diff --git a/phylogenetic/config/clades_serotypes_E.tsv b/phylogenetic/config/clades_serotypes_E.tsv new file mode 100644 index 00000000..6af2968c --- /dev/null +++ b/phylogenetic/config/clades_serotypes_E.tsv @@ -0,0 +1,209 @@ +clade gene site alt +DENV1 E 52 N +DENV1 E 55 V +DENV1 E 88 A +DENV1 E 114 M +DENV1 E 122 V +DENV1 E 123 T +DENV1 E 125 L +DENV1 E 138 S +DENV1 E 157 E +DENV1 E 160 T +DENV1 E 173 I +DENV1 E 203 E +DENV1 E 205 S +DENV1 E 225 S +DENV1 E 228 Q +DENV1 E 229 E +DENV1 E 234 Q +DENV1 E 235 D +DENV1 E 242 T +DENV1 E 275 T +DENV1 E 277 T +DENV1 E 293 T +DENV1 E 300 V +DENV1 E 323 Q +DENV1 E 329 T +DENV1 E 340 Q +DENV1 E 345 V +DENV1 E 347 Q +DENV1 E 360 D +DENV1 E 425 I +DENV1 E 435 L +DENV1 E 466 L +DENV1 E 484 M +DENV2 E 7 S +DENV2 E 19 S +DENV2 E 23 I +DENV2 E 65 L +DENV2 E 81 S +DENV2 E 88 K +DENV2 E 89 R +DENV2 E 95 S +DENV2 E 124 N +DENV2 E 125 M +DENV2 E 143 P +DENV2 E 147 E +DENV2 E 156 G +DENV2 E 160 K +DENV2 E 161 E +DENV2 E 181 I +DENV2 E 183 M +DENV2 E 200 Q +DENV2 E 221 L +DENV2 E 222 P +DENV2 E 227 Q +DENV2 E 228 G +DENV2 E 229 S +DENV2 E 232 I +DENV2 E 274 S +DENV2 E 278 L +DENV2 E 280 T +DENV2 E 293 Q +DENV2 E 300 S +DENV2 E 309 V +DENV2 E 312 I +DENV2 E 323 R +DENV2 E 325 Q +DENV2 E 331 S +DENV2 E 340 M +DENV2 E 342 L +DENV2 E 343 E +DENV2 E 346 H +DENV2 E 348 L +DENV2 E 354 V +DENV2 E 383 E +DENV2 E 384 P +DENV2 E 385 G +DENV2 E 386 Q +DENV2 E 400 Q +DENV2 E 404 T +DENV2 E 406 M +DENV2 E 425 L +DENV2 E 436 L +DENV2 E 443 I +DENV2 E 447 A +DENV2 E 462 I +DENV2 E 479 L +DENV2 E 481 L +DENV3 E 46 Q +DENV3 E 63 G +DENV3 E 83 P +DENV3 E 96 Y +DENV3 E 120 Q +DENV3 E 123 E +DENV3 E 124 S +DENV3 E 158 Q +DENV3 E 163 E +DENV3 E 174 I +DENV3 E 177 E +DENV3 E 182 G +DENV3 E 214 F +DENV3 E 225 T +DENV3 E 227 E +DENV3 E 228 T +DENV3 E 229 P +DENV3 E 272 N +DENV3 E 277 S +DENV3 E 293 E +DENV3 E 303 L +DENV3 E 304 N +DENV3 E 307 V +DENV3 E 309 K +DENV3 E 313 S +DENV3 E 325 E +DENV3 E 327 K +DENV3 E 340 E +DENV3 E 343 Q +DENV3 E 357 V +DENV3 E 360 K +DENV3 E 363 E +DENV3 E 389 I +DENV3 E 430 N +DENV3 E 435 M +DENV3 E 471 K +DENV3 E 477 F +DENV4 E 23 L +DENV4 E 37 G +DENV4 E 49 T +DENV4 E 53 V +DENV4 E 55 L +DENV4 E 58 T +DENV4 E 64 S +DENV4 E 72 T +DENV4 E 81 Y +DENV4 E 83 K +DENV4 E 89 Q +DENV4 E 91 I +DENV4 E 95 D +DENV4 E 120 S +DENV4 E 122 S +DENV4 E 123 G +DENV4 E 126 T +DENV4 E 128 N +DENV4 E 129 L +DENV4 E 132 I +DENV4 E 145 N +DENV4 E 148 A +DENV4 E 156 S +DENV4 E 167 R +DENV4 E 180 E +DENV4 E 186 E +DENV4 E 191 I +DENV4 E 199 M +DENV4 E 205 T +DENV4 E 222 A +DENV4 E 229 V +DENV4 E 230 H +DENV4 E 233 Y +DENV4 E 236 R +DENV4 E 242 V +DENV4 E 251 T +DENV4 E 262 S +DENV4 E 270 V +DENV4 E 271 D +DENV4 E 272 S +DENV4 E 273 G +DENV4 E 274 D +DENV4 E 277 H +DENV4 E 286 K +DENV4 E 287 V +DENV4 E 290 E +DENV4 E 293 R +DENV4 E 294 I +DENV4 E 300 T +DENV4 E 303 S +DENV4 E 307 S +DENV4 E 309 D +DENV4 E 320 T +DENV4 E 329 A +DENV4 E 343 N +DENV4 E 345 E +DENV4 E 346 K +DENV4 E 348 V +DENV4 E 351 I +DENV4 E 353 S +DENV4 E 355 T +DENV4 E 357 F +DENV4 E 359 E +DENV4 E 360 N +DENV4 E 361 T +DENV4 E 364 V +DENV4 E 365 T +DENV4 E 369 L +DENV4 E 385 S +DENV4 E 388 T +DENV4 E 390 H +DENV4 E 404 S +DENV4 E 406 Y +DENV4 E 417 E +DENV4 E 446 T +DENV4 E 454 M +DENV4 E 455 I +DENV4 E 456 R +DENV4 E 463 V +DENV4 E 464 L +DENV4 E 484 G +DENV4 E 488 F +DENV4 E 491 F +DENV4 E 492 T diff --git a/phylogenetic/config/config_dengue.yaml b/phylogenetic/config/config_dengue.yaml index 852d23c2..cc94e560 100644 --- a/phylogenetic/config/config_dengue.yaml +++ b/phylogenetic/config/config_dengue.yaml @@ -27,7 +27,7 @@ clades: clade_definitions: all: genome: 'config/clades_serotypes.tsv' - E: 'config/clades_genotypes_E.tsv' + E: 'config/clades_serotypes_E.tsv' denv1: genome: 'config/clades_genotypes.tsv' E: 'config/clades_genotypes_E.tsv'