Skip to content

Latest commit

 

History

History
1154 lines (934 loc) · 53.4 KB

ncov_sit-rep_ru_2020-03-13.md

File metadata and controls

1154 lines (934 loc) · 53.4 KB
Raw
title authors authorLinks affiliations date dataset abstract
Геномный анализ распространения COVID-19. Ситуационный отчет 2020-03-13.
Emma Hodcroft, Nicola Müller, Cassia Wagner, Misja Ilcisin, James Hadfield, Sidney M. Bell, Richard Neher, Trevor Bedford. (Translation: Vadim Puller, Irina Kalita, Daniel Taliun)
Fred Hutch, Seattle, USA; Biozentrum, Basel, Switzerland; CZI, CA, USA
13 Марта 2020
Этот отчет использует общедоступные геномные данные для отслеживания распространения COVID-19. Отчеты обновляются еженедельно.

Содержание

# Резюме


Мы провели анализ 410</tag> общедоступных генома COVID-19. Сопоставив эти геномы вируса между собой, мы можем охарактеризовать как COVID-19 развивается и перемещается по всему миру.

Чтобы узнать текущее количество случаев коронавируса по всему миру, смотрите [Our World In Data](https://ourworldindata.org/coronavirus).

В этом отчете мы показываем, что вирус широко циркулирует по всему миру, с признаками локальной передачи на нескольких континентах.
В настоящее время, мы призываем сосредоточиться на усилиях по замедлению распространения в общинах; запреты на поездки, вероятно, в меньшей степени эффективны.

В обновлениях этой недели мы сообщаем:

* COVID-19 широко циркулирует по всей Европе, со значительным перемещением между странами.

* Мы установили по крайней мере 4 случая ввоза в Великобританию, в некоторых случаях с последующей передачей в общинах.

* Был ряд случаев, связанных с поездками, соединяющих Иран с другими частями мира.

* На сегодняшний день было много случаев ввоза в США, что привело к цепочкам локальных передач в нескольких штатах.

* Вспышка продолжает расти в штате Вашингтон; некоторые случаи тесно связаны со случаями на круизном лайнере Гранд Принцес (Grand Princess).

* Наблюдается локальная циркуляция COVID-19 в Калифорнии.

* Меры социального дистанцирования должны быть быстро задействованы для того, чтобы облегчить нагрузку на системы здравоохранения и защитить уязвимых.

Ресурсы COVID-19

Ниже мы подготовили некоторые ресурсы (в настоящее время только на английском языке), которые стоит прочитать для ознакомления с болезнью COVID-19 и вызывающим ее вирусом SARS-CoV-2. Эта информация поможет интерпретировать данные, представленные в этом отчете; если вы прежде не сталкивались с филогенетическими деревьями, мы предлагаем вам ознакомиться с брошюрой 'How to Read Phylogenies' и вернуться, когда вы чувствуете себя подготовленными.


## Дополнительная информация

<div>
  <a href="https://nextstrain.org/help/coronavirus/human-CoV"><img alt="microscopy image of coronaviruses" width="100" src="https://nextstrain.org/static/ncov_narrative-76cfd610d11ef708d213a3170de9519f.png"/> Главная информация о Коронавирусах </a>

  <a href="https://nextstrain.org/help/coronavirus/SARS-CoV-2"><img alt="illustration of a coronavirus" width="100" src="http://data.nextstrain.org/img_nCoV-CDC.jpg"/> Главная информация о недавней вспышке COVID-19 </a>

  <a href="https://nextstrain.org/narratives/trees-background/ru"><img alt="cartoon of a phylogenetic tree" width="100" src="http://data.nextstrain.org/img_toy_alignment_mini.png"/> Как читать филогенетические деревья</a>
</div>

## Дальнейшее чтение

* Краткое описание эпидемии SARS-CoV-2 на [Википедия](https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0%B0%D0%BD%D0%B4%D0%B5%D0%BC%D0%B8%D1%8F_COVID-19).
* Информация из центра по контролю и профилактике заболеваний США [US CDC](https://www.cdc.gov/coronavirus/index.html).


## Nextstrain изложенные факты

Последующие страницы содержат анализ, выполненный с использованием [Nextstrain](https://nextstrain.org).
Прокрутка левой боковой панели показывает абзацы текста с соответствующей визуализацией геномных данных с правой стороны.


Получить образцы полного генома нового и большого РНК-вируса так быстро - замечательное достижение.
Эти исследования стали возможными благодаря быстрому и открытому обмену геномными данными и их интерпретацией учеными со всего мира (см. последний слайд с информацией об авторах, принимавших участие в секвенировании).

Примечание о сборе образцов

В настоящее время, мы имеем в распоряжении последовательности из образцов, взятых в 30 странах на 5 континентах. Это необыкновенное достижение -- секвенирование до недавних пор неизвестного, большого вируса в разгаре эпидемии очень затруднительно и возможно только благодаря целеустремленной работе и своевременному обмену данными учеными и медиками со всего мира.

Хотя эти данные позволяют нам определить многие важные характеристики эпидемии и проследить ее распространение в реальном времени, важно подчеркнуть, что наши заключения ограничены доступными нам данными.

Например, карта показывает ограниченное число последовательностей из южных стран. Это не потому, что COVID-19 не циркулирует в этих регионах, или потому, что эти случаи менее важны; на самом деле, у нас просто очень мало данных из этих регионов. Размер каждого кружка на карте показывает, какое количество данных доступно нам в настоящее время из этого региона, а не настоящий размах эпидемии.

Циркуляция вируса в Европе

Здесь мы видим большую ветвь последовательностей из Европы. Важно отметить, что последовательности из многочисленных стран перекрываются между собой, свидетельствуя о том, что COVID-19 уже широко циркулирует по Европе.

