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<title>Reproducibilidad en Ciencia</title>
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<hgroup class="auto-fadein">
<h1>Reproducibilidad en Ciencia</h1>
<h2>Ecoinformática. Curso 2014-2015</h2>
<p>Antonio J. Pérez-Luque<br/></p>
</hgroup>
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<p><code>(RAE)</code>
<q><strong>Ciencia</strong>: Conjunto de conocimientos obtenidos mediante la observación y el razonamiento, sistemáticamente estructurados y de los que se deducen principios y leyes generales</q></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
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<slide class="smaller quote" id="slide-3" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><q>La ciencia es el conocimiento obtenido mediante la observación de patrones regulares, de razonamientos y de experimentación en ámbitos específicos, a partir de los cuales se generan preguntas, se construyen hipótesis, se deducen principios y se elaboran leyes generales y sistemas organizados por medio de un <strong>método científico</strong></q></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
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<p><img src="images/metodo_cientifico_bebe_en.jpg" alt="metodo"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
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<hgroup>
<h1>Crisis de Reproducibilidad</h1>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><img src="images/the_economist.jpg" alt="fraude ciencia"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-6" style="background:;">
<hgroup>
<h1>Fraude científico</h1>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><br></p>
<div style='float:left;width:48%;' class='centered'>
<p align="center"><img src="images/koreano_science.png" height="374" width="469"></p>
</div>
<div style='float:right;width:48%;'>
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<!-- Presenter Notes -->
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<hgroup>
<h1>Retracción</h1>
</hgroup>
<article data-timings="">
<div style='float:left;width:48%;' class='centered'>
<p><br></p>
<p align="center"><img src="images/koreano_science_ret.png" height="450" width="400"></p>
</div>
<div style='float:right;width:48%;'>
<p align="center"><img src="images/lemus.png" height="600" width="400"></p>
</div>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="quote smaller" id="slide-8" style="background:;">
<article data-timings="">
<p align="center"><img src="images/metadata_michener.png" height="500" width="742"></p>
<ul class = "build incremental">
<li>La investigación no son sólo los resultados que se publican, sino que es el conjunto de programas, código, y datos utilizados para producir los resultados (Gandrud 2014)</li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-9" style="background:;">
<hgroup>
<h1>Meta-analysis on the effects of temperature on plant phenology</h1>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><img src="images/request_opendata.png" alt="opendatarequest"></p>
<p><a href="https://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2486.2012.02693.x">Wolkovich et al. 2012</a></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="quote" id="slide-10" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><br>
<br>
<br>
<q align=right>¿Qué entendemos por <br><strong>Reproducible Science</strong>? </q></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="quote" id="slide-11" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><br>
<br>
<q> Research results are <strong>replicable</strong> if there is sufficient information available for independent researchers to make the same findings using the same procedures </q> </p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="smaller" id="slide-12" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><br>
<br>
<br>
<img src="images/repro_spectrum.jpg" alt="repro_spectrum"> </p>
<p><a href="https://dx.doi.org/10.1126/science.1213847">Peng 2011</a></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="quote" id="slide-13" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><br>
<br>
<br>
<q align=right>¿Porqué ha de ser <br><strong>reproducible</strong><br> la investigación? </q></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-14" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Por la <em>ciencia</em></h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li><strong>Estándar</strong>
<ul>
