- Biopython.
- Ensembler.
- Ipyvolume.
- Matplotlib.
- Mayavi.
- MDAnalysis.
- MDTraj.
- Modeller.
- MolModMT.
- NGLView.
- Numpy.
- OpenMM.
- OpenMMTools.
- PDBFixer.
- Pickle.
- Pytraj.
- Seaborn.
- Unit.
- YANK.
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