A

DO

项目维护 small_rna lnc_rna 全转录组， prok 蛋白等

对照组后置

State “NEXT” from “TODO” [2022-09-29 四 18:56]

State “TODO” from [2022-01-24 一 11:16]
State “TODO” from [2022-01-24 一 11:16]

沟通ciri2软件选择下不展示circrna序列问题a

时序分析misgpro 基因少时问题解决

circrna reads数量多问题处理

梳理无参组装不做组装评估的情况会少哪些指标

State “TODO” from [2023-02-06 Mon 08:46]

单细胞拟合时序分析基因集导入开发

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-20 Mon 15:55]
State “TODO” from [2023-02-20 Mon 08:43]

核查无参orf预测的逻辑

snp 修改，真核转录组项目

State “TODO” from [2023-02-20 Mon 08:43]

线上小工具环境安装ape, disgenet错误修改

State “TODO” from “NEXT” [2023-12-01 Fri 09:12]
State “NEXT” from “TODO” [2023-12-01 Fri 09:12]

手动修改基因组染色体名称文件

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-14 Tue 10:33]
State “TODO” from [2023-02-14 Tue 10:33]

小工具基因文献查询输入文件检查

State “NEXT” from “TODO” [2023-04-06 Thu 08:42]
State “TODO” from [2023-03-10 Fri 09:09]

基因组文件修改，错误核查，seqstat 文件错误 pep文件首行为空，工作流未发起修改

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-20 Mon 15:57]
State “TODO” from [2023-02-20 Mon 15:57]

UMI数据评估

State “NEXT” from “TODO” [2023-04-17 Mon 17:22]
State “TODO” from [2023-03-10 Fri 09:10]a

原核项目跟进

State “NEXT” from “TODO” [2023-03-27 Mon 08:31]
State “TODO” from [2023-03-14 Tue 14:52]

原核项目xx修改identity

State “NEXT” from “TODO” [2023-03-27 Mon 08:30]
State “TODO” from [2023-03-14 Tue 14:52]

基因组部署gene name gene description 比例添加

State “NEXT” from “TODO” [2023-04-17 Mon 17:23]
State “TODO” from [2023-03-31 Fri 15:32]

无参转录组优化，增加临时中断和续跑功能

State “TODO” from [2023-06-07 Wed 09:52]

CANCELLED 有参转录组兼容但物种kegg注释

SCHEDULED : <2023-06-14 Wed>

State “NEXT” from “TODO” [2023-07-03 Mon 08:56]
State “TODO” from [2023-06-07 Wed 09:53]

蛋白ID确认数据来源

smallrna项目样本名称对应关系错误

State “TODO” from [2023-12-04 Mon 14:41]

table_relation核查完整性和正确性

monogo备份文件检查

医学版报告模板修改

State “NEXT” from “TODO” [2023-09-04 Mon 08:41]
State “TODO” from [2023-06-07 Wed 12:47]

cdhit 测试不同参数运行时间和效果

smallRNA靶基因预测流程优化

State “NEXT” from “TODO” [2023-07-14 Fri 15:49]
State “TODO” from [2023-06-12 Mon 09:00]

结题报告删除软件列表图片

State “TODO” from [2023-07-21 Fri 17:10]

loom文件后缀问题

State “TODO” from [2023-07-31 Mon 09:12]

msigdb 数据库版本升级

State “TODO” from [2023-07-31 Mon 09:12]

diann

State “TODO” from [2023-07-31 Mon 09:12]

smallrna 错误核查

State “TODO” from [2023-07-31 Mon 09:13]

基因组部署错误核查

State “TODO” from [2023-07-31 Mon 09:13]

蛋白项目protein name 改为protein 字段

State “TODO” from [2023-11-01 Wed 09:29]

gene_db 数据库开发

State “NEXT” from “TODO” [2022-09-29 四 19:14]
State “TODO” from “NEXT” [2022-09-29 四 19:13]
State “NEXT” from “TODO” [2022-09-29 四 19:13]
State “TODO” from [2022-09-29 四 19:13]

序列插入基因序列(全长)，转录本序列(每个外显子)，蛋白序列

gene db 如何同步mongo到elastic

gaom性能，比较慢

避免使用rpy减少python 镜像的大小

CANCELLED idmapping 数据库一键化整理

State “NEXT” from “TODO” [2022-05-05 四 09:23]

