Skip to content

Latest commit

 

History

History
1179 lines (962 loc) · 44.9 KB

ncov_sit-rep_nl_2020-03-13.md

File metadata and controls

1179 lines (962 loc) · 44.9 KB
Raw
title authors authorLinks affiliations translators date dataset abstract
Genomische analyse van COVID-19 verspreiding. Situatierapportage 2020-03-13.
Emma Hodcroft
Nicola Müller
Cassia Wagner
Misja Ilcisin
James Hadfield
Sidney M. Bell
Richard Neher
Trevor Bedford
Fred Hutch, Seattle, USA; Biozentrum, Basel, Switzerland; CZI, CA, USA
Rutger Vos
Pleuni Pennings
Roan van Scheppingen
Jisca Huisman
13 maart 2020
Deze rapportage maakt gebruik van publiek gedeelde genomische data om zo de verspreiding van COVID-19 te volgen. Deze rapportages worden wekelijks bijgewerkt.

Inhoud

# Samenvatting

Hier hebben we 410</tag> publiekelijk gedeelde COVID-19 genomen geanalyseerd. Door deze virus genomen met elkaar te vergelijken, kunnen we karakteriseren hoe COVID-19 zich ontwikkelt en beweegt over de hele wereld.

Voor een actuele momentopname van het aantal coronavirusgevallen in de wereld, zie [Our World In Data](https://ourworldindata.org/coronavirus).

In dit verslag laten we zien dat het virus op grote schaal over de hele wereld circuleert, met bewijs van lokale overdracht op meerdere continenten.
Op dit moment dringen we aan op inspanningen om de verspreiding binnen gemeenschappen te vertragen; reisverboden zijn waarschijnlijk minder effectief.

In de updates van deze week rapporteren we het volgende:  

* COVID-19 circuleert op grote schaal in Europa, met aanzienlijke bewegingen tussen landen.  

* We identificeren ten minste 4 introducties in het Verenigd Koninkrijk, waarvan sommige met transmissie binnen de gemeenschap.  

* Er zijn een aantal reisgerelateerde gevallen geweest die Iran met andere delen van de wereld in verband brachten.  

* Er zijn tot nu toe veel introducties geweest in de VS, met als resultaat lokale transmissieketens in meerdere staten.  

* De uitbraak blijft groeien in de staat Washington; sommige gevallen zijn nauw verwant aan die van het Grand Princess cruiseschip.  

* Er is lokale circulatie van COVID-19 in Californië.  

* Er moeten snel sociale maatregelen worden genomen om de zorgstelsels te ontlasten en de kwetsbaren te beschermen.

COVID-19 Bronnen

We hebben een aantal bronnen voorbereid die het waard zijn om te lezen om jezelf vertrouwd te maken met COVID-19 en het virus dat het veroorzaakt, SARS-CoV-2.

Deze informatie maakt het interpreteren van de gegevens die we in dit verhaal presenteren makkelijker; als u niet bekend bent met fylogenetische bomen, raden we u aan de 'Hoe kan ik Fylogenieën lezen?' narratief te bekijken en terug te komen wanneer u klaar bent.


## Achtergrondinformatie

<div>
  <a href="https://nextstrain.org/help/coronavirus/human-CoV"><img alt="microscopy image of coronaviruses" width="100" src="https://nextstrain.org/static/ncov_narrative-76cfd610d11ef708d213a3170de9519f.png"/> Achtergrond bij Coronavirussen </a>

  <a href="https://nextstrain.org/help/coronavirus/SARS-CoV-2"><img alt="illustration of a coronavirus" width="100" src="http://data.nextstrain.org/img_nCoV-CDC.jpg"/> Recente COVID-19-uitbraak achtergrond </a>

  <a href="https://nextstrain.org/narratives/trees-background/nl"><img alt="cartoon of a phylogenetic tree" width="100" src="http://data.nextstrain.org/img_toy_alignment_mini.png"/> Hoe kan ik Fylogenieën lezen? </a>
</div>

## Verder lezen

* Samenvatting van de SARS-CoV-2-uitbraak op [Wikipedia](https://en.wikipedia.org/wiki/2019%E2%80%9320_Wuhan_coronavirus_outbreak).
* Materialen van de [US CDC](https://www.cdc.gov/coronavirus/index.html).

## Nextstrain narratieven

De volgende pagina's bevatten analyses die zijn uitgevoerd met behulp van [Nextstrain](https://nextstrain.org).
Door te scrollen worden alinea's met tekst onthuld met een bijbehorende visualisatie van de genomische gegevens.

Om zo snel volledige genomen te hebben van een nieuw en groot RNA-virus is een opmerkelijke prestatie.
Deze analyses zijn mogelijk gemaakt door het snel en open delen van genomische gegevens en interpretaties door wetenschappers over de hele wereld (zie de laatste pagina voor een visualisatie van het sequencing auteurschap).

Een opmerking over bemonstering

We hebben momenteel sequenties van monsters die genomen zijn in 30 landen op 5 continenten. Dit is een ongelooflijke prestatie -- het sequencen van een onbekend, groot RNA-virus tijdens een pandemie is moeilijk, en is alleen mogelijk door het ongelooflijke werk en het tijdig delen van gegevens door wetenschappers en artsen over de hele wereld.

Hoewel deze gegevens ons in staat stellen om veel nuttige kenmerken van de uitbraak af te leiden en de verspreiding ervan in real time te volgen, is het belangrijk om te benadrukken dat onze conclusies beperkt zijn door de beschikbare gegevens.

Verspreiding binnen Europa

Hier zien we een grote clade van sequenties uit Europa. Het valt op dat de sequenties uit veel verschillende landen door elkaar heen staan, wat erop wijst dat COVID-19 al op grote schaal in Europa circuleert.

