-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
/
Copy pathSBCC_9K_LFMM.complete.log
6825 lines (6825 loc) · 208 KB
/
SBCC_9K_LFMM.complete.log
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899
900
901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911
912
913
914
915
916
917
918
919
920
921
922
923
924
925
926
927
928
929
930
931
932
933
934
935
936
937
938
939
940
941
942
943
944
945
946
947
948
949
950
951
952
953
954
955
956
957
958
959
960
961
962
963
964
965
966
967
968
969
970
971
972
973
974
975
976
977
978
979
980
981
982
983
984
985
986
987
988
989
990
991
992
993
994
995
996
997
998
999
1000
# MAF=0.05 MAXMISSINGRATIO=0.1 MISSINGVALUE=9
# total samples in SBCC_order_complete_env.txt: 134
# creating SBCC_9K_LFMM.complete.annot.tsv
# skip sample SBCC036
# skip sample SBCC038
# skip sample SBCC138
# total valid samples: 134
# snpname allele1 allele2 missing MAF
1 BOPA1_2511-533 A G 0 0.052
2 BOPA1_3107-422 A G 0 0.097
3 BOPA1_8670-388 C G 0 0.104
4 BOPA2_12_10420 A C 0 0.463
5 BOPA2_12_30653 A G 0 0.231
6 BOPA2_12_30969 A G 0 0.493
7 SCRI_RS_180989 A G 3 0.168
8 3255561|F|0 A G 4 0.054
9 3256733|F|0 A G 12 0.057
10 BOPA1_7174-365 C G 0 0.313
11 SCRI_RS_120053 C T 0 0.119
12 SCRI_RS_120059 C T 0 0.119
13 SCRI_RS_142714 A G 0 0.149
14 3256686|F|0 C G 8 0.500
15 SCRI_RS_82277 C T 0 0.455
16 3262838|F|0 C T 4 0.100
17 3256645|F|0 A G 2 0.061
18 BOPA1_6195-2137 A G 0 0.493
19 BOPA2_12_30715 A C 0 0.246
20 SCRI_RS_113745 C T 0 0.403
21 BOPA1_3220-723 A C 0 0.187
22 BOPA2_12_30944 A C 0 0.276
23 SCRI_RS_107687 G T 0 0.216
24 SCRI_RS_161137 C T 3 0.458
25 3254693|F|0 A C 4 0.138
26 3262450|F|0 A C 3 0.053
27 BOPA2_12_10636 A G 0 0.127
28 SCRI_RS_139538 C T 4 0.100
29 SCRI_RS_149683 C T 4 0.092
30 SCRI_RS_194326 C G 0 0.075
31 SCRI_RS_206684 A G 3 0.237
32 SCRI_RS_207257 A G 0 0.321
33 SCRI_RS_232577 C T 2 0.417
34 SCRI_RS_60293 A G 3 0.305
35 SCRI_RS_66630 A G 3 0.481
36 BOPA1_3101-111 A G 0 0.418
37 SCRI_RS_60145 C T 0 0.284
38 SCRI_RS_198544 A G 0 0.336
39 3259027|F|0 G T 4 0.115
40 BOPA1_6949-895 A G 0 0.119
41 BOPA1_7372-1253 A G 0 0.373
42 SCRI_RS_162524 A G 0 0.463
43 SCRI_RS_1929 A C 2 0.159
44 SCRI_RS_184274 A C 0 0.157
45 SCRI_RS_224686 C T 3 0.099
46 BOPA2_12_30918 A G 0 0.306
47 BOPA2_12_30919 A G 0 0.224
48 BOPA2_12_30950 A G 0 0.097
49 SCRI_RS_119312 A C 1 0.286
50 SCRI_RS_165792 A C 0 0.463
51 SCRI_RS_222250 A G 0 0.284
52 SCRI_RS_148560 G T 0 0.440
53 3255216|F|0 A G 8 0.119
54 3256790|F|0 A G 7 0.331
55 3258773|F|0 G T 2 0.061
56 3256681|F|0 A G 3 0.061
57 SCRI_RS_148733 A G 0 0.276
58 SCRI_RS_164150 C T 0 0.179
59 3260457|F|0 C T 9 0.344
60 3255400|F|0 C G 6 0.094
61 3255940|F|0 A G 2 0.068
62 SCRI_RS_182656 A G 0 0.179
63 3257148|F|0 G T 12 0.107
64 SCRI_RS_157757 A G 3 0.298
65 SCRI_RS_3336 A C 5 0.364
66 3262073|F|0 A G 7 0.110
67 BOPA1_4473-309 A G 5 0.070
68 BOPA2_12_30948 A C 0 0.246
69 SCRI_RS_152464 C G 0 0.246
70 SCRI_RS_139220 A G 2 0.356
71 SCRI_RS_128285 C T 0 0.254
72 SCRI_RS_232660 C T 13 0.215
73 BOPA1_10922-503 A G 0 0.500
74 BOPA1_2496-1916 A G 0 0.343
75 SCRI_RS_141877 G T 2 0.068
76 SCRI_RS_189506 A G 5 0.395
77 3255649|F|0 C T 3 0.084
78 BOPA1_6792-1945 A G 1 0.331
79 BOPA2_12_30876 A G 0 0.149
80 BOPA2_12_30877 C G 0 0.052
81 SCRI_RS_124926 C T 0 0.410
82 SCRI_RS_14227 C T 0 0.321
83 SCRI_RS_169091 C T 1 0.474
84 SCRI_RS_182603 A C 0 0.485
85 SCRI_RS_217160 A G 0 0.216
86 SCRI_RS_235243 G T 0 0.396
87 3258865|F|0 A G 6 0.336
88 BOPA1_2901-1137 A G 0 0.157
89 SCRI_RS_151047 C T 0 0.201
90 SCRI_RS_171221 G T 0 0.216
91 BOPA1_4226-570 A G 0 0.396
92 BOPA2_12_30241 A C 3 0.069
93 SCRI_RS_122490 A G 0 0.209
94 SCRI_RS_138043 C T 0 0.440
95 SCRI_RS_150226 A C 0 0.149
96 SCRI_RS_153360 C T 0 0.388
97 SCRI_RS_88375 A G 0 0.157
98 SCRI_RS_123187 C T 0 0.075
99 BOPA1_5318-436 A C 0 0.231
100 3256110|F|0 C G 3 0.260
