-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathMakefile
340 lines (253 loc) · 19.7 KB
/
Makefile
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
DEP_DIR:=./deps
SRC_DIR:=src
UNITTEST_SRC_DIR:=$(SRC_DIR)/unittest
BIN_DIR:=bin
OBJ_DIR:=obj
UNITTEST_OBJ_DIR:=$(OBJ_DIR)/unittest
LIB_DIR:=lib
INC_DIR:=include
CPP_DIR:=cpp
EXE:=vg
CXX:=g++
CXXFLAGS:=-O3 -msse4.1 -fopenmp -std=c++11 -ggdb
CWD:=$(shell pwd)
LD_INCLUDE_FLAGS:=-I$(CWD)/$(INC_DIR) -I. -I$(CWD)/$(SRC_DIR) -I$(CWD)/$(UNITTEST_SRC_DIR) -I$(CWD)/$(CPP_DIR) -I$(CWD)/$(INC_DIR)/dynamic -I$(CWD)/$(INC_DIR)/sonLib
LD_LIB_FLAGS:= -ggdb -L$(CWD)/$(LIB_DIR) -lvcflib -lgssw -lssw -lprotobuf -lhts -lpthread -ljansson -lncurses -lrocksdb -lsnappy -lz -lbz2 -lgcsa2 -lxg -ldivsufsort -ldivsufsort64 -lvcfh -lgfakluge -lraptor2 -lsupbub -lsdsl -lpinchesandcacti -l3edgeconnected -lsonlib
ifeq ($(shell uname -s),Darwin)
# We may need libraries from Macports
# TODO: where does Homebrew keep libraries?
ifeq ($(shell if [ -d /opt/local/lib ];then echo 1;else echo 0;fi), 1)
LD_LIB_FLAGS += -L/opt/local/lib
endif
ifeq ($(shell if [ -d /usr/local/lib ];then echo 1;else echo 0;fi), 1)
LD_LIB_FLAGS += -L/usr/local/lib
endif
ROCKSDB_PORTABLE=PORTABLE=1 # needed to build rocksdb without weird assembler options
else
# Not on OS X, we can have librt
LD_LIB_FLAGS += -lrt
endif
STATIC_FLAGS=-static -static-libstdc++ -static-libgcc
# These are put into libvg.
OBJ:=$(OBJ_DIR)/gssw_aligner.o $(OBJ_DIR)/vg.o cpp/vg.pb.o $(OBJ_DIR)/index.o $(OBJ_DIR)/mapper.o $(OBJ_DIR)/region.o $(OBJ_DIR)/progress_bar.o $(OBJ_DIR)/vg_set.o $(OBJ_DIR)/utility.o $(OBJ_DIR)/path.o $(OBJ_DIR)/alignment.o $(OBJ_DIR)/edit.o $(OBJ_DIR)/sha1.o $(OBJ_DIR)/json2pb.o $(OBJ_DIR)/entropy.o $(OBJ_DIR)/pileup.o $(OBJ_DIR)/caller.o $(OBJ_DIR)/call2vcf.o $(OBJ_DIR)/genotyper.o $(OBJ_DIR)/genotypekit.o $(OBJ_DIR)/position.o $(OBJ_DIR)/deconstructor.o $(OBJ_DIR)/vectorizer.o $(OBJ_DIR)/sampler.o $(OBJ_DIR)/filter.o $(OBJ_DIR)/ssw_aligner.o $(OBJ_DIR)/bubbles.o $(OBJ_DIR)/translator.o $(OBJ_DIR)/version.o $(OBJ_DIR)/banded_global_aligner.o
