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2024-10-13 |
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本周话题：中国科学家可以摆脱“35岁焦虑”吗？
一个良好的评估体系，才是一个科研工作者的“乌托邦”的起点，在这里，科研工作变得更加简单和纯粹，因为大家都明白，每一份经费的分配，依据的是科研的质量和科研人员的能力和潜质，而这里的青年科学家，从踏入科学界开始，他们就知道，最重要的是要解决真正有影响力的重大问题，而不是迫于评估压力去凑齐所需的论文数目。
1、 Nat Commun｜肿瘤和匹配正常样本综合突变谱MSK-IMPACT Heme可加强对血液肿瘤的临床评估
美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心（MSKCC）研究团队通过展示MSK-IMPACT Heme的开发和临床经验分享了应对血液肿瘤体细胞突变评估的独特挑战的经验。MSK-IMPACT Heme是针对血液肿瘤可操作靶点的综合突变谱，是通过基于杂交捕获和高覆盖率的NGS分析平台获得的肿瘤和匹配正常DNA获得体细胞突变的综合数据集。该研究报告了大规模的前瞻性临床测序工作的经验，有助于指导血液肿瘤患者的诊断、预后、治疗选择和未来监测。研究表明，肿瘤和匹配正常样本的大规模测序在血液肿瘤中是可行的，包括造血干细胞移植后的患者和患有多种并发恶性肿瘤的患者。这一流程的周转时间是可变的，在该队列中通常为2-3周。
2、Genome Medicine | 对两例高危前列腺癌的演化分析揭示个性化医疗前景
文章采用全新的处理技术，对两名接受根治性前列腺切除术的高危PrCa患者(GP5和GP12)进行全基因组数据以及三维解剖和组织形态学分析。并利用进化重建工具和空间进化模型分析了22个全基因组测序位点(16个原发癌灶和6个淋巴结转移)。概率模型用于追踪原发肿瘤和转移的空间和时间起源，绘制其遗传驱动因素，并区分转移性和非转移性亚克隆。
3、Nat Commun |长读长转录组数据的分析工具包TAGET
北京大学数学科学学院的席瑞斌团队和哈尔滨医科大学附属肿瘤医院苗素生团队在Nature Communications上发表了题为“TAGET: A toolkit for analyzing full-length transcripts from long-read sequencing”的文章。研究团队提出了一个名为TAGET（Toolkit for Analyzing full-length GEne Transcripts）的综合性计算工具包，用来分析Iso-seq全长转录组数据，包括转录本的映射和注释、基因融合的检测、差异表达分析以及差异同源异构体使用（DIU）分析。通过实验验证和与RNA-seq数据的比较，研究团队发现TAGET比其它工具更准确地检测新剪切位点、同源异构体和基因融合。这项研究进一步完善了三代测序Iso-seq数据的分析流程，帮助研究人员更方便、更准确地进行全长转录组分析。
4、博文资讯 | 揭秘环形RNA的“生老病死”与“独门秘诀”｜上海市科学技术奖
陈玲玲研究员围绕着“环形RNA生成和功能机制的研究”的项目进行研究，通过系统阐明环形RNA生成的反式作用因子、折叠和降解的规律，创新性地将环形RNA的生成与作用机制相耦联，揭示其全新功能并与自身免疫病密切关联。这一项目荣获2022年的上海市自然科学奖一等奖。
NIH正在建立人类健康与疾病的多组学联盟（Multi-Omics for Health and Disease Consortium），首年拨款约1100万美元，该联盟旨在促进人类健康研究多组学数据的生成和分析。NIH将在五年内为多组学联盟提供共约5030万美元的资助。资金由美国国家人类基因组研究所、美国国家癌症研究所（NCI）以及美国国家环境健康科学研究所（NIEHS）共同提供。
6、R语言相关性热图汇总之LinkET篇（下）：网络相关性热图跟方形相关性热图
本篇为LinkET包来绘制相关性热图的下篇，包括方形相关性热图及网络相关性热图，上篇见R语言相关性热图汇总之LinkET篇（上）。 主要介绍了方形相关性热图和网络相关性热图的用途和代码实现过程。
Metascape的使用非常简单，只要将基因列表贴入提交，然后点击Express Analysis按钮即可。Metascape能自动识别常用的各种基因或蛋白质的标识符。分析完成后网页会引导用户打开一份分析报告。分析报告模仿科研论文的格式来展现分析结果，图文并茂，对生物学者极其友好。报告中详细阐述了分析方法和图形的意义，而且图形都含可以发表的高清晰文件格式。报告还提供了格式化好的Excel文件，许多文章直接使用它做supplementary table。自动生成的PowerPoint文件方便学者们交流结果。所有的数据和图标文件都可以通过一个Zip文件包下载保存。蛋白质网络文件格式还支持用第三方软件比如Cytoscape进行更加深入的分析。用户熟悉后也可以使用Custom Analysis按钮对更多的分析功能和参数予以调节。
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9、Rfast
一组用于数据分析的快速（实用）函数。列和行方向上的平均值、中位数、方差、最小值、最大值，以及许多t检验、F检验和G平方检验，还有多种回归分析（正态、逻辑斯蒂、泊松），这些都是众多快速函数中的一部分。
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为疲惫的数据科学家准备的SQL入门指南。
单点登录，首先可以想到传统登录，通过登录页面根据用户名查询用户信息，判断密码是否正确，正确则将用户信息写到session，访问的时候通过从session中获取用户信息，判断是否已登录，登录则允许访问。
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