При увеличении можно заметить, что на карте присутствует много связей между Италией и другими регионами; однако важно иметь в виду, что направление этих связей не всегда может быть достоверно установлено. Возможны другие гипотезы, объясняющие эти данные (например, если неизвестный случаи инфицировал два других: вторичный случай, секвенированный в Италии, и вторичный случай где-то еще).

Локальное распространение на Британских островах и в Ирландии

Глядя на Британские острова и Ирландию, мы видим несколько случаев появления вируса, родственных образцам из других стран.

Это согласуется с 4 или более случаями проникновения вируса из других мест.

Мы также видим ситуации, где после проникновения вируса наблюдаются несколько родственных случаев в том же самом месте. Это согласуется с местным распространением вируса для более чем одного из таких проникновений.

Распространение SARS-CoV-2 из Ирана

Несколько геномов были секвенированы от пациентов, сообщающих о недавних поездках в Иран. Эти геномы очень схожи, и показывают, что эпидемия в Иране может быть результатом единичной передачи вируса, который далее распространился по стране.

Обратите внимание, что в нашем распоряжении нет полных геномов от пациентов в самом Иране.

Передача в США

Здесь мы видим, что вирус был ввезен в Соединенные Штаты в многочисленных независимых случаях.

Большинство из них не связаны ни с одним из других случаев в США, поэтому мы не уверены, что эти случаи привели к местным эпидемиям. Однако, учитывая, что тестирование на вирус в большинстве регионов еще не запущено на полную мощность, мы предполагаем большое количество незарегистрированных случаев.

В Вашингтоне и Калифорнии, однако, мы видим группы случаев, близко связанных между собой. Это предполагает происходящую передачу и местное распространение в этих двух штатах.

Распространение SARS-CoV-2 в штате Вашингтон

Здесь мы видим группу близко взаимосвязанных случаев. Мы делаем из этого заключение, что в штате Вашингтон происходит активное локальное распространение вируса.

Интересно отметить, что образцы из Вашингтона перекрываются с образцами с круизного лайнера Гранд Принцес (Grand Princess). У нас пока нет уверенности, что вирус распространился с круизного лайнера в Вашингтон или наоборот; с получением новых данных мы обновим наш анализ.

Распространение SARS-CoV-2 в Калифорнии

Глядя на образцы из Калифорнии, мы видим свидетельство многочисленных привнесений вируса. Что более важно, мы видим, как минимум, один кластер близко связанных случаев: все обнаруженны в Калифорнии в течение короткого отрезка времени (перейдите по ссылке 'Explore the Data' и найдите 'CA9' чтобы увидеть один такой пример).

Все это убедительно свидетельствует о местном распространении вируса в Калифорнии.

Резюме

  • Вирус был многократно привнесен во многие части света. Не все привнесения привели к местной передаче вируса.

  • Мы видим доказательства местной передачи вируса в Европе, частях Соединенных Штатов, Китае и Западно-Восточной Азии.


  • Контроль локальных эпидемий через ограничение социальных контактов абсолютно необходим, чтобы защитить наиболее уязвимых.
# Как себя вести в этой ситуации  

Ограничение социальных контактов  -- то есть уменьшение числа людей, с которыми вы взаимодействуете каждый день -- может быть труднодостижимым, но очень полезным для блага общества. Если бы каждый из нас уменьшил число каждодневных контактов на 25%, мы ожидали бы уменьшения суммарного числа случаев заболевания в следующем месяце на 50%.
([Klein et al., 2020-03-13](https://institutefordiseasemodeling.github.io/COVID-public/reports/Working%20paper%20%E2%80%93%20model-based%20estimates%20of%20COVID-19%20burden%20in%20King%20and%20Snohomish%20counties%20through%20April%207.pdf)). Если вы не уверены в том, что такое ограничение социальных контактов, [посмотрите эти полезные рекомендации (на английском)](https://www.theatlantic.com/family/archive/2020/03/coronavirus-what-does-social-distancing-mean/607927/).
<div>
  <img src="https://github.com/nextstrain/ncov/raw/master/figures/social-distancing-efficacy.png" width="70%">
</div>

## Шаги, которые каждый может предпринять
* Уменьшить число людей, с которыми вы взаимодействуете каждый день, особенно, если вы попадаете в группу риска (то есть, пожилые люди и люди с хроническими проблемами здоровья).
* Помните, что, даже если вы не относитесь к группе риска, многие вокруг вас принадлежат к ней; следуйте этим рекомендациям, чтобы защитить других.
* Мойте руки "как если бы вы только что почистили лук и собираетесь сменить свои контактные линзы".  
* Оставайтесь дома, если вы больны; запаситесь продуктами и всем необходимым на случай, если вы должны добровольно посадить себя под карантин.  
* Если вы работодатель, поощряйте своих подчиненных оставаться дома, когда они больны (и поддержите их в этом финансово).  

## Возможные шаги со стороны официальных лиц   
* Сделайте тестирование на вирус бесплатным и легкодоступным.  
* Организуйте меры по ограничению социальных контактов.  
* Поддержите финансово тех, кто страдает от ограничения социальных контактов (например, почасовые работники, те, кто работает с престарелыми и детьми, малый бизнес, и т.п.)

Часто задаваемые вопросы и заблуждения

Нам известно, что у многих есть вопросы по поводу COVID-19.

Мы создали брошюру, отвечающую на наиболее часто задаваемые вопросы (на английском).

Федерация американских ученых также поддерживает страничку с часто задаваемыми вопросами (на английском).