小工具 smallRNA靶基因

State “NEXT” from “TODO” [2022-02-11 五 17:47]
State “TODO” from [2022-01-24 一 11:15]

后端日志和临时文件清理

State “TODO” from [2022-01-24 一 11:18]

uniprot xml 转tab 尝试使用多线程

State “TODO” from [2023-09-14 Thu 09:32]

蛋白转录联合分析

对接，tofile 生成方式

功能注释

输入 1，分组信息 2，蛋白转录注释列表， -> 对列表做指定level 分类 3，表达信息 + 基因蛋白对应关系 -> 计算相关性 4，差异信息 -> 上下条

柱状图/堆叠图，环形饼图，堆叠图，注释关联图

注释问题，数据库版不对应处理

文件

State “TODO” from [2023-10-23 Mon 14:03]

corr category 字段改为小写富集产于is_intersection 字段 kegg_class_table1 缺少category kegg description 存储错误

关联分析pvalue如何获取

State “NEXT” from “TODO” [2023-11-27 Mon 08:46]
State “TODO” from [2023-10-23 Mon 12:42]

NAN 数据修改为None

添加kegg enrich pic表格

State “TODO” from [2023-11-28 Tue 17:45]

gsva 表格改为每一组插入一次

State “TODO” from [2023-11-28 Tue 17:46]

dia4d 医学版

工作流测试

State “NEXT” from “TODO” [2023-10-07 Sat 09:20]
State “TODO” from [2023-09-14 Thu 08:55]

接口对接

State “NEXT” from “TODO” [2023-10-16 Mon 12:53]
State “TODO” from [2023-09-14 Thu 08:55]

配置删除 packages/project_demo/interaction_rerun/interaction_delete.py

State “TODO” from [2023-09-14 Thu 08:55]

配置结题报告和图片

表格增加基因名？

图片名称geneset 改为proteinset

reactome 结果图片修改

结果目录顺序修改

State “TODO” from [2023-10-23 Mon 14:03]

mufzz查看结果, 修改eggnog的结果目录

State “TODO” from [2023-11-24 Fri 11:06]

reactome 工作流没有插入params字段

修改结果核查

State “TODO” from [2023-11-27 Mon 08:33]

注释富集工作流与接口用不同的tools?

State “TODO” from [2023-11-01 Wed 11:01]

wgcna图片优化

State “NEXT” from “TODO” [2023-11-28 Tue 17:44]
State “TODO” from “NEXT” [2023-11-27 Mon 08:35]
State “NEXT” from “TODO” [2023-11-27 Mon 08:35]

空间转录组项目

基因集打分结果目录存入问题

基因集打分对接细胞类型注释

基因集模块接口测试

State “TODO” from [2023-10-23 Mon 13:03]

cca info 如何插入merged rds 和分开的rds

关联分析spotlite开发

State “TODO” from [2023-10-31 Tue 14:00]

关联分析RTCD开发

State “TODO” from [2023-10-31 Tue 14:00]

高级分析开发文档

State “TODO” from [2023-11-27 Mon 08:34]

对照组标准化

整理需要修改的文件

State “TODO” from [2022-05-09 一 08:34]

有参无参项目修改

State “TODO” from [2022-05-09 一 08:35]

原核项目修改

State “TODO” from [2022-05-09 一 08:35]

蛋白，非编码项目修改

State “TODO” from [2022-05-09 一 08:35]

效率提高

org mode 自动提取om 日志

脚本更新数据库

State “TODO” from [2023-07-28 Fri 13:31]

功能更新整个表(备份文件，由文件插入)

更新单个字段（查询字段，备份旧文件内容，插入(excel 插入/ 备份的文件插入)）

software_database version 问题, 是否所有的都插入，只插入OA 更新详情表（查询，备份，插入）

同步操作到其它数据库（更新整个操作？单个字段）

不同服务器间，与本地文件同步流程

State “TODO” from [2023-07-28 Fri 13:53]

vue gaom研究

State “NEXT” from “TODO” [2022-01-04 二 09:48]

语法错误导致build后找不到package

State “TODO” from [2021-12-27 一 08:28]

双链笔记使用研究

s3 查看下载命令行

维护项目如何让线下及时查看到线上文件a

twistd 启动web 服务和 ftp服务OA mnt/lustre/users/sanger-dev/sg-users/liubinxu/soft/miniconda3/bin/twistd web –path . mnt/lustre/users/sanger-dev/sg-users/liubinxu/soft/miniconda3/bin/twistd ftp -r . -p 34568 /mnt/lustre/users/sanger-dev/sg-users/liubinxu/soft/miniconda3/bin/twistd web –port=”tcp:port=7077” –path .

