From 498435b68d266b085003d0958a4ce86ed47d7850 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mirpedrol Date: Thu, 22 Aug 2024 11:11:46 +0200 Subject: [PATCH 1/3] add option to exclude tower.yml from pipeline template --- nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml | 12 ++++++++++++ 1 file changed, 12 insertions(+) diff --git a/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml b/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml index b795663e4..82ec111e4 100644 --- a/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml +++ b/nf_core/pipelines/create/templatefeatures.yml @@ -358,3 +358,15 @@ test_config: - ".github/PULL_REQUEST_TEMPLATE.md" nfcore_pipelines: False custom_pipelines: True +seqera_platform: + skippable_paths: + - "tower.yml" + short_description: "Add Seqera Platform output" + description: "Add a YAML file to specify which output files to upload when launching a pipeline from the Seqera Platform" + help_text: | + When launching a pipeline with the Seqera Platform, a `tower.yml` file can be used to add configuration options. + + In the pipeline template, this file is used to specify the output files of you pipeline which will be shown on the reports tab of Seqera Platform. + You can extend this file adding any other desired configuration. + nfcore_pipelines: False + custom_pipelines: True From 0f96bb3366637f4cc248ba89470a1d2a5eb6be6c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: nf-core-bot Date: Thu, 22 Aug 2024 09:13:54 +0000 Subject: [PATCH 2/3] [automated] Update CHANGELOG.md --- CHANGELOG.md | 1 + 1 file changed, 1 insertion(+) diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 3d2f47a2d..99e2f2427 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -33,6 +33,7 @@ - add option to exclude fastqc from pipeline template ([#3129](https://github.com/nf-core/tools/pull/3129)) - add option to exclude documentation from pipeline template ([#3130](https://github.com/nf-core/tools/pull/3130)) - add option to exclude test configs from pipeline template ([#3133](https://github.com/nf-core/tools/pull/3133)) +- add option to exclude tower.yml from pipeline template ([#3134](https://github.com/nf-core/tools/pull/3134)) ### Linting From 0dd8d6fc338b8cadac5f64e43812fc9b33efaa15 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: mirpedrol Date: Mon, 26 Aug 2024 17:23:59 +0200 Subject: [PATCH 3/3] update textual snapshots --- .../__snapshots__/test_create_app.ambr | 512 +++++++++--------- 1 file changed, 256 insertions(+), 256 deletions(-) diff --git a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app.ambr b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app.ambr index d8d5edbaf..08676899a 100644 --- a/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app.ambr +++ b/tests/pipelines/__snapshots__/test_create_app.ambr @@ -851,257 +851,257 @@ font-weight: 700; } - .terminal-3075997022-matrix { + .terminal-988282695-matrix { font-family: Fira Code, monospace; font-size: 20px; line-height: 24.4px; font-variant-east-asian: full-width; } - .terminal-3075997022-title { + .terminal-988282695-title { font-size: 18px; font-weight: bold; font-family: arial; } - .terminal-3075997022-r1 { fill: #c5c8c6 } - .terminal-3075997022-r2 { fill: #e3e3e3 } - .terminal-3075997022-r3 { fill: #989898 } - .terminal-3075997022-r4 { fill: #e1e1e1 } - .terminal-3075997022-r5 { fill: #4ebf71;font-weight: bold } - .terminal-3075997022-r6 { fill: #1e1e1e } - .terminal-3075997022-r7 { fill: #507bb3 } - .terminal-3075997022-r8 { fill: #e2e2e2 } - .terminal-3075997022-r9 { fill: #808080 } - .terminal-3075997022-r10 { fill: #dde6ed;font-weight: bold } - .terminal-3075997022-r11 { fill: #001541 } - .terminal-3075997022-r12 { fill: #0178d4 } - .terminal-3075997022-r13 { fill: #454a50 } - .terminal-3075997022-r14 { fill: #e2e3e3;font-weight: bold } - .terminal-3075997022-r15 { fill: #000000 } - 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When the pipeline user provides an appropriate genome key, the pipeline will - automatically download the required reference files. - ▅▅ - For more information about reference genomes in nf-core pipelines, see the  - - - ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - ▊▎        Add Github badgesThe README.md file of  Show help  - ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎the pipeline will ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - include GitHub badges - - ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ - ▊▎        Add configuration The pipeline will  Show help  - ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎        filesinclude configuration ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - profiles containing  - custom parameters  - ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ -  Back  Continue  - ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ - -  d Toggle dark mode  q Quit  + + + + ⭘nf-core create — Create a new pipeline with the nf-core pipeline template + + + Template features + + + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + ▊▎        Add Github CI testsThe pipeline will  Show help  + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎include several GitHub▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + actions for Continuous + Integration (CI)  + testing + + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + ▊▎        Use reference genomesThe pipeline will be  Hide help  + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎configured to use a ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + copy of the most  + common reference ▂▂ + genome files from  + iGenomes + + + Nf-core pipelines are configured to use a copy of the most common reference  + genome files. + + By selecting this option, your pipeline will include a configuration file  + specifying the paths to these files. + + The required code to use these files will also be included in the template.  + When the pipeline user provides an appropriate genome key, the pipeline will + automatically download the required reference files. + ▅▅ + For more information about reference genomes in nf-core pipelines, see the  + + + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + ▊▎        Add Github badgesThe README.md file of  Show help  + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎the pipeline will ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + include GitHub badges + + ▊▔▔▔▔▔▔▔▔▎▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ + ▊▎        Add configuration The pipeline will  Show help  + ▊▁▁▁▁▁▁▁▁▎        filesinclude configuration ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + profiles containing  + custom parameters  + ▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔▔ +  Back  Continue  + ▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁▁ + +  d Toggle dark mode  q Quit  @@ -2233,255 +2233,255 @@ font-weight: 700; } - 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