| title | authors | authorLinks | affiliations | translators | translatorLinks | date | dataset | abstract | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Πώς να ερμηνεύσετε φυλογενετικά δέντρα |
|
Fred Hutch, Seattle, USA; Biozentrum, Basel, Switzerland; Chan Zuckerberg Initiative, CA, USA |
|
13 Μαρτίου 2020 |
Αυτή η παρουσίαση εξηγεί πώς διαβάζονται και ερμηνεύονται τα φυλογενετικά δέντρα που ενημερώνουν την γενωμική επιδημιολογία. Αυτός ο ιστότοπος έχει βελτιστοποιηθεί για προβολή σε desktop browser. |
- Πώς συνδέονται τα δίκτυα μετάδοσης με τα φυλογενετικά δέντρα;
- Πώς διαβάζουμε ένα δέντρο;
- Πώς σχετίζεται το πάνελ της "ποικιλομορφίας" με το δέντρο;
- Μετρώντας τις διαφορές με γενετική απόκλιση.
- Μετρώντας τις διαφορές στη διάσταση του χρόνου.
- Χρονολογηση της έναρξης μιας επιδημίας.
- Πώς ερμηνεύονται τα χαρακτηριστικά (χρώματα) στο δέντρο;
- Πώς σχετίζεται ο χάρτης με το δέντρο;
- Περεταίρω ανάγνωση: Aβεβαιότητα στα δέντρα.
- Σχετικά με τα δεδομένα που παρουσιάζονται εδώ.
Οι παθογόνοι μικροοργανισμοί μεταδίδονται μέσω ταχείας αναπαραγωγής σε ένα φορέα που ακολουθείται από μετάδοση σε άλλο φορέα. Μια επιδημία μπορεί να ξεκινήσει μόνο όταν μία μόλυνση έχει ως αποτέλεσμα περισσότερες από μία επόμενες μολύνσεις.
Καθώς ο παθογόνος μικροοργανισμός αναπαράγεται και εξαπλώνεται, το γονιδίωμα του αναπαράγεται πολλές φορές και τυχαίες μεταλλάξεις (λάθη στην αντιγραφή του) συσσωρεύονται στο γονιδίωμά του - αυτό είναι φυσιολογικό. Τέτοιες τυχαίες μεταλλάξεις μπορούν να βοηθήσουν στην παρακολούθηση της εξάπλωσης του παθογόνου μικροοργανισμού και στην κατανόηση των διαδρομών μετάδοσής του και των δυναμικών του.
# Παράδειγμα
<div width="50%" margin="auto">
<p>
<img width="500px" alt="σκίτσο το οποίο παρουσιάζει πως σχετίζεται το δέντρο μετάδοσης με το φυλογενετικό δέντρο" src="https://github.com/nextstrain/nextstrain.org/raw/master/static-site/content/help/01-general/figures/infection_tree_combined.png"/>
</p>
<p>
Η παραπάνω εικόνα δείχνει ένα δέντρο μετάδοσης. Κάθε κύκλος αντιπροσωπεύει ένα κρούσμα (μολυσμένο άτομο), με οριζόντιες γραμμές που αντιπροσωπεύουν τη διάρκεια της μόλυνσης. Τα συνδεδεμένα κρούσματα αντιπροσωπεύουν μεταδόσεις από ένα άτομο σε άλλο.
<br><br>
Εδώ βλέπουμε την πλήρη εικόνα του δέντρου μετάδοσης. Στην πράξη όμως, μόνο ένα υποσύνολο κρουσμάτων υπόκειται σε δειγματοληψία (μπλε). Το δέντρο μετάδοσης είναι άγνωστο και συνήθως μπορούμε να κάνουμε μόνο γενικές εκτιμήσεις του αριθμού κρουσμάτων. Οι αλληλουχίες του γονιδιώματος του ιού μας επιτρέπουν να εξάγουμε συμπεράσματα για ορισμένα τμήματα του δέντρου μετάδοσης. Σε αυτό το παράδειγμα επισημαίνονται τρεις μεταλλάξεις στο δέντρο (ρόμβοι). Οι αλληλουχίες που έχουν τις ίδιες μεταλλάξεις είναι πιο συγγενικές μεταξύ τους, κι έτσι αυτές οι μεταλλάξεις μας επιτρέπουν να ομαδοποιούμε τις ιικές αλληλουχίες σε σύνολα που ανήκουν στις ίδιες αλυσίδες μετάδοσης.
</p>
</div>
Ο άξονας x ενός δέντρου αντιπροσωπεύει το βαθμό διαφοροποίησης (σε χρόνο ή γενετική απόκλιση - θα το συζητήσουμε παρακάτω). Ο άξονας y απλά βοηθάει να απλωθούν τα πράγματα έτσι ώστε να έχουμε καλύτερη ευκρίνεια - δε διαθέτει μονάδες μέτρησης.
Οι άκρες του δέντρου αντιπροσωπεύουν κρούσματα στα οποία έγινε δειγματοληψία (μπλε κύκλοι από την προηγούμενη διαφάνεια). Οι εσωτερικοί κόμβοι αντιπροσωπεύουν κρούσματα από τα οποία δεν ελήφθησαν δείγματα, αλλά θεωρούμε ότι ήταν η πηγή όλων των θυγατρικών κρουσμάτων (κόκκινες κύκλοι από την προηγούμενη διαφάνεια). Αυτές οι σχέσεις συνάγονται από την ανάλυση του μοτίβου των μεταλλάξεων που παρατηρήθηκαν στα κρούσματα που έγινε δειγματοληψία.
## Ένα παράδειγμα
<div width="50%" margin="auto">
<p>
<img width="700px" alt="Παράδειγμα φυλογένεσης όπου όλα ή μόνο ένα υποσύνολο κρουσμάτων περιλαμβάνονται στην τελική φυλογένεση" src="https://github.com/nextstrain/nextstrain.org/raw/master/static-site/content/help/01-general/figures/toy_alignment_tree.png"/>
</p>
<p>
Επάνω, βλέπουμε ένα φυλογενετικό δέντρο στα αριστερά, όπου οι μεταλλάξεις εμφανίζονται ως χρωματιστοί κύκλοι. Δεξιά είναι οι αντίστοιχες αλληλουχίες με τις μεταλλάξεις τους να εμφανίζονται επίσης ως χρωματιστοί κύκλοι. Παρατηρούμε ότι οι αλληλουχίες που μοιράζονται το ίδιο σύνολο μεταλλάξεων ομαδοποιούνται μαζί. Όταν οι αλληλουχίες εμφανίζονται συνδεδεμένες με μία κατακόρυφη γραμμή, όπως οι Α και Β, αυτό σημαίνει ότι δεν υπάρχουν διαφορές μεταξύ τους - οι αλληλουχίες είναι ίδιες.
