En este laboratorio vamos a familiarizarnos con la plataforma Phylogeny.fr para la inferencia de filogenias usando distintos métodos. Sigue las instrucciones y responde las preguntas, entre [] se indica el puntaje asignado a cada pregunta. Tus respuestas van a formar parte de la nota de laboratorio 04.
Comencemos por ir a la página donde vamos a trabajar hoy día.
- Ve a Phylogeny.fr aquí.
- Navega dentro del portal siguiendo vínculos a, por ejemplo, "Phylogeny analysis", "Online programs" y finalmente a "Documentation".
1. ¿Qué ofrece o para qué sirve el portal Phylogeny.fr? [2]
2. Nombra y explica brevemente los 3 modos en los que se puede ejecutar el pipeline de Phylogeny.fr. [2]
3. Menciona qué tipos de análsis se pueden realizar en el portal de acuerdo a la documentación. (Online Programs) [2]
En este laboratorio vamos a usar los genes SRY que colectaste algunas clases atrás en el laboratorio de alineamiento. Ve a la parte 1 del laboratorio 02 y obtén un archivo con las secuencias del mRNA del gen SRY. De todas maneras, puedes copiar las secuencias acá.
Tu misión es inferir dos filogenias. La diferencia estará en los programas que usarás a través de la pipeline de Phylogeny.fr, para el alineamiento múltiple, curación del alineamiento, construcción del árbol filogenético, y posterior visualización de éste.
- Dirígete a "Phylogeny Analysis" y selecciona el modo "A la Carte".
- Una vez en "Workflow Settings", en la casilla "Name of the analysis" escribe tu nombre completo (para que tu nombre aparezca en las capturas de pantallas de las filogenias que obtengas).
- Para tu filogenia número 1 selecciona:
ProbCons,GBlocks,MrBayes, yTreeDyn. - Para tu filogenia número 2 selecciona:
ClustalW,Remove positions with gaps,TNT, yTreeDyn.
4. Incluye en tu informe una captura de pantalla de las dos filogenias que inferiste. Recuerda que tu nombre completo debe aparecer en la imagen de cada filogenia (Name of the analysis). [2]
5. ¿A qué se refiere el paso de Alignment curation y para qué sirve? [3]
6. ¿Cuál es la diferencia entre BioNJ y Neighbor? [3]
- Corre nuevamente ambas filogenias, pero esta vez sin seleccionar Alignment curation.
7. Incluye en tu informe una captura de pantalla de las dos filogenias que inferiste (sin Alignment curation). Recuerda que tu nombre completo debe aparecer en la imagen de cada filogenia (Name of the analysis). [2]
8. ¿Cuál es el efecto de no hacer la curación del alineamiento en las filogenias? [3]
9. Describe las diferencias entre las filogenias que has estimado (4 en total): cantidad de grupos monofiléticos, relaciones que potencialmente cambiaron, etc. [5]
No olvides enviar tu informe de laboratorio al correo electrónico de la profesora ayudante: [email protected]. Tienes plazo hasta las 23:59 hrs del día jueves de la semana siguiente.
También, recuerda estudiar las lecturas designadas para la próxima semana. Puedes revisarlas en "Controles de entrada y lecturas" de la página del curso, aquí.