101 3261945|F|0 A G 6 0.328
102 3260829|F|0 C T 8 0.127
103 BOPA1_5194-1118 C G 0 0.336
104 BOPA1_6081-850 A C 0 0.463
105 SCRI_RS_117492 A G 0 0.187
106 SCRI_RS_154811 C T 3 0.122
107 SCRI_RS_155382 C T 0 0.261
108 SCRI_RS_176084 C G 12 0.172
109 3258705|F|0 C T 10 0.056
110 3259986|F|0 C T 4 0.385
111 3258532|F|0 C T 8 0.056
112 3256242|F|0 A C 3 0.061
113 SCRI_RS_239784 A G 1 0.150
114 3259562|F|0 A G 5 0.078
115 BOPA2_12_31276 A C 1 0.436
116 SCRI_RS_230133 A G 0 0.067
117 3256342|F|0 C G 2 0.083
118 3256721|F|0 A G 2 0.197
119 3254725|F|0 A T 2 0.091
120 3257507|F|0 A T 2 0.197
121 3261999|F|0 A G 6 0.125
122 BOPA1_5346-1587 A G 0 0.321
123 SCRI_RS_161702 A G 0 0.075
124 3257611|F|0 C T 6 0.312
125 3262710|F|0 C T 7 0.323
126 3256483|F|0 C G 5 0.256
127 BOPA1_2151-1310 A G 2 0.144
128 BOPA2_12_31177 A G 0 0.463
129 BOPA1_6238-243 A T 0 0.291
130 BOPA2_12_30336 A G 0 0.485
131 SCRI_RS_114047 A G 0 0.418
132 SCRI_RS_193392 C G 0 0.090
133 3255744|F|0 C G 2 0.076
134 SCRI_RS_153785 G T 1 0.489
135 SCRI_RS_189197 A T 3 0.237
136 SCRI_RS_189483 A G 0 0.239
137 SCRI_RS_230987 A C 0 0.231
138 3262329|F|0 A G 4 0.169
139 SCRI_RS_140837 A G 0 0.366
140 SCRI_RS_170869 A G 0 0.328
141 SCRI_RS_170878 A G 3 0.473
142 BOPA1_5381-1950 A G 0 0.470
143 SCRI_RS_189637 C T 0 0.306
144 SCRI_RS_205816 C T 3 0.244
145 SCRI_RS_160545 A G 0 0.291
146 BOPA1_2314-1412 A G 0 0.343
147 SCRI_RS_11615 C T 0 0.224
148 SCRI_RS_147042 C T 0 0.403
149 SCRI_RS_183171 C T 0 0.082
150 3256720|F|0 C T 5 0.310
151 BOPA1_409-1643 A G 0 0.403
152 SCRI_RS_141140 G T 0 0.082
153 SCRI_RS_187264 A T 0 0.082
154 BOPA1_3277-446 A G 0 0.082
155 3256371|F|0 C G 2 0.356
156 BOPA1_3751-1136 C G 0 0.493
157 SCRI_RS_214559 A G 0 0.209
158 SCRI_RS_132461 A G 0 0.343
159 SCRI_RS_199178 C T 0 0.433
160 SCRI_RS_199179 G T 11 0.374
161 SCRI_RS_9480 C T 0 0.343
162 BOPA2_12_10314 A C 0 0.187
163 3256981|F|0 A G 6 0.062
164 3255784|F|0 A G 9 0.152
165 BOPA1_3710-852 A G 0 0.127
166 BOPA1_2407-1771 A G 0 0.403
167 BOPA2_12_30683 A G 0 0.172
168 SCRI_RS_221759 C T 4 0.423
169 3258075|F|0 A G 4 0.277
170 BOPA1_2265-363 A G 0 0.090
171 BOPA2_12_31467 A G 0 0.201
172 SCRI_RS_151764 C T 0 0.172
173 SCRI_RS_182631 A G 0 0.373
174 SCRI_RS_188937 C T 0 0.373
175 3261635|F|0 C T 4 0.069
176 3258413|F|0 A C 7 0.457
177 BOPA1_ABC12199-1-1-25 A G 0 0.075
178 BOPA2_12_10491 A G 0 0.052
179 BOPA2_12_30796 A G 0 0.381
180 BOPA2_12_10235 A C 0 0.381
181 3255793|F|0 G T 3 0.466
182 3256743|F|0 C G 2 0.053
183 3258174|F|0 C T 2 0.356
184 BOPA1_5798-867 A C 0 0.097
185 SCRI_RS_160916 A G 0 0.381
186 SCRI_RS_170542 C T 0 0.097
187 3262551|F|0 C T 9 0.360
188 BOPA1_8166-525 A G 0 0.373
189 BOPA1_ABC02639-1-4-370 A G 2 0.470
190 BOPA1_5019-879 A G 0 0.396
191 BOPA2_12_11301 A G 0 0.067
192 BOPA1_ConsensusGBS0342-1 A G 0 0.388
193 BOPA2_12_10159 A C 0 0.306
194 BOPA2_12_31381 A G 0 0.403
195 SCRI_RS_139785 C T 0 0.463
196 SCRI_RS_17924 G T 0 0.396
197 SCRI_RS_82327 A C 0 0.388
198 3261715|F|0 A G 3 0.412
199 3257970|F|0 A G 13 0.058
200 BOPA2_12_30438 A G 0 0.306
201 BOPA1_3217-929 A G 2 0.492
202 BOPA2_12_30306 A G 1 0.068
203 BOPA2_12_11209 C G 0 0.060
204 3254767|F|0 A G 7 0.362
205 3255319|F|0 A T 5 0.279
206 3255531|F|0 A G 5 0.279
207 3257895|F|0 A C 3 0.282
208 3261371|F|0 C G 6 0.156
209 3257013|F|0 G T 8 0.373
210 3257364|F|0 A G 12 0.451
211 3256638|F|0 A G 3 0.282
212 BOPA1_3444-1044 A G 0 0.396
213 BOPA1_ABC11913-1-1-104 C G 0 0.052
214 BOPA1_ABC14148-1-1-177 A G 0 0.060
215 BOPA1_1866-866 A C 0 0.052
216 BOPA1_2851-848 A G 0 0.485
217 BOPA1_4163-1786 A G 0 0.052
218 BOPA1_7090-1260 A G 0 0.052
219 BOPA2_12_10300 A G 0 0.052
220 BOPA2_12_30043 A G 0 0.052
221 BOPA2_12_30404 A C 0 0.052
222 BOPA2_12_30562 A G 0 0.052
223 BOPA2_12_31208 C G 0 0.351
224 SCRI_RS_193640 A G 0 0.485
225 SCRI_RS_85917 A G 0 0.478
226 SCRI_RS_85918 A G 0 0.478