<br><br>
Όταν μια αλληλουχία βρίσκεται μόνη της σε μια οριζόντια γραμμή, όπως η C ή η Ε, αυτό σημαίνει ότι έχει μοναδικές μεταλλάξεις που δεν βρέθηκαν σε άλλες αλληλουχίες. Όσο μακρύτερη είναι η γραμμή, τόσο περισσότερες μεταλλάξεις έχει. Οι Α και Β έχουν επίσης μοναδικές μεταλλάξεις (πράσινος κύκλος) που δεν τις μοιράζονται με τις άλλες αλληλουχίες, αλλά είναι ίδιες μεταξύ τους.
<br><br>
Με βάση αυτό το δέντρο, θα καταλήγαμε στο συμπέρασμα ότι οι A και B είναι στενά συγγενικές μεταξύ τους όπως και οι D και E μεταξύ τους. Οι A και B συγγενεύουν περισσότερο με τη C από ότι με τις D και E.
</p>
### Επιπλέον ανάγνωση
* [Πώς να διαβάσετε ένα δέντρο: εκπαιδευτικό υλικό από το Arctic Network](https://artic.network/how-to-read-a-tree.html).
* [Πώς να διαβάσετε ένα δέντρο: βίντεο από την Khan academy](https://www.khanacademy.org/science/high-school-biology/hs-evolution/hs-phylogeny/a/phylogenetic-trees).
</div>
Ας ρίξουμε μια ματιά στα πρώτα 169 </ tag> στελέχη του SARS-CoV-2 (τον ιό που προκαλεί το COVID-19) που έχουν κοινοποιηθεί δημόσια. Όπως και στην τελευταία διαφάνεια, δημιουργήσαμε μια συστοιχία αυτών των ιικών ακολουθιών (μπορείτε να δείτε πώς πραγματοποιήθηκαν όλες οι αναλύσεις που αναφέρονται εδώ στό GitHub).
Εδώ βλέπουμε το φυλογενετικό δέντρο πάνω από ένα διάγραμμα που δείχνει την ποικιλομορφία (δηλ. τις μεταλλάξεις) επάνω στο γονιδίωμα. Χωρίς αυτές τις μεταλλάξεις δεν μπορούμε να οικοδομήσουμε το δέντρο, συνεπώς αυτά τα δύο είναι στενά συνδεδεμένα.
Σε αυτό το πάνελ "ποικιλομορφίας", ο οριζόντιος άξονας αντιστοιχεί σε κάθε θέση του ιικού γονιδιώματος (και τις περίπου τριάντα χιλιάδες!). Ο κάθετος άξονας υποδεικνύει πόση ποικιλομορφία υπάρχει σε κάθε θέση.
Χρωματίσαμε το δέντρο σύμφωνα με μία από αυτές τις μεταλλάξεις - συγκεκριμένα το κωδικόνιο 314 στο γονίδιο "ORF1b".
Δεν υπάρχει κανένας λόγος να πιστεύουμε εκ των προτέρων ότι αυτή η μετάλλαξη είναι μια λειτουργική μετάλλαξη (ότι δηλαδή προσδίδει οποιαδήποτε βιολογική ιδιότητα). Μεταλλάξεις σαν κι αυτές χρησιμοποιούνται για τον καθορισμό των σχέσεων μεταξύ των αλληλουχιών και την κατασκευή του δέντρου.
Αυτό είναι ένα φυλογενετικό δέντρο των πρώτων 169 στελεχών του SARS-CoV-2 (ο ιός που προκαλεί το COVID-19) που έχουν κοινοποιηθεί δημόσια.
Εδώ, ο οριζόντιος άξονας υποδεικνύει την απόκλιση που παρουσιάζουν οι αλληλουχίες (αριθμός μεταλλάξεων στο εκάστοτε γονιδίωμα), σε σχέση με τη ρίζα του δέντρου (που αντιστοιχεί στις μεταλλάξεις που βλέπαμε στην αρχή της πανδημίας).
Ορισμένες ιικές αλληλουχίες μπορεί μην έχουν καμία μετάλλαξη - γεγονός που σημαίνει ότι είναι ίδιες με τη ρίζα (κέντρο) του δέντρου.
Άλλοι ιοί παρουσιάζουν από μία έως και έντεκα μεταλλάξεις.
Προς το παρόν, ίσως αυτό να μη μοιάζει και πολύ με ένα «δέντρο». Πολλές από τις αλληλουχίες είναι ίδιες μεταξύ τους - εντοπίζονται ως κατακόρυφες γραμμές όπως οι Α και Β (μερικές βρίσκονται στο αριστερό μέρος του δέντρου).
Άλλες έχουν μοναδικές ή κοινές μεταλλάξεις και έτσι εντοπίζονται σε γραμμές ή «κλαδιά» πηγαίνοντας προς τα δεξιά.
Μπορείτε να δείτε πόσες μεταλλάξεις έχει ένα κλαδί, τοποθετώντας το ποντίκι σας πάνω σε αυτό.
Μπορούμε επίσης να παρατηρήσουμε την εξάπλωση του ιού στην πάροδο του χρόνου τοποθετώντας την ημερομηνία δειγματοληψίας στον άξονα x.
Εδώ, ο άξονας x αντιπροσωπεύει την ημερομηνία δειγματοληψίας κάθε ιού. Οι θέσεις των άκρων των κλαδιών αντιπροσωπεύουν την ημερομηνία λήψης του εκάστοτε δείγματος. Οι ημερομηνίες των εσωτερικών κόμβων - τα "άγνωστα κρούσματα" - συνάγονται βάσει του χρόνου δειγματοληψίας των "απογόνων" τους και του ρυθμού με τον οποίο μεταλλάσσεται ο ιός.
Παρατηρήστε πόσες αλληλουχίες που προηγουμένως βρίσκονταν σε μία γραμμή (πράγμα που υποδεικνύει ότι έχουν ταυτόσημα γονιδιώματα), τώρα βρίσκονται χρονικά διαχωρισμένες. Αυτό συμβαίνει όταν ο ρυθμός με τον οποίο μεταλλάσσεται ο ιός είναι ελαφρώς βραδύτερος από τον ρυθμό με τον οποίο εξαπλώνεται. Μπορείτε να δείτε πώς αλλάζει το δέντρο με κύλιση προς τα πάνω και προς τα κάτω μεταξύ της προηγούμενης διαφάνειας και αυτής.
Τα γενωμικά δεδομένα μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για να εξάγουμε συμπεράσματα σχετικά με την ημερομηνία έναρξης της πανδημίας, ακόμα κι αν αυτό συνέβη πριν συνειδητοποιήσουμε ότι συνέβαινε.