Als we inzoomen op de kaart zien we dat er veel verbanden zijn tussen Italië en andere gebieden; het is echter belangrijk om in gedachten te houden dat de richting van deze verbanden niet altijd met vertrouwen kan worden afgeleid. Andere hypothesen kunnen deze gegevens ook verklaren (bv. als een niet bemonsterd geval zowel een secundair geval bemonsterd in Italië heeft geïnfecteerd als een secundair geval dat elders is bemonsterd).

Lokale transmissie in het V.K. en Ierland

Als we de Britse eilanden & Ierland als voorbeeld nemen, zien we verschillende gevallen waarin virussen die nauw verwant zijn aan monsters uit andere landen op de Britse eilanden & Ierland verschijnen.

Dit komt overeen met 4 of meer introducties van andere locaties.

We zien ook gevallen waarin er na een introductie verschillende nauw verwante gevallen zijn op dezelfde locatie. Dit komt overeen met lokale gemeenschapsoverdracht vanuit meer dan één van deze introducties.

Verspreiding van SARS-CoV-2 uit Iran

Een aantal virus genomen zijn gesequenced uit patiënten die een reisgeschiedenis naar Iran rapporteren. Deze genomen zijn allemaal zeer nauw verwant zijn en geven aan dat de uitbraak in Iran het resultaat kan zijn van een enkele overdracht die vervolgens naar vele andere plaatsen is overgebracht.

Merk op dat er geen volledige genomen beschikbaar zijn van patiënten in Iran.

Introducties in de V.S.

Hier kunnen we zien dat het virus meerdere keren onafhankelijk in de VS is geïntroduceerd.

De meeste van deze introducties worden niet geassocieerd met andere bemonsterde gevallen uit de VS, dus we weten niet zeker of deze introducties tot lokale uitbraken hebben geleid. Aangezien de testcapaciteit in de meeste gebieden echter nog niet is opgevoerd, verwachten we dat er veel niet-gerapporteerde gevallen zijn.

Voor Washington en Californië zien we echter wel clusters van gevallen die nauw met elkaar samenhangen. Dit suggereert een voortdurende overdracht en lokale verspreiding binnen deze twee staten.

Verspreiding van SARS-CoV-2 in de staat Washington

Hier zien we een grote cluster van gevallen uit Washington die allemaal nauw aan elkaar verwant zijn. Hieruit concluderen we dat er sprake is van een grote lokale verspreiding binnen de staat Washington.

Interessant is dat de monsters van het Grand Princess cruiseschip zich voegen tussen de Washington monsters. We weten nog niet zeker of het virus zich heeft verspreid van het cruiseschip naar Washington of andersom; naarmate we meer gegevens krijgen, zullen we onze analyse updaten.

Verspreiding van SARS-CoV-2 in Californië

Als we kijken naar monsters uit Californië, zien we bewijs voor meerdere introducties. Belangrijker is dat we ten minste één cluster van nauw verwante gevallen zien, die allemaal in korte tijd in Californië zijn bemonsterd (klik op 'Explore the Data' en zoek naar 'CA9' om een voorbeeld te zien).

Dit wijst er sterk op dat er binnen Californië nog steeds sprake is van lokale transmissie.

Conclusies

  • Het virus is in vele delen van de wereld meermaals geïntroduceerd. Niet alle introducties leiden tot lokale overdracht.


  • We zien bewijs van lokale overdracht in Europa, delen van de Verenigde Staten, China en Zuidoost-Azië.


  • Het beheersen van lokale uitbraken door middel van beperken van sociale contacten is van cruciaal belang om kwetsbaren te beschermen.
# Wat u kunt doen

Beperken van sociale contacten - dat wil zeggen, het verminderen van het aantal mensen dat je elke dag tegenkomt - kan een uitdaging zijn, maar is erg goed voor het algemeen belang.  
 Als iedereen zijn dagelijkse contacten met 25% zou verminderen, dan verwachten we de volgende maand een afname van 50% van het cumulatieve aantal gevallen. ([Klein et al., 2020-03-13](https://institutefordiseasemodeling.github.io/COVID-public/reports/Working%20paper%20%E2%80%93%20model-based%20estimates%20of%20COVID-19%20burden%20in%20King%20and%20Snohomish%20counties%20through%20April%207.pdf)). Weet u niet zeker wat 'social distancing' betekent? [Bekijk deze handige gids (engels)](https://www.theatlantic.com/family/archive/2020/03/coronavirus-what-does-social-distancing-mean/607927/).
<div>
  <img src="https://github.com/nextstrain/ncov/raw/master/figures/social-distancing-efficacy.png" width="70%">
</div>

## Stappen die individuen kunnen nemen
* Verminder het aantal mensen met wie u dagelijks in contact komt, vooral als u tot een kwetsbare groep behoort (bijv. senioren en mensen met een bestaande aandoening).
* Vergeet niet dat zelfs als je niet erg kwetsbaar bent, veel mensen om je heen dat wel zijn; volg deze werkwijze om anderen te beschermen.
* Was je handen "alsof je net een chilipeper hebt gesnipperd en een contactlens moet verwisselen".  
* Blijf thuis als je ziek bent; wees voorbereid met een paar extra benodigdheden voor het geval je zelfquarantaine nodig hebt.  
* Als u een werkgever bent, moedig dan uw werknemers aan om thuis te blijven als ze ziek zijn (en ondersteun ze financieel).  

## Stappen die bestuurders kunnen nemen  
* Maak het testen gratis en breed beschikbaar.  
* Tref maatregelen om sociale contacten te beperken.
* Verleen financiële steun aan degenen die de gevolgen ondervinden van maatregelen om sociale contacten te beperken (bv. werknemers die per uur betaald worden, werknemers met verantwoordelijkheden op het gebied van ouderen of kinderopvang, kleine bedrijven, enz.)

Veelgestelde vragen & misvattingen

We weten dat veel mensen vragen hebben over COVID-19.

We hebben een gids opgesteld om te proberen de meest gestelde vragen te beantwoorden.

De Federation of American Scientists onderhoudt ook een grote bron voor meest gestelde vragen.