227 3256462|F|0 A G 12 0.164
228 BOPA1_4020-643 A T 0 0.351
229 SCRI_RS_213103 C T 0 0.351
230 3258601|F|0 A T 2 0.053
231 SCRI_RS_124377 A G 0 0.351
232 SCRI_RS_138691 A G 0 0.052
233 SCRI_RS_143927 A G 0 0.351
234 SCRI_RS_186830 C T 0 0.351
235 SCRI_RS_189586 C T 0 0.351
236 BOPA1_8224-561 A G 0 0.179
237 BOPA1_8717-244 A G 0 0.313
238 SCRI_RS_132604 C T 0 0.276
239 SCRI_RS_134850 C T 0 0.082
240 SCRI_RS_141511 A G 0 0.485
241 SCRI_RS_155439 C G 0 0.164
242 SCRI_RS_172170 A G 0 0.104
243 SCRI_RS_189248 A G 0 0.104
244 SCRI_RS_236235 C T 0 0.351
245 SCRI_RS_7197 A G 0 0.276
246 3257965|F|0 A G 3 0.275
247 3255542|F|0 A T 3 0.244
248 3259299|F|0 C G 2 0.242
249 3261977|F|0 C T 11 0.244
250 3258774|F|0 A G 9 0.232
251 3258895|F|0 A C 8 0.373
252 3259031|F|0 C T 7 0.055
253 3261344|F|0 A G 3 0.053
254 3255402|F|0 A G 5 0.419
255 3261160|F|0 C G 2 0.136
256 SCRI_RS_116685 A C 0 0.090
257 SCRI_RS_163127 A C 1 0.098
258 3259698|F|0 C T 13 0.074
259 BOPA1_4793-777 A G 0 0.060
260 3259482|F|0 C G 10 0.161
261 3260505|F|0 C G 10 0.153
262 BOPA2_12_11169 A G 0 0.097
263 BOPA2_12_31134 A G 0 0.104
264 BOPA1_ABC13652-1-2-156 A G 0 0.478
265 BOPA1_5297-796 A G 0 0.134
266 3259118|F|0 A C 4 0.138
267 3255240|F|0 C T 3 0.107
268 3259405|F|0 C T 10 0.065
269 BOPA1_7800-594 C G 0 0.082
270 BOPA2_12_30350 A G 0 0.052
271 SCRI_RS_14834 A T 0 0.239
272 SCRI_RS_153434 A T 2 0.068
273 SCRI_RS_158003 C T 0 0.090
274 SCRI_RS_204810 C T 3 0.053
275 BOPA2_12_30110 A G 0 0.060
276 3256818|F|0 A C 3 0.076
277 BOPA1_3689-1101 A G 0 0.052
278 BOPA1_4716-1205 A T 0 0.067
279 BOPA2_12_30406 A G 3 0.069
280 BOPA2_12_30694 A G 0 0.060
281 3259801|F|0 A C 6 0.297
282 3263019|F|0 A G 3 0.069
283 3256749|F|0 C T 9 0.320
284 BOPA1_ABC15349-1-1-162 C G 3 0.305
285 SCRI_RS_118168 A T 0 0.299
286 SCRI_RS_17256 A G 3 0.053
287 BOPA1_7284-710 A G 0 0.478
288 SCRI_RS_153733 A G 0 0.060
289 SCRI_RS_109060 C T 0 0.306
290 BOPA2_12_30348 A G 0 0.336
291 BOPA2_12_30478 A G 0 0.082
292 BOPA2_12_30499 A G 0 0.082
293 BOPA2_12_30672 A C 0 0.470
294 BOPA2_12_30786 C G 0 0.493
295 SCRI_RS_119743 C T 0 0.470
296 SCRI_RS_198546 A C 0 0.104
297 3257490|F|0 C T 3 0.229
298 BOPA2_12_30243 A G 0 0.201
299 BOPA1_ABC10636-1-4-285 C G 0 0.231
300 BOPA2_12_30710 A G 0 0.463
301 SCRI_RS_161643 C T 0 0.403
302 3255949|F|0 C T 6 0.273
303 3263171|F|0 C T 3 0.069
304 BOPA1_2577-1122 A G 2 0.265
305 3257354|F|0 A C 3 0.160
306 BOPA2_12_10198 A G 0 0.440
307 BOPA1_6118-595 A G 0 0.418
308 BOPA2_12_30343 A G 0 0.231
309 3261233|F|0 C G 2 0.106
310 BOPA1_5402-929 A G 0 0.075
311 BOPA1_8486-1964 C G 0 0.112
312 SCRI_RS_56976 C T 3 0.374
313 SCRI_RS_156506 A G 0 0.127
314 SCRI_RS_1445 C T 0 0.351
315 SCRI_RS_207335 C T 0 0.239
316 SCRI_RS_193401 A C 0 0.358
317 3257024|F|0 C G 4 0.131
318 3255880|F|0 C T 2 0.076
319 3260551|F|0 C T 3 0.473
320 3258765|F|0 A G 2 0.144
321 3256979|F|0 G T 3 0.229
322 3258982|F|0 A G 4 0.438
323 3259982|F|0 C T 4 0.100
324 3255083|F|0 C T 3 0.084
325 3255673|F|0 A G 6 0.062
326 BOPA1_1190-86 A G 0 0.440
327 SCRI_RS_138118 C T 0 0.082
328 SCRI_RS_165072 C T 0 0.082
329 SCRI_RS_201072 C G 0 0.082
330 SCRI_RS_145305 A C 0 0.075
331 SCRI_RS_207081 C T 0 0.075
332 SCRI_RS_907 G T 3 0.076
333 BOPA2_12_10201 A C 0 0.425
334 SCRI_RS_130666 A C 0 0.082
335 3258976|F|0 G T 3 0.084
336 SCRI_RS_121978 C T 0 0.119
337 BOPA1_5790-558 C G 2 0.424
338 3257720|F|0 C T 3 0.069
339 3258816|F|0 C G 2 0.106
340 BOPA2_12_30821 C G 3 0.115
341 SCRI_RS_211274 A G 0 0.112
342 3263101|F|0 A G 4 0.208
343 SCRI_RS_152795 A G 0 0.067
344 SCRI_RS_236104 A G 0 0.082
345 3255700|F|0 C T 9 0.240
346 3256734|F|0 A G 7 0.071
347 BOPA1_1857-64 C G 0 0.500
348 3259499|F|0 A G 3 0.382
349 3262733|F|0 A G 2 0.432
350 SCRI_RS_192779 A G 0 0.082
351 SCRI_RS_21483 A C 0 0.090
352 3257701|F|0 C G 11 0.358
353 3260841|F|0 G T 3 0.450
354 BOPA2_12_30753 A G 0 0.119