Επειδή μπορούμε να αντιστοιχήσουμε κάθε δείγμα, και συνεπώς κάθε κόμβο, στην ημερομηνία λήψης του, αυτή η πληροφορία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να συμπεράνουμε την ημερομηνία της ρίζας του δέντρου. Η ρίζα αντιπροσωπεύει τον "πιο πρόσφατο κοινό πρόγονο" όλων των αλληλουχιών SARS-CoV-2 που έχουμε μέχρι στιγμής. Όπως για παράδειγμα μπορούμε να πούμε ότι οι παππούδες σας είναι οι "πιο πρόσφατοι κοινοί πρόγονοι" σε εσας και σε όλα τα πρώτα σας ξαδέρφια.
Αν τοποθετήσετε τον κέρσορα του ποντικιου πάνω από την κάθετη γραμμή στα αριστερά, μπορείτε να δείτε ότι η αναγραφόμενη ημερομηνία έναρξης της πανδημίας έχει υπολογιστεί ανάμεσα στα μέσα Νοεμβρίου και στα μέσα Δεκεμβρίου του 2019.
Τα φυλογενετικά δέντρα συχνά περιέχουν κι άλλες πληροφορίες, όπως π.χ. οι διάφορες τοποθεσίες συλλογής των δειγμάτων.
Από αυτήν την πληροφορία μπορούμε να εξάγουμε συμπεράσματα για τις τοποθεσίες και των εσωτερικών κόμβων (ενδιάμεσα και υποθετικά κρούσματα από τα οποία δεν έχουν ληφθεί δείγματα) χρησιμοποιώντας μαθηματικά μοντέλα. Αυτό μπορεί να μας βοηθήσει να καταλάβουμε πώς μετακινείται ο ιός από τη μια τοποθεσία στην άλλη.
Η ερμηνεία αυτής της πληροφορίας θα πρέπει ωστόσο να γίνεται με προσοχή, καθώς η δειγματοληψία και η αλληλούχηση ή η έλλειψή τους μπορούν να επηρεάσουν σημαντικά την τελική ερμηνεία.
# Ενα παράδειγμα
<div width="50%" margin="auto">
<p>
<img width="700px" alt="Εικόνα που δείχνει πώς η δειγματοληψία επιδρά στην ερμηνεία της εξάπλωσης του ιού" src="https://github.com/nextstrain/nextstrain.org/raw/master/static-site/content/help/01-general/figures/introductions.png"/>
</p>
<p>
Στα αριστερά βλέπετε την αναπαράσταση ενός δέντρου, οι αλληλουχίες του οποίου έχουν υποστεί πλήρη δειγματοληψία. Οι αλληλουχίες αυτές αντιστοιχούν σε δύο διαφορετικές τοποθεσίες (πορτοκαλί και μπλε χρώμα αντίστοιχα). Προς το κάτω μέρος του δέντρου παρατηρούμε τρεις περιπτώσεις όπου το χρώμα αλλάζει από πορτοκαλί σε μπλε. Αυτό μας υποδεικνύει ότι υπήρξαν τρεις διαφορετικές εισαγωγές του ιού από την πορτοκαλί στην μπλε τοποθεσία.
<br><br>
Αυτή η ερμηνεία όμως βασίζεται στην παράμετρο της δειγματοληψίας: στο μεσαίο δέντρο έχουμε αφαιρέσει ένα δείγμα από την πορτοκαλί τοποθεσία. Τώρα παρατηρούμε μόνο μία μετάβαση από πορτοκαλί σε μπλε, υποδηλώνοντας ότι υπήρξε μόνο μία εισαγωγή του ιού στη μπλε τοποθεσία που συνέβη πολύ νωρίτερα σε σχέση με τις εισαγωγές που παρατηρήσαμε πριν.
<br><br>
Στο τελευταίο παράδειγμα έχουμε μόνο μία αλληλουχία διαθέσιμη από την πορτοκαλί τοποθεσία, γεγονός που θα μας οδηγούσε στο συμπέρασμα ότι υπήρξε μία μοναδική εισαγωγή του ιού από την πορτοκαλί στη μπλε τοποθεσία.
<br><br>
Παρόλο που αυτά τα συμπεράσματα μπορεί να είναι εξαιρετικά χρήσιμα, πρέπει να ερμηνεύονται με προσοχή.
</p>
Εδώ βλέπετε το φυλογενετικό δέντρο χρωματισμένο με βάση την τοποθεσία του κάθε δείγματος και στους εσωτερικούς κόμβους τις τοποθεσίες που έχουν προκύψει συμπερασματικά. Εάν κάνετε κλικ στο 'Εξερευνήστε τα δεδομένα', θα δείτε μια κινούμενη αναπαράσταση της εξάπλωσης του ιού κατά τη διάρκεια της πανδημίας.
Νωρίτερα αναφερθήκαμε στο γεγονός ότι οι εσωτερικοί κόμβοι αντιπροσωπεύουν υποθετικά κρούσματα για τα οποία δεν υπάρχει δείγμα. Στην πραγματικότητα, όλα τα δέντρα αντιπροσωπεύουν υποθέσεις για τον τρόπο με τον οποίο ένας ιός έχει εξελιχθεί και μετακινηθεί μέσα στο χρόνο. Τα δέντρα που παρουσιάζουμε στο Nextstrain είναι εκτιμήσεις του σεναρίου εκείνου που μεγιστοποιεί την πιθανότητα να έχουν προκύψει τα δεδομένα όπως τα παρατηρούμε.
Ωστόσο, στις εκτιμήσεις αυτές υπάρχει πάντα αβεβαιότητα. Σε γενικές γραμμές, τα τμήματα του δέντρου για τα οποία έχουμε πιο πυκνή δειγματοληψία παρουσιάζουν μεγαλύτερη βεβαιότητα σε σχέση με τα τμήματα που έχουν υποστεί πιο αραιά δειγματοληψία.
# Μια απεικόνιση
<div width="50%" margin="auto">
<p>
<img width="700px" alt="Απεικόνιση της αβεβαιότητας που είναι εγγενής στην ανακατασκευή δέντρων" src="https://github.com/nextstrain/nextstrain.org/raw/c69bfd0750c284ff12f33682f8d82848e13d9e15/static-site/content/help/01-general/figures/hcov_densitree.png"/>
</p>
</div>
Θα θέλαμε να ευχαριστήσουμε αυτήν την υπέροχη και συνεχή προσπάθεια όλων των επιστημόνων που έχουν εργαστεί σε αυτήν την πανδημία, και ιδιαιτέρως αυτούς που δουλεύουν στην Κίνα. Μόνο μέσα από τον άμεσο διαμοιρασμό γενομικών δεδομένων και μεταδεδομένων, αναλύσεις σαν και αυτή είναι δυνατό να πραγματοποιηθούν.
