744 +++ data/sosbench/00033/00033-settings.txt | 8 + data/sosbench/10000/10000-sbml-l2v1.xml | 210 + data/sosbench/10000/10000-settings.txt | 9 + data/sosbench/10001/10001-sbml-l2v1.xml | 1232 +++ data/sosbench/10001/10001-settings.txt | 9 + data/sosbench/notes.txt | 8 + 14 files changed, 18708 insertions(+) create mode 100644 data/sosbench/00009/00009-sbml-l2v4.xml create mode 100644 data/sosbench/00009/00009-settings.txt create mode 100644 data/sosbench/00009/bench.py create mode 100644 data/sosbench/00014/00014-sbml-l2v2.xml create mode 100644 data/sosbench/00014/00014-settings.txt create mode 100644 data/sosbench/00022/00022-sbml-l2v1.xml create mode 100644 data/sosbench/00022/00022-settings.txt create mode 100644 data/sosbench/00033/00033-sbml-l2v1.xml create mode 100644 data/sosbench/00033/00033-settings.txt create mode 100644 data/sosbench/10000/10000-sbml-l2v1.xml create mode 100644 data/sosbench/10000/10000-settings.txt create mode 100644 data/sosbench/10001/10001-sbml-l2v1.xml create mode 100644 data/sosbench/10001/10001-settings.txt create mode 100644 data/sosbench/notes.txt diff --git a/data/sosbench/00009/00009-sbml-l2v4.xml b/data/sosbench/00009/00009-sbml-l2v4.xml new file mode 100644 index 0000000000..5fb3cd6fb9 --- /dev/null +++ b/data/sosbench/00009/00009-sbml-l2v4.xml @@ -0,0 +1,1337 @@ + + + + + + + + + + +
Huang1996 - Ultrasensitivity in MAPK cascade
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The temporal sequence of kinase activation, from MAPKKK (activated RAF) to the final effector MAPK (activated ERK), is described here. It is observed from the model that there is an increase in sensitivity along the levels of the cascade, where the activity of MAPK reaches its maximal before MAPKKK.

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This model is described in the article:

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Ultrasensitivity in the mitogen-activated protein kinase cascade. +
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Huang CY, Ferrell JE Jr
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Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996:93(19):10078-83
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Abstract:

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The mitogen-activated protein kinase (MAPK) cascade is a highly conserved series of three protein kinases implicated in diverse biological processes. Here we demonstrate that the cascade arrangement has unexpected consequences for the dynamics of MAPK signaling. We solved the rate equations for the cascade numerically and found that MAPK is predicted to behave like a highly cooperative enzyme, even though it was not assumed that any of the enzymes in the cascade were regulated cooperatively. Measurements of MAPK activation in Xenopus oocyte extracts confirmed this prediction. The stimulus/response curve of the MAPK was found to be as steep as that of a cooperative enzyme with a Hill coefficient of 4-5, well in excess of that of the classical allosteric protein hemoglobin. The shape of the MAPK stimulus/ response curve may make the cascade particularly appropriate for mediating processes like mitogenesis, cell fate induction, and oocyte maturation, where a cell switches from one discrete state to another.

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The species K_PP_norm, KKK_P_norm and KK_PP_norm are the relative concentrations of the active MAPK, MAPKK and MAPKKK, that is the double, or single resp. phophorylated forms divided by the total concentrations of each kinase. For MAPK additionally the also active MAPK divided by the maximal concentration of active MAPK is given by rel_K_PP_max. The parameter K_PP_norm_max, the maximal ratio of active MapK, has to be calculated for each change of parameters.

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This model is hosted on BioModels Database + and identified by: BIOMD0000000009 + .

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To cite BioModels Database, please use: BioModels Database: An enhanced, curated and annotated resource for published quantitative kinetic models + .

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To the extent possible under law, all copyright and related or neighbouring rights to this encoded model have been dedicated to the public domain worldwide. Please refer to CC0 Public Domain Dedication + for more information.

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+ + + + + + + + + + + Machne + Rainer + + raim@tbi.univie.ac.at + + University of Vienna + + + + + + 2005-02-10T23:39:30Z + + + 2013-07-16T10:02:42Z + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +

+ the maximal value of K_PP_norm at a stimulation conc. of 10.

+ + + + + + + + + + + + PP_K + KPase_PP_K + + + + PP_K + P_K + K + PP_KK_K + PP_KK_P_K + KPase_PP_K + KPase_P_K + + + + + + + + + K_PP_norm + K_PP_norm_max + + + + + + + + + + PP_KK + PP_KK_K + PP_KK_P_K + KKPase_PP_KK + + + + PP_KK + P_KK + KK + PP_KK_K + PP_KK_P_K + P_KKK_KK + P_KKK_P_KK + KKPase_PP_KK + KKPase_P_KK + + + + + + + + + + + P_KKK + P_KKK_KK + P_KKK_P_KK + + + + KKK + P_KKK + P_KKK_KK + P_KKK_P_KK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + + + + + a1 + E1 + KKK + + + + d1 + E1_KKK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + k2 + E1_KKK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + + + + + a2 + E2 + P_KKK + + + + d2 + E2_P_KKK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + k2 + E2_P_KKK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + + + + + a3 + KK + P_KKK + + + + d3 + P_KKK_KK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + k3 + P_KKK_KK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + + + + + a4 + P_KK + KKPase + + + + d4 + KKPase_P_KK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + k4 + KKPase_P_KK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + + + + + a5 + P_KK + P_KKK + + + + d5 + P_KKK_P_KK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + k5 + P_KKK_P_KK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + + + + + a6 + PP_KK + KKPase + + + + d6 + KKPase_PP_KK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + k6 + KKPase_PP_KK + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + + + + + a7 + K + PP_KK + + + + d7 + PP_KK_K + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + k7 + PP_KK_K + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + + + + + a8 + P_K + KPase + + + + d8 + KPase_P_K + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + k8 + KPase_P_K + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + + + + + a9 + P_K + PP_KK + + + + d9 + PP_KK_P_K + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + k9 + PP_KK_P_K + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + + + + + a10 + PP_K + KPase + + + + d10 + KPase_PP_K + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment + k10 + KPase_PP_K + + + + + + + + + + diff --git a/data/sosbench/00009/00009-settings.txt b/data/sosbench/00009/00009-settings.txt new file mode 100644 index 0000000000..6c0df2a766 --- /dev/null +++ b/data/sosbench/00009/00009-settings.txt @@ -0,0 +1,9 @@ +start: 0 +duration: 150 +steps: 150 +variables: E1, E2, KKK, P_KKK, KK, P_KK, PP_KK, K, P_K, PP_K, KPase, KKPase, E1_KKK, E2_P_KKK, P_KKK_KK, P_KKK_P_KK, PP_KK_K, PP_KK_P_K, KKPase_PP_KK, KKPase_P_KK, KPase_PP_K, KPase_P_K, K_PP_norm, KK_PP_norm, KKK_P_norm, rel_K_PP_max +absolute: 1.0e-15 +relative: 1.0e-9 +amount: +concentration: E1, E2, KKK, P_KKK, KK, P_KK, PP_KK, K, P_K, PP_K, KPase, KKPase, E1_KKK, E2_P_KKK, P_KKK_KK, P_KKK_P_KK, PP_KK_K, PP_KK_P_K, KKPase_PP_KK, KKPase_P_KK, KPase_PP_K, KPase_P_K, K_PP_norm, KK_PP_norm, KKK_P_norm, rel_K_PP_max + diff --git a/data/sosbench/00009/bench.py b/data/sosbench/00009/bench.py new file mode 100644 index 0000000000..29f44aa60e --- /dev/null +++ b/data/sosbench/00009/bench.py @@ -0,0 +1,27 @@ +def run(): + from roadrunner import * + + o=SimulateOptions() + + #o.stiff = True + + o.duration=150 + + o.steps = 300 + + o.absolute = 1e-15 + o.relative = 1e-9 + + o.resetModel = True + + r=RoadRunner("00001-sbml-l2v4.xml") + + Logger.setLevel(Logger.LOG_INFORMATION) + + r.simulate(o); + + plot(r.getSimulationResult()) + + +if __name__ == "__main__": + run() diff --git a/data/sosbench/00014/00014-sbml-l2v2.xml b/data/sosbench/00014/00014-sbml-l2v2.xml new file mode 100644 index 0000000000..27a01eef89 --- /dev/null +++ b/data/sosbench/00014/00014-sbml-l2v2.xml @@ -0,0 +1,12390 @@ + + + + + + + + + + +