# These aren't put into libvg. But they do go into the main vg binary to power its self-test.
UNITTEST_OBJ:=$(UNITTEST_OBJ_DIR)/driver.o $(UNITTEST_OBJ_DIR)/distributions.o $(UNITTEST_OBJ_DIR)/genotypekit.o $(UNITTEST_OBJ_DIR)/banded_global_aligner.o
RAPTOR_DIR:=deps/raptor
PROTOBUF_DIR:=deps/protobuf
SDSL_DIR:=deps/sdsl-lite
SNAPPY_DIR:=deps/snappy
ROCKSDB_DIR:=deps/rocksdb
GCSA2_DIR:=deps/gcsa2
PROGRESS_BAR_DIR:=deps/progress_bar
FASTAHACK_DIR:=deps/fastahack
HTSLIB_DIR:=deps/htslib
VCFLIB_DIR:=deps/vcflib
XG_DIR:=deps/xg
GSSW_DIR:=deps/gssw
SPARSEHASH_DIR:=deps/sparsehash
SHA1_DIR:=deps/sha1
DYNAMIC_DIR:=deps/DYNAMIC
SSW_DIR:=deps/ssw/src
STATIC_FLAGS=-static -static-libstdc++ -static-libgcc
.PHONY: clean get-deps test set-path static .pre-build
$(BIN_DIR)/vg: $(LIB_DIR)/libvg.a $(OBJ_DIR)/main.o $(UNITTEST_OBJ)
. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -o $(BIN_DIR)/vg $(OBJ_DIR)/main.o $(UNITTEST_OBJ) -lvg $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
static: $(OBJ_DIR)/main.o $(OBJ) $(UNITTEST_OBJ)
$(CXX) $(CXXFLAGS) -o $(BIN_DIR)/vg $(OBJ_DIR)/main.o $(OBJ) $(UNITTEST_OBJ) $(STATIC_FLAGS) $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(LIB_DIR)/libvg.a: $(OBJ)
ar rs $@ $^
get-deps:
sudo apt-get install -qq -y protobuf-compiler libprotoc-dev libjansson-dev libbz2-dev libncurses5-dev automake libtool jq samtools curl unzip redland-utils librdf-dev cmake pkg-config wget bc gtk-doc-tools raptor2-utils rasqal-utils bison flex
test: $(BIN_DIR)/vg $(LIB_DIR)/libvg.a test/build_graph $(BIN_DIR)/shuf
. ./source_me.sh && cd test && $(MAKE)
# Hack to use gshuf or shuf as appropriate to the platform when testing
$(BIN_DIR)/shuf:
ifeq ($(shell uname -s),Darwin)
ln -s `which gshuf` $(BIN_DIR)/shuf
else
ln -s `which shuf` $(BIN_DIR)/shuf
endif
# Make sure we have protoc built, and the protobuf lib, both of which come from the same command using this fake intermediate