Επίσης ευχαριστούμε θερμά την πλατφόρμα GISAID στη οποία ανεβαίνουν και μοιράζονται τα δεδομένα.
Είμαστε ευγνώμονες για τα δεδομένα που συλλέχθηκαν από αυτά τα εργαστήρια:
* Arizona Department of Health Services
* Auckland Hospital
* BCCDC Public Health Laboratory
* Bamrasnaradura Hospital
* Bundeswehr Institute of Microbiology
* CNR Virus des Infections Respiratoires - France SUD
* CR&WISCO GENERAL HOSPITAL
* California Department of Health
* California Department of Public Health
* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene
* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene, University of Duesseldorf
* Centers for Disease Control, R.O.C. (Taiwan)
* Centre for Human and Zoonotic Virology (CHAZVY), College of Medicine University of Lagos/Lagos University Teaching Hospital (LUTH), part of the Laboratory Network of the Nigeria Centre for Disease Control (NCDC)
* Centre for Infectious Diseases and Microbiology - Public Health
* Centre for Infectious Diseases and Microbiology Laboratory Services
* Centro Hospital do Porto, E.P.E. - H. Geral de Santo Antonio
* Centro Hospitalar e Universitario de Sao Joao, Porto
* Charite Universitatsmedizin Berlin, Institute of Virology; Institut fur Mikrobiologie der Bundeswehr, Munich
* Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Roma , Italy
* Department of Infectious and Tropical Diseases, Bichat Claude Bernard Hospital, Paris
* Department of Internal Medicine, Triemli Hospital
* Department of Laboratory Medicine, National Taiwan University Hospital
* Department of Microbiology, Institute for Viral Diseases, College of Medicine, Korea University
* Department of Pathology, Toshima Hospital
* Department of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
* Department of Virology and Immunology, University of Helsinki and Helsinki University Hospital, Huslab Finland
* Department of microbiology laboratory,Anhui Provincial Center for Disease Control and Prevention
* Dept. of Pathology, National Institute of Infectious Diseases
* Dept. of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
* Dienst Gezondheid & Jeugd Zuid-Holland Zuid
* Division of Infectious Diseases, Department of Internal Medicine, Korea University College of Medicine
* Division of Infectious Diseases, University Hospital Zurich
* Division of Viral Diseases, Center for Laboratory Control of Infectious Diseases, Korea Centers for Diseases Control and Prevention
* Dutch COVID-19 response team
* ErasmusMC
* Foundation Elisabeth-Tweesteden Ziekenhuis
* Foundation Pamm
* Fujian Center for Disease Control and Prevention
* General Hospital of Central Theater Command of People's Liberation Army of China
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provincial Public Health
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provinical Public Health
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention;Guangdong Provincial Institute of Public Health
* Guangdong Provincial Institution of Public Health, Guangdong Provinical Center for Disease Control and Prevention
* HUS Diagnostiikkakeskus, Hallinto
* Hangzhou Center for Disease Control and Prevention
* Hangzhou Center for Disease and Control Microbiology Lab
* Harborview Medical Center
* Hong Kong Department of Health
* Hospital Israelita Albert Einstein
* IL Department of Public Health Chicago Laboratory
* INMI Lazzaro Spallanzani IRCCS
* Indian Council of Medical Research - National Institute of Virology
* Indian Council of Medical Research-National Institute of Virology
* Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College
* Institute of Viral Disease Control and Prevention, China CDC
* Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias
* KU Leuven, Clinical and Epidemiological Virology
* Klinik Hirslanden Zurich
* Korea Centers for Disease Control & Prevention (KCDC) Center for Laboratory Control of Infectious Diseases Division of Viral Diseases
* Laboratoire National de Sante
* Laboratoire de Virologie, HUG
* Laboratorio di Microbiologia e Virologia, Universita Vita-Salute San Raffaele, Milano
* Laboratory Medicine
* Lapland Central Hospital
* MHC Brabant Zuidoost
* MHC Drente
* MHC Flevoland
* MHC Gooi & Vechtstreek
* MHC Haaglanden
* MHC Kennemerland
* MHC Rotterdam-Rijnmond
* MHC Utrecht
* MHC West-Brabant
* MSHS Clinical Microbiology Laboratories
* Massachusetts Department of Public Health
* Monash Medical Centre
* NHC Key laboratory of Enteric Pathogenic Microbiology, Institute of Pathogenic Microbiology
* National Centre for Infectious Diseases
* National Influenza Center - National Institute of Hygiene and Epidemiology (NIHE)
* National Influenza Centre, National Public Health Laboratory, Kathmandu, Nepal
* National Institute for Viral Disease Control and Prevention, China CDC
* National Public Health Laboratory
* National Public Health Laboratory, National Centre for Infectious Diseases
* Pathology Queensland
* Providence Regional Medical Center
* Public Health Ontario Laboratory
* RIVM
* Respiratory Virus Unit, Microbiology Services Colindale, Public Health England
* Seattle Flu Study
* Serology, Virology and OTDS Laboratories (SAViD), NSW Health Pathology Randwick
* Servicio Microbiologia. Hospital Clinico Universitario. Valencia.
* Shenzhen Key Laboratory of Pathogen and Immunity, National Clinical Research Center for Infectious Disease, Shenzhen Third People's Hospital
* Singapore General Hospital
* Sorbonne Universite, Inserm et Assistance Publique-Hopitaux de Paris (Pitie Salpetriere)
* State Health Office Baden-Wuerttemberg
* Taiwan Centers for Disease Control
* Texas Department of State Health Services
* The Central Hospital Of Wuhan
* The National Institute of Public Health Center for Epidemiology and Microbiology
* The University of Hong Kong - Shenzhen Hospital
* Tianmen Center for Disease Control and Prevention
* UCD National Virus Reference Laboratory
* University of Washington Virology Lab
* Union Hospital of Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology
* Valley Medical Center
* Virology Department, Sheffield Teaching Hospitals NHS Foundation Trust
* Virology Unit, Institut Pasteur du Cambodge.
* Wales Specialist Virology Centre
* Washington State Department of Health
* Washington State Public Health Lab
* Weifang Center for Disease Control and Prevention
* West of Scotland Specialist Virology Centre, NHSGGC
* Wisconsin Department of Health Services
* Wuhan Fourth Hospital
* Wuhan Jinyintan Hospital
* Wuhan Lung Hospital
* Yongchuan District Center for Disease Control and Prevention
* Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention
* Zhongxian Center for Disease Control and Prevention
Αυτά τα δεδομένα είναι διαθέσιμα στην πλατφόρμα GISAID. Ευχαριστούμε θερμά όσους εργάζονται εκεί.
Στα δεξιά υπάρχει η λίστα με τις αλληλουχίες που έχει προσφέρει το κάθε εργαστήριο.
