From 52ce1ecc48cbf46d595e1c1375f1bf29b539ee67 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andree Valle Campos Date: Sun, 7 Jul 2024 16:41:16 +0100 Subject: [PATCH 1/2] agregar configuracion y paquetes --- learners/setup.md | 114 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++- 1 file changed, 112 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/learners/setup.md b/learners/setup.md index dcb125a..cf6c570 100644 --- a/learners/setup.md +++ b/learners/setup.md @@ -16,7 +16,117 @@ En esta página encontrará los talleres del día 2 del curso al día 5. Conozca nuestro [código de conducta TRACE-LAC](https://drive.google.com/file/d/1z9EecMJR0CIyrUI6hzUugS4i9aAgSD-5/view?usp=sharing). -## Agenda del curso +## Configuración del software -Conozca nuestra [agenda](https://drive.google.com/file/d/1-wUnIJF4hw2Hebifo8pKJyHfADgCqRm1/view?usp=drive_link) +Siga estos dos pasos: +### 1. Instale o actualice R y RStudio + +R y RStudio son dos piezas separadas de software: + +* **R** es un lenguaje de programación y software utilizado para ejecutar código escrito en R. +* **RStudio** es un entorno de desarrollo integrado (IDE) que facilita el uso de R. Recomendamos utilizar RStudio para interactuar con R. + +Para instalar R y RStudio, siga estas instrucciones . + +::::::::::::::::::::::::::::: callout + +### ¿Ya está instalado? + +Espere: Este es un buen momento para asegurarse de que su instalación de R está actualizada. + +Este tutorial requiere **R versión 4.0.0 o posterior**. + +::::::::::::::::::::::::::::: + +Para comprobar si tu versión de R está actualizada: + +- En RStudio tu versión de R se imprimirá en [la ventana de la consola](https://docs.posit.co/ide/user/ide/guide/code/console.html). O ejecute `sessionInfo()` allí. + +- **Para actualizar R**, descargue e instale la última versión desde el [sitio web del proyecto R](https://cran.rstudio.com/) para su sistema operativo. + + - Después de instalar una nueva versión, tendrás que reinstalar todos tus paquetes con la nueva versión. + + - Para Windows, el paquete `{installr}` puede actualizar su versión de R y migrar su biblioteca de paquetes. + +- **Para actualizar RStudio**, abra RStudio y haga clic en +Ayuda > Buscar actualizaciones`. Si hay una nueva versión disponible siga las +instrucciones en pantalla. + +::::::::::::::::::::::::::::: callout + +### Buscar actualizaciones regularmente + +Aunque esto puede sonar aterrador, es **mucho más común** encontrarse con problemas debido al uso de versiones desactualizadas de R o de paquetes de R. Mantenerse al día con las últimas versiones de R, RStudio, y cualquier paquete que utilice regularmente es una buena práctica. + +::::::::::::::::::::::::::::: + +### 2. Instale los paquetes R necesarios + + + +Abra RStudio y **copie y pegue** el siguiente fragmento de código en la [ventana de la consola](https://docs.posit.co/ide/user/ide/guide/code/console.html), luego presione < kbd>Enter (Windows y Linux) o Return (MacOS) para ejecutar el comando: + +```r +# para episodios sobre analitica de brotes + +if(!require("pak")) install.packages("pak") + +new_packages <- c( + "EpiEstim", + "incidence", + "epicontacts", + "tidyverse", + "binom", + "knitr" +) + +pak::pkg_install(new_packages) +``` + +```r +# para episodio modelo matemático simple + +if(!require("pak")) install.packages("pak") + +new_packages <- c( + "deSolve", + "cowplot", + "tidyverse" +) + +pak::pkg_install(new_packages) +``` + +Debería actualizar **todos los paquetes** necesarios para el tutorial, aunque los haya instalado hace relativamente poco. Las nuevas versiones traen mejoras y correcciones de errores importantes. + +Cuando la instalación haya terminado, puedes intentar cargar los paquetes pegando el siguiente código en la consola: + +```r +# para episodios sobre analitica de brotes + +library(tidyverse) # contiene ggplot2, dplyr, tidyr, readr, purrr, tibble +library(readxl) # para leer archivos Excel +library(binom) # para intervalos de confianza binomiales +library(knitr) # para crear tablas bonitas con kable() +library(incidence) # para calcular incidencia y ajustar modelos +library(EpiEstim) # para estimar R(t) +``` + +```r +# para episodio sobre modelo matemático + +library(deSolve) # Paquete deSolve para resolver las ecuaciones diferenciales +library(tidyverse) # Paquetes ggplot2 y dplyr de tidyverse +library(cowplot) # Paquete gridExtra para unir gráficos. +``` + +## Lecturas relacionadas + +Sobre analítica de brotes: + +- Cori A, Donnelly CA, Dorigatti I, Ferguson NM, Fraser C, Garske T, Jombart T, Nedjati-Gilani G, Nouvellet P, Riley S, Van Kerkhove MD, Mills HL, Blake IM. **Key data for outbreak evaluation: building on the Ebola experience.** Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2017 May 26;372(1721):20160371. doi: 10.1098/rstb.2016.0371. PMID: 28396480; PMCID: PMC5394647. + +- Polonsky JA, Baidjoe A, Kamvar ZN, Cori A, Durski K, Edmunds WJ, Eggo RM, Funk S, Kaiser L, Keating P, de Waroux OLP, Marks M, Moraga P, Morgan O, Nouvellet P, Ratnayake R, Roberts CH, Whitworth J, Jombart T. **Outbreak analytics: a developing data science for informing the response to emerging pathogens.** Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2019 Jul 8;374(1776):20180276. doi: 10.1098/rstb.2018.0276. PMID: 31104603; PMCID: PMC6558557. From 4245e4a0423689464ae82a552a293883282e0a3f Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Andree Valle Campos Date: Sun, 7 Jul 2024 16:49:23 +0100 Subject: [PATCH 2/2] agregar titulos descriptivos a episodios --- episodes/EnfermedadX.Rmd | 2 +- episodes/Serofoi-tutorial.Rmd | 2 +- episodes/Sivirep-tutorial.Rmd | 2 +- episodes/TallerIntroAnaliticaBrotes.Rmd | 2 +- episodes/Vaccineff-tutorial.Rmd | 2 +- episodes/ZIKAB.Rmd | 2 +- episodes/epiCo-tutorial.Rmd | 2 +- 7 files changed, 7 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/episodes/EnfermedadX.Rmd b/episodes/EnfermedadX.Rmd index 5a79df7..ee69577 100644 --- a/episodes/EnfermedadX.Rmd +++ b/episodes/EnfermedadX.Rmd @@ -1,5 +1,5 @@ --- -title: "Taller Día 4 - Grupo 1 - Estimación de las distribuciones de rezagos epidemiológicos: Enfermedad X" +title: "Estimación de las distribuciones de rezagos epidemiológicos: Enfermedad X" author: "Kelly Charniga, PhD MPH & Zulma Cucunubá MD, PhD" date: "2023-11-23" output: html_document diff --git a/episodes/Serofoi-tutorial.Rmd b/episodes/Serofoi-tutorial.Rmd index 70289ca..7e7354e 100644 --- a/episodes/Serofoi-tutorial.Rmd +++ b/episodes/Serofoi-tutorial.Rmd @@ -1,5 +1,5 @@ --- -title: "Tutorial Serofoi" +title: "Estima la fuerza de infección a partir de encuestas serológicas usando serofoi" author: "Nicolás Torres, Zulma Cucunubá" date: "2023-11-03" bibliography: RMarkdown.bib diff --git a/episodes/Sivirep-tutorial.Rmd b/episodes/Sivirep-tutorial.Rmd index 51b968e..9040c24 100644 --- a/episodes/Sivirep-tutorial.Rmd +++ b/episodes/Sivirep-tutorial.Rmd @@ -1,5 +1,5 @@ --- -title: "Taller sivirep " +title: "Generar reportes a partir de bases de datos de vigilancia epidemiológica usando sivirep" author: "Geraldine Gómez Millán" date: "2023-11-03" output: html_document diff --git a/episodes/TallerIntroAnaliticaBrotes.Rmd b/episodes/TallerIntroAnaliticaBrotes.Rmd index 454d161..0f05635 100644 --- a/episodes/TallerIntroAnaliticaBrotes.Rmd +++ b/episodes/TallerIntroAnaliticaBrotes.Rmd @@ -1,5 +1,5 @@ --- -title: 'Taller Día 2 - Introducción a la analítica de brotes' +title: 'Introducción a la analítica de brotes' author: "Anne Cori, Natsuko Imai, Finlay Campbell, Zhian N. Kamvar, Thibaut Jombart,José M. Velasco-España, Cándida Díaz-Brochero, Zulma M. Cucunubá" date: "2022-10-25" diff --git a/episodes/Vaccineff-tutorial.Rmd b/episodes/Vaccineff-tutorial.Rmd index ab935e7..54efb23 100644 --- a/episodes/Vaccineff-tutorial.Rmd +++ b/episodes/Vaccineff-tutorial.Rmd @@ -1,5 +1,5 @@ --- -title: "Tutorial Vaccineff: Introducción al cálculo de efectividad vacunal con cohortes usando vaccineff" +title: "Introducción al cálculo de efectividad vacunal con cohortes usando vaccineff" author: "David Santiago Quevedo, Santiago Loaiza, Zulma M. Cucunubá" date: "2023-11-03" output: html_document diff --git a/episodes/ZIKAB.Rmd b/episodes/ZIKAB.Rmd index 824ace5..29bffac 100644 --- a/episodes/ZIKAB.Rmd +++ b/episodes/ZIKAB.Rmd @@ -1,5 +1,5 @@ --- -title: 'Taller Día 3 - Construyendo un modelo matemático simple para Zika.' +title: 'Construyendo un modelo matemático simple para Zika' author: "Zulma Cucunubá, Pierre Nouvellet & José M. Velasco-España" date: '2022-10-24' output: diff --git a/episodes/epiCo-tutorial.Rmd b/episodes/epiCo-tutorial.Rmd index 2a4db03..c2a5f2d 100644 --- a/episodes/epiCo-tutorial.Rmd +++ b/episodes/epiCo-tutorial.Rmd @@ -1,5 +1,5 @@ --- -title: "Tutorial epiCo" +title: "Indicadores demográficos, canales endémicos y clusters de incidencia usando epiCo" author: "Juan D. Umaña, Juan Montenegro-Torres" date: "2023-12-08" image: null