MAPK cascade on a scaffold

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Citation
Levchenko, A., Bruck, J., Sternberg, P.W. (2000) + .Scaffold proteins may biphasically affect the levels of mitogen-activated protein kinase signaling and reduce its threshold properties. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97(11):5818-5823. http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/97/11/5818 +
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Description
This model describes a basic 3-stage Mitogen Activated Protein Kinase (MAPK). Kinases in solution are written as K[3,J], K[2,J], K[1,J] for MAPKKK, MAPKK, and MAPK, respectively, J indicates the phosphorylation level, J=0,1 for K3 and J=0,1,2 for K2 and K1. Scaffolds have three slots, for MAPK, MAPKK, and MAPKKK, respectively. Bound and free scaffold are denoted as S[i,j,k], where i, j, and k indicate the binding of K[1,i], K[2,j] and K[3,k] in their respective slots. Here i,j=-1,0,1,or,2 and k=-1,0,or,1. A value of -1 means the slot is empty, 0 means the unphorphorylated kinase is bound, 1 means the singly phosphorylated kinase is bound, and 2 means the doubly phosphorylated kinase is bound. Thus S[1,-1,2] is a scaffold with K[3,1] bound in the first slot and K[1,2] in the third slot, while the second slot is empty.Note: Indices X[I,J,K] are translated into the unindexed variable X_I_J_K and so forth in the SBML. Negative indices are translated as mI, etc, thus S[1,-1,2] becomes S_1_m1_2.
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
Rate constant      Reaction
a10 = 5.MAPKP + K[1, 2] -> K_MAPKP[1, 2]
a1 = 1.RAFK + K[3, 0] -> K_RAFK[3, 0]
a2 = 0.5RAFP + K[3, 1] -> K_RAFP[3, 1]
a3 = 3.3K[2, 0] + K[3, 1] -> K_K[2, 0, 3, +  1]
a4 = 10.MEKP + K[2, 1] -> K_MEKP[2, 1]
a5 = 3.3K[2, 1] + K[3, 1] -> K_K[2, 1, 3, +  1]
a6 = 10.MEKP + K[2, 2] -> K_MEKP[2, 2]
a7 = 20.K[1, 0] + K[2, 2] -> K_K[1, 0, 2, +  2]
a8 = 5.MAPKP + K[1, 1] -> K_MAPKP[1, 1]
a9 = 20.K[1, 1] + K[2, 2] -> K_K[1, 1, 2, +  2]
d10 = 0.4K_MAPKP[1, 2] -> MAPKP + K[1, 2]
d1 = 0.4K_RAFK[3, 0] -> RAFK + K[3, 0]
d1a = 0S_RAFK[0, 0, 0] -> RAFK + S[0, 0, 0]
d1a = 0S_RAFK[0, -1, 0] -> RAFK + S[0, -1, +  0]
d1a = 0S_RAFK[0, 1, 0] -> RAFK + S[0, 1, 0]
d1a = 0S_RAFK[0, 2, 0] -> RAFK + S[0, 2, 0]
d1a = 0S_RAFK[-1, 0, 0] -> RAFK + S[-1, 0, +  0]
d1a = 0S_RAFK[1, 0, 0] -> RAFK + S[1, 0, 0]
d1a = 0S_RAFK[-1, -1, 0] -> RAFK + S[-1, -1, +  0]
d1a = 0S_RAFK[-1, 1, 0] -> RAFK + S[-1, 1, +  0]
d1a = 0S_RAFK[1, -1, 0] -> RAFK + S[1, -1, +  0]
d1a = 0S_RAFK[1, 1, 0] -> RAFK + S[1, 1, 0]
d1a = 0S_RAFK[-1, 2, 0] -> RAFK + S[-1, 2, +  0]
d1a = 0S_RAFK[1, 2, 0] -> RAFK + S[1, 2, 0]
d1a = 0S_RAFK[2, 0, 0] -> RAFK + S[2, 0, 0]
d1a = 0S_RAFK[2, -1, 0] -> RAFK + S[2, -1, +  0]
d1a = 0S_RAFK[2, 1, 0] -> RAFK + S[2, 1, 0]
d1a = 0S_RAFK[2, 2, 0] -> RAFK + S[2, 2, 0]
d2 = 0.5K_RAFP[3, 1] -> RAFP + K[3, 1]
d3 = 0.42K_K[2, 0, 3, 1] -> K[2, 0] + K[3, +  1]
d4 = 0.8K_MEKP[2, 1] -> MEKP + K[2, 1]
d5 = 0.4K_K[2, 1, 3, 1] -> K[2, 1] + K[3, +  1]
d6 = 0.8K_MEKP[2, 2] -> MEKP + K[2, 2]
d7 = 0.6K_K[1, 0, 2, 2] -> K[1, 0] + K[2, +  2]
d8 = 0.4K_MAPKP[1, 1] -> MAPKP + K[1, 1]
d9 = 0.6K_K[1, 1, 2, 2] -> K[1, 1] + K[2, +  2]
k10 = 0.1K_MAPKP[1, 2] -> MAPKP + K[1, 1]
k1 = 0.1K_RAFK[3, 0] -> RAFK + K[3, 1]
k1 = 0.1S_RAFK[0, 0, 0] -> RAFK + S[0, 0, 1]
k1 = 0.1S_RAFK[0, -1, 0] -> RAFK + S[0, -1, +  1]
k1 = 0.1S_RAFK[0, 1, 0] -> RAFK + S[0, 1, 1]
k1 = 0.1S_RAFK[0, 2, 0] -> RAFK + S[0, 2, 1]
k1 = 0.1S_RAFK[-1, 0, 0] -> RAFK + S[-1, 0, +  1]
k1 = 0.1S_RAFK[1, 0, 0] -> RAFK + S[1, 0, 1]
k1 = 0.1S_RAFK[-1, -1, 0] -> RAFK + S[-1, -1, +  1]
k1 = 0.1S_RAFK[-1, 1, 0] -> RAFK + S[-1, 1, +  1]
k1 = 0.1S_RAFK[1, -1, 0] -> RAFK + S[1, -1, +  1]
k1 = 0.1S_RAFK[1, 1, 0] -> RAFK + S[1, 1, 1]
k1 = 0.1S_RAFK[-1, 2, 0] -> RAFK + S[-1, 2, +  1]
k1 = 0.1S_RAFK[1, 2, 0] -> RAFK + S[1, 2, 1]
k1 = 0.1S_RAFK[2, 0, 0] -> RAFK + S[2, 0, 1]
k1 = 0.1S_RAFK[2, -1, 0] -> RAFK + S[2, -1, +  1]
k1 = 0.1S_RAFK[2, 1, 0] -> RAFK + S[2, 1, 1]
k1 = 0.1S_RAFK[2, 2, 0] -> RAFK + S[2, 2, 1]
k1a = 100RAFK + S[0, 0, 0] -> S_RAFK[0, 0, 0]
k1a = 100RAFK + S[0, -1, 0] -> S_RAFK[0, -1, +  0]
k1a = 100RAFK + S[0, 1, 0] -> S_RAFK[0, 1, 0]
k1a = 100RAFK + S[0, 2, 0] -> S_RAFK[0, 2, 0]
k1a = 100RAFK + S[-1, 0, 0] -> S_RAFK[-1, 0, +  0]
k1a = 100RAFK + S[1, 0, 0] -> S_RAFK[1, 0, 0]
k1a = 100RAFK + S[-1, -1, 0] -> S_RAFK[-1, -1, +  0]
k1a = 100RAFK + S[-1, 1, 0] -> S_RAFK[-1, 1, +  0]
k1a = 100RAFK + S[1, -1, 0] -> S_RAFK[1, -1, +  0]
k1a = 100RAFK + S[1, 1, 0] -> S_RAFK[1, 1, 0]
k1a = 100RAFK + S[-1, 2, 0] -> S_RAFK[-1, 2, +  0]
k1a = 100RAFK + S[1, 2, 0] -> S_RAFK[1, 2, 0]
k1a = 100RAFK + S[2, 0, 0] -> S_RAFK[2, 0, 0]
k1a = 100RAFK + S[2, -1, 0] -> S_RAFK[2, -1, +  0]
k1a = 100RAFK + S[2, 1, 0] -> S_RAFK[2, 1, 0]
k1a = 100RAFK + S[2, 2, 0] -> S_RAFK[2, 2, 0]
k2 = 0.1K_RAFP[3, 1] -> RAFP + K[3, 0]
k3 = 0.1K_K[2, 0, 3, 1] -> K[2, 1] + K[3, +  1]
k3 = 0.1S[0, 0, 1] -> S[0, 1, 1]
k3 = 0.1S[-1, 0, 1] -> S[-1, 1, 1]
k3 = 0.1S[1, 0, 1] -> S[1, 1, 1]
k3 = 0.1S[2, 0, 1] -> S[2, 1, 1]
k4 = 0.1K_MEKP[2, 1] -> MEKP + K[2, 0]
k5 = 0.1K_K[2, 1, 3, 1] -> K[2, 2] + K[3, +  1]
k5a = 0.1S[0, 1, 1] -> S[0, 2, 1]
k5a = 0.1S[-1, 1, 1] -> S[-1, 2, 1]
k5a = 0.1S[1, 1, 1] -> S[1, 2, 1]
k5a = 0.1S[2, 1, 1] -> S[2, 2, 1]
k6 = 0.1K_MEKP[2, 2] -> MEKP + K[2, 1]
k7 = 0.1K_K[1, 0, 2, 2] -> K[1, 1] + K[2, +  2]
k7 = 0.1S[0, 2, 0] -> S[1, 2, 0]
k7 = 0.1S[0, 2, -1] -> S[1, 2, -1]
k7 = 0.1S[0, 2, 1] -> S[1, 2, 1]
k8 = 0.1K_MAPKP[1, 1] -> MAPKP + K[1, 0]
k9 = 0.1K_K[1, 1, 2, 2] -> K[1, 2] + K[2, +  2]
k9a = 0.1S[1, 2, 0] -> S[2, 2, 0]
k9a = 0.1S[1, 2, -1] -> S[2, 2, -1]
k9a = 0.1S[1, 2, 1] -> S[2, 2, 1]
koff = 0.5S[0, 0, 0] -> K[1, 0] + S[-1, 0, +  0]
koff = 0.5S[0, 0, 0] -> K[2, 0] + S[0, -1, +  0]
koff = 0.5S[0, 0, 0] -> K[3, 0] + S[0, 0, +  -1]
koff = 0.5S[0, 0, -1] -> K[1, 0] + S[-1, 0, +  -1]
koff = 0.5S[0, 0, 1] -> K[1, 0] + S[-1, 0, +  1]
koff = 0.5S[0, 0, -1] -> K[2, 0] + S[0, -1, +  -1]
koff = 0.5S[0, 0, 1] -> K[2, 0] + S[0, -1, +  1]
koff = 0.5S[0, -1, 0] -> K[1, 0] + S[-1, -1, +  0]
koff = 0.5S[0, 1, 0] -> K[1, 0] + S[-1, 1, +  0]
koff = 0.5S[0, -1, 0] -> K[3, 0] + S[0, -1, +  -1]
koff = 0.5S[0, 1, 0] -> K[3, 0] + S[0, 1, +  -1]
koff = 0.5S[0, -1, -1] -> K[1, 0] + S[-1, -1, +  -1]
koff = 0.5S[0, -1, 1] -> K[1, 0] + S[-1, -1, +  1]
koff = 0.5S[0, 1, -1] -> K[1, 0] + S[-1, 1, +  -1]
koff = 0.5S[0, 1, 1] -> K[1, 0] + S[-1, 1, +  1]
koff = 0.5S[0, 2, 0] -> K[1, 0] + S[-1, 2, +  0]
koff = 0.5S[0, 2, 0] -> K[3, 0] + S[0, 2, +  -1]
koff = 0.5S[0, 2, -1] -> K[1, 0] + S[-1, 2, +  -1]
koff = 0.5S[0, 2, 1] -> K[1, 0] + S[-1, 2, +  1]
koff = 0.5S[-1, 0, 0] -> K[2, 0] + S[-1, -1, +  0]
koff = 0.5S[1, 0, 0] -> K[2, 0] + S[1, -1, +  0]
koff = 0.5S[-1, 0, 0] -> K[3, 0] + S[-1, 0, +  -1]
koff = 0.5S[1, 0, 0] -> K[3, 0] + S[1, 0, +  -1]
koff = 0.5S[-1, 0, -1] -> K[2, 0] + S[-1, -1, +  -1]
koff = 0.5S[-1, 0, 1] -> K[2, 0] + S[-1, -1, +  1]
koff = 0.5S[1, 0, -1] -> K[2, 0] + S[1, -1, +  -1]
koff = 0.5S[1, 0, 1] -> K[2, 0] + S[1, -1, +  1]
koff = 0.5S[-1, -1, 0] -> K[3, 0] + S[-1, -1, +  -1]
koff = 0.5S[-1, 1, 0] -> K[3, 0] + S[-1, 1, +  -1]
koff = 0.5S[1, -1, 0] -> K[3, 0] + S[1, -1, +  -1]
koff = 0.5S[1, 1, 0] -> K[3, 0] + S[1, 1, +  -1]
koff = 0.5S[-1, 2, 0] -> K[3, 0] + S[-1, 2, +  -1]
koff = 0.5S[1, 2, 0] -> K[3, 0] + S[1, 2, +  -1]
koff = 0.5S[2, 0, 0] -> K[2, 0] + S[2, -1, +  0]
koff = 0.5S[2, 0, 0] -> K[3, 0] + S[2, 0, +  -1]
koff = 0.5S[2, 0, -1] -> K[2, 0] + S[2, -1, +  -1]
koff = 0.5S[2, 0, 1] -> K[2, 0] + S[2, -1, +  1]
koff = 0.5S[2, -1, 0] -> K[3, 0] + S[2, -1, +  -1]
koff = 0.5S[2, 1, 0] -> K[3, 0] + S[2, 1, +  -1]
koff = 0.5S[2, 2, 0] -> K[3, 0] + S[2, 2, +  -1]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, 0, 0] -> S[0, 0, +  0]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, 0, -1] -> S[0, 0, +  -1]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, 0, 1] -> S[0, 0, +  1]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, -1, 0] -> S[0, -1, +  0]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, 1, 0] -> S[0, 1, +  0]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, -1, -1] -> S[0, -1, +  -1]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, -1, 1] -> S[0, -1, +  1]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, 1, -1] -> S[0, 1, +  -1]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, 1, 1] -> S[0, 1, +  1]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, 2, 0] -> S[0, 2, +  0]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, 2, -1] -> S[0, 2, +  -1]
kon = 10K[1, 0] + S[-1, 2, 1] -> S[0, 2, +  1]
kon = 10K[2, 0] + S[0, -1, 0] -> S[0, 0, +  0]
kon = 10K[2, 0] + S[0, -1, -1] -> S[0, 0, +  -1]
kon = 10K[2, 0] + S[0, -1, 1] -> S[0, 0, +  1]
kon = 10K[2, 0] + S[-1, -1, 0] -> S[-1, 0, +  0]
kon = 10K[2, 0] + S[1, -1, 0] -> S[1, 0, +  0]
kon = 10K[2, 0] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, 0, +  -1]
kon = 10K[2, 0] + S[-1, -1, 1] -> S[-1, 0, +  1]
kon = 10K[2, 0] + S[1, -1, -1] -> S[1, 0, +  -1]
kon = 10K[2, 0] + S[1, -1, 1] -> S[1, 0, +  1]
kon = 10K[2, 0] + S[2, -1, 0] -> S[2, 0, +  0]
kon = 10K[2, 0] + S[2, -1, -1] -> S[2, 0, +  -1]
kon = 10K[2, 0] + S[2, -1, 1] -> S[2, 0, +  1]
kon = 10K[3, 0] + S[0, 0, -1] -> S[0, 0, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[0, -1, -1] -> S[0, -1, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[0, 1, -1] -> S[0, 1, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[0, 2, -1] -> S[0, 2, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[-1, 0, -1] -> S[-1, 0, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[1, 0, -1] -> S[1, 0, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, -1, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[-1, 1, -1] -> S[-1, 1, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[1, -1, -1] -> S[1, -1, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[1, 1, -1] -> S[1, 1, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[-1, 2, -1] -> S[-1, 2, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[1, 2, -1] -> S[1, 2, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[2, 0, -1] -> S[2, 0, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[2, -1, -1] -> S[2, -1, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[2, 1, -1] -> S[2, 1, +  0]
kon = 10K[3, 0] + S[2, 2, -1] -> S[2, 2, +  0]
