From 5d4db3a641d9f254ebb80f61396db9a01feb007a Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Rachel Colquhoun Date: Tue, 22 Aug 2023 09:34:54 +0100 Subject: [PATCH] remove prints and fix column switch in particular haplotype use case --- scorpio/scripts/definitions.py | 4 - scorpio/scripts/type_constellations.py | 76 ++++++++++--------- ...ected.multi_append_genotypes_haplotype.csv | 40 +++++----- ...pend_genotypes_output_counts_haplotype.csv | 40 +++++----- .../expected.multi_mutations_haplotype.csv | 40 +++++----- ...expected.multi_output_counts_haplotype.csv | 40 +++++----- .../haplotype/expected.names_haplotype.csv | 40 +++++----- 7 files changed, 139 insertions(+), 141 deletions(-) diff --git a/scorpio/scripts/definitions.py b/scorpio/scripts/definitions.py index be918e2..83d3686 100644 --- a/scorpio/scripts/definitions.py +++ b/scorpio/scripts/definitions.py @@ -123,13 +123,9 @@ def __init__(self, variant=None, reference=None, ignore_fails=False): self.frequency = 1 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constellation.variants]))) if rules_required: logging.info("Rules %s" % constellation.rules) else: @@ -391,42 +391,44 @@ def type_record(record, reference, constellation_names, constellation_dict, cons write_extended_files = output_counts or append_genotypes single_file = len(constellation_names) == 1 - - for constellation in constellation_dict.values(): - if constellation.output_name not in constellation_names: - continue - logging.debug("Consider constellation %s" % constellation.name) - barcode_list, counts, sample_constellation_count_dict, sorted_alt_sites = generate_barcode(record.seq, - constellation.variants, - ref_char, - constellation_count_dict=copy.deepcopy(constellation_count_dict)) - if write_extended_files: - columns = [record.id] - columns.append(''.join(barcode_list)) - if output_counts: - columns.append("%i,%i,%i,%i,%f,%f" % (counts['ref'], counts['alt'], - counts['ambig'], counts['oth'], counts['support'], - counts['conflict'])) - if append_genotypes: - columns.extend(barcode_list) - if combination: - scores = {} - for candidate in sample_constellation_count_dict: - if sample_constellation_count_dict[candidate]["alt"] > 0: - summary = "%s:%i|%i|%i|%i" % ( - candidate, sample_constellation_count_dict[candidate]["ref"], - sample_constellation_count_dict[candidate]["alt"], - sample_constellation_count_dict[candidate]["ambig"], - sample_constellation_count_dict[candidate]["oth"]) - score = float(sample_constellation_count_dict[candidate]["alt"]) / \ - sample_constellation_count_dict[candidate]["total"] - scores[score] = summary - sorted_scores = sorted(scores, key=lambda x: float(x), reverse=True) - columns.append("; ".join([scores[score] for score in sorted_scores])) - res = "%s\n" % ','.join(columns) - q.put((constellation.output_name, res)) - - out_list.append(''.join(barcode_list)) + for constellation_name in constellation_names: + for constellation in constellation_dict.values(): + if constellation.output_name != constellation_name: + continue + else: + logging.debug("Consider constellation %s" % constellation.name) + barcode_list, counts, sample_constellation_count_dict, sorted_alt_sites = generate_barcode(record.seq, + constellation.variants, + ref_char, + constellation_count_dict=copy.deepcopy(constellation_count_dict)) + if write_extended_files: + columns = [record.id] + columns.append(''.join(barcode_list)) + if output_counts: + columns.append("%i,%i,%i,%i,%f,%f" % (counts['ref'], counts['alt'], + counts['ambig'], counts['oth'], counts['support'], + counts['conflict'])) + if append_genotypes: + columns.extend(barcode_list) + if combination: + scores = {} + for candidate in sample_constellation_count_dict: + if sample_constellation_count_dict[candidate]["alt"] > 0: + summary = "%s:%i|%i|%i|%i" % ( + candidate, sample_constellation_count_dict[candidate]["ref"], + sample_constellation_count_dict[candidate]["alt"], + sample_constellation_count_dict[candidate]["ambig"], + sample_constellation_count_dict[candidate]["oth"]) + score = float(sample_constellation_count_dict[candidate]["alt"]) / \ + sample_constellation_count_dict[candidate]["total"] + scores[score] = summary + sorted_scores = sorted(scores, key=lambda x: float(x), reverse=True) + columns.append("; ".join([scores[score] for score in sorted_scores])) + res = "%s\n" % ','.join(columns) + q.put((constellation.output_name, res)) + + out_list.append(''.join(barcode_list)) + break res = "%s\n" % ",".join(out_list) if len(constellation_names) > 1 or not write_extended_files: diff --git a/scorpio/tests/data/haplotype/expected.multi_append_genotypes_haplotype.csv b/scorpio/tests/data/haplotype/expected.multi_append_genotypes_haplotype.csv index 4e2efe9..e609b52 100644 --- a/scorpio/tests/data/haplotype/expected.multi_append_genotypes_haplotype.csv +++ b/scorpio/tests/data/haplotype/expected.multi_append_genotypes_haplotype.csv @@ -1,21 +1,21 @@ query,B.1.617.1-like,Delta (AY.4.2-like),Omicron 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