355 SCRI_RS_182431 A G 0 0.082
356 SCRI_RS_118785 C T 0 0.328
357 SCRI_RS_2945 A C 0 0.328
358 3262675|F|0 C G 3 0.366
359 3257544|F|0 A T 2 0.318
360 BOPA1_4178-1592 A G 0 0.418
361 BOPA1_5768-469 A G 0 0.373
362 BOPA1_ABC01838-2-2-322 A G 2 0.348
363 BOPA2_12_30304 A G 3 0.351
364 SCRI_RS_12873 A G 0 0.425
365 3254922|F|0 C G 2 0.053
366 3258573|F|0 A G 5 0.403
367 3259576|F|0 C T 3 0.481
368 3257702|F|0 A G 5 0.357
369 3258357|F|0 A G 12 0.164
370 3261655|F|0 A G 5 0.140
371 SCRI_RS_132028 C T 0 0.254
372 3255419|F|0 A G 6 0.234
373 BOPA1_2459-237 A G 0 0.388
374 BOPA2_12_31179 C G 0 0.358
375 SCRI_RS_231735 A C 0 0.231
376 SCRI_RS_236551 A G 1 0.353
377 3257919|F|0 C T 10 0.056
378 3255241|F|0 C T 4 0.431
379 3257431|F|0 C T 2 0.053
380 SCRI_RS_194015 C T 0 0.067
381 BOPA1_2877-867 A G 2 0.068
382 SCRI_RS_180349 A G 0 0.067
383 BOPA2_12_30477 A T 0 0.299
384 SCRI_RS_116661 A G 3 0.099
385 SCRI_RS_151228 C T 0 0.403
386 SCRI_RS_151894 A G 1 0.383
387 SCRI_RS_160500 A G 0 0.418
388 SCRI_RS_170810 A G 4 0.238
389 SCRI_RS_188820 C T 0 0.097
390 SCRI_RS_204611 C T 1 0.383
391 SCRI_RS_239686 C T 0 0.291
392 SCRI_RS_85391 A G 3 0.069
393 BOPA1_11603-445 C G 0 0.067
394 BOPA1_3675-2615 A G 0 0.261
395 BOPA1_7299-183 A G 0 0.082
396 SCRI_RS_219685 C T 0 0.254
397 SCRI_RS_120605 C T 0 0.082
398 SCRI_RS_206795 C T 0 0.313
399 3263051|F|0 A G 8 0.079
400 SCRI_RS_175487 G T 0 0.082
401 3262876|F|0 C T 7 0.291
402 3262581|F|0 C G 3 0.092
403 BOPA1_ABC16273-1-1-48 C G 0 0.082
404 BOPA1_10070-1435 A G 0 0.231
405 3259029|F|0 A C 8 0.079
406 BOPA2_12_30295 A T 0 0.097
407 BOPA2_12_31464 A T 0 0.224
408 3260768|F|0 C G 13 0.165
409 SCRI_RS_133886 C T 0 0.082
410 SCRI_RS_157039 A G 1 0.075
411 BOPA2_12_10166 A G 1 0.188
412 3256121|F|0 A G 9 0.064
413 3260690|F|0 A G 3 0.069
414 BOPA2_12_30298 A G 0 0.149
415 BOPA2_12_30505 A T 0 0.067
416 SCRI_RS_195238 C T 3 0.076
417 BOPA2_12_30742 A G 0 0.142
418 BOPA2_12_10206 A G 0 0.119
419 3255118|F|0 C T 4 0.108
420 BOPA1_4665-882 A G 0 0.127
421 3262778|F|0 G T 10 0.073
422 BOPA1_2036-1027 A G 0 0.067
423 BOPA2_12_30147 A G 1 0.053
424 SCRI_RS_138527 C T 3 0.084
425 SCRI_RS_151244 A G 0 0.097
426 SCRI_RS_160234 G T 1 0.211
427 SCRI_RS_183588 A G 0 0.246
428 SCRI_RS_188360 C T 0 0.261
429 SCRI_RS_823 A G 0 0.097
430 3255610|F|0 C T 4 0.254
431 3259274|F|0 A G 3 0.061
432 3255522|F|0 C G 4 0.131
433 3255612|F|0 G T 2 0.273
434 3256950|F|0 C T 4 0.062
435 3263162|F|0 C T 4 0.115
436 SCRI_RS_153727 G T 0 0.313
437 SCRI_RS_196439 A G 13 0.215
438 BOPA1_6655-978 C G 0 0.082
439 SCRI_RS_1473 C T 0 0.306
440 SCRI_RS_169123 G T 3 0.122
441 BOPA2_12_11267 A G 0 0.358
442 3262085|F|0 C T 10 0.250
443 3259759|F|0 A G 8 0.317
444 SCRI_RS_156208 A G 0 0.284
445 SCRI_RS_21080 C T 0 0.082
446 SCRI_RS_219726 C T 3 0.282
447 SCRI_RS_4893 C T 3 0.084
448 BOPA1_12492-541 A G 0 0.343
449 BOPA1_5772-1176 A G 0 0.082
450 3255644|F|0 A T 2 0.417
451 3258448|F|0 C T 9 0.256
452 3259803|F|0 G T 2 0.083
453 3255024|F|0 A G 7 0.150
454 3258392|F|0 A G 2 0.402
455 SCRI_RS_9158 A C 0 0.328
456 3256449|F|0 C T 6 0.078
457 BOPA1_34-472 A G 0 0.291
458 BOPA1_2881-935 A T 0 0.075
459 3255607|F|0 A G 4 0.385
460 3258038|F|0 A G 3 0.069
461 BOPA1_3404-2470 A G 0 0.276
462 BOPA2_12_11144 A G 0 0.336
463 BOPA2_12_31160 A G 0 0.075
464 SCRI_RS_225431 C T 11 0.228
465 BOPA1_6250-1056 A C 0 0.075
466 SCRI_RS_154140 A C 0 0.067
467 SCRI_RS_181300 A G 1 0.211
468 3258882|F|0 A G 5 0.318
469 3262982|F|0 G T 4 0.123
470 3259834|F|0 G T 2 0.348
471 3258027|F|0 A G 11 0.276
472 SCRI_RS_168562 C G 0 0.209
473 SCRI_RS_182326 A G 0 0.358
474 3256370|F|0 C T 8 0.095
475 3258100|F|0 A G 10 0.121
476 SCRI_RS_236623 C T 0 0.328
477 SCRI_RS_144315 A G 0 0.313
478 3259056|F|0 G T 10 0.137
479 3259378|F|0 A T 7 0.441
480 BOPA1_4691-721 A G 0 0.448
481 BOPA2_12_10535 C G 0 0.164
482 SCRI_RS_114255 C T 0 0.097