Τα γονιδιώματα του SARS-CoV-2 έγιναν δημοσίως διαθέσιμα από επιστήμονες στα παρακάτω εργαστήρια:
* Arizona Department of Health Services
* USA/AZ1/2020
* Auckland Hospital
* NewZealand/01/2020
* BCCDC Public Health Laboratory
* Canada/BC_37_0-2/2020
* Bamrasnaradura Hospital
* Nonthaburi/61/2020
* Nonthaburi/74/2020
* Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology
* pangolin/Guangdong/P2S/2019
* pangolin/Guangxi/P1E/2017
* pangolin/Guangxi/P2V/2017
* pangolin/Guangxi/P3B/2017
* pangolin/Guangxi/P4L/2017
* pangolin/Guangxi/P5E/2017
* pangolin/Guangxi/P5L/2017
* Bundeswehr Institute of Microbiology
* Germany/BavPat2/2020
* Germany/BavPat3/2020
* CNR Virus des Infections Respiratoires - France SUD
* France/RA739/2020
* CR&WISCO GENERAL HOSPITAL
* Wuhan/HBCDC-HB-05/2020
* California Department of Health
* USA/CA3/2020
* USA/CA4/2020
* USA/CA5/2020
* California Department of Public Health
* USA/CA-CDPH-UC1/2020
* USA/CA-CDPH-UC2/2020
* USA/CA-CDPH-UC3/2020
* USA/CA-CDPH-UC4/2020
* USA/CA-CDPH-UC5/2020
* USA/CA-CDPH-UC6/2020
* USA/CA-CDPH-UC7/2020
* USA/CA-CDPH-UC8/2020
* USA/CA-CDPH-UC9/2020
* USA/CA1/2020
* USA/CA2/2020
* USA/CA6/2020
* USA/CA7/2020
* USA/CA8/2020
* USA/CA9/2020
* USA/UC-CDPH-UC11/2020
* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene
* Germany/NRW-01/2020
* Germany/NRW-02-1/2020
* Germany/NRW-03/2020
* Germany/NRW-04/2020
* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene, University of Duesseldorf
* Germany/NRW-011/2020
* Germany/NRW-05/2020
* Germany/NRW-06/2020
* Germany/NRW-07/2020
* Germany/NRW-08/2020
* Germany/NRW-09/2020
* Germany/NRW-10/2020
* Centers for Disease Control, R.O.C. (Taiwan)
* Taiwan/2/2020
* Centre for Human and Zoonotic Virology (CHAZVY), College of Medicine University of Lagos/Lagos University Teaching Hospital (LUTH), part of the Laboratory Network of the Nigeria Centre for Disease Control (NCDC)
* Nigeria/Lagos01/2020
* Centre for Infectious Diseases and Microbiology - Public Health
* Australia/NSW10/2020
* Australia/NSW12/2020
* Australia/NSW13/2020
* Australia/NSW14/2020
* Centre for Infectious Diseases and Microbiology Laboratory Services
* Australia/NSW01/2020
* Australia/NSW05/2020
* Australia/NSW06/2020
* Australia/NSW07/2020
* Australia/NSW08/2020
* Australia/NSW09/2020
* Sydney/2/2020
* Centre for Infectious Diseases and Microbiology- Public Health
* Australia/NSW11/2020
* Centro Hospital do Porto, E.P.E. - H. Geral de Santo Antonio
* Portugal/CV62/2020
* Centro Hospitalar e Universitario de Sao Joao, Porto
* Portugal/CV63/2020
* Charite Universitatsmedizin Berlin, Institute of Virology; Institut fur Mikrobiologie der Bundeswehr, Munich
* Germany/BavPat1/2020
* Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Roma , Italy
* Italy/CDG1/2020
* Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy
* Italy/SPL1/2020
* Department of Infectious and Tropical Diseases, Bichat Claude Bernard Hospital, Paris
* France/IDF0372-isl/2020
* France/IDF0372/2020
* France/IDF0373/2020
* France/IDF0386-islP1/2020
* France/IDF0386-islP3/2020
* France/IDF0515-isl/2020
* France/IDF0515/2020
* France/IDF0571/2020
* Department of Internal Medicine, Triemli Hospital
* Switzerland/1000477102/2020
* Switzerland/1000477377/2020
* Department of Laboratory Medicine, National Taiwan University Hospital
* Taiwan/NTU01/2020
* Taiwan/NTU02/2020
* Taiwan/NTU03/2020
* Department of Microbiology, Institute for Viral Diseases, College of Medicine, Korea University
* SouthKorea/KUMC01/2020
* SouthKorea/KUMC02/2020
* SouthKorea/KUMC04/2020
* SouthKorea/KUMC06/2020
* Department of Pathology, Toshima Hospital
* Japan/TK/20-31-3/2020
* Department of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
* Japan/AI/I-004/2020
* Department of Virology and Immunology, University of Helsinki and Helsinki University Hospital, Huslab Finland
* Finland/FIN01032020/2020
* Finland/FIN03032020A/2020
* Finland/FIN03032020B/2020
* Finland/FIN03032020C/2020
* Department of microbiology laboratory,Anhui Provincial Center for Disease Control and Prevention
* Anhui/SZ005/2020
* Dept. of Pathology, National Institute of Infectious Diseases
* Japan/NA-20-05-1/2020
* Japan/OS-20-07-1/2020
* Dept. of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
* Japan/KY-V-029/2020
* Japan/TY-WK-012/2020
* Japan/TY-WK-501/2020
* Japan/TY-WK-521/2020
* Dienst Gezondheid & Jeugd Zuid-Holland Zuid
* Netherlands/Hardinxveld_Giessendam_1364806/2020
* Division of Infectious Diseases, Department of Internal Medicine, Korea University College of Medicine
* SouthKorea/KUMC03/2020
* SouthKorea/KUMC05/2020
* Division of Infectious Diseases, University Hospital Zurich
* Switzerland/1000477796/2020
* Switzerland/1000477797/2020
* Switzerland/1000477806/2020
* Division of Viral Diseases, Center for Laboratory Control of Infectious Diseases, Korea Centers for Diseases Control and Prevention
* SouthKorea/KCDC05/2020
* SouthKorea/KCDC06/2020
* SouthKorea/KCDC07/2020
* SouthKorea/KCDC12/2020
* SouthKorea/KCDC24/2020
* Dutch COVID-19 response team
* Netherlands/Gelderland_1/2020
* Netherlands/Limburg_2/2020
* Netherlands/Limburg_3/2020
* Netherlands/Limburg_4/2020
* Netherlands/Limburg_5/2020
* Netherlands/Limburg_6/2020
* Netherlands/NoordBrabant_1/2020
* Netherlands/NoordBrabant_10/2020
* Netherlands/NoordBrabant_11/2020
* Netherlands/NoordBrabant_12/2020
* Netherlands/NoordBrabant_13/2020
* Netherlands/NoordBrabant_14/2020
* Netherlands/NoordBrabant_15/2020
* Netherlands/NoordBrabant_16/2020