对接无参组装优化

运行速度慢的问题核查， hisat问题

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-20 Mon 15:54]
State “TODO” from [2023-02-20 Mon 08:44]

Dia4d v1.1项目

项目重新对接，页面参数修改

State “NEXT” from “TODO” [2023-03-06 Mon 12:51]
State “TODO” from [2023-02-21 Tue 09:06]

注释添加entrez_id

State “NEXT” from “TODO” [2023-04-07 Fri 13:27]

/mnt/lustre/sanger-dev_workspaceDia4D/20230227/Dia4D_q5qj_3bbl0lu6vcqpbpgk8d1jm2

State “TODO” from [2023-03-01 Wed 15:00]

smallrna 项目升级靶基因相关数据库研究

靶基因相关优化研究

State “TODO” from [2023-04-21 Fri 14:43]

其它

培训

State “NEXT” from “TODO” [2022-09-29 四 19:15]
State “TODO” from “NEXT” [2022-04-26 二 08:10]
State “NEXT” from “TODO” [2022-04-26 二 08:10]
State “TODO” from “NEXT” [2022-04-26 二 08:10]
State “NEXT” from “TODO” [2022-04-26 二 08:10]
State “TODO” from [2022-04-26 二 08:10]
State “TODO” from [2022-04-26 二 08:10]

build body

[#B] jianshng

A

State “NEXT” from “TODO” [2023-01-29 日 19:12]
State “TODO” from [2023-01-29 日 19:12]
State “NEXT” from “TODO” [2022-05-09 一 08:39]

bab make

沟通登记父母沟通

软件著作

State “TODO” from [2023-06-27 Tue 08:24]

流程部署

State “TODO” from [2022-04-02 六 08:33]

数据库复制

注释数据库复制

流程修改

run.py 单独运行tool, module, workflow

State “TODO” from [2022-04-02 六 08:35]

module单机运行

on onrely 单机实现

医学版测试

State “NEXT” from “TODO” [2022-09-29 四 19:15]
State “TODO” from [2022-09-29 四 19:15]

软件复制

作图流程

网页版报告 vue制作

单细胞转录组

拟时序分析

State “NEXT” from “TODO” [2022-09-29 四 19:02]
State “TODO” from [2022-09-29 四 19:02]

流程学习

State “TODO” from [2022-04-02 六 08:42

图片修改

monocle对接

pre表格缺少字段

State “NEXT” from “TODO” [2023-03-06 Mon 12:37]
State “TODO” from [2023-03-02 Thu 18:14]

指定分支end节点是否可以为空

State “NEXT” from “TODO” [2023-03-06 Mon 12:37]
State “TODO” from [2023-03-02 Thu 18:14]

生成结果目录文件对接, 结果目录按照要求修改

State “TODO” from “NEXT” [2023-05-29 Mon 08:25]
State “NEXT” from “TODO” [2023-05-29 Mon 08:25]
State “TODO” from [2023-03-03 Fri 16:53]

文档增加接口参数

State “NEXT” from “TODO” [2023-04-06 Thu 08:41]
State “TODO” from [2023-03-14 Tue 14:53]

增加指定基因图形

State “NEXT” from “TODO” [2023-05-17 Wed 16:30]
State “TODO” from [2023-04-13 Thu 08:35]

单细胞免疫组库开发

注释模块，细胞集模块迁移测试

State “TODO” from [2023-04-11 Tue 08:23]

拟时序分析，细胞集打分模块

State “NEXT” from “TODO” [2023-05-29 Mon 08:23]
State “TODO” from [2023-04-11 Tue 08:23]