# Для дополнительной информации   

* "Не верьте теориям заговора о коронавирусе и ВИЧ" (на английском, "Don't believe the conspiracy theories you hear about coronavirus & HIV") [article](https://massivesci.com/notes/wuhan-coronavirus-ncov-sars-mers-hiv-human-immunodeficiency-virus/) _2020-01-31_

* "Необоснованные теории заговора утверждают, что новый коронавирус был создан искусственно" (на английском, "Baseless Conspiracy Theories Claim New Coronavirus Was Bioengineered") [article](https://www.factcheck.org/2020/02/baseless-conspiracy-theories-claim-new-coronavirus-was-bioengineered/) _2020-02-07_

* "Нет, вирус из Ухани не был генетически модифицирован, чтобы добавить в него элементы ВИЧ" (на английском, "No, The Wuhan Coronavirus Was Not Genetically Engineered To Put Pieces Of HIV In It") [article](https://www.forbes.com/sites/victoriaforster/2020/02/02/no-coronavirus-was-not-bioengineered-to-put-pieces-of-hiv-in-it/#5d339e8e56cb) _2020-02-02_

* "Разрушение мифов о коронавирусе" (на английском,  "Busting coronavirus myths)" [AFP Fact Check](https://factcheck.afp.com/busting-coronavirus-myths) _2020-02-19_


# Заблуждения

Распространяется большое количество заблуждений о происхождении нового коронавируса. Во время эпидемии как нынешняя, распространение неправильной информации может привести к панике, и спровоцировать недоверие к ученым и правительству, следствием чего может быть отказ следовать их указаниям и  предпринимать необходимые меры.

Для того, чтобы развеять эти заблуждения, ученые обсуждают их на следующих страницах (на английском):

<div>

  <a href="http://virological.org/t/ncovs-relationship-to-bat-coronaviruses-recombination-signals-no-snakes-no-evidence-the-2019-ncov-lineage-is-recombinant/331"><img alt="picture of a snake" width="100" src="http://data.nextstrain.org/img_snake-freeToUse.jpg"/> 'Змеиное' происхождение SARS-CoV-2 (Technical) </a>
  <a href="https://twitter.com/trvrb/status/1223666856923291648"><img alt="illustration of HIV" width="100" src="http://data.nextstrain.org/img_HIV-wiki.jpg"/> Идея 'HIV инженерии' (Twitter thread)</a>


</div>

Благодарности

Мы хотели бы отметить удивительную и своевременную работу всех ученых, вовлеченных в исследование этой эпидемии, особенно тех, кто работает в Китае. Только благодаря интенсивному и быстрому обмену генетическими данными и метаданными стали возможны анализы, подобные этому.


Мы хотели бы поблагодарить GISAID за обеспечение платформы, через которую эти данные могут храниться и передаваться.


Мы благодарны за данные, собранные следующими лабораториями:

* Arizona Department of Health Services
* Auckland Hospital
* BCCDC Public Health Laboratory
* Bamrasnaradura Hospital
* Bundeswehr Institute of Microbiology
* CNR Virus des Infections Respiratoires - France SUD
* CR&WISCO GENERAL HOSPITAL
* California Department of Health
* California Department of Public Health
* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene
* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene, University of Duesseldorf
* Centers for Disease Control, R.O.C. (Taiwan)
* Centre for Human and Zoonotic Virology (CHAZVY), College of Medicine University of Lagos/Lagos University Teaching Hospital (LUTH), part of the Laboratory Network of the Nigeria Centre for Disease Control (NCDC)
* Centre for Infectious Diseases and Microbiology - Public Health
* Centre for Infectious Diseases and Microbiology Laboratory Services
* Centro Hospital do Porto, E.P.E. - H. Geral de Santo Antonio
* Centro Hospitalar e Universitario de Sao Joao, Porto
* Charite Universitatsmedizin Berlin, Institute of Virology; Institut fur Mikrobiologie der Bundeswehr, Munich
* Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Roma , Italy
* Department of Infectious and Tropical Diseases, Bichat Claude Bernard Hospital, Paris
* Department of Internal Medicine, Triemli Hospital
* Department of Laboratory Medicine, National Taiwan University Hospital
* Department of Microbiology, Institute for Viral Diseases, College of Medicine, Korea University
* Department of Pathology, Toshima Hospital
* Department of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
* Department of Virology and Immunology, University of Helsinki and Helsinki University Hospital, Huslab Finland
* Department of microbiology laboratory,Anhui Provincial Center for Disease Control and Prevention
* Dept. of Pathology, National Institute of Infectious Diseases
* Dept. of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
* Dienst Gezondheid & Jeugd Zuid-Holland Zuid
* Division of Infectious Diseases, Department of Internal Medicine, Korea University College of Medicine
* Division of Infectious Diseases, University Hospital Zurich
* Division of Viral Diseases, Center for Laboratory Control of Infectious Diseases, Korea Centers for Diseases Control and Prevention
* Dutch COVID-19 response team
* ErasmusMC
* Foundation Elisabeth-Tweesteden Ziekenhuis
* Foundation Pamm
* Fujian Center for Disease Control and Prevention
* General Hospital of Central Theater Command of People's Liberation Army of China
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provincial Public Health
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provinical Public Health
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention;Guangdong Provincial Institute of Public Health
* Guangdong Provincial Institution of Public Health, Guangdong Provinical Center for Disease Control and Prevention
* HUS Diagnostiikkakeskus, Hallinto
* Hangzhou Center for Disease Control and Prevention
* Hangzhou Center for Disease and Control Microbiology Lab
* Harborview Medical Center
* Hong Kong Department of Health
* Hospital Israelita Albert Einstein
* IL Department of Public Health Chicago Laboratory
* INMI Lazzaro Spallanzani IRCCS
* Indian Council of Medical Research - National Institute of Virology
* Indian Council of Medical Research-National Institute of Virology
* Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College
* Institute of Viral Disease Control and Prevention, China CDC
* Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias
* KU Leuven, Clinical and Epidemiological Virology
* Klinik Hirslanden Zurich
* Korea Centers for Disease Control & Prevention (KCDC) Center for Laboratory Control of Infectious Diseases Division of Viral Diseases
* Laboratoire National de Sante
* Laboratoire de Virologie, HUG
* Laboratorio di Microbiologia e Virologia, Universita Vita-Salute San Raffaele, Milano
* Laboratory Medicine
* Lapland Central Hospital
* MHC Brabant Zuidoost
* MHC Drente
* MHC Flevoland
* MHC Gooi & Vechtstreek
* MHC Haaglanden
* MHC Kennemerland
* MHC Rotterdam-Rijnmond
* MHC Utrecht
* MHC West-Brabant
* MSHS Clinical Microbiology Laboratories
* Massachusetts Department of Public Health
* Monash Medical Centre
* NHC Key laboratory of Enteric Pathogenic Microbiology, Institute of Pathogenic Microbiology
* National Centre for Infectious Diseases
* National Influenza Center - National Institute of Hygiene and Epidemiology (NIHE)
* National Influenza Centre, National Public Health Laboratory, Kathmandu, Nepal
* National Institute for Viral Disease Control and Prevention, China CDC
* National Public Health Laboratory
* National Public Health Laboratory, National Centre for Infectious Diseases
* Pathology Queensland
* Providence Regional Medical Center
* Public Health Ontario Laboratory
* RIVM
* Respiratory Virus Unit, Microbiology Services Colindale, Public Health England
* Seattle Flu Study
* Serology, Virology and OTDS Laboratories (SAViD), NSW Health Pathology Randwick
* Servicio Microbiologia. Hospital Clinico Universitario. Valencia.
* Shenzhen Key Laboratory of Pathogen and Immunity, National Clinical Research Center for Infectious Disease, Shenzhen Third People's Hospital
* Singapore General Hospital
* Sorbonne Universite, Inserm et Assistance Publique-Hopitaux de Paris (Pitie Salpetriere)
* State Health Office Baden-Wuerttemberg
* Taiwan Centers for Disease Control
* Texas Department of State Health Services
* The Central Hospital Of Wuhan
* The National Institute of Public Health Center for Epidemiology and Microbiology
* The University of Hong Kong - Shenzhen Hospital
* Tianmen Center for Disease Control and Prevention
* UCD National Virus Reference Laboratory
* University of Washington Virology Lab
* Union Hospital of Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology
* Valley Medical Center
* Virology Department, Sheffield Teaching Hospitals NHS Foundation Trust
* Virology Unit, Institut Pasteur du Cambodge.
* Wales Specialist Virology Centre
* Washington State Department of Health
* Washington State Public Health Lab
* Weifang Center for Disease Control and Prevention
* West of Scotland Specialist Virology Centre, NHSGGC
* Wisconsin Department of Health Services
* Wuhan Fourth Hospital
* Wuhan Jinyintan Hospital
* Wuhan Lung Hospital
* Yongchuan District Center for Disease Control and Prevention
* Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention
* Zhongxian Center for Disease Control and Prevention