kpoff = 0.05S[0, 0, 1] -> K[3, 1] + S[0, 0, +  -1]
kpoff = 0.05S[0, 1, 0] -> K[2, 1] + S[0, -1, +  0]
kpoff = 0.05S[0, 1, -1] -> K[2, 1] + S[0, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[0, 1, 1] -> K[2, 1] + S[0, -1, +  1]
kpoff = 0.05S[0, -1, 1] -> K[3, 1] + S[0, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[0, 1, 1] -> K[3, 1] + S[0, 1, +  -1]
kpoff = 0.05S[0, 2, 0] -> K[2, 2] + S[0, -1, +  0]
kpoff = 0.05S[0, 2, -1] -> K[2, 2] + S[0, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[0, 2, 1] -> K[2, 2] + S[0, -1, +  1]
kpoff = 0.05S[0, 2, 1] -> K[3, 1] + S[0, 2, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, 0, 0] -> K[1, 1] + S[-1, 0, +  0]
kpoff = 0.05S[1, 0, -1] -> K[1, 1] + S[-1, 0, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, 0, 1] -> K[1, 1] + S[-1, 0, +  1]
kpoff = 0.05S[-1, 0, 1] -> K[3, 1] + S[-1, 0, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, 0, 1] -> K[3, 1] + S[1, 0, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, -1, 0] -> K[1, 1] + S[-1, -1, +  0]
kpoff = 0.05S[1, 1, 0] -> K[1, 1] + S[-1, 1, +  0]
kpoff = 0.05S[-1, 1, 0] -> K[2, 1] + S[-1, -1, +  0]
kpoff = 0.05S[1, 1, 0] -> K[2, 1] + S[1, -1, +  0]
kpoff = 0.05S[1, -1, -1] -> K[1, 1] + S[-1, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, -1, 1] -> K[1, 1] + S[-1, -1, +  1]
kpoff = 0.05S[1, 1, -1] -> K[1, 1] + S[-1, 1, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, 1, 1] -> K[1, 1] + S[-1, 1, +  1]
kpoff = 0.05S[-1, 1, -1] -> K[2, 1] + S[-1, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[-1, 1, 1] -> K[2, 1] + S[-1, -1, +  1]
kpoff = 0.05S[1, 1, -1] -> K[2, 1] + S[1, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, 1, 1] -> K[2, 1] + S[1, -1, +  1]
kpoff = 0.05S[-1, -1, 1] -> K[3, 1] + S[-1, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[-1, 1, 1] -> K[3, 1] + S[-1, 1, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, -1, 1] -> K[3, 1] + S[1, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, 1, 1] -> K[3, 1] + S[1, 1, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, 2, 0] -> K[1, 1] + S[-1, 2, +  0]
kpoff = 0.05S[-1, 2, 0] -> K[2, 2] + S[-1, -1, +  0]
kpoff = 0.05S[1, 2, 0] -> K[2, 2] + S[1, -1, +  0]
kpoff = 0.05S[1, 2, -1] -> K[1, 1] + S[-1, 2, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, 2, 1] -> K[1, 1] + S[-1, 2, +  1]
kpoff = 0.05S[-1, 2, -1] -> K[2, 2] + S[-1, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[-1, 2, 1] -> K[2, 2] + S[-1, -1, +  1]
kpoff = 0.05S[1, 2, -1] -> K[2, 2] + S[1, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, 2, 1] -> K[2, 2] + S[1, -1, +  1]
kpoff = 0.05S[-1, 2, 1] -> K[3, 1] + S[-1, 2, +  -1]
kpoff = 0.05S[1, 2, 1] -> K[3, 1] + S[1, 2, +  -1]
kpoff = 0.05S[2, 0, 0] -> K[1, 2] + S[-1, 0, +  0]
kpoff = 0.05S[2, 0, -1] -> K[1, 2] + S[-1, 0, +  -1]
kpoff = 0.05S[2, 0, 1] -> K[1, 2] + S[-1, 0, +  1]
kpoff = 0.05S[2, 0, 1] -> K[3, 1] + S[2, 0, +  -1]
kpoff = 0.05S[2, -1, 0] -> K[1, 2] + S[-1, -1, +  0]
kpoff = 0.05S[2, 1, 0] -> K[1, 2] + S[-1, 1, +  0]
kpoff = 0.05S[2, 1, 0] -> K[2, 1] + S[2, -1, +  0]
kpoff = 0.05S[2, -1, -1] -> K[1, 2] + S[-1, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[2, -1, 1] -> K[1, 2] + S[-1, -1, +  1]
kpoff = 0.05S[2, 1, -1] -> K[1, 2] + S[-1, 1, +  -1]
kpoff = 0.05S[2, 1, 1] -> K[1, 2] + S[-1, 1, +  1]
kpoff = 0.05S[2, 1, -1] -> K[2, 1] + S[2, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[2, 1, 1] -> K[2, 1] + S[2, -1, +  1]
kpoff = 0.05S[2, -1, 1] -> K[3, 1] + S[2, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[2, 1, 1] -> K[3, 1] + S[2, 1, +  -1]
kpoff = 0.05S[2, 2, 0] -> K[1, 2] + S[-1, 2, +  0]
kpoff = 0.05S[2, 2, 0] -> K[2, 2] + S[2, -1, +  0]
kpoff = 0.05S[2, 2, -1] -> K[1, 2] + S[-1, 2, +  -1]
kpoff = 0.05S[2, 2, 1] -> K[1, 2] + S[-1, 2, +  1]
kpoff = 0.05S[2, 2, -1] -> K[2, 2] + S[2, -1, +  -1]
kpoff = 0.05S[2, 2, 1] -> K[2, 2] + S[2, -1, +  1]
kpoff = 0.05S[2, 2, 1] -> K[3, 1] + S[2, 2, +  -1]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, 0, 0] -> S[1, 0, +  0]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, 0, -1] -> S[1, 0, +  -1]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, 0, 1] -> S[1, 0, +  1]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, -1, 0] -> S[1, -1, +  0]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, 1, 0] -> S[1, 1, +  0]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, -1, -1] -> S[1, -1, +  -1]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, -1, 1] -> S[1, -1, +  1]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, 1, -1] -> S[1, 1, +  -1]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, 1, 1] -> S[1, 1, +  1]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, 2, 0] -> S[1, 2, +  0]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, 2, -1] -> S[1, 2, +  -1]
kpon = 0K[1, 1] + S[-1, 2, 1] -> S[1, 2, +  1]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, 0, 0] -> S[2, 0, +  0]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, 0, -1] -> S[2, 0, +  -1]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, 0, 1] -> S[2, 0, +  1]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, -1, 0] -> S[2, -1, +  0]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, 1, 0] -> S[2, 1, +  0]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, -1, -1] -> S[2, -1, +  -1]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, -1, 1] -> S[2, -1, +  1]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, 1, -1] -> S[2, 1, +  -1]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, 1, 1] -> S[2, 1, +  1]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, 2, 0] -> S[2, 2, +  0]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, 2, -1] -> S[2, 2, +  -1]
kpon = 0K[1, 2] + S[-1, 2, 1] -> S[2, 2, +  1]
kpon = 0K[2, 1] + S[0, -1, 0] -> S[0, 1, +  0]
kpon = 0K[2, 1] + S[0, -1, -1] -> S[0, 1, +  -1]
kpon = 0K[2, 1] + S[0, -1, 1] -> S[0, 1, +  1]
kpon = 0K[2, 1] + S[-1, -1, 0] -> S[-1, 1, +  0]
kpon = 0K[2, 1] + S[1, -1, 0] -> S[1, 1, +  0]
kpon = 0K[2, 1] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, 1, +  -1]
kpon = 0K[2, 1] + S[-1, -1, 1] -> S[-1, 1, +  1]
kpon = 0K[2, 1] + S[1, -1, -1] -> S[1, 1, +  -1]
kpon = 0K[2, 1] + S[1, -1, 1] -> S[1, 1, +  1]
kpon = 0K[2, 1] + S[2, -1, 0] -> S[2, 1, +  0]
kpon = 0K[2, 1] + S[2, -1, -1] -> S[2, 1, +  -1]
kpon = 0K[2, 1] + S[2, -1, 1] -> S[2, 1, +  1]
kpon = 0K[2, 2] + S[0, -1, 0] -> S[0, 2, +  0]
kpon = 0K[2, 2] + S[0, -1, -1] -> S[0, 2, +  -1]
kpon = 0K[2, 2] + S[0, -1, 1] -> S[0, 2, +  1]
kpon = 0K[2, 2] + S[-1, -1, 0] -> S[-1, 2, +  0]
kpon = 0K[2, 2] + S[1, -1, 0] -> S[1, 2, +  0]
kpon = 0K[2, 2] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, 2, +  -1]
kpon = 0K[2, 2] + S[-1, -1, 1] -> S[-1, 2, +  1]
kpon = 0K[2, 2] + S[1, -1, -1] -> S[1, 2, +  -1]
kpon = 0K[2, 2] + S[1, -1, 1] -> S[1, 2, +  1]
kpon = 0K[2, 2] + S[2, -1, 0] -> S[2, 2, +  0]
kpon = 0K[2, 2] + S[2, -1, -1] -> S[2, 2, +  -1]
kpon = 0K[2, 2] + S[2, -1, 1] -> S[2, 2, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[0, 0, -1] -> S[0, 0, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[0, -1, -1] -> S[0, -1, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[0, 1, -1] -> S[0, 1, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[0, 2, -1] -> S[0, 2, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[-1, 0, -1] -> S[-1, 0, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[1, 0, -1] -> S[1, 0, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[-1, -1, -1] -> S[-1, -1, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[-1, 1, -1] -> S[-1, 1, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[1, -1, -1] -> S[1, -1, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[1, 1, -1] -> S[1, 1, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[-1, 2, -1] -> S[-1, 2, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[1, 2, -1] -> S[1, 2, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[2, 0, -1] -> S[2, 0, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[2, -1, -1] -> S[2, -1, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[2, 1, -1] -> S[2, 1, +  1]
kpon = 0K[3, 1] + S[2, 2, -1] -> S[2, 2, +  1]
+ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + +
VariableIC  ODE
MAPKP0.3MAPKP'[t] == -(a8*MAPKP[t]*K[1, 1][t]) - a10*MAPKP[ + t]*K[1, 2][t] + d8*K_MAPKP[1, 1][t] + k8*K_MAPKP[ + 1, 1][t] + d10*K_MAPKP[1, 2][t] + k10*K_MAPKP[1, +  2][t]
MEKP0.2MEKP'[t] == -(a4*MEKP[t]*K[2, 1][t]) - a6*MEKP[t]* + K[2, 2][t] + d4*K_MEKP[2, 1][t] + k4*K_MEKP[2, +  1][t] + d6*K_MEKP[2, 2][t] + k6*K_MEKP[2, 2] + [t]
RAFK0.1RAFK'[t] == -(a1*RAFK[t]*K[3, 0][t]) + d1*K_RAFK[3, +  0][t] + k1*K_RAFK[3, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1, +  -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1, 0, 0][t] - +  k1a*RAFK[t]*S[-1, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1, 2, +  0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, -1, 0][t] - k1a* + RAFK[t]*S[0, 0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, 1, 0][t] +  - k1a*RAFK[t]*S[0, 2, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[1, +  -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[1, 0, 0][t] - +  k1a*RAFK[t]*S[1, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[1, 2, +  0][t] - k1a*RAFK[t]*S[2, -1, 0][t] - k1a* + RAFK[t]*S[2, 0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[2, 1, 0][t] +  - k1a*RAFK[t]*S[2, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, +  -1, 0][t] + k1*S_RAFK[-1, -1, 0][t] + +  d1a*S_RAFK[-1, 0, 0][t] + k1*S_RAFK[-1, 0, +  0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 1, 0][t] + k1*S_RAFK[ + -1, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 2, 0][t] + +  k1*S_RAFK[-1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[0, -1, +  0][t] + k1*S_RAFK[0, -1, 0][t] + d1a*S_RAFK[ + 0, 0, 0][t] + k1*S_RAFK[0, 0, 0][t] + +  d1a*S_RAFK[0, 1, 0][t] + k1*S_RAFK[0, 1, 0][ + t] + d1a*S_RAFK[0, 2, 0][t] + k1*S_RAFK[0, 2, +  0][t] + d1a*S_RAFK[1, -1, 0][t] + k1*S_RAFK[ + 1, -1, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 0, 0][t] + +  k1*S_RAFK[1, 0, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 1, 0][ + t] + k1*S_RAFK[1, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 2, +  0][t] + k1*S_RAFK[1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[ + 2, -1, 0][t] + k1*S_RAFK[2, -1, 0][t] + +  d1a*S_RAFK[2, 0, 0][t] + k1*S_RAFK[2, 0, 0][ + t] + d1a*S_RAFK[2, 1, 0][t] + k1*S_RAFK[2, 1, +  0][t] + d1a*S_RAFK[2, 2, 0][t] + k1*S_RAFK[ + 2, 2, 0][t]