单细胞空间转录组

dia数据库升级，转录因子移植到其它蛋白产品

dia医学版产品，数据库升级，结题报告制作

reactome 数据库， do, disgenet数据库升级

State “TODO” from [2023-09-04 Mon 08:45]

工作流结果目录与结题报告

State “TODO” from [2023-09-04 Mon 08:45]

转录蛋白联合分析

module:W 基因集分析打包

State “NEXT” from “TODO” [2023-11-27 Mon 08:38]
State “TODO” from [2023-09-05 Tue 08:30]

go kegg 分类富集分析运行

State “NEXT” from “TODO” [2023-11-01 Wed 09:32]
State “TODO” from [2023-09-04 Mon 08:46]

开发文档编写

State “TODO” from [2023-09-04 Mon 08:46]

静态网页版结题报告生成

文档重新整理

State “TODO” from [2023-03-03 Fri 16:55]

新版插件图片生成测试

工作流新插件生成

交互分析新插件图片生成*

网页版报告生成

网页报告vue模版，生成测试

有参网页报告生成

1 缺少图形

基因集kegg注释, kegg富集三张图，注释统计venn图，相关性分析热图

snp 位置分类饼图颜色不一致

2 网页版报告问题

2.1 项目信息页面是否需要简化

2.2 来自文档的文本样式

2.3 段间距

2.4 图片切换展示切换类型样本名称，分组名称，比较组等

2.5 表格样式是否取消自动排序功能

2.6 图片生成后要不要再截取一下下边距

2.7 聚类分析没有结果 table_5719 表格数据没有插入待核查，子聚类需要统计文件外面的数据

2.8 功能注释分析没有结果 iter keys 多“s”

2.9 富集弦图，有向无环图没有结果，第三层level自动过滤

2.10 SNP不通风区域分布统计表没有饼图

2.11 SNP 类型统计柱状图缺失

2.12 可变剪切统计错误

2.13 素材图片移动到单独的目录

2.15 pca表格错误

2.16 测试新结果图片 kegg注释分类图片缺失OB

样本排序混乱问题

部分表格使用全部的表格不做截取

客户信息改为report.js文件中获取

kegg 注释几个字去掉

动态monogo 获取软件列表问题

交互和工作流添加生成报告上传步骤

表达量矩阵过长 gene name description rename，差异详情表。统计表

pca 图不存在差异统计图没有，基因集分析venn图没有，可变剪切事件统计图没有

项目测试

散点图没有颜色聚类热图，转录本长度分布不存在 /mnt/lustre/sanger-dev_workspaceRefRnaV2/20230202/Refrna_ao2i_vebk756r3omjlpv2q0lfh3

State “TODO” from [2023-02-06 Mon 16:59]

图片替换为线上新版图片

vue warning 问题解决

表格增加搜索

css更改到一个文件里简化

各个配置文件拆分出来

增加导出csv 剪切板数据，打印数据(打印暂时无法添加)

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-13 Mon 08:41]
State “TODO” from [2023-02-08 Wed 08:55]

散点图标题未改

State “TODO” from [2023-02-14 Tue 08:35]

图片搜索功能w

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-14 Tue 08:35]
State “TODO” from [2023-02-14 Tue 08:35]

图表编号

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-14 Tue 08:35]
State “TODO” from [2023-02-14 Tue 08:35]

文档结构树 https://zdy1988.github.io/vue-jstree/ 实现标签修改非目录结构, 根据结果目录联动

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-21 Tue 09:04]
State “TODO” from [2023-02-14 Tue 08:29]

项目信息

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-21 Tue 09:04]
State “TODO” from [2023-02-15 Wed 08:37]

接口对接，测试

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-21 Tue 09:04]
State “TODO” from [2023-02-15 Wed 08:37]

结果目录兼容单样本缺失文件

vue-good-table 在单v-if 插入参数没有效果

模版使用配置说明

接口更新数据库，删除旧的OA

结果目录修改取消压缩，添加子文件上传展示

State “TODO” from [2023-02-20 Mon 17:50]

医学版测试

kegg 图形选择updown 普通图形字体错误 MA 图片改为新版本插件

自动生成每个项目配置js文件

State “TODO” from [2023-03-03 Fri 16:54]