<li>Los resultados de una investigación no pueden considerarse "contribuciones genuinas" al conocimiento humano hasta que no sean verificadas (<a href="http://dx.doi.org/10.1109/MCSE.2009.19">Stodden 2009</a>).</li>
<li>Demarcación entre ciencia y no-ciencia</li>
</ul></li>
</ul>
<p><img src="images/ciencia_magos.jpg" alt="repro_spectrum"> </p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-15" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Por la <em>ciencia</em></h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li><strong>Evitar duplicación de esfuerzos</strong>
<ul>
<li>Disminuir la cantidad de tiempo empleado para colectar datos, manipular datos, etc.</li>
<li>Ayuda a avanzar en la generación de nuevo conocimiento (<a href="https://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2486.2012.02693.x">Wolkovich et al. 2012</a>)</li>
</ul></li>
</ul>
<p align="center"><img src="images/opendata.png" height="400" width="400"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-16" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Por los <em>investigadores</em> (por ti)</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul class = "build incremental">
<li><strong>Mejorar Habitos de trabajo</strong>
<ul>
<li>Aumentar la facilidad para detectar errores (documentar código)</li>
<li>Accesibilidad de los pasos llevados a cabo (re-usabilidad)</li>
<li>Efectividad (evitar duplicidad de esfuerzo)</li>
</ul></li>
<li><p><strong>Mejorar Trabajo en equipo</strong></p>
<ul>
<li>Implementar la reproducibilidad de un proyecto facilita a tus colaboradores (presentes o futuros) ejecutar parte del mismo</li>
</ul></li>
<li><p><strong>Facilitar los cambios</strong></p>
<ul>
<li>Reproducir tus resultados en el futuro próximo (re-análisis, cambios en figuras, etc.)</li>
</ul></li>
<li><p><strong>Mayor impacto de nuesta investigación</strong></p>
<ul>
<li>La investigación que es reproducible contiene mas información (código, acceso a los datos, etc) y por tanto, mas razones para ser usada (y citada, i.e. <a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0000308">Piwowar et al. 2007</a>)</li>
</ul></li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="smaller" id="slide-17" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><strong>Aplicar técnicas de reproducibilidad (o al menos los principios) puede hacer que tu investigación sea mas efectiva y mas fácil</strong>
<br>
<br></p>
<p><img src="images/metodo_geek.png" alt="metodo_geek"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="quote" id="slide-18" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><br>
<br>
<br>
<q align=right>¿Cómo hacer que nuestra investigación <br> sea mas <strong>reproducible</strong>? </q></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-19" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Flujo de Trabajo Científico</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<h1>The old-(<em>traditional</em>) way</h1>
<p><img src="images/workflow_cycle/workflow.png" alt="metodo"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-20" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Comunicamos los resultados</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul class = "build incremental">
<li>¿Qué análisis has llevado a cabo para generar una figura? ¿Cómo has llevado a cabo el análisis de las medias? ¿Has tenido en cuenta la correlación entre las variables? ... </li>
</ul>
<p><br> </p>
<ul class = "build incremental">
<li>¿Qué datos has utilizado? ¿Has llevado a cabo un filtro previo de los datos? ¿de qué tipo? ¿Has utilizado valores brutos o valores agregados? ...</li>
</ul>
<p><br> </p>
<ul class = "build incremental">
<li>¿Has probado a llevar a cabo el análisis utilizando la media armónica en vez de la media aritmética? ¿Qué resultados obtendríamos si agregamos los valores por meses en vez de por estaciones? ... </li>
</ul>
<p><br> </p>
<ul class = "build incremental">
<li>¿Podrías incluir en la figura además unas barras de error? ¿Podrías incluir en la tabla los I.C. al 99% en vez de al 95%? </li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="quote" id="slide-21" style="background:;">
<article data-timings="">
<p>Este flujo de trabajo está <strong>roto</strong> </p>
<p><br></p>
<p align="center"><img src="images/workflow_cycle/workflow_roto.png" height="500" width="900"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="quote" id="slide-22" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Consejos prácticos</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><br>
<strong>1. Document everything!<br><br></strong>