* Netherlands/NoordBrabant_17/2020
* Netherlands/NoordBrabant_18/2020
* Netherlands/NoordBrabant_19/2020
* Netherlands/NoordBrabant_2/2020
* Netherlands/NoordBrabant_20/2020
* Netherlands/NoordBrabant_21/2020
* Netherlands/NoordBrabant_22/2020
* Netherlands/NoordBrabant_23/2020
* Netherlands/NoordBrabant_24/2020
* Netherlands/NoordBrabant_25/2020
* Netherlands/NoordBrabant_26/2020
* Netherlands/NoordBrabant_27/2020
* Netherlands/NoordBrabant_28/2020
* Netherlands/NoordBrabant_29/2020
* Netherlands/NoordBrabant_3/2020
* Netherlands/NoordBrabant_30/2020
* Netherlands/NoordBrabant_31/2020
* Netherlands/NoordBrabant_32/2020
* Netherlands/NoordBrabant_33/2020
* Netherlands/NoordBrabant_34/2020
* Netherlands/NoordBrabant_35/2020
* Netherlands/NoordBrabant_36/2020
* Netherlands/NoordBrabant_37/2020
* Netherlands/NoordBrabant_38/2020
* Netherlands/NoordBrabant_39/2020
* Netherlands/NoordBrabant_4/2020
* Netherlands/NoordBrabant_5/2020
* Netherlands/NoordBrabant_6/2020
* Netherlands/NoordHolland_1/2020
* Netherlands/NoordHolland_2/2020
* Netherlands/Overijssel_1/2020
* Netherlands/Overijssel_2/2020
* Netherlands/Utrecht_1/2020
* Netherlands/Utrecht_10/2020
* Netherlands/Utrecht_11/2020
* Netherlands/Utrecht_12/2020
* Netherlands/Utrecht_13/2020
* Netherlands/Utrecht_14/2020
* Netherlands/Utrecht_15/2020
* Netherlands/Utrecht_16/2020
* Netherlands/Utrecht_2/2020
* Netherlands/Utrecht_3/2020
* Netherlands/Utrecht_4/2020
* Netherlands/Utrecht_5/2020
* Netherlands/Utrecht_6/2020
* Netherlands/Utrecht_7/2020
* Netherlands/Utrecht_8/2020
* Netherlands/ZuidHolland_1/2020
* Netherlands/ZuidHolland_10/2020
* Netherlands/ZuidHolland_11/2020
* Netherlands/ZuidHolland_13/2020
* Netherlands/ZuidHolland_14/2020
* Netherlands/ZuidHolland_15/2020
* Netherlands/ZuidHolland_16/2020
* Netherlands/ZuidHolland_17/2020
* Netherlands/ZuidHolland_18/2020
* Netherlands/ZuidHolland_19/2020
* Netherlands/ZuidHolland_2/2020
* Netherlands/ZuidHolland_20/2020
* Netherlands/ZuidHolland_21/2020
* Netherlands/ZuidHolland_22/2020
* Netherlands/ZuidHolland_23/2020
* Netherlands/ZuidHolland_24/2020
* Netherlands/ZuidHolland_5/2020
* Netherlands/ZuidHolland_6/2020
* Netherlands/ZuidHolland_7/2020
* Netherlands/ZuidHolland_8/2020
* Netherlands/ZuidHolland_9/2020
* ErasmusMC
* Netherlands/Nieuwendijk_1363582/2020
* Netherlands/Rotterdam_1363790/2020
* Foundation Elisabeth-Tweesteden Ziekenhuis
* Netherlands/Tilburg_1363354/2020
* Netherlands/Tilburg_1364286/2020
* Foundation Pamm
* Netherlands/Berlicum_1363564/2020
* Fujian Center for Disease Control and Prevention
* Fujian/13/2020
* Fujian/8/2020
* General Hospital of Central Theater Command of People's Liberation Army of China
* Wuhan/WH01/2019
* Wuhan/WH02/2019
* Wuhan/WH03/2020
* Wuhan/WH04/2020
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provincial Public Health
* Foshan/20SF207/2020
* Foshan/20SF210/2020
* Foshan/20SF211/2020
* Guangdong/20SF012/2020
* Guangdong/20SF013/2020
* Guangdong/20SF014/2020
* Guangdong/20SF025/2020
* Guangdong/20SF028/2020
* Guangdong/20SF040/2020
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provinical Public Health
* Guangdong/20SF174/2020
* Guangzhou/20SF206/2020
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention;Guangdong Provincial Institute of Public Health
* Guangdong/20SF201/2020
* Guangdong Provincial Institution of Public Health, Guangdong Provinical Center for Disease Control and Prevention
* Guangdong/2020XN4239-P0034/2020
* Guangdong/2020XN4243-P0035/2020
* Guangdong/2020XN4273-P0036/2020
* Guangdong/2020XN4276-P0037/2020
* Guangdong/2020XN4291-P0038/2020
* Guangdong/2020XN4373-P0039/2020
* Guangdong/2020XN4433-P0040/2020
* Guangdong/2020XN4448-P0002/2020
* Guangdong/2020XN4459-P0041/2020
* Guangdong/2020XN4475-P0042/2020
* Guangdong/DG-S2-P0054/2020
* Guangdong/DG-S41-P0056/2020
* Guangdong/DG-S6-P0055/2020
* Guangdong/DG-S9-P0045/2020
* Guangdong/FS-S29-P0051/2020
* Guangdong/FS-S30-P0052/2020
* Guangdong/FS-S34-P0015/2020
* Guangdong/FS-S42-P0046/2020
* Guangdong/FS-S48-P0047/2020
* Guangdong/FS-S50-P0053/2020
* Guangdong/GD2020012-P0022/2020
* Guangdong/GD2020016-P0011/2020
* Guangdong/GD2020080-P0010/2020
* Guangdong/GD2020085-P0043/2020
* Guangdong/GD2020086-P0021/2020
* Guangdong/GD2020087-P0008/2020
* Guangdong/GD2020115-P0009/2020
* Guangdong/GD2020134-P0031/2020
* Guangdong/GD2020139-P0007/2020
* Guangdong/GD2020227-P0029/2020
* Guangdong/GD2020233-P0027/2020
* Guangdong/GD2020234-P0023/2020
* Guangdong/GD2020241-P0013/2020
* Guangdong/GD2020246-P0028/2020
* Guangdong/GD2020258-P0018/2020
* Guangdong/GDFS2020052-P0025/2020
* Guangdong/GDFS2020054-P0005/2020
* Guangdong/GDFS2020056-P0044/2020
* Guangdong/GDFS2020127-P0026/2020
* Guangdong/GDSZ202004-P0004/2020
* Guangdong/GDSZ202008-P0020/2020
* Guangdong/GDSZ202009-P0032/2020
* Guangdong/GDSZ202013-P0014/2020
* Guangdong/GDSZ202015-P0019/2020
* Guangdong/GZ-S6-P0050/2020
* Guangdong/JM-S1-P0062/2020
* Guangdong/MM-S1-P0048/2020
* Guangdong/SZ-N128-P0057/2020
* Guangdong/SZ-N59-P0049/2020
* Guangdong/ZH-N22-P0059/2020
* Guangdong/ZH-S33-P0058/2020
* Guangdong/ZQ-S2-P0061/2020
* Guangdong/ZS-S6-P0060/2020
* HUS Diagnostiikkakeskus, Hallinto
* Finland/FIN-25/2020
* Hangzhou Center for Disease Control and Prevention
* Hangzhou/HZCDC0001/2020
* Hangzhou Center for Disease and Control Microbiology Lab
* Hangzhou/HZ-1/2020
* Harborview Medical Center
* USA/WA3-UW1/2020
* USA/WA9-UW6/2020
* Hong Kong Department of Health
* HongKong/VB20024950/2020
* HongKong/VB20026565/2020
