runExperiments_small.sh

#!/usr/bin/env bash

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domainSize[ore_ont_1370]=243972; ontologies+=(ore_ont_1370)
domainSize[ore_ont_4755]=244181; ontologies+=(ore_ont_4755)
domainSize[ore_ont_14861]=244182; ontologies+=(ore_ont_14861)
domainSize[ore_ont_9400]=253200; ontologies+=(ore_ont_9400)
domainSize[ore_ont_318]=253200; ontologies+=(ore_ont_318)
domainSize[ore_ont_11745]=259668; ontologies+=(ore_ont_11745)
domainSize[ore_ont_3575]=264461; ontologies+=(ore_ont_3575)
domainSize[ore_ont_5218]=264461; ontologies+=(ore_ont_5218)
domainSize[ore_ont_6223]=266084; ontologies+=(ore_ont_6223)
domainSize[ore_ont_9767]=266084; ontologies+=(ore_ont_9767)
domainSize[ore_ont_751]=266084; ontologies+=(ore_ont_751)
domainSize[ore_ont_5418]=266101; ontologies+=(ore_ont_5418)
domainSize[ore_ont_9499]=266101; ontologies+=(ore_ont_9499)
domainSize[ore_ont_4598]=277427; ontologies+=(ore_ont_4598)
domainSize[ore_ont_15280]=289206; ontologies+=(ore_ont_15280)
domainSize[ore_ont_7646]=289236; ontologies+=(ore_ont_7646)
domainSize[ore_ont_13482]=292198; ontologies+=(ore_ont_13482)
domainSize[ore_ont_8194]=318292; ontologies+=(ore_ont_8194)
domainSize[ore_ont_11037]=325220; ontologies+=(ore_ont_11037)
domainSize[ore_ont_11315]=325290; ontologies+=(ore_ont_11315)
domainSize[ore_ont_11899]=325293; ontologies+=(ore_ont_11899)
domainSize[ore_ont_2111]=356154; ontologies+=(ore_ont_2111)
domainSize[ore_ont_11464]=454279; ontologies+=(ore_ont_11464)
domainSize[ore_ont_10073]=457670; ontologies+=(ore_ont_10073)
domainSize[ore_ont_5481]=457670; ontologies+=(ore_ont_5481)
domainSize[ore_ont_7578]=470571; ontologies+=(ore_ont_7578)
domainSize[ore_ont_14308]=470571; ontologies+=(ore_ont_14308)
domainSize[ore_ont_5475]=470571; ontologies+=(ore_ont_5475)
domainSize[ore_ont_12528]=470571; ontologies+=(ore_ont_12528)
domainSize[ore_ont_2486]=481898; ontologies+=(ore_ont_2486)
domainSize[ore_ont_10380]=481898; ontologies+=(ore_ont_10380)
domainSize[ore_ont_13846]=491054; ontologies+=(ore_ont_13846)
domainSize[ore_ont_4412]=633838; ontologies+=(ore_ont_4412)
domainSize[ore_ont_3914]=658369; ontologies+=(ore_ont_3914)
domainSize[ore_ont_5857]=723816; ontologies+=(ore_ont_5857)
domainSize[ore_ont_12351]=747998; ontologies+=(ore_ont_12351)
domainSize[ore_ont_10125]=747998; ontologies+=(ore_ont_10125)

Reset='\033[0m'
Yellow='\033[0;33m'
Orange='\033[0;31m'
Red='\033[0;35m'
Cyan='\033[0;36m'
Blue='\033[0;34m'
Green='\033[0;32m'
Gray='\033[0;37m'
Black='\033[0;30m'

lastDomainSize=999
time="8h"

echo ""
echo "Script running with PID $$"

# Explanation:
# This script iterates through all ontologies in the ORE2015 pool (in ascending order w.r.t. the number of objects).
# After an ontology has been processed, the script chooses as next ontology the ontology of which the size is 2.5% larger.
# The processing of a single ontology is subdivided into the following steps.
# (1) Computing the reduction.
# (2) Computing the canonical base without disjointness axioms.
#     (a) maximal role depth: 1, maximal conjunction size: 32
#     (b) maximal role depth: 2, maximal conjunction size: 32
#     (c) unbounded role depth, maximal conjunction size: 32
#     (d) unbounded role depth, unbounded conjunction size
# (3) Computing the canonical base with fast disjointness axioms.
#     (a) maximal role depth: 1, maximal conjunction size: 32
#     (b) maximal role depth: 2, maximal conjunction size: 32
#     (c) unbounded role depth, maximal conjunction size: 32
#     (d) unbounded role depth, unbounded conjunction size
# (4) Computing the canonical base with canonical disjointness axioms.
#     (a) maximal role depth: 1, maximal conjunction size: 32
#     (b) maximal role depth: 2, maximal conjunction size: 32
#     (c) unbounded role depth, maximal conjunction size: 32
#     (d) unbounded role depth, unbounded conjunction size
# An ontology that has already been processed will not be processed again (in case this script is run a second time).
# An ontology is processed if the reduction has at least ten objects.