Подробные научные благодарности

Эти данные были переданы через GISAID. Мы с удовольствием признаем их вклад.


Справа мы указываем конкретные генетические последовательности, переданные каждой лабораторией.


Геномы  SARS-CoV-2 были переданы учеными из следующих лабораторий:
* Arizona Department of Health Services
	* USA/AZ1/2020

* Auckland Hospital
	* NewZealand/01/2020

* BCCDC Public Health Laboratory
	* Canada/BC_37_0-2/2020

* Bamrasnaradura Hospital
	* Nonthaburi/61/2020
	* Nonthaburi/74/2020

* Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology
	* pangolin/Guangdong/P2S/2019
	* pangolin/Guangxi/P1E/2017
	* pangolin/Guangxi/P2V/2017
	* pangolin/Guangxi/P3B/2017
	* pangolin/Guangxi/P4L/2017
	* pangolin/Guangxi/P5E/2017
	* pangolin/Guangxi/P5L/2017

* Bundeswehr Institute of Microbiology
	* Germany/BavPat2/2020
	* Germany/BavPat3/2020

* CNR Virus des Infections Respiratoires - France SUD
	* France/RA739/2020

* CR&WISCO GENERAL HOSPITAL
	* Wuhan/HBCDC-HB-05/2020

* California Department of Health
	* USA/CA3/2020
	* USA/CA4/2020
	* USA/CA5/2020

* California Department of Public Health
	* USA/CA-CDPH-UC1/2020
	* USA/CA-CDPH-UC2/2020
	* USA/CA-CDPH-UC3/2020
	* USA/CA-CDPH-UC4/2020
	* USA/CA-CDPH-UC5/2020
	* USA/CA-CDPH-UC6/2020
	* USA/CA-CDPH-UC7/2020
	* USA/CA-CDPH-UC8/2020
	* USA/CA-CDPH-UC9/2020
	* USA/CA1/2020
	* USA/CA2/2020
	* USA/CA6/2020
	* USA/CA7/2020
	* USA/CA8/2020
	* USA/CA9/2020
	* USA/UC-CDPH-UC11/2020

* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene
	* Germany/NRW-01/2020
	* Germany/NRW-02-1/2020
	* Germany/NRW-03/2020
	* Germany/NRW-04/2020

* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene, University of Duesseldorf
	* Germany/NRW-011/2020
	* Germany/NRW-05/2020
	* Germany/NRW-06/2020
	* Germany/NRW-07/2020
	* Germany/NRW-08/2020
	* Germany/NRW-09/2020
	* Germany/NRW-10/2020

* Centers for Disease Control, R.O.C. (Taiwan)
	* Taiwan/2/2020

* Centre for Human and Zoonotic Virology (CHAZVY), College of Medicine University of Lagos/Lagos University Teaching Hospital (LUTH), part of the Laboratory Network of the Nigeria Centre for Disease Control (NCDC)
	* Nigeria/Lagos01/2020