* HongKong/VM20001061/2020
* HongKong/case42_VM20002493/2020
* HongKong/case48_VM20002507/2020
* HongKong/case52_VM20002582/2020
* HongKong/case78_VM20002849/2020
* HongKong/case85_VM20002868/2020
* HongKong/case90_VM20002907/2020
* canine/HongKong/20-02756/2020
* Hospital Israelita Albert Einstein
* Brazil/SPBR-01/2020
* Brazil/SPBR-02/2020
* Brazil/SPBR-03/2020
* Hospital Sao Joaquim Beneficencia Portuguesa
* Brazil/SPBR-04/2020
* Brazil/SPBR-05/2020
* Brazil/SPBR-06/2020
* IL Department of Public Health Chicago Laboratory
* USA/IL1/2020
* USA/IL2/2020
* INMI Lazzaro Spallanzani IRCCS
* Italy/INMI1-cs/2020
* Italy/INMI1-isl/2020
* Indian Council of Medical Research - National Institute of Virology
* India/1-27/2020
* Indian Council of Medical Research-National Institute of Virology
* India/1-31/2020
* Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College
* Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019
* Wuhan/IPBCAMS-WH-02/2019
* Wuhan/IPBCAMS-WH-03/2019
* Wuhan/IPBCAMS-WH-04/2019
* Wuhan/IPBCAMS-WH-05/2020
* Institute of Viral Disease Control and Prevention, China CDC
* Wuhan/IVDC-HB-envF13-20/2020
* Wuhan/IVDC-HB-envF13-21/2020
* Wuhan/IVDC-HB-envF13/2020
* Wuhan/IVDC-HB-envF54/2020
* Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias
* Mexico/CDMX/InDRE_01/2020
* Jingzhou Center for Disease Control and Prevention
* Jingzhou/HBCDC-HB-01/2020
* KU Leuven, Clinical and Epidemiological Virology
* Belgium/GHB-03021/2020
* Klinik Hirslanden Zurich
* Switzerland/1000477757/2020
* Korea Centers for Disease Control & Prevention (KCDC) Center for Laboratory Control of Infectious Diseases Division of Viral Diseases
* SouthKorea/KCDC03/2020
* Laboratoire National de Sante
* Luxembourg/Lux1/2020
* Laboratoire de Virologie, HUG
* Switzerland/AG0361/2020
* Switzerland/BL0902/2020
* Switzerland/GE3121/2020
* Switzerland/GE3895/2020
* Switzerland/GE5373/2020
* Switzerland/GE9586/2020
* Switzerland/TI9486/2020
* Switzerland/VD5615/2020
* Laboratorio di Microbiologia e Virologia, Universita Vita-Salute San Raffaele, Milano
* Italy/UniSR1/2020
* Laboratory Medicine
* Taiwan/CGMH-CGU-01/2020
* Lapland Central Hospital
* Finland/1/2020
* MHC Brabant Zuidoost
* Netherlands/Eindhoven_1363782/2020
* MHC Drente
* Netherlands/Dalen_1363624/2020
* MHC Flevoland
* Netherlands/Zeewolde_1365080/2020
* MHC Gooi & Vechtstreek
* Netherlands/Blaricum_1364780/2020
* Netherlands/Naarden_1364774/2020
* MHC Haaglanden
* Netherlands/Nootdorp_1364222/2020
* MHC Hart voor Brabant
* Netherlands/Oisterwijk_1364072/2020
* MHC Kennemerland
* Netherlands/Haarlem_1363688/2020
* MHC Rotterdam-Rijnmond
* Netherlands/Rotterdam_1364040/2020
* MHC Utrecht
* Netherlands/Utrecht_1363564/2020
* Netherlands/Utrecht_1363628/2020
* Netherlands/Utrecht_1364066/2020
* MHC West-Brabant
* Netherlands/Andel_1365066/2020
* Netherlands/Helmond_1363548/2020
* MSHS Clinical Microbiology Laboratories
* USA/NY1-PV08001/2020
* Massachusetts Department of Public Health
* USA/MA1/2020
* Monash Medical Centre
* Australia/VIC01/2020
* NHC Key laboratory of Enteric Pathogenic Microbiology, Institute of Pathogenic Microbiology
* Jiangsu/JS01/2020
* Jiangsu/JS02/2020
* Jiangsu/JS03/2020
* National Centre for Infectious Diseases
* Singapore/12/2020
* Singapore/13/2020
* Singapore/14/2020
* Singapore/3/2020
* Singapore/4/2020
* National Influenza Center - National Institute of Hygiene and Epidemiology (NIHE)
* Vietnam/VR03-38142/2020
* National Influenza Centre, National Public Health Laboratory, Kathmandu, Nepal
* Nepal/61/2020
* National Institute for Viral Disease Control and Prevention, China CDC
* Beijing/IVDC-BJ-005/2020
* Chongqing/IVDC-CQ-001/2020
* Henan/IVDC-HeN-002/2020
* Jiangsu/IVDC-JS-001/2020
* Jiangxi/IVDC-JX-002/2020
* Shandong/IVDC-SD-001/2020
* Shanghai/IVDC-SH-001/2020
* Sichuan/IVDC-SC-001/2020
* Wuhan/IVDC-HB-01/2019
* Wuhan/IVDC-HB-04/2020
* Wuhan/IVDC-HB-05/2019
* Yunnan/IVDC-YN-003/2020
* National Public Health Laboratory
* Singapore/11/2020
* National Public Health Laboratory, National Centre for Infectious Diseases
* Singapore/10/2020
* Singapore/7/2020
* Singapore/8/2020
* Singapore/9/2020
* Pathology Queensland
* Australia/QLD01/2020
* Australia/QLD02/2020
* Australia/QLD03/2020
* Australia/QLD04/2020
* Australia/QLD09/2020
* Providence Regional Medical Center
* USA/WA1/2020
* Public Health Ontario Laboratory
* Canada/ON-PHL2445/2020
* Canada/ON-VIDO-01/2020
* RIVM
* Netherlands/Delft_1363424/2020
* Netherlands/Diemen_1363454/2020
* Netherlands/Loon_op_zand_1363512/2020
* Netherlands/Oss_1363500/2020
* NetherlandsL/Houten_1363498/2020
* Respiratory Virus Unit, Microbiology Services Colindale, Public Health England
* England/01/2020
* England/02/2020
* England/09c/2020
* England/200641094/2020
* England/200690245/2020
* England/200690300/2020
* England/200690306/2020
* England/200690756/2020
* England/200940527/2020
* England/200960041/2020
* England/200960515/2020
* England/200981386/2020
* England/200990002/2020
* England/200990006/2020
* England/200990660/2020
* England/200990723/2020
* England/200990724/2020
* England/200990725/2020
* England/200991076/2020
* England/201000003/2020
* England/201040081/2020
* England/201040141/2020
* Seattle Flu Study
* USA/WA-S2/2020
* USA/WA-S3/2020
* Second Hospital of Anhui Medical University
* Hefei/2/2020
* Serology, Virology and OTDS Laboratories (SAViD), NSW Health Pathology Randwick
* Sydney/3/2020
* Servicio Microbiologia. Hospital Clinico Universitario. Valencia.