# Verder lezen  

* "Don't believe the conspiracy theories you hear about coronavirus & HIV" [article](https://massivesci.com/notes/wuhan-coronavirus-ncov-sars-mers-hiv-human-immunodeficiency-virus/) _2020-01-31_

* "Baseless Conspiracy Theories Claim New Coronavirus Was Bioengineered" [article](https://www.factcheck.org/2020/02/baseless-conspiracy-theories-claim-new-coronavirus-was-bioengineered/) _2020-02-07_

* "No, The Wuhan Coronavirus Was Not Genetically Engineered To Put Pieces Of HIV In It" [article](https://www.forbes.com/sites/victoriaforster/2020/02/02/no-coronavirus-was-not-bioengineered-to-put-pieces-of-hiv-in-it/#5d339e8e56cb) _2020-02-02_

* "Busting coronavirus myths" [AFP Fact Check](https://factcheck.afp.com/busting-coronavirus-myths) _2020-02-19_


# Misvattingen

Er zijn een aantal misvattingen in omloop over de oorsprong van het nieuwe coronavirus.
Tijdens uitbraken als deze kan de verspreiding van informatie waarvan bekend is dat deze onjuist is, leiden tot meer paniek en ervoor zorgen dat mensen wetenschappers en overheden niet vertrouwen, wat betekent dat ze minder geneigd zijn om adviezen op te volgen en de juiste voorzorgsmaatregelen te nemen.

In een poging om te proberen uit te leggen waarom deze opvattingen onjuist zijn, hebben wetenschappers deze theorieën op de onderstaande pagina's behandeld:

<div>

  <a href="http://virological.org/t/ncovs-relationship-to-bat-coronaviruses-recombination-signals-no-snakes-no-evidence-the-2019-ncov-lineage-is-recombinant/331"><img alt="picture of a snake" width="100" src="http://data.nextstrain.org/img_snake-freeToUse.jpg"/> 'Snake' Origins of SARS-CoV-2 (Technical) </a>
  <a href="https://twitter.com/trvrb/status/1223666856923291648"><img alt="illustration of HIV" width="100" src="http://data.nextstrain.org/img_HIV-wiki.jpg"/> 'HIV Engineering' Idea (Twitter thread)</a>


</div>

Wetenschappelijke verantwoording

Wij willen onze dank uitspreken voor het fantastische en tijdige werk dat is verricht door alle wetenschappers die bij deze uitbraak betrokken zijn, en met name door degenen die in China werkzaam zijn. Alleen door het snel delen van genomische gegevens en metadata zijn dit soort analyses mogelijk.


Wij zijn ook GISAID dankbaar voor het leveren van het platform waarmee deze gegevens kunnen worden geüpload en gedeeld.


We zijn dankbaar voor de gegevens die door deze laboratoria zijn verzameld:

* Arizona Department of Health Services
* Auckland Hospital
* BCCDC Public Health Laboratory
* Bamrasnaradura Hospital
* Bundeswehr Institute of Microbiology
* CNR Virus des Infections Respiratoires - France SUD
* CR&WISCO GENERAL HOSPITAL
* California Department of Health
* California Department of Public Health
* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene
* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene, University of Duesseldorf
* Centers for Disease Control, R.O.C. (Taiwan)
* Centre for Human and Zoonotic Virology (CHAZVY), College of Medicine University of Lagos/Lagos University Teaching Hospital (LUTH), part of the Laboratory Network of the Nigeria Centre for Disease Control (NCDC)
* Centre for Infectious Diseases and Microbiology - Public Health
* Centre for Infectious Diseases and Microbiology Laboratory Services
* Centro Hospital do Porto, E.P.E. - H. Geral de Santo Antonio
* Centro Hospitalar e Universitario de Sao Joao, Porto
* Charite Universitatsmedizin Berlin, Institute of Virology; Institut fur Mikrobiologie der Bundeswehr, Munich
* Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Roma , Italy
* Department of Infectious and Tropical Diseases, Bichat Claude Bernard Hospital, Paris
* Department of Internal Medicine, Triemli Hospital
* Department of Laboratory Medicine, National Taiwan University Hospital
* Department of Microbiology, Institute for Viral Diseases, College of Medicine, Korea University
* Department of Pathology, Toshima Hospital
* Department of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
* Department of Virology and Immunology, University of Helsinki and Helsinki University Hospital, Huslab Finland
* Department of microbiology laboratory,Anhui Provincial Center for Disease Control and Prevention
* Dept. of Pathology, National Institute of Infectious Diseases
* Dept. of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
* Dienst Gezondheid & Jeugd Zuid-Holland Zuid
* Division of Infectious Diseases, Department of Internal Medicine, Korea University College of Medicine
* Division of Infectious Diseases, University Hospital Zurich
* Division of Viral Diseases, Center for Laboratory Control of Infectious Diseases, Korea Centers for Diseases Control and Prevention
* Dutch COVID-19 response team
* ErasmusMC
* Foundation Elisabeth-Tweesteden Ziekenhuis
* Foundation Pamm
* Fujian Center for Disease Control and Prevention
* General Hospital of Central Theater Command of People's Liberation Army of China
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provincial Public Health
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provinical Public Health
* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention;Guangdong Provincial Institute of Public Health
* Guangdong Provincial Institution of Public Health, Guangdong Provinical Center for Disease Control and Prevention
* HUS Diagnostiikkakeskus, Hallinto
* Hangzhou Center for Disease Control and Prevention
* Hangzhou Center for Disease and Control Microbiology Lab
* Harborview Medical Center
* Hong Kong Department of Health
* Hospital Israelita Albert Einstein
* IL Department of Public Health Chicago Laboratory
* INMI Lazzaro Spallanzani IRCCS
* Indian Council of Medical Research - National Institute of Virology
* Indian Council of Medical Research-National Institute of Virology
* Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College
* Institute of Viral Disease Control and Prevention, China CDC
* Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias
* KU Leuven, Clinical and Epidemiological Virology
* Klinik Hirslanden Zurich
* Korea Centers for Disease Control & Prevention (KCDC) Center for Laboratory Control of Infectious Diseases Division of Viral Diseases
* Laboratoire National de Sante
* Laboratoire de Virologie, HUG
* Laboratorio di Microbiologia e Virologia, Universita Vita-Salute San Raffaele, Milano
* Laboratory Medicine
* Lapland Central Hospital
* MHC Brabant Zuidoost
* MHC Drente
* MHC Flevoland
* MHC Gooi & Vechtstreek
* MHC Haaglanden
* MHC Kennemerland
* MHC Rotterdam-Rijnmond
* MHC Utrecht
* MHC West-Brabant
* MSHS Clinical Microbiology Laboratories
* Massachusetts Department of Public Health
* Monash Medical Centre
* NHC Key laboratory of Enteric Pathogenic Microbiology, Institute of Pathogenic Microbiology
* National Centre for Infectious Diseases
* National Influenza Center - National Institute of Hygiene and Epidemiology (NIHE)
* National Influenza Centre, National Public Health Laboratory, Kathmandu, Nepal
* National Institute for Viral Disease Control and Prevention, China CDC
* National Public Health Laboratory
* National Public Health Laboratory, National Centre for Infectious Diseases
* Pathology Queensland
* Providence Regional Medical Center
* Public Health Ontario Laboratory
* RIVM
* Respiratory Virus Unit, Microbiology Services Colindale, Public Health England
* Seattle Flu Study
* Serology, Virology and OTDS Laboratories (SAViD), NSW Health Pathology Randwick
* Servicio Microbiologia. Hospital Clinico Universitario. Valencia.
* Shenzhen Key Laboratory of Pathogen and Immunity, National Clinical Research Center for Infectious Disease, Shenzhen Third People's Hospital
* Singapore General Hospital
* Sorbonne Universite, Inserm et Assistance Publique-Hopitaux de Paris (Pitie Salpetriere)
* State Health Office Baden-Wuerttemberg
* Taiwan Centers for Disease Control
* Texas Department of State Health Services
* The Central Hospital Of Wuhan
* The National Institute of Public Health Center for Epidemiology and Microbiology
* The University of Hong Kong - Shenzhen Hospital
* Tianmen Center for Disease Control and Prevention
* UCD National Virus Reference Laboratory
* University of Washington Virology Lab
* Union Hospital of Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology
* Valley Medical Center
* Virology Department, Sheffield Teaching Hospitals NHS Foundation Trust
* Virology Unit, Institut Pasteur du Cambodge.
* Wales Specialist Virology Centre
* Washington State Department of Health
* Washington State Public Health Lab
* Weifang Center for Disease Control and Prevention
* West of Scotland Specialist Virology Centre, NHSGGC
* Wisconsin Department of Health Services
* Wuhan Fourth Hospital
* Wuhan Jinyintan Hospital
* Wuhan Lung Hospital
* Yongchuan District Center for Disease Control and Prevention
* Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention
* Zhongxian Center for Disease Control and Prevention

