diff --git a/scorpio/__init__.py b/scorpio/__init__.py index 1550d08..c501d90 100644 --- a/scorpio/__init__.py +++ b/scorpio/__init__.py @@ -1,2 +1,2 @@ _program = "scorpio" -__version__ = "0.3.1" +__version__ = "0.3.2" diff --git a/scorpio/__main__.py b/scorpio/__main__.py index 15e6ca2..239ce2a 100644 --- a/scorpio/__main__.py +++ b/scorpio/__main__.py @@ -42,6 +42,11 @@ def main(sysargs = sys.argv[1:]): help="One or more JSON (or CSV) files specifying variants") constellation_group.add_argument("-n", "--names", dest="names", required=False, nargs='+', help="Names of constellations to include") + constellation_group.add_argument("-l", "--label", dest="label", required=False, + help="Use alternative label specified in JSON where possible") + constellation_group.add_argument('--pangolin', dest='pangolin', action='store_true', + help='Uses `mrca_lineage` as label and excludes constellations/data directory for' + ' robustness') misc_group = common.add_argument_group('Misc options') misc_group.add_argument('--tempdir', action="store", @@ -191,9 +196,11 @@ def main(sysargs = sys.argv[1:]): for fn in f: if fn == "SARS-CoV-2.json": reference_json = os.path.join(r, fn) - elif fn.endswith(".json"): + elif args.pangolin and r.endswith('definitions') and fn.endswith(".json"): list_constellation_files.append(os.path.join(r, fn)) - elif fn.endswith(".csv"): + elif not args.pangolin and fn.endswith(".json"): + list_constellation_files.append(os.path.join(r, fn)) + elif not args.pangolin and fn.endswith(".csv"): list_constellation_files.append(os.path.join(r, fn)) if (not args.reference_json and reference_json == "") or (not args.constellations and list_constellation_files == []): print(sfunk.cyan( diff --git a/scorpio/scripts/type_constellations.py b/scorpio/scripts/type_constellations.py index 6b691a1..a7bf98c 100755 --- a/scorpio/scripts/type_constellations.py +++ b/scorpio/scripts/type_constellations.py @@ -150,24 +150,25 @@ def variant_to_variant_record(l, refseq, features_dict): info["name"] = l print("Warning: found variant of type insertion, which will be ignored during typing") elif lsplit[0] in ["snp", "nuc"]: - type = "snp" - ref_allele = lsplit[1][0] - ref_start = int(lsplit[1][1:-1]) - alt_allele = lsplit[1][-1] - ref_allele_check = refseq[ref_start - 1] + info = {"name": l, "type": "snp"} + m = re.match(r'(?P[ACGTUN]+)(?P\d+)(?P[AGCTUN]*)', l[4:]) + if not m: + sys.stderr.write("Warning: couldn't parse the following string: %s - ignoring\n" % l) + sys.exit(1) + info.update(m.groupdict()) + info["ref_start"] = int(info["ref_start"]) + ref_allele_check = refseq[info["ref_start"] - 1] - if ref_allele != '?' and ref_allele != ref_allele_check: + if info["ref_allele"] != '?' and info["ref_allele"] != ref_allele_check: sys.stderr.write( "variants file says reference nucleotide at position %d is %s, but reference sequence has %s, " - "context %s\n" % (ref_start, ref_allele, ref_allele_check, refseq[ref_start - 4:ref_start + 3])) + "context %s\n" % (info["ref_start"], info["ref_allele"], ref_allele_check, refseq[info["ref_start"] - 4:info["ref_start"] + 3])) sys.exit(1) - info = {"name": l, "type": type, "ref_start": ref_start, "ref_allele": ref_allele, "alt_allele": alt_allele} - elif lsplit[0] == "del": length = int(lsplit[2]) info = {"name": l, "type": lsplit[0], "ref_start": int(lsplit[1]), "length": length, - "ref_allele": refseq[int(lsplit[1]) - 1:int(lsplit[1]) + length - 1]} + "ref_allele": refseq[int(lsplit[1]) - 1:int(lsplit[1]) + length - 1], "space": "nuc"} else: m = re.match(r'[aa:]*(?P\w+):(?P[a-zA-Z-*]+)(?P\d+)(?P[a-zA-Z-*]*)', l) @@ -196,8 +197,10 @@ def variant_to_variant_record(l, refseq, features_dict): info["ref_start"] = ref_start if info["alt_allele"] in ['del', '-']: info["type"] = "del" - info["length"] = 3*len(info["ref_allele"]) - info["ref_allele"] = str(ref_allele) + info["space"] = "aa" + info["length"] = len(info["ref_allele"]) + info["before"] = str(Seq(refseq[ref_start - 4:ref_start - 1]).translate()) + info["after"] = str(Seq(refseq[ref_start - 1 + 3*info["length"]:ref_start - 1 + 3*info["length"]+3]).translate()) elif info["alt_allele"] == '': info["fuzzy"] = True else: @@ -213,25 +216,40 @@ def parse_name_from_file(constellation_file): return name -def parse_json_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names=None, include_ancestral=False): +def parse_json_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names=None, include_ancestral=False, label=None): """ returns variant_list name and rules """ variant_list = [] + name = None rules = None + mrca_lineage = "" in_json = open(variants_file, 'r') json_dict = json.load(in_json, strict=False) - if "label" in json_dict: + if "type" in json_dict and json_dict["type"] in json_dict and "mrca_lineage" in json_dict[json_dict["type"]]: + m = re.match(r'[A-Z0-9.]*', json_dict[json_dict["type"]]["mrca_lineage"]) + if not m: + sys.stderr.write("Warning: mrca_lineage %s not in acceptable format - ignoring\n" % json_dict[json_dict["type"]]["mrca_lineage"]) + else: + mrca_lineage = json_dict[json_dict["type"]]["mrca_lineage"] + + + if label: + if "type" in json_dict and json_dict["type"] in json_dict and label in json_dict[json_dict["type"]]: + name = json_dict[json_dict["type"]][label] + elif "label" in json_dict: name = json_dict["label"] elif "name" in json_dict: name = json_dict["name"] else: name = parse_name_from_file(variants_file) + if not name: + return variant_list, name, rules, mrca_lineage if constellation_names and name not in constellation_names: - return variant_list, name, rules + return variant_list, name, rules, mrca_lineage print("\nParsing constellation JSON file %s" % variants_file) @@ -251,7 +269,7 @@ def parse_json_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names=None in_json.close() - return variant_list, name, rules + return variant_list, name, rules, mrca_lineage def parse_csv_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names=None): @@ -323,7 +341,7 @@ def parse_textfile_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names= return variant_list, name -def parse_variants_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names=None, include_ancestral=False): +def parse_variants_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names=None, include_ancestral=False, label=None): """ read in a variants file and parse its contents and return something sensible. @@ -343,19 +361,20 @@ def parse_variants_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names= """ variant_list = [] rule_dict = None + mrca_lineage = "" if variants_file.endswith(".json"): - variant_list, name, rule_dict = parse_json_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names, include_ancestral=include_ancestral) + variant_list, name, rule_dict, mrca_lineage = parse_json_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names, include_ancestral=include_ancestral,label=label) elif variants_file.endswith(".csv"): variant_list, name, rule_dict = parse_csv_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names) if len(variant_list) == 0 and not variants_file.endswith(".json"): variant_list, name = parse_textfile_in(refseq, features_dict, variants_file, constellation_names) - return name, variant_list, rule_dict + return name, variant_list, rule_dict, mrca_lineage -def call_variant_from_fasta(record_seq, var, ins_char="?", oth_char=None): +def call_variant_from_fasta(record_seq, var, ins_char="?", oth_char=None, codon=False): #print("Call variant for ", var) call = None query_allele = None @@ -373,7 +392,7 @@ def call_variant_from_fasta(record_seq, var, ins_char="?", oth_char=None): call = 'ref' elif query_allele == "N": call = 'ambig' - elif query_allele == var["alt_allele"]: + elif query_allele == var["alt_allele"] or var["alt_allele"] == "": call = 'alt' else: call = 'oth' @@ -381,7 +400,8 @@ def call_variant_from_fasta(record_seq, var, ins_char="?", oth_char=None): elif