RAFP0.3RAFP'[t] == -(a2*RAFP[t]*K[3, 1][t]) + d2*K_RAFP[3, +  1][t] + k2*K_RAFP[3, 1][t]
K[1, 0]0.4(K[1, 0])'[t] == -(a7*K[1, 0][t]*K[2, 2][t]) + +  d7*K_K[1, 0, 2, 2][t] + k8*K_MAPKP[1, 1][t] +  - kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kon*K[1, +  0][t]*S[-1, -1, 0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, +  -1, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, -1][t] +  - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, 0][t] - kon*K[1, +  0][t]*S[-1, 0, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, +  1, -1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1, 0][t] +  - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1, 1][t] - kon*K[1, +  0][t]*S[-1, 2, -1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, +  2, 0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2, 1][t] +  + koff*S[0, -1, -1][t] + koff*S[0, -1, +  0][t] + koff*S[0, -1, 1][t] + koff*S[0, +  0, -1][t] + koff*S[0, 0, 0][t] + koff* + S[0, 0, 1][t] + koff*S[0, 1, -1][t] + +  koff*S[0, 1, 0][t] + koff*S[0, 1, 1][t] +  + koff*S[0, 2, -1][t] + koff*S[0, 2, 0] + [t] + koff*S[0, 2, 1][t]
K[1, 1]0(K[1, 1])'[t] == -(a8*MAPKP[t]*K[1, 1][t]) - +  a9*K[1, 1][t]*K[2, 2][t] + k7*K_K[1, 0, 2, +  2][t] + d9*K_K[1, 1, 2, 2][t] + d8* + K_MAPKP[1, 1][t] + k10*K_MAPKP[1, 2][t] - kpon*K[ + 1, 1][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, +  -1, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, 1][t] +  - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, -1][t] - kpon*K[ + 1, 1][t]*S[-1, 0, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, +  0, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, -1][t] +  - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, 0][t] - kpon*K[1, +  1][t]*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, +  2, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2, 0][t] +  - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2, 1][t] + kpoff*S[ + 1, -1, -1][t] + kpoff*S[1, -1, 0][t] + +  kpoff*S[1, -1, 1][t] + kpoff*S[1, 0, -1][t] +  + kpoff*S[1, 0, 0][t] + kpoff*S[1, 0, +  1][t] + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[1, +  1, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] + kpoff* + S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[1, 2, 0][t] + +  kpoff*S[1, 2, 1][t]
K[1, 2]0(K[1, 2])'[t] == -(a10*MAPKP[t]*K[1, 2][t]) + +  k9*K_K[1, 1, 2, 2][t] + d10*K_MAPKP[1, 2][t] +  - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[ + 1, 2][t]*S[-1, -1, 0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, +  -1, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, -1][t] +  - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, 0][t] - kpon*K[1, +  2][t]*S[-1, 0, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, +  1, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 0][t] +  - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[1, +  2][t]*S[-1, 2, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, +  2, 0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, 1][t] +  + kpoff*S[2, -1, -1][t] + kpoff*S[2, -1, +  0][t] + kpoff*S[2, -1, 1][t] + kpoff*S[2, +  0, -1][t] + kpoff*S[2, 0, 0][t] + +  kpoff*S[2, 0, 1][t] + kpoff*S[2, 1, -1][t] +  + kpoff*S[2, 1, 0][t] + kpoff*S[2, 1, +  1][t] + kpoff*S[2, 2, -1][t] + kpoff*S[2, +  2, 0][t] + kpoff*S[2, 2, 1][t]
K[2, 0]0.2(K[2, 0])'[t] == -(a3*K[2, 0][t]*K[3, 1][t]) + +  d3*K_K[2, 0, 3, 1][t] + k4*K_MEKP[2, 1][t] +  - kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kon*K[2, +  0][t]*S[-1, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[-1, +  -1, 1][t] + koff*S[-1, 0, -1][t] + +  koff*S[-1, 0, 0][t] + koff*S[-1, 0, 1][t] +  - kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, -1][t] - kon*K[2, +  0][t]*S[0, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[0, - + 1, 1][t] + koff*S[0, 0, -1][t] + koff*S[0, +  0, 0][t] + koff*S[0, 0, 1][t] - kon*K[ + 2, 0][t]*S[1, -1, -1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[1, +  -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, 1][t] +  + koff*S[1, 0, -1][t] + koff*S[1, 0, 0] + [t] + koff*S[1, 0, 1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[ + 2, -1, -1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 0][t] +  - kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 1][t] + koff*S[2, +  0, -1][t] + koff*S[2, 0, 0][t] + koff* + S[2, 0, 1][t]
K[2, 1]0(K[2, 1])'[t] == -(a4*MEKP[t]*K[2, 1][t]) - +  a5*K[2, 1][t]*K[3, 1][t] + k3*K_K[2, 0, 3, +  1][t] + d5*K_K[2, 1, 3, 1][t] + d4* + K_MEKP[2, 1][t] + k6*K_MEKP[2, 2][t] - kpon*K[2, +  1][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[-1, +  -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1, 1][t] +  + kpoff*S[-1, 1, -1][t] + kpoff*S[-1, 1, +  0][t] + kpoff*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[2, +  1][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[0, +  -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 1][t] +  + kpoff*S[0, 1, -1][t] + kpoff*S[0, 1, +  0][t] + kpoff*S[0, 1, 1][t] - kpon*K[2, +  1][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, +  -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 1][t] +  + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[1, 1, +  0][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] - kpon*K[2, +  1][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, +  -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 1][t] +  + kpoff*S[2, 1, -1][t] + kpoff*S[2, 1, +  0][t] + kpoff*S[2, 1, 1][t]
K[2, 2]0(K[2, 2])'[t] == -(a6*MEKP[t]*K[2, 2][t]) - +  a7*K[1, 0][t]*K[2, 2][t] - a9*K[1, 1][t]*K[2, +  2][t] + d7*K_K[1, 0, 2, 2][t] + k7*K_K[ + 1, 0, 2, 2][t] + d9*K_K[1, 1, 2, 2][t] +  + k9*K_K[1, 1, 2, 2][t] + k5*K_K[2, 1, +  3, 1][t] + d6*K_MEKP[2, 2][t] - kpon*K[2, +  2][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, +  -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, 1][t] +  + kpoff*S[-1, 2, -1][t] + kpoff*S[-1, 2, +  0][t] + kpoff*S[-1, 2, 1][t] - kpon*K[2, +  2][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0, +  -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, 1][t] +  + kpoff*S[0, 2, -1][t] + kpoff*S[0, 2, +  0][t] + kpoff*S[0, 2, 1][t] - kpon*K[2, +  2][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1, +  -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, 1][t] +  + kpoff*S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[1, 2, +  0][t] + kpoff*S[1, 2, 1][t] - kpon*K[2, +  2][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2, +  -1, 0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, 1][t] +  + kpoff*S[2, 2, -1][t] + kpoff*S[2, 2, +  0][t] + kpoff*S[2, 2, 1][t]
K[3, 0]0.3(K[3, 0])'[t] == -(a1*RAFK[t]*K[3, 0][t]) + +  d1*K_RAFK[3, 0][t] + k2*K_RAFP[3, 1][t] - +  kon*K[3, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] + koff*S[-1, +  -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 0, -1][t] +  + koff*S[-1, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[-1, +  1, -1][t] + koff*S[-1, 1, 0][t] - kon* + K[3, 0][t]*S[-1, 2, -1][t] + koff*S[-1, 2, 0] + [t] - kon*K[3, 0][t]*S[0, -1, -1][t] + koff* + S[0, -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0, 0, -1][ + t] + koff*S[0, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0, +  1, -1][t] + koff*S[0, 1, 0][t] - kon*K[ + 3, 0][t]*S[0, 2, -1][t] + koff*S[0, 2, 0][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[1, -1, -1][t] + koff*S[1, +  -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[1, 0, -1][t] +  + koff*S[1, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[1, +  1, -1][t] + koff*S[1, 1, 0][t] - kon*K[ + 3, 0][t]*S[1, 2, -1][t] + koff*S[1, 2, 0][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[2, -1, -1][t] + koff*S[2, +  -1, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[2, 0, -1][t] +  + koff*S[2, 0, 0][t] - kon*K[3, 0][t]*S[2, +  1, -1][t] + koff*S[2, 1, 0][t] - kon*K[ + 3, 0][t]*S[2, 2, -1][t] + koff*S[2, 2, 0][t]
K[3, 1]0(K[3, 1])'[t] == -(a2*RAFP[t]*K[3, 1][t]) - +  a3*K[2, 0][t]*K[3, 1][t] - a5*K[2, 1][t]*K[3, +  1][t] + d3*K_K[2, 0, 3, 1][t] + k3*K_K[ + 2, 0, 3, 1][t] + d5*K_K[2, 1, 3, 1][t] +  + k5*K_K[2, 1, 3, 1][t] + k1*K_RAFK[3, +  0][t] + d2*K_RAFP[3, 1][t] - kpon*K[3, 1][t] + *S[-1, -1, -1][t] + kpoff*S[-1, -1, 1][t] - +  kpon*K[3, 1][t]*S[-1, 0, -1][t] + kpoff*S[-1, +  0, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[-1, 1, -1][t] +  + kpoff*S[-1, 1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[- + 1, 2, -1][t] + kpoff*S[-1, 2, 1][t] - +  kpon*K[3, 1][t]*S[0, -1, -1][t] + kpoff*S[0, +  -1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0, 0, -1][t] +  + kpoff*S[0, 0, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0, +  1, -1][t] + kpoff*S[0, 1, 1][t] - kpon* + K[3, 1][t]*S[0, 2, -1][t] + kpoff*S[0, 2, 1][ + t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, -1, -1][t] + kpoff* + S[1, -1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, 0, -1][ + t] + kpoff*S[1, 0, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[ + 1, 1, -1][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] - +  kpon*K[3, 1][t]*S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[1, +  2, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[2, -1, -1][t] +  + kpoff*S[2, -1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[ + 2, 0, -1][t] + kpoff*S[2, 0, 1][t] - +  kpon*K[3, 1][t]*S[2, 1, -1][t] + kpoff*S[2, +  1, 1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[2, 2, -1][t] +  + kpoff*S[2, 2, 1][t]
K_K[1, 0, 2, 2]0(K_K[1, 0, 2, 2])'[t] == a7*K[1, 0][t]*K[2, +  2][t] - d7*K_K[1, 0, 2, 2][t] - k7*K_K[ + 1, 0, 2, 2][t]
K_K[1, 1, 2, 2]0(K_K[1, 1, 2, 2])'[t] == a9*K[1, 1][t]*K[2, +  2][t] - d9*K_K[1, 1, 2, 2][t] - k9*K_K[ + 1, 1, 2, 2][t]
K_K[2, 0, 3, 1]0(K_K[2, 0, 3, 1])'[t] == a3*K[2, 0][t]*K[3, +  1][t] - d3*K_K[2, 0, 3, 1][t] - k3*K_K[ + 2, 0, 3, 1][t]
K_K[2, 1, 3, 1]0(K_K[2, 1, 3, 1])'[t] == a5*K[2, 1][t]*K[3, +  1][t] - d5*K_K[2, 1, 3, 1][t] - k5*K_K[ + 2, 1, 3, 1][t]
K_MAPKP[1, 1]0(K_MAPKP[1, 1])'[t] == a8*MAPKP[t]*K[1, 1][t] - +  d8*K_MAPKP[1, 1][t] - k8*K_MAPKP[1, 1][t]