Gedetailleerde wetenschappelijk credits

Deze gegevens werden gedeeld via GISAID. Wij zijn dankbaar voor hun bijdragen.


Rechts geven we specifieke sequenties die door elk lab zijn gedeeld.


De SARS-CoV-2 genomen werden ruimhartig gedeeld door de wetenschappers in deze inzendende laboratoria:
* Arizona Department of Health Services
	* USA/AZ1/2020

* Auckland Hospital
	* NewZealand/01/2020

* BCCDC Public Health Laboratory
	* Canada/BC_37_0-2/2020

* Bamrasnaradura Hospital
	* Nonthaburi/61/2020
	* Nonthaburi/74/2020

* Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology
	* pangolin/Guangdong/P2S/2019
	* pangolin/Guangxi/P1E/2017
	* pangolin/Guangxi/P2V/2017
	* pangolin/Guangxi/P3B/2017
	* pangolin/Guangxi/P4L/2017
	* pangolin/Guangxi/P5E/2017
	* pangolin/Guangxi/P5L/2017

* Bundeswehr Institute of Microbiology
	* Germany/BavPat2/2020
	* Germany/BavPat3/2020

* CNR Virus des Infections Respiratoires - France SUD
	* France/RA739/2020

* CR&WISCO GENERAL HOSPITAL
	* Wuhan/HBCDC-HB-05/2020

* California Department of Health
	* USA/CA3/2020
	* USA/CA4/2020
	* USA/CA5/2020

* California Department of Public Health
	* USA/CA-CDPH-UC1/2020
	* USA/CA-CDPH-UC2/2020
	* USA/CA-CDPH-UC3/2020
	* USA/CA-CDPH-UC4/2020
	* USA/CA-CDPH-UC5/2020
	* USA/CA-CDPH-UC6/2020
	* USA/CA-CDPH-UC7/2020
	* USA/CA-CDPH-UC8/2020
	* USA/CA-CDPH-UC9/2020
	* USA/CA1/2020
	* USA/CA2/2020
	* USA/CA6/2020
	* USA/CA7/2020
	* USA/CA8/2020
	* USA/CA9/2020
	* USA/UC-CDPH-UC11/2020

* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene
	* Germany/NRW-01/2020
	* Germany/NRW-02-1/2020
	* Germany/NRW-03/2020
	* Germany/NRW-04/2020

* Center of Medical Microbiology, Virology, and Hospital Hygiene, University of Duesseldorf
	* Germany/NRW-011/2020
	* Germany/NRW-05/2020
	* Germany/NRW-06/2020
	* Germany/NRW-07/2020
	* Germany/NRW-08/2020
	* Germany/NRW-09/2020
	* Germany/NRW-10/2020