483 SCRI_RS_135092 C T 1 0.083
484 SCRI_RS_157246 C T 0 0.075
485 SCRI_RS_179987 A C 0 0.112
486 SCRI_RS_197910 C T 0 0.142
487 SCRI_RS_201866 A C 3 0.366
488 SCRI_RS_231869 C T 0 0.164
489 SCRI_RS_236576 A G 0 0.470
490 SCRI_RS_6824 G T 3 0.099
491 3256761|F|0 C G 2 0.174
492 3259565|F|0 C T 2 0.152
493 3261227|F|0 C G 2 0.265
494 SCRI_RS_121048 C G 0 0.209
495 SCRI_RS_170389 A C 0 0.194
496 3258991|F|0 A G 4 0.446
497 SCRI_RS_177788 G T 0 0.276
498 3256136|F|0 A C 2 0.076
499 3260178|F|0 C G 5 0.380
500 SCRI_RS_166168 A G 0 0.149
501 3262803|F|0 A G 2 0.258
502 BOPA1_4578-899 A C 0 0.112
503 SCRI_RS_195200 C T 0 0.463
504 BOPA1_3087-1763 A G 2 0.417
505 BOPA1_9757-582 A T 0 0.157
506 BOPA2_12_30546 A G 0 0.463
507 SCRI_RS_17486 C T 0 0.410
508 3259831|F|0 C T 3 0.221
509 BOPA1_3201-603 A G 0 0.201
510 3260103|F|0 C T 4 0.077
511 SCRI_RS_189168 A G 0 0.209
512 3255716|F|0 A G 8 0.143
513 BOPA2_12_31163 A G 0 0.306
514 SCRI_RS_188218 G T 2 0.364
515 BOPA1_8867-459 A G 0 0.052
516 SCRI_RS_209524 A G 0 0.410
517 SCRI_RS_197263 A G 0 0.075
518 3260971|F|0 C T 3 0.168
519 SCRI_RS_213675 C T 0 0.284
520 3260954|F|0 C T 7 0.157
521 BOPA1_2935-1634 C G 2 0.061
522 SCRI_RS_194371 C T 0 0.231
523 3259952|F|0 C G 5 0.465
524 BOPA1_ABC11290-sfp44-06 A G 0 0.052
525 BOPA1_568-1651 A G 0 0.261
526 BOPA2_12_31319 C G 0 0.493
527 3258143|F|0 C G 3 0.176
528 SCRI_RS_199689 C T 0 0.052
529 SCRI_RS_142282 G T 3 0.267
530 SCRI_RS_130139 C T 3 0.145
531 3256828|F|0 A G 3 0.313
532 BOPA1_3702-982 A G 0 0.112
533 3260292|F|0 A G 3 0.069
534 BOPA1_4499-1364 C G 2 0.106
535 SCRI_RS_145026 C T 0 0.142
536 3256777|F|0 A C 3 0.153
537 3257729|F|0 C G 2 0.144
538 BOPA1_14371-423 C G 0 0.127
539 SCRI_RS_235724 C T 0 0.313
540 3258283|F|0 C G 4 0.415
541 SCRI_RS_78578 C T 0 0.067
542 SCRI_RS_235968 A G 3 0.344
543 3258211|F|0 C T 10 0.073
544 3255958|F|0 C G 2 0.144
545 3262067|F|0 A G 4 0.062
546 3262576|F|0 A G 3 0.214
547 3257202|F|0 A T 7 0.150
548 3257203|F|0 C T 13 0.331
549 3257475|F|0 A G 13 0.405
550 3259727|F|0 G T 4 0.069
551 3260274|F|0 A G 4 0.462
552 3260338|F|0 C G 5 0.178
553 3260415|F|0 A G 7 0.173
554 3260719|F|0 G T 3 0.069
555 3261584|F|0 A C 5 0.411
556 BOPA1_1497-628 A G 0 0.328
557 BOPA1_1270-1263 C G 0 0.052
558 BOPA1_1923-265 A C 0 0.291
559 SCRI_RS_136856 A C 3 0.344
560 SCRI_RS_154646 A C 0 0.418
561 SCRI_RS_188909 A G 0 0.224
562 SCRI_RS_199972 A G 0 0.075
563 SCRI_RS_213539 C T 0 0.075
564 SCRI_RS_236160 A G 0 0.075
565 BOPA1_2711-234 A G 0 0.187
566 SCRI_RS_143810 C T 0 0.179
567 BOPA1_5284-227 C G 0 0.291
568 3261027|F|0 A G 6 0.250
569 BOPA1_4625-1413 A C 2 0.197
570 BOPA2_12_30191 A G 0 0.254
571 SCRI_RS_106754 A G 0 0.172
572 SCRI_RS_141421 A T 0 0.194
573 3259756|F|0 C T 5 0.163
574 BOPA2_12_31181 C G 0 0.164
575 SCRI_RS_201086 C T 0 0.119
576 BOPA1_3786-2204 A G 2 0.114
577 SCRI_RS_146959 C T 0 0.097
578 SCRI_RS_175646 C G 3 0.092
579 BOPA2_12_30532 A G 0 0.127
580 SCRI_RS_192730 A C 0 0.410
581 3256909|F|0 C T 3 0.168
582 BOPA1_10360-563 A C 0 0.239
583 SCRI_RS_173813 C G 3 0.115
584 SCRI_RS_206896 C T 0 0.112
585 3256057|F|0 A G 2 0.197
586 3262351|F|0 C T 6 0.117
587 3262624|F|0 C G 7 0.110
588 SCRI_RS_139733 A G 0 0.164
589 SCRI_RS_153450 C T 0 0.075
590 SCRI_RS_167578 C T 0 0.060
591 3257084|F|0 C G 2 0.061
592 3257313|F|0 G T 2 0.212
593 3257811|F|0 C T 5 0.062
594 3262888|F|0 A T 3 0.221
595 SCRI_RS_238125 C T 3 0.198
596 BOPA2_12_10905 A G 0 0.164
597 3258919|F|0 A G 10 0.129
598 3263092|F|0 C T 2 0.068
599 3262736|F|0 A G 6 0.414
600 3262496|F|0 A G 12 0.221
601 3262692|F|0 C T 6 0.375
602 3257635|F|0 C G 6 0.375
603 3256389|F|0 C G 3 0.061
604 3258091|F|0 G T 3 0.084
605 3261606|F|0 C T 3 0.061
606 3256868|F|0 A G 4 0.100
607 3258303|F|0 A G 10 0.105
608 3254971|F|0 C T 3 0.061
609 3255102|F|0 C G 2 0.121
610 3260482|F|0 A G 3 0.084
611 BOPA1_2633-498 A C 0 0.149