* Centre for Infectious Diseases and Microbiology - Public Health
	* Australia/NSW10/2020
	* Australia/NSW12/2020
	* Australia/NSW13/2020
	* Australia/NSW14/2020

* Centre for Infectious Diseases and Microbiology Laboratory Services
	* Australia/NSW01/2020
	* Australia/NSW05/2020
	* Australia/NSW06/2020
	* Australia/NSW07/2020
	* Australia/NSW08/2020
	* Australia/NSW09/2020
	* Sydney/2/2020

* Centre for Infectious Diseases and Microbiology- Public Health
	* Australia/NSW11/2020

* Centro Hospital do Porto, E.P.E. - H. Geral de Santo Antonio
	* Portugal/CV62/2020

* Centro Hospitalar e Universitario de Sao Joao, Porto
	* Portugal/CV63/2020

* Charite Universitatsmedizin Berlin, Institute of Virology; Institut fur Mikrobiologie der Bundeswehr, Munich
	* Germany/BavPat1/2020

* Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Roma , Italy
	* Italy/CDG1/2020

* Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy
	* Italy/SPL1/2020

* Department of Infectious and Tropical Diseases, Bichat Claude Bernard Hospital, Paris
	* France/IDF0372-isl/2020
	* France/IDF0372/2020
	* France/IDF0373/2020
	* France/IDF0386-islP1/2020
	* France/IDF0386-islP3/2020
	* France/IDF0515-isl/2020
	* France/IDF0515/2020
	* France/IDF0571/2020

* Department of Internal Medicine, Triemli Hospital
	* Switzerland/1000477102/2020
	* Switzerland/1000477377/2020

* Department of Laboratory Medicine, National Taiwan University Hospital
	* Taiwan/NTU01/2020
	* Taiwan/NTU02/2020
	* Taiwan/NTU03/2020

* Department of Microbiology, Institute for Viral Diseases, College of Medicine, Korea University
	* SouthKorea/KUMC01/2020
	* SouthKorea/KUMC02/2020
	* SouthKorea/KUMC04/2020
	* SouthKorea/KUMC06/2020

* Department of Pathology, Toshima Hospital
	* Japan/TK/20-31-3/2020

* Department of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
	* Japan/AI/I-004/2020

* Department of Virology and Immunology, University of Helsinki and Helsinki University Hospital, Huslab Finland
	* Finland/FIN01032020/2020
	* Finland/FIN03032020A/2020
	* Finland/FIN03032020B/2020
	* Finland/FIN03032020C/2020

* Department of microbiology laboratory,Anhui Provincial Center for Disease Control and Prevention
	* Anhui/SZ005/2020

* Dept. of Pathology, National Institute of Infectious Diseases
	* Japan/NA-20-05-1/2020
	* Japan/OS-20-07-1/2020

* Dept. of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
	* Japan/KY-V-029/2020
	* Japan/TY-WK-012/2020
	* Japan/TY-WK-501/2020
	* Japan/TY-WK-521/2020

* Dienst Gezondheid & Jeugd Zuid-Holland Zuid
	* Netherlands/Hardinxveld_Giessendam_1364806/2020

* Division of Infectious Diseases, Department of Internal Medicine, Korea University College of Medicine
	* SouthKorea/KUMC03/2020
	* SouthKorea/KUMC05/2020

* Division of Infectious Diseases, University Hospital Zurich
	* Switzerland/1000477796/2020
	* Switzerland/1000477797/2020
	* Switzerland/1000477806/2020

* Division of Viral Diseases, Center for Laboratory Control of Infectious Diseases, Korea Centers for Diseases Control and Prevention
	* SouthKorea/KCDC05/2020
	* SouthKorea/KCDC06/2020
	* SouthKorea/KCDC07/2020
	* SouthKorea/KCDC12/2020
	* SouthKorea/KCDC24/2020

* Dutch COVID-19 response team
	* Netherlands/Gelderland_1/2020
	* Netherlands/Limburg_2/2020
	* Netherlands/Limburg_3/2020
	* Netherlands/Limburg_4/2020
	* Netherlands/Limburg_5/2020
	* Netherlands/Limburg_6/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_1/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_10/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_11/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_12/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_13/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_14/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_15/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_16/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_17/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_18/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_19/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_2/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_20/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_21/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_22/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_23/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_24/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_25/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_26/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_27/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_28/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_29/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_3/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_30/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_31/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_32/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_33/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_34/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_35/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_36/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_37/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_38/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_39/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_4/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_5/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_6/2020
	* Netherlands/NoordHolland_1/2020
	* Netherlands/NoordHolland_2/2020
	* Netherlands/Overijssel_1/2020
	* Netherlands/Overijssel_2/2020
	* Netherlands/Utrecht_1/2020
	* Netherlands/Utrecht_10/2020
	* Netherlands/Utrecht_11/2020
	* Netherlands/Utrecht_12/2020
	* Netherlands/Utrecht_13/2020
	* Netherlands/Utrecht_14/2020
	* Netherlands/Utrecht_15/2020
	* Netherlands/Utrecht_16/2020
	* Netherlands/Utrecht_2/2020
	* Netherlands/Utrecht_3/2020
	* Netherlands/Utrecht_4/2020
	* Netherlands/Utrecht_5/2020
	* Netherlands/Utrecht_6/2020
	* Netherlands/Utrecht_7/2020
	* Netherlands/Utrecht_8/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_1/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_10/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_11/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_13/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_14/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_15/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_16/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_17/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_18/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_19/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_2/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_20/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_21/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_22/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_23/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_24/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_5/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_6/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_7/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_8/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_9/2020

* ErasmusMC
	* Netherlands/Nieuwendijk_1363582/2020
	* Netherlands/Rotterdam_1363790/2020