K_MAPKP[1, 2]0(K_MAPKP[1, 2])'[t] == a10*MAPKP[t]*K[1, 2][t] - +  d10*K_MAPKP[1, 2][t] - k10*K_MAPKP[1, 2][t]
K_MEKP[2, 1]0(K_MEKP[2, 1])'[t] == a4*MEKP[t]*K[2, 1][t] - +  d4*K_MEKP[2, 1][t] - k4*K_MEKP[2, 1][t]
K_MEKP[2, 2]0(K_MEKP[2, 2])'[t] == a6*MEKP[t]*K[2, 2][t] - +  d6*K_MEKP[2, 2][t] - k6*K_MEKP[2, 2][t]
K_RAFK[3, 0]0(K_RAFK[3, 0])'[t] == a1*RAFK[t]*K[3, 0][t] - +  d1*K_RAFK[3, 0][t] - k1*K_RAFK[3, 0][t]
K_RAFP[3, 1]0(K_RAFP[3, 1])'[t] == a2*RAFP[t]*K[3, 1][t] - +  d2*K_RAFP[3, 1][t] - k2*K_RAFP[3, 1][t]
S[-1, -1, -1]0.1(S[-1, -1, -1])'[t] == -(kon*K[1, 0][t]*S[-1, +  -1, -1][t]) - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, -1][ + t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, -1][t] - kon* + K[2, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[- + 1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, -1] + [t] - kon*K[3, 0][t]*S[-1, -1, -1][t] - kpon* + K[3, 1][t]*S[-1, -1, -1][t] + koff*S[-1, -1, +  0][t] + kpoff*S[-1, -1, 1][t] + koff*S[-1, +  0, -1][t] + kpoff*S[-1, 1, -1][t] + +  kpoff*S[-1, 2, -1][t] + koff*S[0, -1, -1][t] +  + kpoff*S[1, -1, -1][t] + kpoff*S[2, -1, +  -1][t]
S[-1, -1, 0]0(S[-1, -1, 0])'[t] == kon*K[3, 0][t]*S[-1, -1, +  -1][t] - koff*S[-1, -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]* + S[-1, -1, 0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1, 0] + [t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, 0][t] - kpon* + K[1, 2][t]*S[-1, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[-1, +  -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1, 0][t] +  - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, 0][t] + koff*S[- + 1, 0, 0][t] + kpoff*S[-1, 1, 0][t] + +  kpoff*S[-1, 2, 0][t] + koff*S[0, -1, 0][t] +  + kpoff*S[1, -1, 0][t] + kpoff*S[2, -1, +  0][t] + d1a*S_RAFK[-1, -1, 0][t]
S[-1, -1, 1]0(S[-1, -1, 1])'[t] == kpon*K[3, 1][t]*S[-1, - + 1, -1][t] - kpoff*S[-1, -1, 1][t] - kon*K[1, +  0][t]*S[-1, -1, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, +  -1, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, 1][t] +  - kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1, 1][t] - kpon*K[2, +  1][t]*S[-1, -1, 1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[-1, +  -1, 1][t] + koff*S[-1, 0, 1][t] + +  kpoff*S[-1, 1, 1][t] + kpoff*S[-1, 2, 1][t] +  + koff*S[0, -1, 1][t] + kpoff*S[1, -1, +  1][t] + kpoff*S[2, -1, 1][t] + k1*S_RAFK[-1, +  -1, 0][t]
S[-1, 0, -1]0(S[-1, 0, -1])'[t] == kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1, +  -1][t] - koff*S[-1, 0, -1][t] - kon*K[1, +  0][t]*S[-1, 0, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, +  0, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, -1][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 0, -1][t] - kpon*K[3, +  1][t]*S[-1, 0, -1][t] + koff*S[-1, 0, 0][t] +  + kpoff*S[-1, 0, 1][t] + koff*S[0, 0, - + 1][t] + kpoff*S[1, 0, -1][t] + kpoff*S[2, 0, +  -1][t]
S[-1, 0, 0]0(S[-1, 0, 0])'[t] == kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1, +  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[-1, 0, -1][t] - +  2*koff*S[-1, 0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[-1, 0, +  0][t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, 0][t] - +  kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, 0][t] - kpon*K[1, +  2][t]*S[-1, 0, 0][t] + koff*S[0, 0, 0][t] +  + kpoff*S[1, 0, 0][t] + kpoff*S[2, 0, +  0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 0, 0][t]
S[-1, 0, 1]0(S[-1, 0, 1])'[t] == kon*K[2, 0][t]*S[-1, -1, +  1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[-1, 0, -1][t] - +  k3*S[-1, 0, 1][t] - koff*S[-1, 0, 1][t] +  - kpoff*S[-1, 0, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[- + 1, 0, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, 1][t] +  - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, 1][t] + koff*S[0, +  0, 1][t] + kpoff*S[1, 0, 1][t] + kpoff* + S[2, 0, 1][t] + k1*S_RAFK[-1, 0, 0][t]
S[-1, 1, -1]0(S[-1, 1, -1])'[t] == kpon*K[2, 1][t]*S[-1, - + 1, -1][t] - kpoff*S[-1, 1, -1][t] - kon*K[1, +  0][t]*S[-1, 1, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, +  1, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, -1][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 1, -1][t] - kpon*K[3, +  1][t]*S[-1, 1, -1][t] + koff*S[-1, 1, 0][t] +  + kpoff*S[-1, 1, 1][t] + koff*S[0, 1, - + 1][t] + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[2, 1, +  -1][t]
S[-1, 1, 0]0(S[-1, 1, 0])'[t] == kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1, +  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[-1, 1, -1][t] - +  koff*S[-1, 1, 0][t] - kpoff*S[-1, 1, 0][t] +  - k1a*RAFK[t]*S[-1, 1, 0][t] - kon*K[1, 0][ + t]*S[-1, 1, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, +  0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 0][t] + +  koff*S[0, 1, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 0][t] +  + kpoff*S[2, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 1, +  0][t]
S[-1, 1, 1]0(S[-1, 1, 1])'[t] == kpon*K[2, 1][t]*S[-1, -1, +  1][t] + k3*S[-1, 0, 1][t] + kpon*K[3, +  1][t]*S[-1, 1, -1][t] - k5a*S[-1, 1, 1][t] +  - 2*kpoff*S[-1, 1, 1][t] - kon*K[1, 0][t]*S[ + -1, 1, 1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, 1][t] +  - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, 1][t] + koff*S[0, +  1, 1][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] + kpoff* + S[2, 1, 1][t] + k1*S_RAFK[-1, 1, 0][t]
S[-1, 2, -1]0(S[-1, 2, -1])'[t] == kpon*K[2, 2][t]*S[-1, - + 1, -1][t] - kpoff*S[-1, 2, -1][t] - kon*K[1, +  0][t]*S[-1, 2, -1][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, +  2, -1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, -1][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[-1, 2, -1][t] - kpon*K[3, +  1][t]*S[-1, 2, -1][t] + koff*S[-1, 2, 0][t] +  + kpoff*S[-1, 2, 1][t] + koff*S[0, 2, - + 1][t] + kpoff*S[1, 2, -1][t] + kpoff*S[2, 2, +  -1][t]
S[-1, 2, 0]0(S[-1, 2, 0])'[t] == kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, +  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[-1, 2, -1][t] - +  koff*S[-1, 2, 0][t] - kpoff*S[-1, 2, 0][t] +  - k1a*RAFK[t]*S[-1, 2, 0][t] - kon*K[1, 0][ + t]*S[-1, 2, 0][t] - kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2, +  0][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, 0][t] + +  koff*S[0, 2, 0][t] + kpoff*S[1, 2, 0][t] +  + kpoff*S[2, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[-1, 2, +  0][t]
S[-1, 2, 1]0(S[-1, 2, 1])'[t] == kpon*K[2, 2][t]*S[-1, -1, +  1][t] + k5a*S[-1, 1, 1][t] + kpon*K[3, +  1][t]*S[-1, 2, -1][t] - 2*kpoff*S[-1, 2, 1][ + t] - kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2, 1][t] - kpon*K[ + 1, 1][t]*S[-1, 2, 1][t] - kpon*K[1, 2][t]*S[-1, +  2, 1][t] + koff*S[0, 2, 1][t] + kpoff* + S[1, 2, 1][t] + kpoff*S[2, 2, 1][t] + +  k1*S_RAFK[-1, 2, 0][t]
S[0, -1, -1]0(S[0, -1, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1, +  -1][t] - koff*S[0, -1, -1][t] - kon*K[2, +  0][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[0, +  -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, -1][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[0, -1, -1][t] - kpon*K[3, +  1][t]*S[0, -1, -1][t] + koff*S[0, -1, 0][t] +  + kpoff*S[0, -1, 1][t] + koff*S[0, 0, - + 1][t] + kpoff*S[0, 1, -1][t] + kpoff*S[0, 2, +  -1][t]
S[0, -1, 0]0(S[0, -1, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1, +  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[0, -1, -1][t] - +  2*koff*S[0, -1, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, -1, +  0][t] - kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 0][t] - +  kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 0][t] - kpon*K[2, +  2][t]*S[0, -1, 0][t] + koff*S[0, 0, 0][t] +  + kpoff*S[0, 1, 0][t] + kpoff*S[0, 2, +  0][t] + d1a*S_RAFK[0, -1, 0][t]
S[0, -1, 1]0(S[0, -1, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, -1, +  1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[0, -1, -1][t] - +  koff*S[0, -1, 1][t] - kpoff*S[0, -1, 1][t] +  - kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 1][t] - kpon*K[2, +  1][t]*S[0, -1, 1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[0, +  -1, 1][t] + koff*S[0, 0, 1][t] + kpoff* + S[0, 1, 1][t] + kpoff*S[0, 2, 1][t] + +  k1*S_RAFK[0, -1, 0][t]
S[0, 0, -1]0(S[0, 0, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, +  -1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, -1][t] - +  2*koff*S[0, 0, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0, +  0, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0, 0, -1][t] +  + koff*S[0, 0, 0][t] + kpoff*S[0, 0, 1] + [t]
S[0, 0, 0]0(S[0, 0, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, +  0][t] + kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 0][t] + +  kon*K[3, 0][t]*S[0, 0, -1][t] - 3*koff*S[0, +  0, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, 0, 0][t] + +  d1a*S_RAFK[0, 0, 0][t]
S[0, 0, 1]0(S[0, 0, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 0, +  1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[0, -1, 1][t] + +  kpon*K[3, 1][t]*S[0, 0, -1][t] - k3*S[0, 0, +  1][t] - 2*koff*S[0, 0, 1][t] - kpoff*S[0, +  0, 1][t] + k1*S_RAFK[0, 0, 0][t]
S[0, 1, -1]0(S[0, 1, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1, +  -1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, -1][t] - +  koff*S[0, 1, -1][t] - kpoff*S[0, 1, -1][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[0, 1, -1][t] - kpon*K[3, +  1][t]*S[0, 1, -1][t] + koff*S[0, 1, 0][t] +  + kpoff*S[0, 1, 1][t]
S[0, 1, 0]0(S[0, 1, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1, +  0][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 0][t] + +  kon*K[3, 0][t]*S[0, 1, -1][t] - 2*koff*S[0, +  1, 0][t] - kpoff*S[0, 1, 0][t] - k1a* + RAFK[t]*S[0, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[0, 1, 0][t]
S[0, 1, 1]0(S[0, 1, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 1, +  1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[0, -1, 1][t] + +  k3*S[0, 0, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[0, 1, +  -1][t] - k5a*S[0, 1, 1][t] - koff*S[0, +  1, 1][t] - 2*kpoff*S[0, 1, 1][t] + k1* + S_RAFK[0, 1, 0][t]