* Centers for Disease Control, R.O.C. (Taiwan)
	* Taiwan/2/2020

* Centre for Human and Zoonotic Virology (CHAZVY), College of Medicine University of Lagos/Lagos University Teaching Hospital (LUTH), part of the Laboratory Network of the Nigeria Centre for Disease Control (NCDC)
	* Nigeria/Lagos01/2020

* Centre for Infectious Diseases and Microbiology - Public Health
	* Australia/NSW10/2020
	* Australia/NSW12/2020
	* Australia/NSW13/2020
	* Australia/NSW14/2020

* Centre for Infectious Diseases and Microbiology Laboratory Services
	* Australia/NSW01/2020
	* Australia/NSW05/2020
	* Australia/NSW06/2020
	* Australia/NSW07/2020
	* Australia/NSW08/2020
	* Australia/NSW09/2020
	* Sydney/2/2020

* Centre for Infectious Diseases and Microbiology- Public Health
	* Australia/NSW11/2020

* Centro Hospital do Porto, E.P.E. - H. Geral de Santo Antonio
	* Portugal/CV62/2020

* Centro Hospitalar e Universitario de Sao Joao, Porto
	* Portugal/CV63/2020

* Charite Universitatsmedizin Berlin, Institute of Virology; Institut fur Mikrobiologie der Bundeswehr, Munich
	* Germany/BavPat1/2020

* Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Roma , Italy
	* Italy/CDG1/2020

* Department of Infectious Diseases, Istituto Superiore di Sanita, Rome, Italy
	* Italy/SPL1/2020

* Department of Infectious and Tropical Diseases, Bichat Claude Bernard Hospital, Paris
	* France/IDF0372-isl/2020
	* France/IDF0372/2020
	* France/IDF0373/2020
	* France/IDF0386-islP1/2020
	* France/IDF0386-islP3/2020
	* France/IDF0515-isl/2020
	* France/IDF0515/2020
	* France/IDF0571/2020

* Department of Internal Medicine, Triemli Hospital
	* Switzerland/1000477102/2020
	* Switzerland/1000477377/2020

* Department of Laboratory Medicine, National Taiwan University Hospital
	* Taiwan/NTU01/2020
	* Taiwan/NTU02/2020
	* Taiwan/NTU03/2020

* Department of Microbiology, Institute for Viral Diseases, College of Medicine, Korea University
	* SouthKorea/KUMC01/2020
	* SouthKorea/KUMC02/2020
	* SouthKorea/KUMC04/2020
	* SouthKorea/KUMC06/2020

* Department of Pathology, Toshima Hospital
	* Japan/TK/20-31-3/2020

* Department of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
	* Japan/AI/I-004/2020

* Department of Virology and Immunology, University of Helsinki and Helsinki University Hospital, Huslab Finland
	* Finland/FIN01032020/2020
	* Finland/FIN03032020A/2020
	* Finland/FIN03032020B/2020
	* Finland/FIN03032020C/2020

* Department of microbiology laboratory,Anhui Provincial Center for Disease Control and Prevention
	* Anhui/SZ005/2020

* Dept. of Pathology, National Institute of Infectious Diseases
	* Japan/NA-20-05-1/2020
	* Japan/OS-20-07-1/2020

* Dept. of Virology III, National Institute of Infectious Diseases
	* Japan/KY-V-029/2020
	* Japan/TY-WK-012/2020
	* Japan/TY-WK-501/2020
	* Japan/TY-WK-521/2020

* Dienst Gezondheid & Jeugd Zuid-Holland Zuid
	* Netherlands/Hardinxveld_Giessendam_1364806/2020

* Division of Infectious Diseases, Department of Internal Medicine, Korea University College of Medicine
	* SouthKorea/KUMC03/2020
	* SouthKorea/KUMC05/2020

* Division of Infectious Diseases, University Hospital Zurich
	* Switzerland/1000477796/2020
	* Switzerland/1000477797/2020
	* Switzerland/1000477806/2020

* Division of Viral Diseases, Center for Laboratory Control of Infectious Diseases, Korea Centers for Diseases Control and Prevention
	* SouthKorea/KCDC05/2020
	* SouthKorea/KCDC06/2020
	* SouthKorea/KCDC07/2020
	* SouthKorea/KCDC12/2020
	* SouthKorea/KCDC24/2020

* Dutch COVID-19 response team
	* Netherlands/Gelderland_1/2020
	* Netherlands/Limburg_2/2020
	* Netherlands/Limburg_3/2020
	* Netherlands/Limburg_4/2020
	* Netherlands/Limburg_5/2020
	* Netherlands/Limburg_6/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_1/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_10/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_11/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_12/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_13/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_14/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_15/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_16/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_17/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_18/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_19/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_2/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_20/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_21/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_22/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_23/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_24/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_25/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_26/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_27/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_28/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_29/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_3/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_30/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_31/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_32/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_33/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_34/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_35/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_36/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_37/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_38/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_39/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_4/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_5/2020
	* Netherlands/NoordBrabant_6/2020
	* Netherlands/NoordHolland_1/2020
	* Netherlands/NoordHolland_2/2020
	* Netherlands/Overijssel_1/2020
	* Netherlands/Overijssel_2/2020
	* Netherlands/Utrecht_1/2020
	* Netherlands/Utrecht_10/2020
	* Netherlands/Utrecht_11/2020
	* Netherlands/Utrecht_12/2020
	* Netherlands/Utrecht_13/2020
	* Netherlands/Utrecht_14/2020
	* Netherlands/Utrecht_15/2020
	* Netherlands/Utrecht_16/2020
	* Netherlands/Utrecht_2/2020
	* Netherlands/Utrecht_3/2020
	* Netherlands/Utrecht_4/2020
	* Netherlands/Utrecht_5/2020
	* Netherlands/Utrecht_6/2020
	* Netherlands/Utrecht_7/2020
	* Netherlands/Utrecht_8/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_1/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_10/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_11/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_13/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_14/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_15/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_16/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_17/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_18/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_19/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_2/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_20/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_21/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_22/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_23/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_24/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_5/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_6/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_7/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_8/2020
	* Netherlands/ZuidHolland_9/2020