612 BOPA1_557-1297 A G 0 0.060
613 BOPA1_6547-1363 A C 0 0.134
614 3255550|F|0 A G 2 0.341
615 SCRI_RS_224392 C T 0 0.276
616 3256816|F|0 A T 2 0.371
617 3257989|F|0 A G 9 0.352
618 SCRI_RS_127646 C T 0 0.067
619 BOPA1_5283-1090 A G 0 0.142
620 3258545|F|0 C T 6 0.305
621 BOPA1_ConsensusGBS0687-3 C G 0 0.179
622 BOPA1_6026-1949 C G 0 0.366
623 BOPA1_4027-1814 A G 0 0.239
624 BOPA1_5477-757 A G 1 0.331
625 BOPA2_12_11443 A G 0 0.388
626 SCRI_RS_201865 C T 0 0.478
627 SCRI_RS_4522 G T 0 0.216
628 3258685|F|0 C T 8 0.484
629 3258708|F|0 C G 3 0.092
630 3260549|F|0 A G 2 0.455
631 3258247|F|0 A T 3 0.122
632 SCRI_RS_48925 G T 0 0.224
633 BOPA1_4978-1030 A G 0 0.060
634 SCRI_RS_147611 C T 0 0.276
635 SCRI_RS_155758 A G 0 0.269
636 3256736|F|0 C G 2 0.364
637 SCRI_RS_165588 C T 0 0.366
638 BOPA2_12_30403 A G 0 0.187
639 3258137|F|0 A C 10 0.306
640 BOPA2_12_31377 C G 0 0.187
641 SCRI_RS_189967 C T 3 0.282
642 3258744|F|0 A C 9 0.120
643 3260609|F|0 C T 4 0.138
644 3256250|F|0 C T 6 0.078
645 3257782|F|0 C T 10 0.089
646 3261960|F|0 A G 3 0.084
647 BOPA2_12_10207 A G 0 0.201
648 BOPA2_12_10693 A G 0 0.179
649 SCRI_RS_160475 A G 0 0.149
650 SCRI_RS_216088 C T 3 0.244
651 3257585|F|0 A G 11 0.301
652 3259278|F|0 G T 2 0.106
653 3262439|F|0 C G 9 0.112
654 3261143|F|0 A G 9 0.240
655 3261149|F|0 C G 4 0.238
656 SCRI_RS_165338 A G 0 0.082
657 SCRI_RS_165476 C T 0 0.082
658 3254818|F|0 A G 6 0.086
659 SCRI_RS_130891 C T 0 0.343
660 SCRI_RS_138629 A G 0 0.381
661 SCRI_RS_150563 C T 0 0.321
662 SCRI_RS_155407 A G 0 0.328
663 SCRI_RS_165886 A G 0 0.216
664 SCRI_RS_166469 C T 0 0.343
665 SCRI_RS_180081 A G 0 0.343
666 SCRI_RS_196448 C T 0 0.104
667 SCRI_RS_206532 A C 0 0.112
668 3262705|F|0 A G 4 0.146
669 3256984|F|0 A G 3 0.145
670 SCRI_RS_207416 C T 0 0.052
671 BOPA1_2572-986 A G 0 0.052
672 3255250|F|0 A T 2 0.076
673 3256258|F|0 C T 3 0.053
674 3255410|F|0 G T 2 0.295
675 3261281|F|0 A G 11 0.301
676 SCRI_RS_13869 G T 0 0.067
677 SCRI_RS_147318 A G 0 0.246
678 SCRI_RS_156009 C G 0 0.299
679 SCRI_RS_165600 A G 0 0.254
680 3262069|F|0 A G 4 0.162
681 SCRI_RS_10956 A G 0 0.082
682 SCRI_RS_150786 C T 0 0.082
683 3258420|F|0 C G 10 0.089
684 BOPA1_9022-543 A G 0 0.269
685 SCRI_RS_214888 A G 0 0.060
686 BOPA1_ABC05061-1-1-159 A C 0 0.321
687 3254838|F|0 A C 8 0.317
688 3254801|F|0 A G 10 0.298
689 3257577|F|0 C T 9 0.288
690 3259782|F|0 C T 9 0.344
691 BOPA1_11454-414 C G 0 0.052
692 SCRI_RS_106142 A C 0 0.313
693 SCRI_RS_149094 A G 0 0.299
694 SCRI_RS_152330 A G 0 0.052
695 SCRI_RS_163142 A G 0 0.343
696 SCRI_RS_165434 A G 0 0.052
697 SCRI_RS_170857 A C 0 0.067
698 SCRI_RS_187051 G T 0 0.321
699 SCRI_RS_236175 C T 0 0.306
700 BOPA1_ConsensusGBS0554-4 A G 0 0.142
701 BOPA1_3639-969 A G 0 0.187
702 SCRI_RS_141322 G T 0 0.366
703 SCRI_RS_161239 G T 0 0.164
704 SCRI_RS_206337 C T 0 0.306
705 SCRI_RS_176006 A G 0 0.060
706 3256806|F|0 A G 5 0.256
707 3261672|F|0 C G 2 0.348
708 BOPA1_4057-2114 A G 0 0.239
709 BOPA1_13095-187 A C 0 0.313
710 BOPA1_5316-739 A G 0 0.209
711 SCRI_RS_196512 A G 0 0.060
712 SCRI_RS_4928 C T 3 0.168
713 SCRI_RS_175218 C G 0 0.299
714 BOPA2_12_30934 A G 3 0.267
715 3255560|F|0 C T 8 0.294
716 3257601|F|0 C T 12 0.287
717 3255773|F|0 A G 6 0.188
718 BOPA2_12_30231 A T 0 0.246
719 SCRI_RS_117283 C T 0 0.224
720 SCRI_RS_150935 C T 8 0.222
721 SCRI_RS_167999 A C 0 0.246
722 3262364|F|0 A C 11 0.146
723 BOPA1_4592-118 A G 0 0.351
724 SCRI_RS_195067 C T 0 0.269
725 BOPA1_3263-2865 A G 0 0.291
726 SCRI_RS_199945 C T 0 0.052
727 BOPA2_12_31446 A G 0 0.194
728 SCRI_RS_142851 C T 0 0.254
729 SCRI_RS_148694 A G 0 0.403
730 SCRI_RS_166806 A G 0 0.231
731 SCRI_RS_187638 C T 6 0.359
732 SCRI_RS_219333 A G 0 0.224
733 SCRI_RS_225720 C T 0 0.276
734 3255919|F|0 C T 2 0.295
735 3257336|F|0 C T 6 0.250
736 SCRI_RS_135585 C T 0 0.216
737 SCRI_RS_163314 C T 0 0.216