bin/protoc: .rebuild-protobuf
$(LIB_DIR)/libprotobuf.a: .rebuild-protobuf
# intermediate targets don't trigger a rebuild just because they're missing.
.INTERMEDIATE: .rebuild-protobuf
.rebuild-protobuf: deps/protobuf/src/google/protobuf/*.cc
+. ./source_me.sh && cd $(PROTOBUF_DIR) && ./autogen.sh && ./configure --prefix="$(CWD)" && $(MAKE) && $(MAKE) install && export PATH=$(CWD)/bin:$$PATH
test/build_graph: test/build_graph.cpp $(LIB_DIR)/libvg.a $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(SRC_DIR)/json2pb.h $(SRC_DIR)/vg.hpp
. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -o test/build_graph test/build_graph.cpp $(LD_INCLUDE_FLAGS) -lvg $(LD_LIB_FLAGS)
deps: $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(LIB_DIR)/libgssw.a $(LIB_DIR)/libgcsa2.a $(LIB_DIR)/libsnappy.a $(LIB_DIR)/libvcflib.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(OBJ_DIR)/sha1.o $(LIB_DIR)/librocksdb.a $(LIB_DIR)/libhts.a $(LIB_DIR)/libxg.a $(LIB_DIR)/libsonlib.a $(LIB_DIR)/libpinchesandcacti.a
$(LIB_DIR)/libsdsl.a:
+. ./source_me.sh && cd $(SDSL_DIR) && ./install.sh $(CWD)
$(LIB_DIR)/libssw.a:
+. ./source_me.sh && cd $(SSW_DIR) && $(MAKE) && ar rs $(CWD)/$(LIB_DIR)/libssw.a ssw.o ssw_cpp.o && cp ssw_cpp.h ssw.h $(CWD)/$(LIB_DIR)
$(LIB_DIR)/libsnappy.a:
+. ./source_me.sh && cd $(SNAPPY_DIR) && ./autogen.sh && ./configure --prefix=$(CWD) && $(MAKE) && $(MAKE) install
$(LIB_DIR)/librocksdb.a: $(LIB_DIR)/libsnappy.a
+. ./source_me.sh && cd $(ROCKSDB_DIR) && $(ROCKSDB_PORTABLE) $(MAKE) static_lib && mv librocksdb.a $(CWD)/${LIB_DIR}/ && cp -r include/* $(CWD)/$(INC_DIR)/
$(INC_DIR)/gcsa.h: $(LIB_DIR)/libgcsa2.a
$(LIB_DIR)/libgcsa2.a: $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(wildcard $(GCSA2_DIR)/*.cpp) $(wildcard $(GCSA2_DIR)/*.hpp)
+. ./source_me.sh && cd $(GCSA2_DIR) && cat Makefile | grep -v VERBOSE_STATUS_INFO >Makefile.quiet && $(MAKE) -f Makefile.quiet libgcsa2.a && mv libgcsa2.a $(CWD)/$(LIB_DIR) && cp *.h* $(CWD)/$(INC_DIR)/
$(OBJ_DIR)/progress_bar.o:
+cd $(PROGRESS_BAR_DIR) && $(MAKE) && cp progress_bar.o $(CWD)/$(OBJ_DIR) && cp *.h* $(CWD)/$(INC_DIR)
$(OBJ_DIR)/Fasta.o:
+cd $(FASTAHACK_DIR) && $(MAKE) && mv Fasta.o $(CWD)/$(OBJ_DIR) && cp Fasta.h $(CWD)/$(INC_DIR)
$(LIB_DIR)/libhts.a:
+cd $(HTSLIB_DIR) && $(MAKE) lib-static && mv libhts.a $(CWD)/$(LIB_DIR) && cp *.h $(CWD)/$(INC_DIR) && cp -r htslib $(CWD)/$(INC_DIR)/
$(LIB_DIR)/libxg.a: $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(CPP_DIR)/vg.pb.o $(INC_DIR)/dynamic.hpp $(XG_DIR)/src/xg.cpp
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c $(XG_DIR)/src/xg.cpp -o $(CWD)/$(OBJ_DIR)/xg.o $(LD_INCLUDE_FLAGS) -I$(INC_DIR)/dynamic && ar rs $(CWD)/$(LIB_DIR)/libxg.a $(CWD)/$(OBJ_DIR)/xg.o $(CWD)/$(CPP_DIR)/vg.pb.o && cp $(XG_DIR)/src/*.hpp $(CWD)/$(INC_DIR)/
$(LIB_DIR)/libvcflib.a:
+. ./source_me.sh && cd $(VCFLIB_DIR) && $(MAKE) libvcflib.a && cp lib/* $(CWD)/$(LIB_DIR)/ && cp include/* $(CWD)/$(INC_DIR)/ && cp intervaltree/*.h $(CWD)/$(INC_DIR)/ && cp src/*.h* $(CWD)/$(INC_DIR)/
$(LIB_DIR)/libgssw.a: $(GSSW_DIR)/src/gssw.c $(GSSW_DIR)/src/gssw.h
+cd $(GSSW_DIR) && $(MAKE) && cp lib/* $(CWD)/$(LIB_DIR)/ && cp obj/* $(CWD)/$(OBJ_DIR) && cp src/*.h $(CWD)/$(INC_DIR)
