En este laboratorio vamos a familiarizarnos con la plataforma MG-RAST para el análisis de metagenomas. Sigue las instrucciones y responde las preguntas, entre [] se indica el puntaje asignado a cada pregunta. Tus respuestas van a formar parte de la nota de laboratorio 05.
MG-RAST (metagenomics Rapid Annotation using Subsystem Technology) es una plataforma en línea de libre acceso que provee un conjunto de herramientas para el análisis y la visualización de metagenomas. También, MG-RAST funciona como base de datos donde los usuarios pueden alojar sus datos metagenómicos de manera pública o privada.
Comencemos por ir a la página donde vamos a trabajar hoy día.
- Ve a MG-RAST aquí.
- Haz clic en search.
- La página resultante muestra una tabla con funciones básicas de búsqueda y filtrado. Tómate unos minutos para explorar la tabla y darte una idea de qué tipos de muestras están disponibles para análisis.
- Ahora vamos a ubicar y examinar dos proyectos metagenoma del JVCI Global Ocean Sampling Expedition.
- Usando las casillas de búsqueda en la tabla, ubica y selecciona la muestra tomada del sitio de buceo Dirty Rock en las Islas Cocos de Costa Rica.
Responde las siguientes preguntas asociadas a la muestra:
1. ¿Cuántas secuencias fueron subidas? [1]
2. ¿Qué tipo de plataforma de secuenciamiento fue usada para producir estos datos? [2]
3. ¿Cuántas secuencias pasaron el control de calidad? ¿A qué crees que se refiere esto? [3]
4. ¿Cuántos otros metagenomas están disponibles para el bioma “marine habitat”? [1]
5. ¿Cuántas reads fueron asignadas a eucariontes según MG-RAST? [1]
6. ¿Cuál es el filo (Phylum) más abundante en la muestra? [1]
7. ¿A cuántas secuencias se les asignó una función de acuerdo a la base de datos KEGG con un e-value entre -10 y -20? [1]
8. ¿Por qué hay tan pocas secuencias con funciones asignadas según SwissProt? [2]
Dentro de la página para la muestra Dirty Rock, en la parte superior, haz clic en el ícono de gráfico de barras "analysis".
- En el menú desplegable del buscador selecciona "ID", luego escribe el ID del proyecto "mgm4441593.3" y selecciona el set de datos.
- Haz clic en el ícono
>, luego haz clic en el ícono verde y espera. - Haz clic en el ícono de grafico de barras que aparece abajo.
- En el menú desplegable "level" selecciona "phylum". La distribución de Fila (Phylum) será visible.
- En las opciones de visualización haz clic en "table" y podrás ver la tabla detallada a partir de la que se genero el gráfico de barras.
Responde las siguientes preguntas asociadas al análisis:
9. ¿Cuántas secuencias mapearon en contra de Proteobacteria?
10. ¿Cuántas secuencias de Salmonella (Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae) fueron identificadas? (Pista: level - genus)
No olvides enviar tu informe de laboratorio al correo electrónico de la profesora ayudante: [email protected]. Tienes plazo hasta las 23:59 hrs del día jueves de la semana siguiente.
También, recuerda estudiar las lecturas designadas para la próxima semana. Puedes revisarlas en "Controles de entrada y lecturas" de la página del curso, aquí.