738 SCRI_RS_211923 C T 0 0.157
739 3256789|F|0 A C 4 0.100
740 3259264|F|0 C T 8 0.333
741 3261698|F|0 A G 5 0.202
742 BOPA1_2582-767 A G 0 0.067
743 SCRI_RS_128813 C T 0 0.067
744 SCRI_RS_136200 C T 0 0.470
745 SCRI_RS_139708 A C 0 0.209
746 SCRI_RS_148734 G T 0 0.067
747 SCRI_RS_165171 C T 0 0.470
748 SCRI_RS_166816 A G 0 0.463
749 SCRI_RS_173486 C T 0 0.067
750 SCRI_RS_175550 G T 0 0.463
751 SCRI_RS_10642 C T 0 0.246
752 SCRI_RS_122 A G 0 0.172
753 SCRI_RS_146936 C T 0 0.149
754 SCRI_RS_184395 A G 0 0.097
755 3259664|F|0 C T 10 0.153
756 3261990|F|0 C T 7 0.189
757 SCRI_RS_156845 C T 0 0.060
758 SCRI_RS_192440 G T 3 0.344
759 SCRI_RS_227507 A G 0 0.060
760 SCRI_RS_238263 C T 1 0.301
761 3256029|F|0 C T 11 0.276
762 3258269|F|0 C G 8 0.198
763 SCRI_RS_168604 A G 0 0.410
764 SCRI_RS_146997 C T 0 0.276
765 SCRI_RS_175603 C T 0 0.194
766 SCRI_RS_182210 A G 0 0.276
767 SCRI_RS_190048 A C 2 0.273
768 3258901|F|0 C T 4 0.069
769 BOPA1_ABC02329-1-20-250 A G 3 0.153
770 SCRI_RS_13476 A G 0 0.291
771 SCRI_RS_192463 C T 3 0.252
772 SCRI_RS_169758 A T 0 0.246
773 SCRI_RS_187012 A C 0 0.239
774 BOPA1_8930-370 A G 0 0.433
775 SCRI_RS_164876 C T 0 0.448
776 SCRI_RS_213799 A C 0 0.067
777 SCRI_RS_177330 A G 0 0.209
778 3262855|F|0 C T 5 0.132
779 BOPA2_12_30424 A G 0 0.433
780 SCRI_RS_135391 A G 0 0.104
781 SCRI_RS_159503 A G 0 0.112
782 SCRI_RS_162694 A G 0 0.321
783 SCRI_RS_167465 C T 0 0.216
784 SCRI_RS_194134 C T 3 0.145
785 SCRI_RS_224641 C T 0 0.224
786 SCRI_RS_88391 C T 0 0.478
787 3255845|F|0 A G 9 0.448
788 3254856|F|0 C T 12 0.377
789 3255816|F|0 A G 2 0.417
790 3255533|F|0 C G 9 0.264
791 3256485|F|0 C T 12 0.221
792 3262153|F|0 C G 13 0.273
793 SCRI_RS_221776 C T 0 0.358
794 SCRI_RS_141771 C T 0 0.142
795 BOPA1_3453-1974 A G 0 0.239
796 SCRI_RS_103515 C T 0 0.358
797 SCRI_RS_141753 A G 0 0.067
798 BOPA2_12_10430 A G 0 0.060
799 SCRI_RS_173604 A C 0 0.246
800 SCRI_RS_192552 A G 0 0.194
801 3255748|F|0 C T 13 0.174
802 3260208|F|0 C G 3 0.496
803 3258881|F|0 C G 5 0.388
804 BOPA2_12_30155 A G 0 0.119
805 SCRI_RS_204158 A G 1 0.489
806 SCRI_RS_231057 C T 0 0.119
807 SCRI_RS_157480 C T 0 0.201
808 SCRI_RS_605 A G 0 0.299
809 3259459|F|0 A C 13 0.174
810 SCRI_RS_160747 C T 0 0.194
811 SCRI_RS_144545 A C 3 0.382
812 SCRI_RS_159158 G T 0 0.440
813 BOPA2_12_30631 A G 0 0.149
814 SCRI_RS_141564 A G 0 0.306
815 3254726|F|0 G T 12 0.098
816 SCRI_RS_226348 A G 0 0.142
817 3256026|F|0 A G 7 0.055
818 3257494|F|0 A G 12 0.197
819 3257920|F|0 G T 5 0.202
820 3262220|F|0 C T 5 0.078
821 BOPA1_4277-1901 A G 2 0.106
822 SCRI_RS_128162 A G 10 0.234
823 SCRI_RS_152744 A C 0 0.388
824 SCRI_RS_158433 A C 0 0.194
825 SCRI_RS_231806 G T 0 0.403
826 SCRI_RS_155957 A G 3 0.198
827 SCRI_RS_231889 C T 3 0.489
828 3256408|F|0 A C 2 0.068
829 SCRI_RS_194812 G T 0 0.366
830 BOPA1_791-1113 C G 2 0.152
831 BOPA1_ABC01004-sfp18-05 A G 6 0.484
832 BOPA2_12_31284 A G 0 0.090
833 SCRI_RS_106759 C G 0 0.246
834 SCRI_RS_149462 C T 0 0.246
835 SCRI_RS_153226 A T 0 0.067
836 SCRI_RS_154683 C T 0 0.067
837 SCRI_RS_179003 A G 0 0.187
838 3255023|F|0 C G 13 0.091
839 SCRI_RS_185319 C G 0 0.284
840 SCRI_RS_198643 C G 3 0.084
841 SCRI_RS_159228 C G 0 0.299
842 SCRI_RS_150590 C T 0 0.425
843 SCRI_RS_196192 A G 0 0.119
844 3255954|F|0 C T 4 0.069
845 3256001|F|0 A G 3 0.466
846 SCRI_RS_233272 G T 0 0.104
847 3258937|F|0 C G 2 0.152
848 3258798|F|0 G T 4 0.215
849 3258331|F|0 C T 4 0.392
850 3258499|F|0 C T 9 0.080
851 3262925|F|0 C T 3 0.076
852 BOPA2_12_10777 A G 1 0.474
853 SCRI_RS_145190 A G 0 0.254
854 SCRI_RS_153798 A T 0 0.172
855 SCRI_RS_160179 G T 0 0.097
856 SCRI_RS_192386 A G 6 0.062
857 SCRI_RS_205712 C T 0 0.224
858 SCRI_RS_210172 C T 0 0.261
859 3255173|F|0 A C 7 0.118
860 3256555|F|0 A T 13 0.215
861 BOPA2_12_30870 A C 0 0.336
862 BK_13 C T 0 0.358
863 SCRI_RS_196316 A C 3 0.130
864 SCRI_RS_131218 A G 0 0.179