$(INC_DIR)/lru_cache.h:
+cd $(DEP_DIR)/lru_cache && $(MAKE) && cp *.h* $(CWD)/$(INC_DIR)/
$(INC_DIR)/dynamic.hpp:
+cat $(DYNAMIC_DIR)/include/dynamic.hpp | sed 's%<internal/%<dynamic/%' >$(INC_DIR)/dynamic.hpp && cp -r $(CWD)/$(DYNAMIC_DIR)/include/internal $(CWD)/$(INC_DIR)/dynamic
$(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map:
+cd $(SPARSEHASH_DIR) && ./autogen.sh && ./configure --prefix=$(CWD) && $(MAKE) && $(MAKE) install
$(LIB_DIR)/libvcfh.a:
+cd $(DEP_DIR)/libVCFH && $(MAKE) && cp libvcfh.a $(CWD)/$(LIB_DIR)/ && cp vcfheader.hpp $(CWD)/$(INC_DIR)/
$(LIB_DIR)/libgfakluge.a: $(INC_DIR)/gfakluge.hpp
+cd $(DEP_DIR)/gfakluge && $(MAKE) && cp libgfakluge.a $(CWD)/$(LIB_DIR)/
$(INC_DIR)/gfakluge.hpp:
cp $(DEP_DIR)/gfakluge/gfakluge.hpp $(CWD)/$(INC_DIR)/
$(LIB_DIR)/libsupbub.a: $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(INC_DIR)/globalDefs.hpp
+. ./source_me.sh && cd $(DEP_DIR)/superbubbles && $(MAKE) && cp libsupbub.a $(CWD)/$(LIB_DIR)/
$(LIB_DIR)/libsonlib.a:
+cd $(DEP_DIR)/sonLib && kyotoTycoonLib="" $(MAKE) && cp lib/sonLib.a $(CWD)/$(LIB_DIR)/libsonlib.a && mkdir -p $(CWD)/$(INC_DIR)/sonLib && cp lib/*.h $(CWD)/$(INC_DIR)/sonLib
$(LIB_DIR)/libpinchesandcacti.a: $(LIB_DIR)/libsonlib.a
+cd $(DEP_DIR)/pinchesAndCacti && $(MAKE) && cd $(CWD)/$(DEP_DIR)/sonLib && cp lib/stPinchesAndCacti.a $(CWD)/$(LIB_DIR)/libpinchesandcacti.a && cp lib/3EdgeConnected.a $(CWD)/$(LIB_DIR)/lib3edgeconnected.a && mkdir -p $(CWD)/$(INC_DIR)/sonLib && cp lib/*.h $(CWD)/$(INC_DIR)/sonLib
$(INC_DIR)/globalDefs.hpp: $(LIB_DIR)/libsdsl.a
cp $(DEP_DIR)/superbubbles/*.hpp $(CWD)/$(INC_DIR)/
$(LIB_DIR)/libraptor2.a:
+cd $(RAPTOR_DIR)/build && cmake .. && $(MAKE) && cp src/libraptor2.a $(CWD)/$(LIB_DIR) && mkdir -p $(CWD)/$(INC_DIR)/raptor2 && cp src/*.h $(CWD)/$(INC_DIR)/raptor2
$(INC_DIR)/sha1.hpp: $(OBJ_DIR)/sha1.o
$(OBJ_DIR)/sha1.o: $(SHA1_DIR)/sha1.cpp $(SHA1_DIR)/sha1.hpp
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) && cp $(SHA1_DIR)/*.h* $(CWD)/$(INC_DIR)/
# Auto-versioning
$(INC_DIR)/vg_git_version.hpp: .git
echo "#define VG_GIT_VERSION \"$(shell git describe --always --tags || echo unknown)\"" > $@
###################################
## VG source code compilation begins here
####################################
include/stream.hpp:
cp src/stream.hpp include/stream.hpp
$(CPP_DIR)/vg.pb.o: $(CPP_DIR)/vg.pb.cc
+. ./source_me.sh && g++ -O3 -msse4.1 -fopenmp -std=c++11 -c -o cpp/vg.pb.o cpp/vg.pb.cc $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(CPP_DIR)/vg.pb.cc: $(CPP_DIR)/vg.pb.h
$(CPP_DIR)/vg.pb.h: $(LIB_DIR)/libprotobuf.a bin/protoc src/vg.proto
+. ./source_me.sh && ./bin/protoc $(SRC_DIR)/vg.proto --proto_path=$(SRC_DIR) --cpp_out=cpp
+cp $@ $(INC_DIR)
$(OBJ_DIR)/vg.o: $(SRC_DIR)/vg.cpp $(SRC_DIR)/vg.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libvcflib.a $(FASTAHACK_DIR)/Fasta.o $(LIB_DIR)/libgssw.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(INC_DIR)/lru_cache.h $(INC_DIR)/stream.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(OBJ_DIR)/progress_bar.o $(INC_DIR)/gcsa.h $(INC_DIR)/sha1.hpp $(LIB_DIR)/libgfakluge.a $(LIB_DIR)/libsupbub.a $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(LIB_DIR)/libraptor2.a $(LIB_DIR)/libpinchesandcacti.a $(LIB_DIR)/libsonlib.a