* Foundation Elisabeth-Tweesteden Ziekenhuis
	* Netherlands/Tilburg_1363354/2020
	* Netherlands/Tilburg_1364286/2020

* Foundation Pamm
	* Netherlands/Berlicum_1363564/2020

* Fujian Center for Disease Control and Prevention
	* Fujian/13/2020
	* Fujian/8/2020

* General Hospital of Central Theater Command of People's Liberation Army of China
	* Wuhan/WH01/2019
	* Wuhan/WH02/2019
	* Wuhan/WH03/2020
	* Wuhan/WH04/2020

* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provincial Public Health
	* Foshan/20SF207/2020
	* Foshan/20SF210/2020
	* Foshan/20SF211/2020
	* Guangdong/20SF012/2020
	* Guangdong/20SF013/2020
	* Guangdong/20SF014/2020
	* Guangdong/20SF025/2020
	* Guangdong/20SF028/2020
	* Guangdong/20SF040/2020

* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provinical Public Health
	* Guangdong/20SF174/2020
	* Guangzhou/20SF206/2020

* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention;Guangdong Provincial Institute of Public Health
	* Guangdong/20SF201/2020

* Guangdong Provincial Institution of Public Health, Guangdong Provinical Center for Disease Control and Prevention
	* Guangdong/2020XN4239-P0034/2020
	* Guangdong/2020XN4243-P0035/2020
	* Guangdong/2020XN4273-P0036/2020
	* Guangdong/2020XN4276-P0037/2020
	* Guangdong/2020XN4291-P0038/2020
	* Guangdong/2020XN4373-P0039/2020
	* Guangdong/2020XN4433-P0040/2020
	* Guangdong/2020XN4448-P0002/2020
	* Guangdong/2020XN4459-P0041/2020
	* Guangdong/2020XN4475-P0042/2020
	* Guangdong/DG-S2-P0054/2020
	* Guangdong/DG-S41-P0056/2020
	* Guangdong/DG-S6-P0055/2020
	* Guangdong/DG-S9-P0045/2020
	* Guangdong/FS-S29-P0051/2020
	* Guangdong/FS-S30-P0052/2020
	* Guangdong/FS-S34-P0015/2020
	* Guangdong/FS-S42-P0046/2020
	* Guangdong/FS-S48-P0047/2020
	* Guangdong/FS-S50-P0053/2020
	* Guangdong/GD2020012-P0022/2020
	* Guangdong/GD2020016-P0011/2020
	* Guangdong/GD2020080-P0010/2020
	* Guangdong/GD2020085-P0043/2020
	* Guangdong/GD2020086-P0021/2020
	* Guangdong/GD2020087-P0008/2020
	* Guangdong/GD2020115-P0009/2020
	* Guangdong/GD2020134-P0031/2020
	* Guangdong/GD2020139-P0007/2020
	* Guangdong/GD2020227-P0029/2020
	* Guangdong/GD2020233-P0027/2020
	* Guangdong/GD2020234-P0023/2020
	* Guangdong/GD2020241-P0013/2020
	* Guangdong/GD2020246-P0028/2020
	* Guangdong/GD2020258-P0018/2020
	* Guangdong/GDFS2020052-P0025/2020
	* Guangdong/GDFS2020054-P0005/2020
	* Guangdong/GDFS2020056-P0044/2020
	* Guangdong/GDFS2020127-P0026/2020
	* Guangdong/GDSZ202004-P0004/2020
	* Guangdong/GDSZ202008-P0020/2020
	* Guangdong/GDSZ202009-P0032/2020
	* Guangdong/GDSZ202013-P0014/2020
	* Guangdong/GDSZ202015-P0019/2020
	* Guangdong/GZ-S6-P0050/2020
	* Guangdong/JM-S1-P0062/2020
	* Guangdong/MM-S1-P0048/2020
	* Guangdong/SZ-N128-P0057/2020
	* Guangdong/SZ-N59-P0049/2020
	* Guangdong/ZH-N22-P0059/2020
	* Guangdong/ZH-S33-P0058/2020
	* Guangdong/ZQ-S2-P0061/2020
	* Guangdong/ZS-S6-P0060/2020

* HUS Diagnostiikkakeskus, Hallinto
	* Finland/FIN-25/2020

* Hangzhou Center for Disease Control and Prevention
	* Hangzhou/HZCDC0001/2020

* Hangzhou Center for Disease and Control Microbiology Lab
	* Hangzhou/HZ-1/2020

* Harborview Medical Center
	* USA/WA3-UW1/2020
	* USA/WA9-UW6/2020

* Hong Kong Department of Health
	* HongKong/VB20024950/2020
	* HongKong/VB20026565/2020
	* HongKong/VM20001061/2020
	* HongKong/case42_VM20002493/2020
	* HongKong/case48_VM20002507/2020
	* HongKong/case52_VM20002582/2020
	* HongKong/case78_VM20002849/2020
	* HongKong/case85_VM20002868/2020
	* HongKong/case90_VM20002907/2020
	* canine/HongKong/20-02756/2020

* Hospital Israelita Albert Einstein
	* Brazil/SPBR-01/2020
	* Brazil/SPBR-02/2020
	* Brazil/SPBR-03/2020

* Hospital Sao Joaquim Beneficencia Portuguesa
	* Brazil/SPBR-04/2020
	* Brazil/SPBR-05/2020
	* Brazil/SPBR-06/2020

* IL Department of Public Health Chicago Laboratory
	* USA/IL1/2020
	* USA/IL2/2020

* INMI Lazzaro Spallanzani IRCCS
	* Italy/INMI1-cs/2020
	* Italy/INMI1-isl/2020

* Indian Council of Medical Research - National Institute of Virology
	* India/1-27/2020

* Indian Council of Medical Research-National Institute of Virology
	* India/1-31/2020

* Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College
	* Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019
	* Wuhan/IPBCAMS-WH-02/2019
	* Wuhan/IPBCAMS-WH-03/2019
	* Wuhan/IPBCAMS-WH-04/2019
	* Wuhan/IPBCAMS-WH-05/2020

* Institute of Viral Disease Control and Prevention, China CDC
	* Wuhan/IVDC-HB-envF13-20/2020
	* Wuhan/IVDC-HB-envF13-21/2020
	* Wuhan/IVDC-HB-envF13/2020
	* Wuhan/IVDC-HB-envF54/2020

* Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias
	* Mexico/CDMX/InDRE_01/2020

* Jingzhou Center for Disease Control and Prevention
	* Jingzhou/HBCDC-HB-01/2020

* KU Leuven, Clinical and Epidemiological Virology
	* Belgium/GHB-03021/2020

* Klinik Hirslanden Zurich
	* Switzerland/1000477757/2020

* Korea Centers for Disease Control & Prevention (KCDC) Center for Laboratory Control of Infectious Diseases Division of Viral Diseases
	* SouthKorea/KCDC03/2020

* Laboratoire National de Sante
	* Luxembourg/Lux1/2020

* Laboratoire de Virologie, HUG
	* Switzerland/AG0361/2020
	* Switzerland/BL0902/2020
	* Switzerland/GE3121/2020
	* Switzerland/GE3895/2020
	* Switzerland/GE5373/2020
	* Switzerland/GE9586/2020
	* Switzerland/TI9486/2020
	* Switzerland/VD5615/2020

* Laboratorio di Microbiologia e Virologia, Universita Vita-Salute San Raffaele, Milano
	* Italy/UniSR1/2020

* Laboratory Medicine
	* Taiwan/CGMH-CGU-01/2020

* Lapland Central Hospital
	* Finland/1/2020

* MHC Brabant Zuidoost
	* Netherlands/Eindhoven_1363782/2020

* MHC Drente
	* Netherlands/Dalen_1363624/2020

* MHC Flevoland
	* Netherlands/Zeewolde_1365080/2020

* MHC Gooi & Vechtstreek
	* Netherlands/Blaricum_1364780/2020
	* Netherlands/Naarden_1364774/2020

* MHC Haaglanden
	* Netherlands/Nootdorp_1364222/2020

* MHC Hart voor Brabant
	* Netherlands/Oisterwijk_1364072/2020

* MHC Kennemerland
	* Netherlands/Haarlem_1363688/2020

* MHC Rotterdam-Rijnmond
	* Netherlands/Rotterdam_1364040/2020

* MHC Utrecht
	* Netherlands/Utrecht_1363564/2020
	* Netherlands/Utrecht_1363628/2020
	* Netherlands/Utrecht_1364066/2020

* MHC West-Brabant
	* Netherlands/Andel_1365066/2020
	* Netherlands/Helmond_1363548/2020

* MSHS Clinical Microbiology Laboratories
	* USA/NY1-PV08001/2020

* Massachusetts Department of Public Health
	* USA/MA1/2020

* Monash Medical Centre
	* Australia/VIC01/2020

* NHC Key laboratory of Enteric Pathogenic Microbiology, Institute of Pathogenic Microbiology
	* Jiangsu/JS01/2020
	* Jiangsu/JS02/2020
	* Jiangsu/JS03/2020

* National Centre for Infectious Diseases
	* Singapore/12/2020
	* Singapore/13/2020
	* Singapore/14/2020
	* Singapore/3/2020
	* Singapore/4/2020

* National Influenza Center - National Institute of Hygiene and Epidemiology (NIHE)
	* Vietnam/VR03-38142/2020

* National Influenza Centre, National Public Health Laboratory, Kathmandu, Nepal
	* Nepal/61/2020

* National Institute for Viral Disease Control and Prevention, China CDC
	* Beijing/IVDC-BJ-005/2020
	* Chongqing/IVDC-CQ-001/2020
	* Henan/IVDC-HeN-002/2020
	* Jiangsu/IVDC-JS-001/2020
	* Jiangxi/IVDC-JX-002/2020
	* Shandong/IVDC-SD-001/2020
	* Shanghai/IVDC-SH-001/2020
	* Sichuan/IVDC-SC-001/2020
	* Wuhan/IVDC-HB-01/2019
	* Wuhan/IVDC-HB-04/2020
	* Wuhan/IVDC-HB-05/2019
	* Yunnan/IVDC-YN-003/2020

* National Public Health Laboratory
	* Singapore/11/2020

* National Public Health Laboratory, National Centre for Infectious Diseases
	* Singapore/10/2020
	* Singapore/7/2020
	* Singapore/8/2020
	* Singapore/9/2020

* Pathology Queensland
	* Australia/QLD01/2020
	* Australia/QLD02/2020
	* Australia/QLD03/2020
	* Australia/QLD04/2020
	* Australia/QLD09/2020

* Providence Regional Medical Center
	* USA/WA1/2020

* Public Health Ontario Laboratory
	* Canada/ON-PHL2445/2020
	* Canada/ON-VIDO-01/2020

* RIVM
	* Netherlands/Delft_1363424/2020
	* Netherlands/Diemen_1363454/2020
	* Netherlands/Loon_op_zand_1363512/2020
	* Netherlands/Oss_1363500/2020
	* NetherlandsL/Houten_1363498/2020

* Respiratory Virus Unit, Microbiology Services Colindale, Public Health England
	* England/01/2020
	* England/02/2020
	* England/09c/2020
	* England/200641094/2020
	* England/200690245/2020
	* England/200690300/2020
	* England/200690306/2020
	* England/200690756/2020
	* England/200940527/2020
	* England/200960041/2020
	* England/200960515/2020
	* England/200981386/2020
	* England/200990002/2020
	* England/200990006/2020
	* England/200990660/2020
	* England/200990723/2020
	* England/200990724/2020
	* England/200990725/2020
	* England/200991076/2020
	* England/201000003/2020
	* England/201040081/2020
	* England/201040141/2020