865 SCRI_RS_188893 C T 0 0.179
866 SCRI_RS_143250 A G 0 0.410
867 3255113|F|0 A T 3 0.115
868 3255315|F|0 A G 3 0.130
869 3257170|F|0 C T 5 0.070
870 BOPA1_2646-1277 A G 0 0.149
871 BOPA1_5880-2547 A G 0 0.418
872 SCRI_RS_120529 C T 1 0.128
873 SCRI_RS_173164 C T 0 0.119
874 SCRI_RS_182270 C T 0 0.440
875 SCRI_RS_183655 A G 0 0.127
876 SCRI_RS_186387 A G 0 0.164
877 SCRI_RS_192783 A G 1 0.165
878 SCRI_RS_239882 A G 0 0.157
879 3256022|F|0 C T 9 0.456
880 3259257|F|0 C T 3 0.153
881 3259614|F|0 C G 6 0.125
882 BOPA1_2029-1143 A C 0 0.500
883 SCRI_RS_186448 A C 0 0.284
884 SCRI_RS_115905 C T 0 0.134
885 SCRI_RS_153693 C T 8 0.325
886 SCRI_RS_155612 G T 7 0.315
887 SCRI_RS_115892 A C 2 0.061
888 BOPA1_7747-1056 A G 1 0.105
889 BOPA1_7766-492 A G 2 0.106
890 SCRI_RS_7026 C T 0 0.104
891 3256293|F|0 C T 3 0.084
892 3258308|F|0 A T 5 0.062
893 3262951|F|0 A G 7 0.197
894 BOPA1_7144-973 A C 0 0.381
895 SCRI_RS_140819 A G 0 0.321
896 3255086|F|0 A T 4 0.362
897 3255557|F|0 C T 3 0.069
898 3259491|F|0 A G 3 0.084
899 3262709|F|0 C G 9 0.392
900 BOPA1_5652-419 A G 0 0.052
901 BOPA1_864-594 A G 0 0.052
902 SCRI_RS_110647 C T 0 0.052
903 3260410|F|0 A T 4 0.069
904 3256024|F|0 A C 2 0.212
905 3255981|F|0 A C 2 0.379
906 3257046|F|0 C T 3 0.382
907 BOPA1_816-265 A G 0 0.418
908 BOPA2_12_11452 A G 0 0.179
909 BOPA2_12_30748 A C 0 0.373
910 BOPA2_12_10847 A G 0 0.254
911 SCRI_RS_5552 C T 0 0.478
912 3256699|F|0 A T 11 0.366
913 3261758|F|0 A G 4 0.377
914 SCRI_RS_174935 C G 0 0.082
915 3260104|F|0 A G 6 0.078
916 BOPA1_3709-716 A C 9 0.392
917 SCRI_RS_206586 C T 0 0.082
918 SCRI_RS_120182 C T 0 0.209
919 SCRI_RS_165427 A T 0 0.478
920 SCRI_RS_78277 C T 0 0.216
921 SCRI_RS_89851 A G 0 0.112
922 BOPA1_2964-382 A G 0 0.090
923 BOPA1_ABC03253-1-2-279 C G 0 0.104
924 SCRI_RS_158687 A C 0 0.366
925 SCRI_RS_207244 C T 0 0.112
926 3255719|F|0 C G 4 0.169
927 SCRI_RS_81287 A G 0 0.097
928 BOPA1_6338-682 A C 0 0.261
929 3255887|F|0 A C 4 0.300
930 BOPA1_7623-818 A G 0 0.187
931 BOPA1_1447-464 A G 3 0.229
932 BOPA1_6846-1161 A G 0 0.485
933 BOPA2_12_10296 A G 0 0.052
934 BOPA2_12_30657 A G 0 0.306
935 SCRI_RS_134823 C T 0 0.478
936 SCRI_RS_137093 C T 0 0.328
937 SCRI_RS_167605 A G 0 0.373
938 SCRI_RS_182408 A G 0 0.254
939 SCRI_RS_197357 C T 0 0.373
940 SCRI_RS_212932 A G 0 0.172
941 SCRI_RS_215080 A G 0 0.373
942 3255917|F|0 C T 7 0.087
943 3262409|F|0 G T 12 0.221
944 SCRI_RS_123295 C T 0 0.306
945 3257890|F|0 A G 3 0.458
946 3259136|F|0 C T 3 0.305
947 3262966|F|0 C T 2 0.106
948 3263103|F|0 G T 3 0.313
949 SCRI_RS_135619 A G 0 0.336
950 SCRI_RS_174444 A G 0 0.358
951 BOPA1_4410-284 A C 0 0.172
952 BOPA2_12_30432 A G 0 0.209
953 SCRI_RS_154981 C T 0 0.231
954 SCRI_RS_186954 A C 0 0.343
955 SCRI_RS_215094 C T 0 0.358
956 3258041|F|0 A G 11 0.398
957 3260977|F|0 C G 3 0.275
958 SCRI_RS_177405 C T 0 0.209
959 3257273|F|0 A G 4 0.292
960 BOPA1_2651-1774 A G 0 0.134
961 BOPA1_8512-430 A G 2 0.500
962 SCRI_RS_41263 C T 0 0.276
963 SCRI_RS_229103 C T 0 0.201
964 SCRI_RS_206245 C T 1 0.271
965 3261247|F|0 A G 10 0.105
966 3256377|F|0 C T 8 0.087
967 SCRI_RS_171029 G T 0 0.142
968 3255112|F|0 G T 3 0.076
969 3263085|F|0 C G 3 0.321
970 BOPA2_12_10715 C G 0 0.164
971 3256112|F|0 G T 8 0.254
972 3255144|F|0 C T 12 0.369
973 3257060|F|0 C T 12 0.451
974 3256386|F|0 A G 5 0.093
975 3259130|F|0 A G 6 0.328
976 SCRI_RS_152206 C T 0 0.112
977 3257527|F|0 G T 11 0.089
978 SCRI_RS_14801 C T 0 0.493
979 SCRI_RS_201800 A C 11 0.423
980 BOPA1_4788-672 A G 0 0.157
981 SCRI_RS_237094 G T 0 0.463
982 3256489|F|0 C T 4 0.092
983 SCRI_RS_239231 A G 0 0.134
984 3262011|F|0 G T 8 0.246
985 BOPA2_12_31127 A G 3 0.092
986 3256131|F|0 A T 2 0.106
987 BOPA1_4630-1036 A G 0 0.336
988 3259850|F|0 C G 9 0.056
989 BOPA1_ABC02350-pHv759-04 A G 4 0.154
990 BOPA2_12_30703 A G 0 0.052
991 SCRI_RS_126877 A G 0 0.134
992 SCRI_RS_158928 A G 0 0.276