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/banded_global_aligner.o: $(SRC_DIR)/banded_global_aligner.cpp $(SRC_DIR)/banded_global_aligner.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libprotobuf.a
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/gssw_aligner.o: $(SRC_DIR)/gssw_aligner.cpp $(SRC_DIR)/gssw_aligner.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libgssw.a $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(LIB_DIR)/libvcflib.a $(LIB_DIR)/libhts.a ${INC_DIR}/sha1.hpp
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/ssw_aligner.o: $(SRC_DIR)/ssw_aligner.cpp $(SRC_DIR)/ssw_aligner.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libssw.a $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(LIB_DIR)/libvcflib.a
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/vg_set.o: $(SRC_DIR)/vg_set.cpp $(SRC_DIR)/vg_set.hpp $(SRC_DIR)/vg.hpp $(OBJ_DIR)/index.o $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libgssw.a $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(LIB_DIR)/libxg.a $(INC_DIR)/dynamic.hpp
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/mapper.o: $(SRC_DIR)/mapper.cpp $(SRC_DIR)/mapper.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(LIB_DIR)/libxg.a
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/main.o: $(SRC_DIR)/main.cpp $(LIB_DIR)/libvcflib.a $(OBJ_DIR)/Fasta.o $(LIB_DIR)/libgssw.a $(INC_DIR)/stream.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(LIB_DIR)/librocksdb.a $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libxg.a $(INC_DIR)/gcsa.h $(LIB_DIR)/libhts.a $(INC_DIR)/sha1.hpp $(OBJ_DIR)/progress_bar.o $(INC_DIR)/lru_cache.h $(LIB_DIR)/libvcfh.a $(LIB_DIR)/libgfakluge.a $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(LIB_DIR)/libpinchesandcacti.a $(LIB_DIR)/libsonlib.a $(INC_DIR)/globalDefs.hpp $(SRC_DIR)/bubbles.hpp $(SRC_DIR)/genotyper.hpp $(SRC_DIR)/distributions.hpp
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/region.o: $(SRC_DIR)/region.cpp $(SRC_DIR)/region.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/index.o: $(SRC_DIR)/index.cpp $(SRC_DIR)/index.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(LIB_DIR)/librocksdb.a $(LIB_DIR)/libxg.a $(LIB_DIR)/libsnappy.a $(CPP_DIR)/vg.pb.h
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/utility.o: $(SRC_DIR)/utility.cpp $(SRC_DIR)/utility.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(INC_DIR)/sha1.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/path.o: $(SRC_DIR)/path.cpp $(SRC_DIR)/path.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(OBJ_DIR)/utility.o $(LIB_DIR)/libgssw.a
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_LIB_FLAGS) $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/edit.o: $(SRC_DIR)/edit.cpp $(SRC_DIR)/edit.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(CPP_DIR)/vg.pb.h
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/alignment.o: $(SRC_DIR)/alignment.cpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(SRC_DIR)/alignment.hpp $(LIB_DIR)/libhts.a $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(SRC_DIR)/edit.hpp $(SRC_DIR)/edit.cpp
