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Installationsanleitung bzw. Anleitung zur Einrichtung der CDS tool chain

  1. Checkout des INTERPOLAR Repositories, z.B. mit einem dieser Befehle:
    git clone [email protected]:medizininformatik-initiative/INTERPOLAR.git
    git clone https://github.com/medizininformatik-initiative/INTERPOLAR.git
  2. Wechsel in das geclonte Verzeichnis
    cd INTERPOLAR
  3. Optionaler Schritt: Wenn Sie die aktuellste Entwickler-Version ausprobieren möchten, checken Sie den Branch 'release' aus. Ansonsten überspringen Sie diesen Schritt.
    git checkout release
  4. Konfigurationsdateien aus den Vorlagen (Templates) erstellen \
    • Postgres-cds_hub/template_env_cds_hub_db_admin.password nach Postgres-cds_hub/.env_cds_hub_db_admin.password kopieren und ein Passwort-String einfügen. Dieses Passwort ist für den Admin-Nutzer der CDS_HUB-Datenbank.
      cp Postgres-cds_hub/template_env_cds_hub_db_admin.password Postgres-cds_hub/.env_cds_hub_db_admin.password
    • REDCap-db/template_env_redcap_db.password kopieren nach REDCap-db/.env_redcap_db.password und tragen Sie ein Passwort für den Nutzer der redcap Datenbank ein
      cp REDCap-db/template_env_redcap_db.password REDCap-db/.env_redcap_db.password
    • REDCap-db/template_env_redcap_db_root.password kopieren nach REDCap-db/.env_redcap_db_root.password und tragen Sie ein Passwort für den root-Nutzer der Datenbank ein
      cp REDCap-db/template_env_redcap_db_root.password REDCap-db/.env_redcap_db_root.password
  5. Führen Sie die Anweisungen in REDCap-app/Readme.md aus
  6. Führen Sie die Anweisungen in REDCap-app/html/Readme.md aus
  7. Nehmen Sie Anpassungen in der docker-compose.yml vor, falls erforderlich, z.B. um self-signed Zertifikate einzubinden. Führen Sie anschließend docker-compose aus, falls Sie es noch nicht ausgeführt haben:
    docker-compose up
    Falls Sie Änderungen z.B. an Dockerfiles oder am R Code vorgenommen haben, nutzen Sie bitte den '--build' Parameter, um die erneute Erstellung der Docker Images zu erzwingen. Der Build-Vorgang kann mehrere Minuten in Anspruch nehmen.:
    docker-compose up --build
  8. Die cds_hub_db (Postges-Datenbank) erreichen Sie im Browser (PGAdmin) über die URL: http://127.0.0.1:8089/
    • Die Zugangsdaten für pgadmin entnehmen Sie bitte der docker-compose.yml (services -> pgadmin) bzw. können Sie diese dort anpassen.
    • ggf. muss im pgadmin die Verbindung zur cds_hub_db mit den Zugangsdaten aus der docker-compose.yml (services -> cds_hub: POSTGRES_USER, POSTGRES_DB) bzw. der Passwort-Datei (secrets -> cds_hub_db_admin.password, Postgres-cds_ub/.env_cds_hub_db_admin.password) angelegt werden. Weitere Informationen siehe Postgres-cds_hub/Readme.md
  9. Das Frontend (REDCap) erreichen Sie im Browser über die URL: http://127.0.0.1:8082/redcap

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