* Seattle Flu Study
	* USA/WA-S2/2020
	* USA/WA-S3/2020

* Second Hospital of Anhui Medical University
	* Hefei/2/2020

* Serology, Virology and OTDS Laboratories (SAViD), NSW Health Pathology Randwick
	* Sydney/3/2020

* Servicio Microbiologia. Hospital Clinico Universitario. Valencia.
	* Spain/Valencia1/2020
	* Spain/Valencia2/2020

* Shenzhen Key Laboratory of Pathogen and Immunity, National Clinical Research Center for Infectious Disease, Shenzhen Third People's Hospital
	* Shenzhen/SZTH-002/2020
	* Shenzhen/SZTH-003/2020
	* Shenzhen/SZTH-004/2020

* Shenzhen Third People's Hospital
	* Shenzhen/SZTH-001/2020

* Singapore General Hospital
	* Singapore/1/2020
	* Singapore/2/2020

* Singapore General Hospital, Molecular Laboratory, Division of Pathology
	* Singapore/5/2020
	* Singapore/6/2020

* Sorbonne Universite, Inserm et Assistance Publique-Hopitaux de Paris (Pitie Salpetriere)
	* France/IDF0626/2020

* South China Agricultural University
	* pangolin/Guandong/1/2019

* State Health Office Baden-Wuerttemberg
	* Germany/Baden-Wuerttemberg-1/2020

* Taiwan Centers for Disease Control
	* Taiwan/3/2020
	* Taiwan/4/2020

* Texas Department of State Health Services
	* USA/TX1/2020

* The Central Hospital Of Wuhan
	* Wuhan/HBCDC-HB-02/2020

* The National Institute of Public Health Center for Epidemiology and Microbiology
	* CzechRepublic/951/2020

* The University of Hong Kong - Shenzhen Hospital
	* Shenzhen/HKU-SZ-002/2020
	* Shenzhen/HKU-SZ-005/2020

* Tianmen Center for Disease Control and Prevention
	* Tianmen/HBCDC-HB-07/2020

* UCD National Virus Reference Laboratory
	* Ireland/COR-20134/2020

* UW Virology Lab
	* USA/WA-UW15/2020
	* USA/WA-UW16/2020
	* USA/WA-UW17/2020
	* USA/WA-UW18/2020
	* USA/WA-UW19/2020
	* USA/WA-UW20/2020
	* USA/WA-UW21/2020
	* USA/WA11-UW7/2020
	* USA/WA12-UW8/2020
	* USA/WA13-UW9/2020
	* USA/WA14-UW10/2020
	* USA/WA15-UW11/2020
	* USA/WA16-UW12/2020
	* USA/WA17-UW13/2020
	* USA/WA18-UW14/2020

* Union Hospital of Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology
	* Wuhan/HBCDC-HB-03/2020
	* Wuhan/HBCDC-HB-04/2020

* Unknown
	* Netherlands/Coevorden_1363618/2020

* Valley Medical Center
	* USA/WA8-UW5/2020

* Virology Department, Sheffield Teaching Hospitals NHS Foundation Trust
	* England/Sheff01/2020
	* England/Sheff02/2020

* Virology Unit, Institut Pasteur du Cambodge.
	* Cambodia/0012/2020

* WA State Department of Health
	* USA/WA1-A12/2020

* Wales Specialist Virology Centre
	* Wales/PHW03/2020
	* Wales/PHW05/2020
	* Wales/PHW1/2020
	* Wales/PHW2/2020

* Washington State Department of Health
	* USA/WA1-F6/2020
	* USA/WA2/2020

* Washington State Public Health Lab
	* USA/WA4-UW2/2020
	* USA/WA6-UW3/2020
	* USA/WA7-UW4/2020

* Weifang Center for Disease Control and Prevention
	* China/WF0001/2020
	* China/WF0002/2020
	* China/WF0003/2020
	* China/WF0004/2020
	* China/WF0006/2020
	* China/WF0009/2020
	* China/WF0012/2020
	* China/WF0014/2020
	* China/WF0015/2020
	* China/WF0016/2020
	* China/WF0017/2020
	* China/WF0018/2020
	* China/WF0019/2020
	* China/WF0020/2020
	* China/WF0021/2020
	* China/WF0023/2020
	* China/WF0024/2020
	* China/WF0026/2020
	* China/WF0028/2020
	* China/WF0029/2020

* West of Scotland Specialist Virology Centre, NHSGGC
	* Scotland/CVR01/2020
	* Scotland/CVR02/2020
	* Scotland/CVR03/2020
	* Scotland/CVR04/2020
	* Scotland/CVR05/2020

* Wisconsin Department of Health Services
	* USA/WI1/2020

* Wuhan Fourth Hospital
	* Wuhan/WH05/2020

* Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences
	* bat/Yunnan/RaTG13/2013

* Wuhan Jinyintan Hospital
	* Wuhan/HBCDC-HB-01/2019
	* Wuhan/HBCDC-HB-02/2019
	* Wuhan/HBCDC-HB-03/2019
	* Wuhan/HBCDC-HB-04/2019
	* Wuhan/WIV02/2019
	* Wuhan/WIV04/2019
	* Wuhan/WIV05/2019
	* Wuhan/WIV06/2019
	* Wuhan/WIV07/2019

* Wuhan Lung Hospital
	* Wuhan/HBCDC-HB-06/2020

* Yongchuan District Center for Disease Control and Prevention
	* Chongqing/YC01/2020

* Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention
	* Zhejiang/WZ-01/2020
	* Zhejiang/WZ-02/2020

* Zhongxian Center for Disease Control and Prevention
	* Chongqing/ZX01/2020