S[0, 2, -1]0(S[0, 2, -1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2, +  -1][t] + kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, -1][t] - +  k7*S[0, 2, -1][t] - koff*S[0, 2, -1][t] +  - kpoff*S[0, 2, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[0, +  2, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[0, 2, -1][t] +  + koff*S[0, 2, 0][t] + kpoff*S[0, 2, 1] + [t]
S[0, 2, 0]0(S[0, 2, 0])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2, +  0][t] + kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, 0][t] + +  kon*K[3, 0][t]*S[0, 2, -1][t] - k7*S[0, 2, +  0][t] - 2*koff*S[0, 2, 0][t] - kpoff*S[0, +  2, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[0, 2, 0][t] + +  d1a*S_RAFK[0, 2, 0][t]
S[0, 2, 1]0(S[0, 2, 1])'[t] == kon*K[1, 0][t]*S[-1, 2, +  1][t] + kpon*K[2, 2][t]*S[0, -1, 1][t] + +  k5a*S[0, 1, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[0, 2, +  -1][t] - k7*S[0, 2, 1][t] - koff*S[0, +  2, 1][t] - 2*kpoff*S[0, 2, 1][t] + k1* + S_RAFK[0, 2, 0][t]
S[1, -1, -1]0(S[1, -1, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, - + 1, -1][t] - kpoff*S[1, -1, -1][t] - kon*K[2, +  0][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, +  -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, -1][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[1, -1, -1][t] - kpon*K[3, +  1][t]*S[1, -1, -1][t] + koff*S[1, -1, 0][t] +  + kpoff*S[1, -1, 1][t] + koff*S[1, 0, - + 1][t] + kpoff*S[1, 1, -1][t] + kpoff*S[1, 2, +  -1][t]
S[1, -1, 0]0(S[1, -1, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, +  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[1, -1, -1][t] - +  koff*S[1, -1, 0][t] - kpoff*S[1, -1, 0][t] +  - k1a*RAFK[t]*S[1, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][ + t]*S[1, -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, +  0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, 0][t] + +  koff*S[1, 0, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 0][t] +  + kpoff*S[1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, -1, +  0][t]
S[1, -1, 1]0(S[1, -1, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, -1, +  1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[1, -1, -1][t] - +  2*kpoff*S[1, -1, 1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[1, +  -1, 1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 1][t] +  - kpon*K[2, 2][t]*S[1, -1, 1][t] + koff*S[1, +  0, 1][t] + kpoff*S[1, 1, 1][t] + kpoff* + S[1, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[1, -1, 0][t]
S[1, 0, -1]0(S[1, 0, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, +  -1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, -1][t] - +  koff*S[1, 0, -1][t] - kpoff*S[1, 0, -1][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[1, 0, -1][t] - kpon*K[3, +  1][t]*S[1, 0, -1][t] + koff*S[1, 0, 0][t] +  + kpoff*S[1, 0, 1][t]
S[1, 0, 0]0(S[1, 0, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, +  0][t] + kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, 0][t] + +  kon*K[3, 0][t]*S[1, 0, -1][t] - 2*koff*S[1, +  0, 0][t] - kpoff*S[1, 0, 0][t] - k1a* + RAFK[t]*S[1, 0, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 0, 0][t]
S[1, 0, 1]0(S[1, 0, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 0, +  1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[1, -1, 1][t] + +  kpon*K[3, 1][t]*S[1, 0, -1][t] - k3*S[1, 0, +  1][t] - koff*S[1, 0, 1][t] - 2*kpoff*S[1, +  0, 1][t] + k1*S_RAFK[1, 0, 0][t]
S[1, 1, -1]0(S[1, 1, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, +  -1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, -1][t] - +  2*kpoff*S[1, 1, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[1, +  1, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, 1, -1][t] +  + koff*S[1, 1, 0][t] + kpoff*S[1, 1, 1] + [t]
S[1, 1, 0]0(S[1, 1, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, +  0][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 0][t] + +  kon*K[3, 0][t]*S[1, 1, -1][t] - koff*S[1, 1, +  0][t] - 2*kpoff*S[1, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]* + S[1, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 1, 0][t]
S[1, 1, 1]0(S[1, 1, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 1, +  1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[1, -1, 1][t] + +  k3*S[1, 0, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[1, 1, +  -1][t] - k5a*S[1, 1, 1][t] - 3*kpoff*S[1, +  1, 1][t] + k1*S_RAFK[1, 1, 0][t]
S[1, 2, -1]0(S[1, 2, -1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2, +  -1][t] + k7*S[0, 2, -1][t] + kpon*K[2, +  2][t]*S[1, -1, -1][t] - k9a*S[1, 2, -1][t] +  - 2*kpoff*S[1, 2, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[ + 1, 2, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[1, 2, -1][t] +  + koff*S[1, 2, 0][t] + kpoff*S[1, 2, 1] + [t]
S[1, 2, 0]0(S[1, 2, 0])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2, +  0][t] + k7*S[0, 2, 0][t] + kpon*K[2, 2] + [t]*S[1, -1, 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[1, 2, - + 1][t] - k9a*S[1, 2, 0][t] - koff*S[1, 2, +  0][t] - 2*kpoff*S[1, 2, 0][t] - k1a*RAFK[t]* + S[1, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[1, 2, 0][t]
S[1, 2, 1]0(S[1, 2, 1])'[t] == kpon*K[1, 1][t]*S[-1, 2, +  1][t] + k7*S[0, 2, 1][t] + kpon*K[2, 2] + [t]*S[1, -1, 1][t] + k5a*S[1, 1, 1][t] + +  kpon*K[3, 1][t]*S[1, 2, -1][t] - k9a*S[1, 2, +  1][t] - 3*kpoff*S[1, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[1, +  2, 0][t]
S[2, -1, -1]0(S[2, -1, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, - + 1, -1][t] - kpoff*S[2, -1, -1][t] - kon*K[2, +  0][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, +  -1, -1][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, -1][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[2, -1, -1][t] - kpon*K[3, +  1][t]*S[2, -1, -1][t] + koff*S[2, -1, 0][t] +  + kpoff*S[2, -1, 1][t] + koff*S[2, 0, - + 1][t] + kpoff*S[2, 1, -1][t] + kpoff*S[2, 2, +  -1][t]
S[2, -1, 0]0(S[2, -1, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, +  0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[2, -1, -1][t] - +  koff*S[2, -1, 0][t] - kpoff*S[2, -1, 0][t] +  - k1a*RAFK[t]*S[2, -1, 0][t] - kon*K[2, 0][ + t]*S[2, -1, 0][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, +  0][t] - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, 0][t] + +  koff*S[2, 0, 0][t] + kpoff*S[2, 1, 0][t] +  + kpoff*S[2, 2, 0][t] + d1a*S_RAFK[2, -1, +  0][t]
S[2, -1, 1]0(S[2, -1, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, -1, +  1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[2, -1, -1][t] - +  2*kpoff*S[2, -1, 1][t] - kon*K[2, 0][t]*S[2, +  -1, 1][t] - kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 1][t] +  - kpon*K[2, 2][t]*S[2, -1, 1][t] + koff*S[2, +  0, 1][t] + kpoff*S[2, 1, 1][t] + kpoff* + S[2, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[2, -1, 0][t]
S[2, 0, -1]0(S[2, 0, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, +  -1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, -1][t] - +  koff*S[2, 0, -1][t] - kpoff*S[2, 0, -1][t] +  - kon*K[3, 0][t]*S[2, 0, -1][t] - kpon*K[3, +  1][t]*S[2, 0, -1][t] + koff*S[2, 0, 0][t] +  + kpoff*S[2, 0, 1][t]
S[2, 0, 0]0(S[2, 0, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, +  0][t] + kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 0][t] + +  kon*K[3, 0][t]*S[2, 0, -1][t] - 2*koff*S[2, +  0, 0][t] - kpoff*S[2, 0, 0][t] - k1a* + RAFK[t]*S[2, 0, 0][t] + d1a*S_RAFK[2, 0, 0][t]
S[2, 0, 1]0(S[2, 0, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 0, +  1][t] + kon*K[2, 0][t]*S[2, -1, 1][t] + +  kpon*K[3, 1][t]*S[2, 0, -1][t] - k3*S[2, 0, +  1][t] - koff*S[2, 0, 1][t] - 2*kpoff*S[2, +  0, 1][t] + k1*S_RAFK[2, 0, 0][t]
S[2, 1, -1]0(S[2, 1, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, +  -1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, -1][t] - +  2*kpoff*S[2, 1, -1][t] - kon*K[3, 0][t]*S[2, +  1, -1][t] - kpon*K[3, 1][t]*S[2, 1, -1][t] +  + koff*S[2, 1, 0][t] + kpoff*S[2, 1, 1] + [t]
S[2, 1, 0]0(S[2, 1, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, +  0][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 0][t] + +  kon*K[3, 0][t]*S[2, 1, -1][t] - koff*S[2, 1, +  0][t] - 2*kpoff*S[2, 1, 0][t] - k1a*RAFK[t]* + S[2, 1, 0][t] + d1a*S_RAFK[2, 1, 0][t]
S[2, 1, 1]0(S[2, 1, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 1, +  1][t] + kpon*K[2, 1][t]*S[2, -1, 1][t] + +  k3*S[2, 0, 1][t] + kpon*K[3, 1][t]*S[2, 1, +  -1][t] - k5a*S[2, 1, 1][t] - 3*kpoff*S[2, +  1, 1][t] + k1*S_RAFK[2, 1, 0][t]
S[2, 2, -1]0(S[2, 2, -1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, +  -1][t] + k9a*S[1, 2, -1][t] + kpon*K[2, +  2][t]*S[2, -1, -1][t] - 2*kpoff*S[2, 2, -1][ + t] - kon*K[3, 0][t]*S[2, 2, -1][t] - kpon*K[ + 3, 1][t]*S[2, 2, -1][t] + koff*S[2, 2, 0][t] +  + kpoff*S[2, 2, 1][t]
S[2, 2, 0]0(S[2, 2, 0])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, +  0][t] + k9a*S[1, 2, 0][t] + kpon*K[2, +  2][t]*S[2, -1, 0][t] + kon*K[3, 0][t]*S[2, +  2, -1][t] - koff*S[2, 2, 0][t] - 2* + kpoff*S[2, 2, 0][t] - k1a*RAFK[t]*S[2, 2, 0][t] +  + d1a*S_RAFK[2, 2, 0][t]
S[2, 2, 1]0(S[2, 2, 1])'[t] == kpon*K[1, 2][t]*S[-1, 2, +  1][t] + k9a*S[1, 2, 1][t] + kpon*K[2, +  2][t]*S[2, -1, 1][t] + k5a*S[2, 1, 1][t] +  + kpon*K[3, 1][t]*S[2, 2, -1][t] - 3*kpoff* + S[2, 2, 1][t] + k1*S_RAFK[2, 2, 0][t]
S_RAFK[-1, -1, 0]0(S_RAFK[-1, -1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, -1, +  0][t] - d1a*S_RAFK[-1, -1, 0][t] - k1* + S_RAFK[-1, -1, 0][t]
S_RAFK[-1, 0, 0]0(S_RAFK[-1, 0, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, 0, +  0][t] - d1a*S_RAFK[-1, 0, 0][t] - k1*S_RAFK[ + -1, 0, 0][t]
S_RAFK[-1, 1, 0]0(S_RAFK[-1, 1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[-1, 1, +  0][t] - d1a*S_RAFK[-1, 1, 0][t] - k1*S_RAFK[ + -1, 1, 0][t]
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S_RAFK[0, -1, 0]0(S_RAFK[0, -1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[0, -1, +  0][t] - d1a*S_RAFK[0, -1, 0][t] - k1*S_RAFK[ + 0, -1, 0][t]
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S_RAFK[2, 1, 0]0(S_RAFK[2, 1, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[2, 1, +  0][t] - d1a*S_RAFK[2, 1, 0][t] - k1*S_RAFK[ + 2, 1, 0][t]
S_RAFK[2, 2, 0]0(S_RAFK[2, 2, 0])'[t] == k1a*RAFK[t]*S[2, 2, +  0][t] - d1a*S_RAFK[2, 2, 0][t] - k1*S_RAFK[ + 2, 2, 0][t]
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+

