-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathely-compute.R
182 lines (148 loc) · 6.82 KB
/
ely-compute.R
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
tryCatch(
{
all_subsets <-
dplyr::tbl(
con, dbplyr::in_schema(schema = "subsets", table = "mod_time")
) |>
dplyr::summarise(n = dplyr::n()) |>
dplyr::pull(n) |>
as.character() |>
identical(Sys.getenv("N_SUBSETS"))
if (all_subsets) {
geoms <-
DBI::dbListObjects(con, DBI::Id(schema = "subsets")) |>
getElement("table") |>
lapply(methods::slot, "name") |>
vapply(getElement, "", "table") |>
setdiff("mod_time")
unlink("ely.gpkg")
for (geom in geoms) {
message(
sprintf("INFO [%s] %s layer updating...", format(Sys.time()), geom)
)
tbl_subsets <- dbplyr::in_schema(schema = "subsets", table = geom)
ely <-
dplyr::tbl(con, tbl_subsets) |>
dplyr::group_by(
taxon = ifelse(is.na(taxon_id), reported_name, taxon_id),
dplyr::across(
dplyr::all_of(
sub(
"wgs84",
"euref",
c(select[["grp"]], facts[["grp"]], "ely_center", "geom")
)
)
)
) |>
dplyr::summarise(
dplyr::across(
dplyr::all_of(select[["sum"]]),
~ {
if (all(is.na(.x), na.rm = TRUE)) NA else sum(.x, na.rm = TRUE)
}
),
dplyr::across(
dplyr::all_of(select[["max"]]),
~ {
if (all(is.na(.x), na.rm = TRUE)) NA else max(.x, na.rm = TRUE)
}
),
dplyr::across(
dplyr::all_of(c(select[["collapse"]], facts[["collapse"]])),
~ {
if (all(is.na(.x), na.rm = TRUE)) {
NA
} else {
stringr::str_flatten(distinct(.x), "; ")
}
}
),
group_count = dplyr::n(),
.groups = "drop"
) |>
dplyr::mutate(
atlas_code = dplyr::case_when(
atlas_code == 10 ~ "1 Epätodennäköinen pesintä: havaittu lajin yksilö, havainto ei viittaa pesintään.",
atlas_code == 20 ~ "2 Mahdollinen pesintä: yksittäinen lintu kerran, on sopivaa pesimäympäristöä.",
atlas_code == 30 ~ "3 Mahdollinen pesintä: pari kerran, on sopivaa pesimäympäristöä.",
atlas_code == 40 ~ "4 Todennäköinen pesintä: koiras reviirillä (esim. laulaa) eri päivinä.",
atlas_code == 50 ~ "5 Todennäköinen pesintä: naaras tai pari reviirillä eri päivinä.",
atlas_code == 60 ~ "6 Todennäköinen pesintä: linnun tai parin havainto viittaa vahvasti pesintään.",
atlas_code == 61 ~ "61 Todennäköinen pesintä: lintu tai pari käy usein todennäköisellä pesäpaikalla.",
atlas_code == 62 ~ "62 Todennäköinen pesintä: lintu tai pari rakentaa pesää tai vie pesämateriaalia.",
atlas_code == 63 ~ "63 Todennäköinen pesintä: lintu tai pari varoittelee ehkä pesästä tai poikueesta.",
atlas_code == 64 ~ "64 Todennäköinen pesintä: lintu tai pari houkuttelee pois ehkä pesältä / poikueelta.",
atlas_code == 65 ~ "65 Todennäköinen pesintä: lintu tai pari hyökkäilee, lähellä ehkä pesä / poikue.",
atlas_code == 66 ~ "66 Todennäköinen pesintä; Nähty pesä, jossa samanvuotista rakennusmateriaalia tai ravintojätettä; ei kuitenkaan varmaa todistetta munista tai poikasista.",
atlas_code == 70 ~ "7 Varma pesintä: havaittu epäsuora todiste varmasta pesinnästä.",
atlas_code == 71 ~ "71 Varma pesintä: nähty pesässä saman vuoden munia, kuoria, jäänteitä. Voi olla epäonnistunut.",
atlas_code == 72 ~ "72 Varma pesintä: käy pesällä pesintään viittaavasti. Munia / poikasia ei havaita (kolo tms.).",
atlas_code == 73 ~ "73 Varma pesintä: juuri lentokykyiset poikaset tai untuvikot oletettavasti ruudulta.",
atlas_code == 74 ~ "74 Varma pesintä: emo kantaa ruokaa tai poikasten ulosteita, pesintä oletettavasti ruudulla.",
atlas_code == 75 ~ "75 Varma pesintä; Havaittu epäsuora todiste varmasta pesinnästä: nähty pesässä hautova emo.",
atlas_code == 80 ~ "8 Varma pesintä: havaittu suora todiste varmasta pesinnästä.",
atlas_code == 81 ~ "81 Varma pesintä: kuultu poikasten ääntelyä pesässä (kolo / pesä korkealla).",
atlas_code == 82 ~ "82 Varma pesintä: nähty pesässä munia tai poikasia.",
atlas_code == 0 ~ NA_character_,
atlas_code == 69 ~ NA_character_,
atlas_code == 53 ~ NA_character_,
atlas_code == 775 ~ NA_character_
),
atlas_class = dplyr::case_when(
atlas_class == 1 ~ "Epätodennäköinen pesintä",
atlas_class == 2 ~ "Mahdollinen pesintä",
atlas_class == 3 ~ "Todennäköinen pesintä",
atlas_class == 4 ~ "Varma pesintä"
)
) |>
dplyr::select(all_of(names(cols))) |>
dplyr::rename_with(~cols, names(cols)) |>
dplyr::arrange(.data[[!!cols[["date_start"]]]])
tbl_id <- DBI::Id(schema = "ely", table = geom)
if (DBI::dbExistsTable(con, tbl_id)) DBI::dbRemoveTable(con, tbl_id)
ely <- dplyr::compute(
ely,
dbplyr::in_schema(schema = "ely", table = geom),
temporary = FALSE
)
for (ely_center in ely_centers[["name"]]) {
ely_layer_name <- sub("-keskus", "", ely_center)
ely_layer_name <- sub(" ", "_", ely_layer_name)
system2(
'ogr2ogr',
args = c(
"-where",
sprintf("\"\\\"Vastuualue\\\" LIKE '%%%s%%'\"", ely_center),
"-f",
"GPKG",
"ely.gpkg",
sprintf(
"'PG:host=%s dbname=%s user=%s password=%s port=%s'",
Sys.getenv("PGHOST"), Sys.getenv("DB_NAME"),
Sys.getenv("PGUSER"), Sys.getenv("PGPASSWORD"),
Sys.getenv("PGPORT")
),
sprintf("'ely.%s'", geom),
if (file.exists("ely.gpkg")) "-update" else NULL,
"-nln",
sprintf("%s_%s", ely_layer_name, geom)
)
)
}
DBI::dbRemoveTable(con, tbl_id)
}
zip("var/ely.zip", "ely.gpkg" , flags = "-rj9qX")
}
message(sprintf("INFO [%s] Compute job complete", format(Sys.time())))
"true"
},
error = function(e) {
message(sprintf("ERROR [%s] %s", format(Sys.time()), e[["message"]]))
"false"
}
) |>
cat(file = "var/status/compute-success.txt")
cat(
format(Sys.time(), usetz = TRUE), file = "var/status/compute-last-update.txt"
)