* ErasmusMC
	* Netherlands/Nieuwendijk_1363582/2020
	* Netherlands/Rotterdam_1363790/2020

* Foundation Elisabeth-Tweesteden Ziekenhuis
	* Netherlands/Tilburg_1363354/2020
	* Netherlands/Tilburg_1364286/2020

* Foundation Pamm
	* Netherlands/Berlicum_1363564/2020

* Fujian Center for Disease Control and Prevention
	* Fujian/13/2020
	* Fujian/8/2020

* General Hospital of Central Theater Command of People's Liberation Army of China
	* Wuhan/WH01/2019
	* Wuhan/WH02/2019
	* Wuhan/WH03/2020
	* Wuhan/WH04/2020

* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provincial Public Health
	* Foshan/20SF207/2020
	* Foshan/20SF210/2020
	* Foshan/20SF211/2020
	* Guangdong/20SF012/2020
	* Guangdong/20SF013/2020
	* Guangdong/20SF014/2020
	* Guangdong/20SF025/2020
	* Guangdong/20SF028/2020
	* Guangdong/20SF040/2020

* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention; Guangdong Provinical Public Health
	* Guangdong/20SF174/2020
	* Guangzhou/20SF206/2020

* Guangdong Provincial Center for Diseases Control and Prevention;Guangdong Provincial Institute of Public Health
	* Guangdong/20SF201/2020

* Guangdong Provincial Institution of Public Health, Guangdong Provinical Center for Disease Control and Prevention
	* Guangdong/2020XN4239-P0034/2020
	* Guangdong/2020XN4243-P0035/2020
	* Guangdong/2020XN4273-P0036/2020
	* Guangdong/2020XN4276-P0037/2020
	* Guangdong/2020XN4291-P0038/2020
	* Guangdong/2020XN4373-P0039/2020
	* Guangdong/2020XN4433-P0040/2020
	* Guangdong/2020XN4448-P0002/2020
	* Guangdong/2020XN4459-P0041/2020
	* Guangdong/2020XN4475-P0042/2020
	* Guangdong/DG-S2-P0054/2020
	* Guangdong/DG-S41-P0056/2020
	* Guangdong/DG-S6-P0055/2020
	* Guangdong/DG-S9-P0045/2020
	* Guangdong/FS-S29-P0051/2020
	* Guangdong/FS-S30-P0052/2020
	* Guangdong/FS-S34-P0015/2020
	* Guangdong/FS-S42-P0046/2020
	* Guangdong/FS-S48-P0047/2020
	* Guangdong/FS-S50-P0053/2020
	* Guangdong/GD2020012-P0022/2020
	* Guangdong/GD2020016-P0011/2020
	* Guangdong/GD2020080-P0010/2020
	* Guangdong/GD2020085-P0043/2020
	* Guangdong/GD2020086-P0021/2020
	* Guangdong/GD2020087-P0008/2020
	* Guangdong/GD2020115-P0009/2020
	* Guangdong/GD2020134-P0031/2020
	* Guangdong/GD2020139-P0007/2020
	* Guangdong/GD2020227-P0029/2020
	* Guangdong/GD2020233-P0027/2020
	* Guangdong/GD2020234-P0023/2020
	* Guangdong/GD2020241-P0013/2020
	* Guangdong/GD2020246-P0028/2020
	* Guangdong/GD2020258-P0018/2020
	* Guangdong/GDFS2020052-P0025/2020
	* Guangdong/GDFS2020054-P0005/2020
	* Guangdong/GDFS2020056-P0044/2020
	* Guangdong/GDFS2020127-P0026/2020
	* Guangdong/GDSZ202004-P0004/2020
	* Guangdong/GDSZ202008-P0020/2020
	* Guangdong/GDSZ202009-P0032/2020
	* Guangdong/GDSZ202013-P0014/2020
	* Guangdong/GDSZ202015-P0019/2020
	* Guangdong/GZ-S6-P0050/2020
	* Guangdong/JM-S1-P0062/2020
	* Guangdong/MM-S1-P0048/2020
	* Guangdong/SZ-N128-P0057/2020
	* Guangdong/SZ-N59-P0049/2020
	* Guangdong/ZH-N22-P0059/2020
	* Guangdong/ZH-S33-P0058/2020
	* Guangdong/ZQ-S2-P0061/2020
	* Guangdong/ZS-S6-P0060/2020

* HUS Diagnostiikkakeskus, Hallinto
	* Finland/FIN-25/2020

* Hangzhou Center for Disease Control and Prevention
	* Hangzhou/HZCDC0001/2020

* Hangzhou Center for Disease and Control Microbiology Lab
	* Hangzhou/HZ-1/2020

* Harborview Medical Center
	* USA/WA3-UW1/2020
	* USA/WA9-UW6/2020

* Hong Kong Department of Health
	* HongKong/VB20024950/2020
	* HongKong/VB20026565/2020
	* HongKong/VM20001061/2020
	* HongKong/case42_VM20002493/2020
	* HongKong/case48_VM20002507/2020
	* HongKong/case52_VM20002582/2020
	* HongKong/case78_VM20002849/2020
	* HongKong/case85_VM20002868/2020
	* HongKong/case90_VM20002907/2020
	* canine/HongKong/20-02756/2020

* Hospital Israelita Albert Einstein
	* Brazil/SPBR-01/2020
	* Brazil/SPBR-02/2020
	* Brazil/SPBR-03/2020

* Hospital Sao Joaquim Beneficencia Portuguesa
	* Brazil/SPBR-04/2020
	* Brazil/SPBR-05/2020
	* Brazil/SPBR-06/2020

* IL Department of Public Health Chicago Laboratory
	* USA/IL1/2020
	* USA/IL2/2020

* INMI Lazzaro Spallanzani IRCCS
	* Italy/INMI1-cs/2020
	* Italy/INMI1-isl/2020

* Indian Council of Medical Research - National Institute of Virology
	* India/1-27/2020