结果目录更新版本如何兼容

State “TODO” from [2023-05-29 Mon 08:31]

医学版报告修改

增加速览页面

缺少可变剪切模块

差异分析图片错误

使用最新版文字说明

差异分析表格表头和富集分析一致

reactome 的柱状图还是无法展示

State “NEXT” from “TODO” [2023-04-19 Wed 08:34]
State “TODO” from [2023-03-10 Fri 12:36]

页面图筛选框样式修改

增加封面内容

无参报告修改

图片问题处理

报告问题

转录组长度分布图图片找不到

GO注释统计柱状图结果为空白历史项目OA

无参报告工作流测试问题

生信分析流程不展示 +

分析软件信息不全 +

注释统计表首行换行错误

pfam eggnog GO , kegg注释信息表修改列名 +

表达量矩阵删除注释信息

基因集kegg分类统计没有托片

富集分析气泡图和页面展示一致？

SNP分析没有图片

SSR 分析图片错误 ==

转录因子分析有没有

结果文件查看说明分开 ==

没有目录结构？ ==

样本顺序可以调整？

长度分布图没有？==

功能注释结果柱状图纵走标签，数量没有 =

venn图圆圈顺序 =

nr 饼图括号百分比 ==

pfam注释柱状图不展示 ==

kegg 统计是条形图不是柱状图， title不同 ==

go 统计展示数据量，不是标签 ==

转录因子家族统计，cds长度统计图使用单一颜色 ==

表达量分布模块没有 ==

样本间相关分子展示数字

表达量差异统计图，散点图，火山图没有存入 =

基因集分析 venn 没有 ==

基因集分析热图错误 ==

基因集分析三大类 MF BP CC 顺序不固定 –

气泡图纵轴没有标签， y轴tittle错误 ==

差异基因集venn图为空

GO饼图多出数据

无参气泡图名称修改，和页面不一致问题修改

State “NEXT” from “TODO” [2023-04-28 Fri 09:39]
State “TODO” from [2023-04-26 Wed 08:26]

有参差异分析串行变并行a

串行变为并行运行

State “NEXT” from “TODO” [2023-04-17 Mon 17:24]
State “TODO” from [2023-04-11 Tue 08:23]

测试

State “NEXT” from “TODO” [2023-05-29 Mon 08:31]
State “TODO” from [2023-04-17 Mon 17:24]

数据库迁移至动态库

CANCELLED 参数配置问题，命令行是否和python不一致

State “NEXT” from “TODO” [2023-04-06 Thu 08:42]
State “TODO” from [2023-03-01 Wed 14:52]

添加删除逻辑，记录删除的字段

State “TODO” from [2023-05-29 Mon 08:27]

测试数据完整性

State “TODO” from [2023-05-29 Mon 08:28]

量化投资学习

理论学习

深度学习

gnn+lstm原理和结果解读学习

回归问题学习

bert相关研究 finbert测试

transform研究

实战

数据跟踪

State “DONE” from “NEXT” [2023-02-21 Tue 09:04]
State “NEXT” from “TODO” [2023-02-21 Tue 09:04]

北向资金分时数据汇率数据非农就业数据 cpi 通达信数据完善，自动获取流程

State “NEXT” from “TODO” [2023-01-29 日 19:19]

bert finbert 研究测试股吧相关数据效果

torch model 保存

State “TODO” from [2023-01-29 日 19:31]

分时数据交易策略研究，写代码测试

State “NEXT” from “TODO” [2023-02-06 Mon 08:56]

一定时间段内统计成交量分布均值方差变化作为指标

量价关系

特征工程

频域数据，谱域数据

上涨时间相关性分析

市场流动性策略 liquidity

kdj type3 类型的买点和成交量关系深入研究，目前有较为强的负相关关系，需要确定，

在stock 中是否有时间平移稳定性？不同的时间点这种关系是否持续？

形态学如何聚类，考虑每一段趋势的长度与否

止损应该如何设置，剧烈下降时是否需要避免

顺大势：趋势怎么确立，均线，形态，增加底部反转，顶部反转确立，顶部是否有成交量的判

断标准逆小势: kdj type3 入场位点，订单流 OB区域，结合行为通道突破区域，有没有成交量的辅助

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