var["type"] == "aa": try: - query_allele = record_seq.upper()[var["ref_start"] - 1:var["ref_start"] + 2].translate() + query = record_seq.upper()[var["ref_start"] - 1:var["ref_start"] - 1 + 3 * len(var["ref_allele"])] + query_allele = query.translate() #query_allele_minus = record_seq.upper()[var["ref_start"] - 2:var["ref_start"] + 1].translate() #query_allele_plus = record_seq.upper()[var["ref_start"]:var["ref_start"] + 3].translate() #print("Found", query_allele, query_allele_minus, query_allele_plus) @@ -400,14 +420,37 @@ def call_variant_from_fasta(record_seq, var, ins_char="?", oth_char=None): call = 'oth' #print(call, query_allele) - elif var["type"] == "del": + elif var["type"] == "del" and var["space"] == "aa": + query_allele = record_seq.upper()[var["ref_start"] - 4:var["ref_start"] + 3*var["length"] + 2] + query = query_allele.replace("-","") + if len(query) % 3 != 0: + query = query.replace("N","") + if len(query) % 3 != 0: + query = query_allele.replace("-","N") + if len(query) % 3 != 0: + print("Warning: while typing variant %s (before,ref,after) = (%s,%s,%s) found sequence with query allele %s treated as %s. Handling by adding Ns which will result in ambiguous calls" %(var["name"], var["before"], var["ref_allele"], var["after"], query_allele, query)) + query_allele = query + while len(query_allele) % 3 != 0: + query_allele += "N" + query_allele = query_allele.translate() + #print("call for del in aa space with before %s, ref %s, after %s, length %d and query_allele %s" %(var["before"], var["ref_allele"], var["after"], var["length"], query_allele)) + if query_allele == var["before"] + var["ref_allele"] + var["after"]: + call = 'ref' + query_allele = 0 + elif query_allele == var["before"] + var["after"]: + call = 'alt' + query_allele = var["length"] + elif "X" in query_allele: + call = 'ambig' + query_allele = "X" + else: + call = 'oth' + if not oth_char: + query_allele = "X" + elif var["type"] == "del" and var["space"] == "nuc": query_allele = record_seq.upper()[var["ref_start"] - 1:var["ref_start"] + var["length"] - 1] - #print("del allele", query_allele) - #query_allele_minus = record_seq.upper()[var["ref_start"] - 2:var["ref_start"] + var["length"] - 2] - #query_allele_plus = record_seq.upper()[var["ref_start"]:var["ref_start"] + var["length"]] - #print("Found", query_allele, query_allele_minus, query_allele_plus) - #print(var["ref_allele"], query_allele == var["ref_allele"], var["alt_allele"], - # query_allele == var["alt_allele"]) + #print("call for del in nuc space with ref %s, length %d and query_allele %s" %(var["ref_allele"], var["length"], query_allele)) + if query_allele == var["ref_allele"]: call = 'ref' query_allele = 0 @@ -419,7 +462,7 @@ def call_variant_from_fasta(record_seq, var, ins_char="?", oth_char=None): query_allele = "N" elif query_allele == "-" * var["length"]: call = 'alt' - query_allele = int(var["length"]/3) + query_allele = int(var["length"] / 3) else: call = 'oth' if not oth_char: @@ -508,12 +551,12 @@ def generate_barcode(record_seq, variant_list, ref_char=None, ins_char="?", oth_ def type_constellations(in_fasta, list_constellation_files, constellation_names, out_csv, reference_json, ref_char=None, - output_counts=False): + output_counts=False, label=None): reference_seq, features_dict = load_feature_coordinates(reference_json) constellation_dict = {} for constellation_file in list_constellation_files: - constellation, variants, ignore = parse_variants_in(reference_seq, features_dict, constellation_file) + constellation, variants, ignore, mrca_lineage = parse_variants_in(reference_seq, features_dict, constellation_file, label=label) if not constellation: continue if len(variants) > 0: @@ -529,7 +572,8 @@ def type_constellations(in_fasta, list_constellation_files, constellation_names, counts_out = {} if output_counts: for constellation in constellation_dict: - counts_out[constellation] = open("%s.