* Indian Council of Medical Research-National Institute of Virology
	* India/1-31/2020

* Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College
	* Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019
	* Wuhan/IPBCAMS-WH-02/2019
	* Wuhan/IPBCAMS-WH-03/2019
	* Wuhan/IPBCAMS-WH-04/2019
	* Wuhan/IPBCAMS-WH-05/2020

* Institute of Viral Disease Control and Prevention, China CDC
	* Wuhan/IVDC-HB-envF13-20/2020
	* Wuhan/IVDC-HB-envF13-21/2020
	* Wuhan/IVDC-HB-envF13/2020
	* Wuhan/IVDC-HB-envF54/2020

* Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias
	* Mexico/CDMX/InDRE_01/2020

* Jingzhou Center for Disease Control and Prevention
	* Jingzhou/HBCDC-HB-01/2020

* KU Leuven, Clinical and Epidemiological Virology
	* Belgium/GHB-03021/2020

* Klinik Hirslanden Zurich
	* Switzerland/1000477757/2020

* Korea Centers for Disease Control & Prevention (KCDC) Center for Laboratory Control of Infectious Diseases Division of Viral Diseases
	* SouthKorea/KCDC03/2020

* Laboratoire National de Sante
	* Luxembourg/Lux1/2020

* Laboratoire de Virologie, HUG
	* Switzerland/AG0361/2020
	* Switzerland/BL0902/2020
	* Switzerland/GE3121/2020
	* Switzerland/GE3895/2020
	* Switzerland/GE5373/2020
	* Switzerland/GE9586/2020
	* Switzerland/TI9486/2020
	* Switzerland/VD5615/2020

* Laboratorio di Microbiologia e Virologia, Universita Vita-Salute San Raffaele, Milano
	* Italy/UniSR1/2020

* Laboratory Medicine
	* Taiwan/CGMH-CGU-01/2020

* Lapland Central Hospital
	* Finland/1/2020

* MHC Brabant Zuidoost
	* Netherlands/Eindhoven_1363782/2020

* MHC Drente
	* Netherlands/Dalen_1363624/2020

* MHC Flevoland
	* Netherlands/Zeewolde_1365080/2020

* MHC Gooi & Vechtstreek
	* Netherlands/Blaricum_1364780/2020
	* Netherlands/Naarden_1364774/2020

* MHC Haaglanden
	* Netherlands/Nootdorp_1364222/2020

* MHC Hart voor Brabant
	* Netherlands/Oisterwijk_1364072/2020

* MHC Kennemerland
	* Netherlands/Haarlem_1363688/2020

* MHC Rotterdam-Rijnmond
	* Netherlands/Rotterdam_1364040/2020

* MHC Utrecht
	* Netherlands/Utrecht_1363564/2020
	* Netherlands/Utrecht_1363628/2020
	* Netherlands/Utrecht_1364066/2020

* MHC West-Brabant
	* Netherlands/Andel_1365066/2020
	* Netherlands/Helmond_1363548/2020

* MSHS Clinical Microbiology Laboratories
	* USA/NY1-PV08001/2020

* Massachusetts Department of Public Health
	* USA/MA1/2020

* Monash Medical Centre
	* Australia/VIC01/2020

* NHC Key laboratory of Enteric Pathogenic Microbiology, Institute of Pathogenic Microbiology
	* Jiangsu/JS01/2020
	* Jiangsu/JS02/2020
	* Jiangsu/JS03/2020

* National Centre for Infectious Diseases
	* Singapore/12/2020
	* Singapore/13/2020
	* Singapore/14/2020
	* Singapore/3/2020
	* Singapore/4/2020

* National Influenza Center - National Institute of Hygiene and Epidemiology (NIHE)
	* Vietnam/VR03-38142/2020

* National Influenza Centre, National Public Health Laboratory, Kathmandu, Nepal
	* Nepal/61/2020

* National Institute for Viral Disease Control and Prevention, China CDC
	* Beijing/IVDC-BJ-005/2020
	* Chongqing/IVDC-CQ-001/2020
	* Henan/IVDC-HeN-002/2020
	* Jiangsu/IVDC-JS-001/2020
	* Jiangxi/IVDC-JX-002/2020
	* Shandong/IVDC-SD-001/2020
	* Shanghai/IVDC-SH-001/2020
	* Sichuan/IVDC-SC-001/2020
	* Wuhan/IVDC-HB-01/2019
	* Wuhan/IVDC-HB-04/2020
	* Wuhan/IVDC-HB-05/2019
	* Yunnan/IVDC-YN-003/2020

* National Public Health Laboratory
	* Singapore/11/2020

* National Public Health Laboratory, National Centre for Infectious Diseases
	* Singapore/10/2020
	* Singapore/7/2020
	* Singapore/8/2020
	* Singapore/9/2020

* Pathology Queensland
	* Australia/QLD01/2020
	* Australia/QLD02/2020
	* Australia/QLD03/2020
	* Australia/QLD04/2020
	* Australia/QLD09/2020

* Providence Regional Medical Center
	* USA/WA1/2020

* Public Health Ontario Laboratory
	* Canada/ON-PHL2445/2020
	* Canada/ON-VIDO-01/2020

* RIVM
	* Netherlands/Delft_1363424/2020
	* Netherlands/Diemen_1363454/2020
	* Netherlands/Loon_op_zand_1363512/2020
	* Netherlands/Oss_1363500/2020
	* NetherlandsL/Houten_1363498/2020

* Respiratory Virus Unit, Microbiology Services Colindale, Public Health England
	* England/01/2020
	* England/02/2020
	* England/09c/2020
	* England/200641094/2020
	* England/200690245/2020
	* England/200690300/2020
	* England/200690306/2020
	* England/200690756/2020
	* England/200940527/2020
	* England/200960041/2020
	* England/200960515/2020
	* England/200981386/2020
	* England/200990002/2020
	* England/200990006/2020
	* England/200990660/2020
	* England/200990723/2020
	* England/200990724/2020
	* England/200990725/2020
	* England/200991076/2020
	* England/201000003/2020
	* England/201040081/2020
	* England/201040141/2020