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_INCLUDE_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/json2pb.o: $(SRC_DIR)/json2pb.cpp $(SRC_DIR)/json2pb.h $(SRC_DIR)/bin2ascii.h $(LIB_DIR)/libprotobuf.a
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/entropy.o: $(SRC_DIR)/entropy.cpp $(SRC_DIR)/entropy.hpp
. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/pileup.o: $(SRC_DIR)/pileup.cpp $(SRC_DIR)/pileup.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(INC_DIR)/stream.hpp $(SRC_DIR)/vg.hpp $(SRC_DIR)/json2pb.h $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(LIB_DIR)/libgcsa2.a
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/caller.o: $(SRC_DIR)/caller.cpp $(SRC_DIR)/caller.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(SRC_DIR)/vg.hpp $(INC_DIR)/stream.hpp $(SRC_DIR)/json2pb.h $(SRC_DIR)/pileup.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $(SRC_DIR)/caller.cpp $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/call2vcf.o: $(SRC_DIR)/call2vcf.cpp $(SRC_DIR)/caller.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(CPP_DIR)/vg.pb.h
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/genotyper.o: $(SRC_DIR)/genotyper.cpp $(SRC_DIR)/genotyper.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(SRC_DIR)/vg.hpp $(INC_DIR)/stream.hpp $(SRC_DIR)/json2pb.h $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(INC_DIR)/sparsehash/sparse_hash_map $(SRC_DIR)/bubbles.hpp $(SRC_DIR)/distributions.hpp $(SRC_DIR)/utility.hpp
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $(SRC_DIR)/genotyper.cpp $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/genotypekit.o: $(SRC_DIR)/genotypekit.cpp $(SRC_DIR)/genotypekit.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(SRC_DIR)/vg.hpp $(SRC_DIR)/utility.hpp
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $(SRC_DIR)/genotypekit.cpp $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/position.o: $(SRC_DIR)/position.cpp $(SRC_DIR)/position.hpp $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(SRC_DIR)/vg.hpp $(SRC_DIR)/json2pb.h $(LIB_DIR)/libprotobuf.a
+. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/version.o: $(SRC_DIR)/version.cpp $(SRC_DIR)/version.hpp $(INC_DIR)/vg_git_version.hpp
. ./source_me.sh && $(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
## TODO vcflib build loses variant.h
$(OBJ_DIR)/deconstructor.o: $(SRC_DIR)/deconstructor.cpp $(SRC_DIR)/deconstructor.hpp $(LIB_DIR)/libvcflib.a $(LIB_DIR)/librocksdb.a $(INC_DIR)/gcsa.h $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libxg.a $(LIB_DIR)/libvcfh.a $(SRC_DIR)/bubbles.hpp
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/vectorizer.o: $(SRC_DIR)/vectorizer.cpp $(SRC_DIR)/vectorizer.hpp $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(LIB_DIR)/libxg.a $(LIB_DIR)/libprotobuf.a
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/sampler.o: $(SRC_DIR)/sampler.cpp $(SRC_DIR)/sampler.hpp $(LIB_DIR)/libsdsl.a $(LIB_DIR)/libxg.a $(LIB_DIR)/libprotobuf.a
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/filter.o: $(SRC_DIR)/filter.cpp $(SRC_DIR)/filter.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(LIB_DIR)/libxg.a $(CPP_DIR)/vg.pb.h