* Spain/Valencia1/2020
* Spain/Valencia2/2020
* Shenzhen Key Laboratory of Pathogen and Immunity, National Clinical Research Center for Infectious Disease, Shenzhen Third People's Hospital
* Shenzhen/SZTH-002/2020
* Shenzhen/SZTH-003/2020
* Shenzhen/SZTH-004/2020
* Shenzhen Third People's Hospital
* Shenzhen/SZTH-001/2020
* Singapore General Hospital
* Singapore/1/2020
* Singapore/2/2020
* Singapore General Hospital, Molecular Laboratory, Division of Pathology
* Singapore/5/2020
* Singapore/6/2020
* Sorbonne Universite, Inserm et Assistance Publique-Hopitaux de Paris (Pitie Salpetriere)
* France/IDF0626/2020
* South China Agricultural University
* pangolin/Guandong/1/2019
* State Health Office Baden-Wuerttemberg
* Germany/Baden-Wuerttemberg-1/2020
* Taiwan Centers for Disease Control
* Taiwan/3/2020
* Taiwan/4/2020
* Texas Department of State Health Services
* USA/TX1/2020
* The Central Hospital Of Wuhan
* Wuhan/HBCDC-HB-02/2020
* The National Institute of Public Health Center for Epidemiology and Microbiology
* CzechRepublic/951/2020
* The University of Hong Kong - Shenzhen Hospital
* Shenzhen/HKU-SZ-002/2020
* Shenzhen/HKU-SZ-005/2020
* Tianmen Center for Disease Control and Prevention
* Tianmen/HBCDC-HB-07/2020
* UCD National Virus Reference Laboratory
* Ireland/COR-20134/2020
* UW Virology Lab
* USA/WA-UW15/2020
* USA/WA-UW16/2020
* USA/WA-UW17/2020
* USA/WA-UW18/2020
* USA/WA-UW19/2020
* USA/WA-UW20/2020
* USA/WA-UW21/2020
* USA/WA11-UW7/2020
* USA/WA12-UW8/2020
* USA/WA13-UW9/2020
* USA/WA14-UW10/2020
* USA/WA15-UW11/2020
* USA/WA16-UW12/2020
* USA/WA17-UW13/2020
* USA/WA18-UW14/2020
* Union Hospital of Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology
* Wuhan/HBCDC-HB-03/2020
* Wuhan/HBCDC-HB-04/2020
* Unknown
* Netherlands/Coevorden_1363618/2020
* Valley Medical Center
* USA/WA8-UW5/2020
* Virology Department, Sheffield Teaching Hospitals NHS Foundation Trust
* England/Sheff01/2020
* England/Sheff02/2020
* Virology Unit, Institut Pasteur du Cambodge.
* Cambodia/0012/2020
* WA State Department of Health
* USA/WA1-A12/2020
* Wales Specialist Virology Centre
* Wales/PHW03/2020
* Wales/PHW05/2020
* Wales/PHW1/2020
* Wales/PHW2/2020
* Washington State Department of Health
* USA/WA1-F6/2020
* USA/WA2/2020
* Washington State Public Health Lab
* USA/WA4-UW2/2020
* USA/WA6-UW3/2020
* USA/WA7-UW4/2020
* Weifang Center for Disease Control and Prevention
* China/WF0001/2020
* China/WF0002/2020
* China/WF0003/2020
* China/WF0004/2020
* China/WF0006/2020
* China/WF0009/2020
* China/WF0012/2020
* China/WF0014/2020
* China/WF0015/2020
* China/WF0016/2020
* China/WF0017/2020
* China/WF0018/2020
* China/WF0019/2020
* China/WF0020/2020
* China/WF0021/2020
* China/WF0023/2020
* China/WF0024/2020
* China/WF0026/2020
* China/WF0028/2020
* China/WF0029/2020
* West of Scotland Specialist Virology Centre, NHSGGC
* Scotland/CVR01/2020
* Scotland/CVR02/2020
* Scotland/CVR03/2020
* Scotland/CVR04/2020
* Scotland/CVR05/2020
* Wisconsin Department of Health Services
* USA/WI1/2020
* Wuhan Fourth Hospital
* Wuhan/WH05/2020
* Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences
* bat/Yunnan/RaTG13/2013
* Wuhan Jinyintan Hospital
* Wuhan/HBCDC-HB-01/2019
* Wuhan/HBCDC-HB-02/2019
* Wuhan/HBCDC-HB-03/2019
* Wuhan/HBCDC-HB-04/2019
* Wuhan/WIV02/2019
* Wuhan/WIV04/2019
* Wuhan/WIV05/2019
* Wuhan/WIV06/2019
* Wuhan/WIV07/2019
* Wuhan Lung Hospital
* Wuhan/HBCDC-HB-06/2020
* Yongchuan District Center for Disease Control and Prevention
* Chongqing/YC01/2020
* Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention
* Zhejiang/WZ-01/2020
* Zhejiang/WZ-02/2020
* Zhongxian Center for Disease Control and Prevention
* Chongqing/ZX01/2020