function runPrototype {
  runPrototypeAtMostTwice $1 $2 $3 "1"
}

function runPrototypeAtMostTwice {
  if [[ $1 == "Reduction" ]]; then
    echo -n "[$(date +"%T")] Computing reduction (timeout: ${time})... "
    arg1="None"
    arg2="onlyComputeReduction"
  else
    echo -n "[$(date +"%T")] Computing experiment (disjointness axioms: $1, maximal role depth: $2, maximal conjunction size: $3, timeout: ${time})... "
    arg1=$1
    arg2="computeEverything"
  fi
  output=$(timeout $time ../graalvm-ee-java19-22.3.0/bin/java -Xms80g -Xmx80g -XX:+ExitOnOutOfMemoryError -jar efficient-axiomatization-of-owl2el-ontologies-from-data-assembly-0.2.0-SNAPSHOT.jar $id $arg1 $arg2 quiet $2 $3 2>&1)
  exitStatus=$?
  if [[ "${output}" == *"OutOfMemory"* ]]; then exitStatus=3; fi
  case $exitStatus in
    0) # successful computation
      echo -e "${Green}Success${Reset}"
      ;;
    124|137) # Timeout
      echo -e "${Yellow}Timeout${Reset}"
      echo "${key};$1-$2-$3;Timeout(${time});;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
      ;;
    3) # Out of memory
      echo -e "${Orange}Out of memory${Reset}"
      echo "${key};$1-$2-$3;OutOfMemory(80g);;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
      ;;
    4) # Inconsistent
      echo -e "${Cyan}Inconsistent${Reset}"
      ;;
    5) # Powering too large
      echo -e "${Cyan}PoweringTooLarge${Reset}"
      ;;
    *) # other error
      echo -e "${Red}Error ${exitStatus}${Reset}"
      echo "${key};$1-$2-$3;Error(${exitStatus});;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;" >> "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv"
      ;;
  esac
  if [[ ${exitStatus} -ne 0 ]]; then echo "$output"; fi
  if [[ $4 -ne 0 ]] && [[ ${exitStatus} -ne 0 ]] && [[ ${exitStatus} -ne 124 ]] && [[ ${exitStatus} -ne 137 ]] && [[ ${exitStatus} -ne 3 ]] && [[ ${exitStatus} -ne 4 ]] && [[ ${exitStatus} -ne 5 ]]; then
    runPrototypeAtMostTwice $1 $2 $3 "0"
  fi
}

function skipRunPrototype {
  echo -n "[$(date +"%T")] Computing experiment (disjointness axioms: $1, maximal role depth: $2, maximal conjunction size: $3, timeout: ${time})... "
  echo -e "${Blue}Skipped${Reset}"
}

for key in "${ontologies[@]}"; do

  if [[ ${domainSize[$key]} -gt $lastDomainSize ]]; then

    lastDomainSize=(41*${domainSize[$key]})/40

    if [[ -f "ore2015_pool_sample_experiments/results/${key}.csv" ]] || [[ -f "ore2015_pool_sample_experiments/files/${key}_reduced.owl" ]]; then

      echo ""
      echo "Processing $key with ${domainSize[$key]} objects..."
      id=${key//ore_ont_/}

#      runPrototype "Reduction" "INF" "INF"
      reducedDomainSize=$(cut -d';' -f2 < "ore2015_pool_sample_experiments/statistics/${key}.csv")
      echo "           ${reducedDomainSize} objects in the reduction"

      if [[ ${reducedDomainSize} -ge 10 ]]; then

        exitStatus_None_0_32=999
#        exitStatus_Fast_0_32=999
#        exitStatus_Canonical_0_32=999
        exitStatus_None_1_8=999
        exitStatus_Fast_1_8=999
#        exitStatus_Canonical_1_8=999

        runPrototype "None" "0" "32"
        exitStatus_None_0_32=${exitStatus}

        if [[ ${exitStatus_None_0_32} -eq 0 ]]; then
          runPrototype "Canonical" "0" "32"
        else
          skipRunPrototype "Canonical" "0" "32"
        fi

        runPrototype "None" "1" "8"
        exitStatus_None_1_8=${exitStatus}

        if [[ ${exitStatus_None_1_8} -eq 0 ]]; then
          runPrototype "Fast" "1" "8"
          exitStatus_Fast_1_8=${exitStatus}
        else
          skipRunPrototype "Fast" "1" "8"
        fi

        if [[ ${exitStatus_Fast_1_8} -eq 0 ]]; then
          runPrototype "Canonical" "1" "8"
        else
          skipRunPrototype "Canonical" "1" "8"
        fi

      fi

    fi

  fi

done