* Seattle Flu Study
	* USA/WA-S2/2020
	* USA/WA-S3/2020

* Second Hospital of Anhui Medical University
	* Hefei/2/2020

* Serology, Virology and OTDS Laboratories (SAViD), NSW Health Pathology Randwick
	* Sydney/3/2020

* Servicio Microbiologia. Hospital Clinico Universitario. Valencia.
	* Spain/Valencia1/2020
	* Spain/Valencia2/2020

* Shenzhen Key Laboratory of Pathogen and Immunity, National Clinical Research Center for Infectious Disease, Shenzhen Third People's Hospital
	* Shenzhen/SZTH-002/2020
	* Shenzhen/SZTH-003/2020
	* Shenzhen/SZTH-004/2020

* Shenzhen Third People's Hospital
	* Shenzhen/SZTH-001/2020

* Singapore General Hospital
	* Singapore/1/2020
	* Singapore/2/2020

* Singapore General Hospital, Molecular Laboratory, Division of Pathology
	* Singapore/5/2020
	* Singapore/6/2020

* Sorbonne Universite, Inserm et Assistance Publique-Hopitaux de Paris (Pitie Salpetriere)
	* France/IDF0626/2020

* South China Agricultural University
	* pangolin/Guandong/1/2019

* State Health Office Baden-Wuerttemberg
	* Germany/Baden-Wuerttemberg-1/2020

* Taiwan Centers for Disease Control
	* Taiwan/3/2020
	* Taiwan/4/2020

* Texas Department of State Health Services
	* USA/TX1/2020

* The Central Hospital Of Wuhan
	* Wuhan/HBCDC-HB-02/2020

* The National Institute of Public Health Center for Epidemiology and Microbiology
	* CzechRepublic/951/2020

* The University of Hong Kong - Shenzhen Hospital
	* Shenzhen/HKU-SZ-002/2020
	* Shenzhen/HKU-SZ-005/2020

* Tianmen Center for Disease Control and Prevention
	* Tianmen/HBCDC-HB-07/2020

* UCD National Virus Reference Laboratory
	* Ireland/COR-20134/2020

* UW Virology Lab
	* USA/WA-UW15/2020
	* USA/WA-UW16/2020
	* USA/WA-UW17/2020
	* USA/WA-UW18/2020
	* USA/WA-UW19/2020
	* USA/WA-UW20/2020
	* USA/WA-UW21/2020
	* USA/WA11-UW7/2020
	* USA/WA12-UW8/2020
	* USA/WA13-UW9/2020
	* USA/WA14-UW10/2020
	* USA/WA15-UW11/2020
	* USA/WA16-UW12/2020
	* USA/WA17-UW13/2020
	* USA/WA18-UW14/2020

* Union Hospital of Tongji Medical College, Huazhong University of Science and Technology
	* Wuhan/HBCDC-HB-03/2020
	* Wuhan/HBCDC-HB-04/2020

* Unknown
	* Netherlands/Coevorden_1363618/2020

* Valley Medical Center
	* USA/WA8-UW5/2020

* Virology Department, Sheffield Teaching Hospitals NHS Foundation Trust
	* England/Sheff01/2020
	* England/Sheff02/2020

* Virology Unit, Institut Pasteur du Cambodge.
	* Cambodia/0012/2020

* WA State Department of Health
	* USA/WA1-A12/2020

* Wales Specialist Virology Centre
	* Wales/PHW03/2020
	* Wales/PHW05/2020
	* Wales/PHW1/2020
	* Wales/PHW2/2020

* Washington State Department of Health
	* USA/WA1-F6/2020
	* USA/WA2/2020

* Washington State Public Health Lab
	* USA/WA4-UW2/2020
	* USA/WA6-UW3/2020
	* USA/WA7-UW4/2020

* Weifang Center for Disease Control and Prevention
	* China/WF0001/2020
	* China/WF0002/2020
	* China/WF0003/2020
	* China/WF0004/2020
	* China/WF0006/2020
	* China/WF0009/2020
	* China/WF0012/2020
	* China/WF0014/2020
	* China/WF0015/2020
	* China/WF0016/2020
	* China/WF0017/2020
	* China/WF0018/2020
	* China/WF0019/2020
	* China/WF0020/2020
	* China/WF0021/2020
	* China/WF0023/2020
	* China/WF0024/2020
	* China/WF0026/2020
	* China/WF0028/2020
	* China/WF0029/2020

* West of Scotland Specialist Virology Centre, NHSGGC
	* Scotland/CVR01/2020
	* Scotland/CVR02/2020
	* Scotland/CVR03/2020
	* Scotland/CVR04/2020
	* Scotland/CVR05/2020

* Wisconsin Department of Health Services
	* USA/WI1/2020

* Wuhan Fourth Hospital
	* Wuhan/WH05/2020

* Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences
	* bat/Yunnan/RaTG13/2013

* Wuhan Jinyintan Hospital
	* Wuhan/HBCDC-HB-01/2019
	* Wuhan/HBCDC-HB-02/2019
	* Wuhan/HBCDC-HB-03/2019
	* Wuhan/HBCDC-HB-04/2019
	* Wuhan/WIV02/2019
	* Wuhan/WIV04/2019
	* Wuhan/WIV05/2019
	* Wuhan/WIV06/2019
	* Wuhan/WIV07/2019

* Wuhan Lung Hospital
	* Wuhan/HBCDC-HB-06/2020

* Yongchuan District Center for Disease Control and Prevention
	* Chongqing/YC01/2020

* Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention
	* Zhejiang/WZ-01/2020
	* Zhejiang/WZ-02/2020

* Zhongxian Center for Disease Control and Prevention
	* Chongqing/ZX01/2020