author=B.E.Shapiro

+ + + + + + + + + + + Shapiro + Bruce + + bshapiro@jpl.nasa.gov + + NASA Jet Propulsion Laboratory + + + + + + 2005-02-25T23:43:21Z + + + 2013-06-03T13:36:47Z + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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Bruce Shapiro: Generated by Cellerator Version 1.0 update 3.0303 using Mathematica 4.1 for Microsoft Windows (June 13, 2001), April 2, 2003 16:49:13, using (PC,x86, Microsoft Windows,WindowsNT,Windows)

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Bruce Shapiro: Corrected 29 March 2005

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Nicolas Le Novère: Added Dbt and Cyc species, and the corresponding reactions. 23 April 2005

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To the extent possible under law, all copyright and related or neighbouring rights to this encoded model have been dedicated to the public domain worldwide. Please refer to CC0 Public Domain Dedication + for more information.

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In summary, you are entitled to use this encoded model in absolutely any manner you deem suitable, verbatim, or with modification, alone or embedded it in a larger context, redistribute it, commercially or not, in a restricted way or not.

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To cite BioModels Database, please use: Li C, Donizelli M, Rodriguez N, Dharuri H, Endler L, Chelliah V, Li L, He E, Henry A, Stefan MI, Snoep JL, Hucka M, Le Novère N, Laibe C (2010) BioModels Database: An enhanced, curated and annotated resource for published quantitative kinetic models. BMC Syst Biol., 4:92. +

+ + + + + + + + + + + Le Novère + Nicolas + + lenov@ebi.ac.uk + + EMBL-EBI + + + + + Shapiro + Bruce + + bshapiro@jpl.nasa.gov + + NASA Jet Propulsion Laboratory + + + + + + 2005-09-21T17:16:35Z + + + 2014-03-26T16:51:09Z + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + c1 + + + + + + + B1 + + + + + CCn + A1 + + a + + + s1 + + + + 1 + B1 + + + + + CCn + A1 + + a + + + + + + PTn + r1 + + r + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + D0 + Perm + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + c2 + + + + + + + B2 + + + + + CCn + A2 + + a + + + s3 + + + + 1 + B2 + + + + + CCn + A2 + + a + + + + + + PTn + r2 + + r + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Drosophilia + D0 + Timm + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + c3 + + + + + + + B3 + + + + + PTn + A3 + + a + + + s5 + + + + 1 + B3 + + + + + PTn + A3 + + a + + + + + + CCn + r3 + + r + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Drosophilia + Clkm + D0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + CCc + T3 + + + + k3 + CCc + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000002 + + + + + CCn + T4 + + + + k4 + CCn + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000002 + + + + + PTn + T2 + + + + k2 + PTn + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + PTc + T1 + + + + k1 + PTc + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + Clkc + v3 + species_0000012 + + + + parameter_0000073 + CCc + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + Perc + Timc + v1 + + + + parameter_0000072 + PTc + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + s4 + Timm + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + Clkm + s6 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + s2 + Perm + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Drosophilia + D0 + Perc + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + D0 + PTc + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000002 + D0 + PTn + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + CCc + D0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + Clkc + D0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000002 + CCn + D0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + D0 + Timc + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + D1 + Perm + + + + L1 + Perm + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + D2 + species_0000013 + Perc + + + + L2 + Perc + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + D3 + Timm + + + + L3 + Timm + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + D4 + Timc + + + + L4 + Timc + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + D5 + PTc + + + + L5 + PTc + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000002 + + + + + D6 + PTn + + + + L6 + PTn + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + Clkm + D7 + + + + Clkm + L7 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + Clkc + D8 + + + + Clkc + L8 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000003 + + + + + CCc + D9 + + + + CCc + L9 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + compartment_0000002 + + + + + CCn + D10 + + + + CCn + L10 + + + + + + + + + + + + + diff --git a/data/sosbench/00022/00022-settings.txt b/data/sosbench/00022/00022-settings.txt new file mode 100644 index 0000000000..3806020aa3 --- /dev/null +++ b/data/sosbench/00022/00022-settings.txt @@ -0,0 +1,9 @@ +start: 0 +duration: 2000 +steps: 2000 +variables: CCc, CCn, Clkc, Clkm, Perc, Perm, PTc, PTn, Timc, Timm +absolute: 1.0e-4 +relative: 1.0e-9 +amount: +concentration: CCc, CCn, Clkc, Clkm, Perc, Perm, PTc, PTn, Timc, Timm + diff --git a/data/sosbench/00033/00033-sbml-l2v1.xml b/data/sosbench/00033/00033-sbml-l2v1.xml new file mode 100644 index 0000000000..4e5a258797 --- /dev/null +++ b/data/sosbench/00033/00033-sbml-l2v1.xml @@ -0,0 +1,1744 @@ + + + + + + + + + + +

Contact Ryan Gutenkunst (rng7@cornell.edu) for any questions on the SBMLization or annotation of this model.