%s_counts.csv" % (out_csv.replace(".csv", ""), constellation), "w") + clean_name = re.sub("[^a-zA-Z0-9_\-.]", "_", constellation) + counts_out[constellation] = open("%s.%s_counts.csv" % (out_csv.replace(".csv", ""), clean_name), "w") counts_out[constellation].write("query,ref_count,alt_count,ambig_count,other_count,support,conflict\n") with open(in_fasta, "r") as f: @@ -556,15 +600,16 @@ def type_constellations(in_fasta, list_constellation_files, constellation_names, def classify_constellations(in_fasta, list_constellation_files, constellation_names, out_csv, reference_json, - output_counts=False, call_all=False, long=False): + output_counts=False, call_all=False, long=False, label=None): reference_seq, features_dict = load_feature_coordinates(reference_json) constellation_dict = {} rule_dict = {} + mrca_lineage_dict = {} for constellation_file in list_constellation_files: - constellation, variants, rules = parse_variants_in(reference_seq, features_dict, constellation_file, - constellation_names, include_ancestral=True) + constellation, variants, rules, mrca_lineage = parse_variants_in(reference_seq, features_dict, constellation_file, + constellation_names, include_ancestral=True, label=label) if constellation_names and constellation not in constellation_names: continue if not rules: @@ -577,15 +622,16 @@ def classify_constellations(in_fasta, list_constellation_files, constellation_na print("Found file %s for constellation %s containing %i variants" % ( constellation_file, constellation, len([v["name"] for v in variants]))) print("Rules", rule_dict[constellation]) + mrca_lineage_dict[constellation] = mrca_lineage else: print("Warning: %s is not a valid constellation file - ignoring" % constellation_file) variants_out = open(out_csv, "w") if long and not call_all: - variants_out.write("query,constellations,ref_count,alt_count,ambig_count,other_count,rule_count,support," + variants_out.write("query,constellations,mrca_lineage,ref_count,alt_count,ambig_count,other_count,rule_count,support," "conflict\n") else: - variants_out.write("query,constellations\n") + variants_out.write("query,constellations,mrca_lineage\n") counts_out = {} if output_counts: @@ -633,14 +679,18 @@ def classify_constellations(in_fasta, list_constellation_files, constellation_na if not call_all and best_constellation: lineages.append(best_constellation) if long and best_counts is not None: - variants_out.write("%s,%s,%i,%i,%i,%i,%i,%f,%f\n" % (record.id, "|".join(lineages), best_counts['ref'], + variants_out.write("%s,%s,%s,%i,%i,%i,%i,%i,%f,%f\n" % (record.id, "|".join(lineages), + "|".join([mrca_lineage_dict[l] for l in lineages]), + best_counts['ref'], best_counts['alt'], best_counts['ambig'], best_counts['oth'], best_counts['rules'], best_counts['support'], best_counts['conflict'])) - elif long: - variants_out.write("%s,%s,,,,,,,\n" % (record.id, "|".join(lineages))) + elif long and not call_all: + variants_out.write("%s,%s,%s,,,,,,,\n" % (record.id, "|".join(lineages), + "|".join([mrca_lineage_dict[l] for l in lineages]))) else: - variants_out.write("%s,%s\n" % (record.id, "|".join(lineages))) + variants_out.write("%s,%s,%s\n" % (record.id, "|".join(lineages), + "|".join([mrca_lineage_dict[l] for l in lineages]))) variants_out.close() for constellation in counts_out: diff --git a/scorpio/subcommands/classify.py b/scorpio/subcommands/classify.py index f1ef821..91e9d3a 100644 --- a/scorpio/subcommands/classify.py +++ b/scorpio/subcommands/classify.py @@ -11,4 +11,5 @@ def run(options): options.reference_json, options.output_counts, options.call_all, - options.long) + options.long, + options.label) diff --git a/scorpio/subcommands/haplotype.py b/scorpio/subcommands/haplotype.py index 3d391d5..798945c 100644 --- a/scorpio/subcommands/haplotype.py +++ b/scorpio/subcommands/haplotype.py @@ -10,4 +10,5 @@ def run(options): options.output, options.reference_json, options.ref_char, - options.output_counts) + options.output_counts, + options.label) diff --git a/scorpio/tests/data/type_constellations/expect.classified.csv b/scorpio/tests/data/type_constellations/expect.classified.csv index 72e8db8..536caaf 100644 --- a/scorpio/tests/data/type_constellations/expect.classified.csv +++ b/scorpio/tests/data/type_constellations/expect.classified.csv @@ -1,8 +1,8 @@ -query,constellations -Flatland01,Lineage_X -Flatland02,Lineage_X -Flatland03,Lineage_X -Flatland04, -Flatland05, -Flatland06, -Reference, +query,constellations,mrca_lineage +Flatland01,Lineage_X,B.1.1.7 +Flatland02,Lineage_X,B.1.1.7 +Flatland03,Lineage_X,B.1.1.7 +Flatland04,, +Flatland05,, +Flatland06,, +Reference,, diff --git a/scorpio/tests/data/type_constellations/expected.classified.csv b/scorpio/tests/data/type_constellations/expected.classified.csv index 72e8db8..536caaf 100644 --- a/scorpio/tests/data/type_constellations/expected.classified.csv +++ b/scorpio/tests/data/type_constellations/expected.classified.csv @@ -1,8 +1,8 @@ -query,constellations -Flatland01,Lineage_X -Flatland02,Lineage_X -Flatland03,Lineage_X -Flatland04, -Flatland05, -Flatland06, -Reference, +query,constellations,mrca_lineage +Flatland01,Lineage_X,B.1.1.7 +Flatland02,Lineage_X,B.1.1.7 +Flatland03,Lineage_X,B.1.1.7 +Flatland04,, +Flatland05,, +Flatland06,, +Reference,, diff --git a/scorpio/tests/data/type_constellations/expected.typed.csv b/scorpio/tests/data/type_constellations/expected.typed.csv index 54950dc..2d5c0b3 100644 --- a/scorpio/tests/data/type_constellations/expected.typed.csv +++ b/scorpio/tests/data/type_constellations/expected.typed.csv @@ -1,8 +1,8 @@ query,Lineage_X -Flatland01,-IDTT3TT-XXYDHIAH-*ICLFK -Flatland02,-IDTT3TT-XXYDHIAH-*ICLFK -Flatland03,-IDTT3TT-XXYDHIAH-*ICLFK -Flatland04,-IDTT3TT-XNYDHIAH-*ICLF- +Flatland01,-IDTT3TT-21YDHIAH-*ICLFK +Flatland02,-IDTT3TT-21YDHIAH-*ICLFK +Flatland03,-IDTT3TT-21YDHIAH-*ICLFK +Flatland04,-IDTT3TT-2XYDHIAH-*ICLF- Flatland05,-----3-----Y------XX---K Flatland06,-----3-----X-----------X Reference,------------------------ diff --git a/scorpio/tests/data/type_constellations/lineage_X.json b/scorpio/tests/data/type_constellations/lineage_X.json index a4ae7ee..e8dfc3b 100644 --- a/scorpio/tests/data/type_constellations/lineage_X.json +++ b/scorpio/tests/data/type_constellations/lineage_X.json @@ -1,5 +1,9 @@ { "name": "Lineage_X", + "type": "variant", + "variant": { + "mrca_lineage": "B.1.1.7" + }, "sites": [ "nuc:C912T", "1ab:T1001I", diff --git a/scorpio/tests/data/type_constellations/test.fa b/scorpio/tests/data/type_constellations/test.fa index b582f04..01cc8cf 100644 --- a/scorpio/tests/data/type_constellations/test.fa +++ b/scorpio/tests/data/type_constellations/test.fa @@ -11,4 +11,431 @@ NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAA >Flatland06 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a/scorpio/tests/type_constellations_test.py +++ b/scorpio/tests/type_constellations_test.py @@ -17,23 +17,24 @@ variants_list = [ {'alt_allele': 'C', 'name': 'snp:T6954C', 'ref_allele': 'T', 'ref_start': 6954, 'type': "snp"}, {'alt_allele': 'C', 'name': 'nuc:T6954C', 'ref_allele': 'T', 'ref_start': 6954, 'type': "snp"}, - {'name': 'del:11288:9', 'length': 9, 'ref_start': 11288, 'type': "del", "ref_allele": "TCTGGTTTT"}, + {'name': 'del:11288:9', 'length': 9, 'ref_start': 11288, 'type': "del", "ref_allele": "TCTGGTTTT", + 'space': 'nuc'}, {'cds': 'orf1a', 'ref_allele': 'T', 'aa_pos': 1001, 'alt_allele': 'I', 'name': 'orf1ab:T1001I', 'type': 'aa', 'ref_start': 3266, 'fuzzy': False}, {'cds': 'orf1a', 'ref_allele': 'T', 'aa_pos': 1001, 'alt_allele': '', 'name': 'orf1ab:T1001', 'type': 'aa', 'ref_start': 3266, 'fuzzy': True}, {'cds': 'orf1a', 'ref_allele': 'TI', 'aa_pos': 1001, 'alt_allele': '', 'name': '1ab:TI1001', 'type': 'aa', 'ref_start': 3266, 'fuzzy': True}, - {'cds': 'orf1a', 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"ref_start": 10, "ref_allele": "T", "alt_allele": "A"} snp2 = {"name": "snp2", "type": "snp", "ref_start": 1, "ref_allele": "A", "alt_allele": "T"} -del1 = {"name": "del1", "type": "del", "ref_start": 15, "ref_allele": "AG", "alt_allele": "", "length": 2} +del1 = {"name": "del1", "type": "del", "ref_start": 15, "ref_allele": "AG", "alt_allele": "", "length": 2, "space": "nuc"} ins1 = {"name": "ins1", "type": "ins", "ref_start": 17, "ref_allele": "", "alt_allele": "AAC"} -del1a = {"name": "del1", "type": "del", "ref_start": 15, "ref_allele": "AAAAAG", "alt_allele": "", "length": 6} +del1a = {"name": "del1", "type": "del", "ref_start": 16, "ref_allele": "AAAAGC", "alt_allele": "", "length": 6, "space": "nuc"} ins1a = {"name": "ins1", "type": "ins", "ref_start": 21, "ref_allele": "", "alt_allele": "AAC"} +del1b = {"name": "del1", "type": "del", "ref_start": 16, "ref_allele": "KS", "alt_allele": "-", "length": 2, "space": "aa", "after":"S", 'before': '*'} + def test_load_feature_coordinates(): result = features_dict @@ -138,7 +141,7 @@ def test_variant_to_variant_record(): def test_parse_json_in(): variants_file = "%s/lineage_X.json" % data_dir - variant_list, name, rules = parse_json_in(refseq, features_dict, variants_file) + variant_list, name, rules, mrca_lineage = parse_json_in(refseq, features_dict, variants_file) assert len(variant_list) == 24 assert len([v for v in variant_list if v["type"] == "snp"]) == 6 assert len([v for v in variant_list if v["type"] == "del"]) == 3 @@ -147,6 +150,7 @@ def test_parse_json_in(): assert rules["min_alt"] == 4 assert rules["max_ref"] == 6 assert rules["s:E484K"] == "alt" + assert mrca_lineage == "B.1.1.7" def test_parse_csv_in(): @@ -180,7 +184,7 @@ def test_parse_variants_in(): results = [] for i in range(len(in_files)): - name, variant_list, rule_dict = parse_variants_in(refseq, features_dict, in_files[i]) + name, variant_list, rule_dict, mrca_lineage = parse_variants_in(refseq, features_dict, in_files[i]) assert expect_names[i] == name assert expect_rules[i] == rule_dict results.append(variant_list) @@ -188,12 +192,17 @@ def test_parse_variants_in(): def test_call_variant_from_fasta(): - variants = [aa1, aa2, snp1, del1a] + variants = [aa1, aa2, snp1, del1a, del1b] ref_string = "aaaattagctcgtaaaaaagctcgcaatag" - alt_string = "aaaatcagcacgta------ctcgcaatag" + alt_string = "aaaatcagcacgtaa------tcgcaatag" ambig_string = "nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn" - oth_string = "aaaattcgcccgta---aagctcgcaatag" + oth_string = "aaaattcgcccgtaa---agctcgcaatag" + + print(Seq(ref_string).translate()) + print(Seq(alt_string).replace("-","").translate()) + print(Seq(ambig_string).translate()) + print(Seq(oth_string).replace("-","").translate()) for var in variants: call, query_allele = call_variant_from_fasta(Seq(ref_string), var) @@ -203,7 +212,7 @@ def test_call_variant_from_fasta(): for var in variants: call, query_allele = call_variant_from_fasta(Seq(alt_string), var) assert call == "alt" - assert query_allele == var["alt_allele"] or (var["type"] == 'del' and query_allele == int(var["length"]/3)) or ("fuzzy" in var and var["fuzzy"] and query_allele != var["ref_allele"]) + assert query_allele == var["alt_allele"] or (var["type"] == 'del' and isinstance(query_allele, int)) or ("fuzzy" in var and var["fuzzy"] and query_allele != var["ref_allele"]) for var in variants: call, query_allele = call_variant_from_fasta(Seq(ambig_string), var) @@ -249,9 +258,9 @@ def test_generate_barcode(): variants = [aa1, aa2, snp1, snp2, del1a, ins1a] ref_string = "aaaattagctcgtaaaaaagctcgcaatag" - alt_string = "aaaatcagcacgta------ctcgcaatag" - alt_plus_string = "taaatcagcacgta------ctcgcaatag" - oth_string = "gaaattcgcccgta---aagctcgcaatag" + alt_string = "aaaatcagcacgtaa------tcgcaatag" + alt_plus_string = "taaatcagcacgtaa------tcgcaatag" + oth_string = "gaaattcgcccgtaa---agctcgcaatag" seqs = [Seq(ref_string), Seq(alt_string), Seq(alt_plus_string), Seq(oth_string)] expect_barcode_dash = ["-----?", "SSA-2?", "SSAT2?", "XFXXX?"]