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/bubbles.o: $(SRC_DIR)/bubbles.cpp $(SRC_DIR)/bubbles.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(LIB_DIR)/libxg.a $(CPP_DIR)/vg.pb.h $(LIB_DIR)/libpinchesandcacti.a $(LIB_DIR)/libsonlib.a
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(OBJ_DIR)/translator.o: $(SRC_DIR)/translator.cpp $(SRC_DIR)/translator.hpp $(LIB_DIR)/libprotobuf.a $(CPP_DIR)/vg.pb.h
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
###################################
## VG unit test compilation begins here
####################################
$(UNITTEST_OBJ_DIR)/driver.o: $(UNITTEST_SRC_DIR)/driver.cpp $(UNITTEST_SRC_DIR)/driver.hpp $(UNITTEST_SRC_DIR)/catch.hpp
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(UNITTEST_OBJ_DIR)/distributions.o: $(UNITTEST_SRC_DIR)/distributions.cpp $(UNITTEST_SRC_DIR)/catch.hpp $(SRC_DIR)/distributions.hpp
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(UNITTEST_OBJ_DIR)/banded_global_aligner.o: $(UNITTEST_SRC_DIR)/banded_global_aligner.cpp $(UNITTEST_SRC_DIR)/catch.hpp $(SRC_DIR)/banded_global_aligner.hpp $(SRC_DIR)/gssw_aligner.hpp
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
$(UNITTEST_OBJ_DIR)/genotypekit.o: $(UNITTEST_SRC_DIR)/genotypekit.cpp $(UNITTEST_SRC_DIR)/catch.hpp $(SRC_DIR)/genotypekit.hpp
+$(CXX) $(CXXFLAGS) -c -o $@ $< $(LD_INCLUDE_FLAGS) $(LD_LIB_FLAGS)
###################################
## VG source code compilation ends here
####################################
.pre-build:
if [ ! -d $(BIN_DIR) ]; then mkdir -p $(BIN_DIR); fi
if [ ! -d $(LIB_DIR) ]; then mkdir -p $(LIB_DIR); fi
if [ ! -d $(OBJ_DIR) ]; then mkdir -p $(OBJ_DIR); fi
if [ ! -d $(UNITTEST_OBJ_DIR) ]; then mkdir -p $(UNITTEST_OBJ_DIR); fi
if [ ! -d $(INC_DIR) ]; then mkdir -p $(INC_DIR); fi
if [ ! -d $(CPP_DIR) ]; then mkdir -p $(CPP_DIR); fi
# run .pre-build before we make anything at all.
-include .pre-build
# for rebuilding just vg
clean-vg:
$(RM) -r $(BIN_DIR)/vg
$(RM) -r $(UNITTEST_OBJ_DIR)/*
$(RM) -r $(OBJ_DIR)/*
$(RM) -r $(CPP_DIR)/*
clean:
$(RM) -r $(BIN_DIR)
$(RM) -r $(LIB_DIR)
$(RM) -r $(UNITTEST_OBJ_DIR)
$(RM) -r $(OBJ_DIR)
$(RM) -r $(INC_DIR)
$(RM) -r $(CPP_DIR)
$(RM) -r share/
cd $(DEP_DIR) && cd protobuf && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd xg && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd vcflib && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd sparsehash && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd htslib && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd fastahack && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd gcsa2 && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd gssw && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd progress_bar && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd sdsl-lite && ./uninstall.sh || true
cd $(DEP_DIR) && cd libVCFH && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd rocksdb && $(MAKE) clean
cd $(DEP_DIR) && cd superbubbles && $(MAKE) clean
rm -R $(RAPTOR_DIR)/build/*
## TODO vg source code
## TODO LRU_CACHE
## TODO bash-tap
## TODO sha1