+

KS Brown KS and JP Sethna
+ "Statistical mechanical approaches to models with many poorly known parameters."
+ Physical Review E 68:021904 (2003)
+ PMID: 14525003

+

KS Brown, CC Hill, GA Calero, CR Myers, KH Lee, JP Sethna, and RA Cerione
+ "The statistical mechanics of complex signaling networks: + nerve growth factor signaling"
+ Physical Biology 1:184-195 (2004)
+ PMID: not yet indexed

+

Notes:

+

The figures in the paper show results from computations performed over an ensemble of all parameter sets that fit the avaiable data. This file contains only the best fit parameters. The full ensemble of parameters is available at http://www.lassp.cornell.edu/sethna/GeneDynamics/PC12DataFiles/ (Also, the best-fit parameter set produces a curve for DN Rap1 that is less "peakish" than the ensemble average.)

+

The conversion factors for EGF and NGF concentrations account for their molecular weights and the density of cells in the culture dish. These concentrations are saturating, so the exact values are not critical.

+

Because the Erk data fit to measure only fold changes in activity, there is no absolute scale for the y-axes. Thus the curves from this file have different magnitudes than those published.

+

To reproduce the figures from the paper:
+ 2a) For EGF stimulation, set the initial concentration of EGF to 100 ng/ml * 100020 (molecule/cell)/(ng/ml) = 10002000.
+ For NGF stimulation, set the initial concentration of NGF to 50 ng/ml * 4560 (molecule/cell)/(ng/ml) = 456000
+ 5a) To simulate LY294002 addition, set kPI3KRas and kPI3K to 0.
+ 5b) To simulate a dominant negative Rap1, set kRap1ToBRaf to 0.
+ To simulate a dominant negative Ras, set kRasToRaf1 and kPI3KRas to 0.
+

+

Almost all the data fit with this model by the authors are from Western blots. Given +the uncertainties in antibody effectiveness and other factors, one can't +a priori derive a conversion between the arbitrary units for a given set +of data and molecules per cell. So the authors used an adjustable +"scale factor" that converts between molecules per cell and Western blot +units.

+

For the EGF stimulation data in figure 2a) the scale factor conversion +is 1.414e-05 (U/mg)/(molecule/cell). +For the NGF stimulation data in figure 2a) it is 7.135e-06 +(U/mg)/(molecule/cell).

+
+

To the extent possible under law, all copyright and related or neighbouring rights to this encoded model have been dedicated to the public domain worldwide. Please refer to CC0 Public Domain Dedication + for more information.

+

In summary, you are entitled to use this encoded model in absolutely any manner you deem suitable, verbatim, or with modification, alone or embedded it in a larger context, redistribute it, commercially or not, in a restricted way or not.

+
+

To cite BioModels Database, please use: Li C, Donizelli M, Rodriguez N, Dharuri H, Endler L, Chelliah V, Li L, He E, Henry A, Stefan MI, Snoep JL, Hucka M, Le Novère N, Laibe C (2010) BioModels Database: An enhanced, curated and annotated resource for published quantitative kinetic models. BMC Syst Biol., 4:92. +

+ + + + + + + + + + + Le Novère + Nicolas + + lenov@ebi.ac.uk + + EMBL-EBI + + + + + Gutenkunst + Ryan + + rng7@cornell.edu + + Cornell University + + + + + + 2005-06-10T14:09:32Z + + + 2014-04-04T13:21:52Z + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + krbEGF + EGF + freeEGFReceptor + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + kruEGF + boundEGFReceptor + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + krbNGF + NGF + freeNGFReceptor + cell + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + kruNGF + boundNGFReceptor + cell + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kEGF + boundEGFReceptor + SosInactive + + + + SosInactive + KmEGF + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kNGF + boundNGFReceptor + SosInactive + + + + SosInactive + KmNGF + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kdSos + P90RskActive + SosActive + + + + SosActive + KmdSos + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kSos + SosActive + RasInactive + + + + RasInactive + KmSos + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kRasGap + RasGapActive + RasActive + + + + RasActive + KmRasGap + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kRasToRaf1 + RasActive + Raf1Inactive + + + + Raf1Inactive + KmRasToRaf1 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kpRaf1 + Raf1Active + MekInactive + + + + MekInactive + KmpRaf1 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kpBRaf + BRafActive + MekInactive + + + + MekInactive + KmpBRaf + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kpMekCytoplasmic + MekActive + ErkInactive + + + + ErkInactive + KmpMekCytoplasmic + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kdMek + PP2AActive + MekActive + + + + MekActive + KmdMek + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kdErk + PP2AActive + ErkActive + + + + ErkActive + KmdErk + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kdRaf1 + Raf1PPtase + Raf1Active + + + + Raf1Active + KmdRaf1 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kpP90Rsk + ErkActive + P90RskInactive + + + + P90RskInactive + KmpP90Rsk + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kPI3K + boundEGFReceptor + PI3KInactive + + + + PI3KInactive + KmPI3K + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kPI3KRas + RasActive + PI3KInactive + + + + PI3KInactive + KmPI3KRas + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kAkt + PI3KActive + AktInactive + + + + AktInactive + KmAkt + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kdRaf1ByAkt + AktActive + Raf1Active + + + + Raf1Active + KmRaf1ByAkt + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kC3GNGF + boundNGFReceptor + C3GInactive + + + + C3GInactive + KmC3GNGF + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kC3G + C3GActive + Rap1Inactive + + + + Rap1Inactive + KmC3G + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kRapGap + RapGapActive + Rap1Active + + + + Rap1Active + KmRapGap + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kRap1ToBRaf + Rap1Active + BRafInactive + + + + BRafInactive + KmRap1ToBRaf + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + cell + + + + + kdBRaf + Raf1PPtase + BRafActive + + + + BRafActive + KmdBRaf + + + + + + + + + diff --git a/data/sosbench/00033/00033-settings.txt b/data/sosbench/00033/00033-settings.txt new file mode 100644 index 0000000000..2207bc0728 --- /dev/null +++ b/data/sosbench/00033/00033-settings.txt @@ -0,0 +1,8 @@ +start: 0 +duration: 60 +steps: 60 +variables: EGF, NGF, freeEGFReceptor, boundEGFReceptor, freeNGFReceptor, boundNGFReceptor, SosInactive, SosActive, P90RskInactive, P90RskActive, RasInactive, RasActive, RasGapActive, Raf1Inactive, Raf1Active, BRafInactive, BRafActive, MekInactive, MekActive, ErkInactive, ErkActive, PI3KInactive, PI3KActive, AktInactive, AktActive, C3GInactive, C3GActive, Rap1Inactive, Rap1Active, RapGapActive, PP2AActive, Raf1PPtase +absolute: 1.0e-4 +relative: 1.0e-9 +amount: +concentration: EGF, NGF, freeEGFReceptor, boundEGFReceptor, freeNGFReceptor, boundNGFReceptor, SosInactive, SosActive, P90RskInactive, P90RskActive, RasInactive, RasActive, RasGapActive, Raf1Inactive, Raf1Active, BRafInactive, BRafActive, MekInactive, MekActive, ErkInactive, ErkActive, PI3KInactive, PI3KActive, AktInactive, AktActive, C3GInactive, C3GActive, Rap1Inactive, Rap1Active, RapGapActive, PP2AActive, Raf1PPtase diff --git a/data/sosbench/10000/10000-sbml-l2v1.xml b/data/sosbench/10000/10000-sbml-l2v1.xml new file mode 100644 index 0000000000..3c9804f122 --- /dev/null +++ b/data/sosbench/10000/10000-sbml-l2v1.xml @@ -0,0 +1,210 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + beta + + + y1 + x1 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + beta + + + y2 + x2 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + beta + + + y3 + x3 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + alpha + x1 + + + + 1 + x1 + + + rho + x3 + + + + y1 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + alpha + x2 + + + + 1 + x2 + + + rho + x1 + + + + y2 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + alpha + x3 + + + + 1 + x3 + + + rho + x2 + + + + y3 + + + + + + + diff --git a/data/sosbench/10000/10000-settings.txt b/data/sosbench/10000/10000-settings.txt new file mode 100644 index 0000000000..65a80fd62f --- /dev/null +++ b/data/sosbench/10000/10000-settings.txt @@ -0,0 +1,9 @@ +start: 0 +duration: 100000 +steps: 100000 +variables: x1, x2, x3, y1, y2, y3 +absolute: 1.0e-4 +relative: 1.0e-9 +amount: +concentration: x1, x2, x3, y1, y2, y3 + diff --git a/data/sosbench/10001/10001-sbml-l2v1.xml b/data/sosbench/10001/10001-sbml-l2v1.xml new file mode 100644 index 0000000000..7b020e21e5 --- /dev/null +++ b/data/sosbench/10001/10001-sbml-l2v1.xml @@ -0,0 +1,1232 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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Acetyladehyde + + + NADH + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + J8_J8_k1 + + + Acetyladehyde + + + + + + J8_J8_k2 + + + External_acetaldehyde + + + + + + + + + + + + + + + + + + + J9_J9_k + + + ATP + + + + + + + + + + + + + + + + + + J10_J10_k + + + External_acetaldehyde + + + + + + + + diff --git a/data/sosbench/10001/10001-settings.txt b/data/sosbench/10001/10001-settings.txt new file mode 100644 index 0000000000..8e76c88c10 --- /dev/null +++ b/data/sosbench/10001/10001-settings.txt @@ -0,0 +1,9 @@ +start: 0 +duration: 0.001 +steps: 1 +variables: Glucose, fructose_1_6_bisphosphate, glyceraldehyde_3_phosphate, glycerate_3_phosphate, pyruvate, Acetyladehyde, External_acetaldehyde, ATP, ADP, NAD, NADH +absolute: 1.0e-4 +relative: 1.0e-9 +amount: +concentration: Glucose, fructose_1_6_bisphosphate, glyceraldehyde_3_phosphate, glycerate_3_phosphate, pyruvate, Acetyladehyde, External_acetaldehyde, ATP, ADP, NAD, NADH + diff --git a/data/sosbench/notes.txt b/data/sosbench/notes.txt new file mode 100644 index 0000000000..b760b267e9 --- /dev/null +++ b/data/sosbench/notes.txt @@ -0,0 +1,8 @@ +# RR and COPASI test programs have the same command line args: +time rr-sbml-benchmark /Users/andy/src/sbml_test/cases/semantic/ 00966 /dev/null 3 1 -stiff + +# LibSBMLSim is run like this: +time simulateSBML -t 1000 -s 1000 -m 13 ~/src/sbml_test/cases/semantic/00966/00966-sbml-l3v1.xml + +# The Java one is run like: +time java -cp SimulationCoreLibrary_v1.3_incl-libs.jar org.simulator.SBMLTestSuiteRunner /Users/andy/sosbench/ 10001 10001