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import pandas as pd
data = pd.read_csv("fitness_summary_3_replicates.csv")
# Add all parameters (Taylor coefficients) as 0 in rows following the data:
for i in range(data.shape[0]):
for j in range(10, 42):
data.set_value(i, j, 0)
data.rename(columns={10: "a", 11: "a1", 12: "a2", 13: "a3", 14: "a4", 15: "a5",
16: "b12", 17: "b13", 18: "b14", 19: "b15", 20: "b23", 21: "b24",
22: "b25", 23: "b34", 24: "b35", 25: "b45", 26: "c123", 27: "c124",
28: "c125", 29: "c134", 30: "c135", 31: "c145", 32: "c234", 33: "c235",
34: "c245", 35: "c345", 36: "d1234", 37: "d1235", 38: "d1245",
39: "d1345", 40: "d2345", 41: "e12345"}, inplace=True)
# Change coefficients corresponding to present effects to 1:
for index, row in data.iterrows():
species = row["LP"] + row["LB"] + row["AP"] + row["AT"] + row["AO"]
if species == "YNNNN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
if species == "NYNNN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
if species == "NNYNN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
if species == "NNNYN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
if species == "NNNNY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
if species == "YYNNN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "b12", -1)
if species == "YNYNN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "b13", -1)
if species == "YNNYN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "b14", -1)
if species == "YNNNY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b15", -1)
if species == "NYYNN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "b23", -1)
if species == "NYNYN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "b24", -1)
if species == "NYNNY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b25", -1)
if species == "NNYYN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "b34", -1)
if species == "NNYNY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b35", -1)
if species == "NNNYY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b45", -1)
if species == "YYYNN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "b12", -1)
data.set_value(index, "b13", -1)
data.set_value(index, "b23", -1)
data.set_value(index, "c123", 1)
if species == "YYNYN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "b12", -1)
data.set_value(index, "b14", -1)
data.set_value(index, "b24", -1)
data.set_value(index, "c124", 1)
if species == "YYNNY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b12", -1)
data.set_value(index, "b15", -1)
data.set_value(index, "b25", -1)
data.set_value(index, "c125", 1)
if species == "NYYYN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "b23", -1)
data.set_value(index, "b24", -1)
data.set_value(index, "b34", -1)
data.set_value(index, "c234", 1)
if species == "NNYYY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b34", -1)
data.set_value(index, "b35", -1)
data.set_value(index, "b45", -1)
data.set_value(index, "c345", 1)
if species == "YNYYN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "b13", -1)
data.set_value(index, "b14", -1)
data.set_value(index, "b34", -1)
data.set_value(index, "c134", 1)
if species == "YNYNY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b13", -1)
data.set_value(index, "b15", -1)
data.set_value(index, "b35", -1)
data.set_value(index, "c135", 1)
if species == "YNNYY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b14", -1)
data.set_value(index, "b15", -1)
data.set_value(index, "b45", -1)
data.set_value(index, "c145", 1)
if species == "NYNYY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b24", -1)
data.set_value(index, "b25", -1)
data.set_value(index, "b45", -1)
data.set_value(index, "c245", 1)
if species == "NYYNY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b23", -1)
data.set_value(index, "b25", -1)
data.set_value(index, "b35", -1)
data.set_value(index, "c235", 1)
if species == "YYYYN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
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data.set_value(index, "b13", -1)
data.set_value(index, "b14", -1)
data.set_value(index, "b23", -1)
data.set_value(index, "b24", -1)
data.set_value(index, "b34", -1)
data.set_value(index, "c123", 1)
data.set_value(index, "c124", 1)
data.set_value(index, "c134", 1)
data.set_value(index, "c234", 1)
data.set_value(index, "d1234", -1)
if species == "YYYNY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b12", -1)
data.set_value(index, "b13", -1)
data.set_value(index, "b15", -1)
data.set_value(index, "b23", -1)
data.set_value(index, "b25", -1)
data.set_value(index, "b35", -1)
data.set_value(index, "c123", 1)
data.set_value(index, "c125", 1)
data.set_value(index, "c135", 1)
data.set_value(index, "c235", 1)
data.set_value(index, "d1235", -1)
if species == "YYNYY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b12", -1)
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data.set_value(index, "b15", -1)
data.set_value(index, "b24", -1)
data.set_value(index, "b25", -1)
data.set_value(index, "b45", -1)
data.set_value(index, "c124", 1)
data.set_value(index, "c125", 1)
data.set_value(index, "c145", 1)
data.set_value(index, "c245", 1)
data.set_value(index, "d1245", -1)
if species == "YNYYY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b13", -1)
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data.set_value(index, "b15", -1)
data.set_value(index, "b34", -1)
data.set_value(index, "b35", -1)
data.set_value(index, "b45", -1)
data.set_value(index, "c134", 1)
data.set_value(index, "c135", 1)
data.set_value(index, "c145", 1)
data.set_value(index, "c345", 1)
data.set_value(index, "d1345", -1)
if species == "NYYYY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a2", 1)
data.set_value(index, "a3", 1)
data.set_value(index, "a4", 1)
data.set_value(index, "a5", 1)
data.set_value(index, "b23", -1)
data.set_value(index, "b24", -1)
data.set_value(index, "b25", -1)
data.set_value(index, "b34", -1)
data.set_value(index, "b35", -1)
data.set_value(index, "b45", -1)
data.set_value(index, "c234", 1)
data.set_value(index, "c235", 1)
data.set_value(index, "c245", 1)
data.set_value(index, "c345", 1)
data.set_value(index, "d2345", -1)
if species == "YYYYY":
data.set_value(index, "a", 1)
data.set_value(index, "a1", 1)
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data.set_value(index, "b14", -1)
data.set_value(index, "b15", -1)
data.set_value(index, "b23", -1)
data.set_value(index, "b24", -1)
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data.set_value(index, "c245", 1)
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data.set_value(index, "d1235", -1)
data.set_value(index, "d1245", -1)
data.set_value(index, "d1345", -1)
data.set_value(index, "d2345", -1)
data.set_value(index, "e12345", 1)
if species == "NNNNN":
data.set_value(index, "a", 1)
data.to_csv("fitness_summary_3_replicates_parameters.csv", sep="\t")