<strong>2. Everything is a (text) file<br><br></strong>
<strong>3. All files should be human readable<br><br></strong>
<strong>4. Explicity tie your files together<br><br></strong>
<strong>5. Have a plan to organize, store, and make our files available</strong></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-23" style="background:;">
<hgroup>
<h2>The big picture</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><img src="images/big_picture.png" alt="big_picture"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-24" style="background:;">
<hgroup>
<h3>Algunas reglas sencillas (<a href="https://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003285">Sandve et al. 2013</a>)</h3>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><strong><code>Rule 1.</code></strong> <strong>For every result, keep track of how it was produced</strong> </p>
<ul>
<li>Si un resultado puede ser de potencial interés, mantén un registro de como se ha producido. </li>
<li><code>Mínimo</code>: registrar detalles suficientes sobre los programas, parámetros y procedimientos manuales para ser capaz (al menos tú) de reproducir el resultado cuando pase un tiempo</li>
</ul>
<p><strong><code>Rule 2.</code></strong> <strong>Avoid manual data manipulation steps</strong> </p>
<ul>
<li>Los procedimientos manuales son <strong>ineficientes</strong>, propensos a los <strong>errores</strong> y difíciles (sino imposibles) de reproducir. </li>
<li>Sustituir modificación manual de archivos por uso de comandos o pequeños scripts (mejor comprensión + track errores + fácilmente reproducibles (1-click))</li>
<li><code>Mínimo</code>: Si la utilización de operaciones manuales no pueden evitarse en tu análisis, anota al menos los archivos que son modificados o movidos y para que propósito</li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="codefont centrepre bigger" id="slide-25" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><strong><code>Rule 3.</code></strong> <strong>Archive the exact versions of all external programs used</strong> </p>
<ul>
<li>Programas y versiones </li>
<li><code>Mínimo</code>: Anotar nombres y versiones de los programas utilizados (metadatos) </li>
</ul>
<pre><code class="r">sessionInfo()
</code></pre>
<p align="center"><img src="images/sessionInfo.png" height="150" width="400"></p>
<pre><code class="r">sink("sessionInfo.txt")
sessionInfo()
sink()
</code></pre>
<p><br>
<a href="http://rstudio.github.io/packrat/">packrat: A Dependency Management System for Projects and their R Package
Dependencies</a></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="codefont centrepre bigger" id="slide-26" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><strong><code>Rule 4.</code></strong> <strong>Version Control all custom scripts</strong> </p>
<ul>
<li>Registrar los cambios realizados en los scripts que utilizamos </li>
<li><code>Mínimo</code>: Archivar copias de los scripts cada vez que hagamos cambios en ellos, para mantener un registro exahustivo de los cambios que hemos realizado en ellos. </li>
</ul>
<p><strong><code>Rule 5.</code></strong> <strong>Record all intermediate results, when possible in standardized formats</strong></p>
<ul>
<li>Tener acceso a resultados intermedios es de gran valor:
<ul>
<li>Un vistazo rápido de resultados intermedios puede servirnos para revelar discrepancias, falsas asunciones, etc. que no podemos ver en los resultados finales. </li>
<li>Parámetros arbitrarios en pasos intermedios</li>
<li><code>Mínimo</code>: Guardar archivos y resultados intermedios (siempre que el espacio no nos limite)</li>
</ul></li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="codefont bigger centrepre" id="slide-27" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><strong><code>Rule 6.</code></strong> <strong>For analysis that include randomness, note underlying random seeds</strong></p>
<ul>
<li>No reproducible. </li>
</ul>
<pre><code class="r"># Crea un conjunto de datos
x <- seq(0,30, by=0.5)
head(x)
</code></pre>
<pre><code>## [1] 0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5
</code></pre>
<pre><code class="r"># Toma una muestra de 5 individuos
sample(x, 5)
</code></pre>
<pre><code>## [1] 16.0 0.0 7.0 9.5 4.0
</code></pre>
<pre><code class="r">sample(x, 5)
</code></pre>
<pre><code>## [1] 22.5 25.5 6.5 18.0 19.0
</code></pre>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="codefont bigger centrepre" id="slide-28" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><strong><code>Rule 6.</code></strong> <strong>For analysis that include randomness, note underlying random seeds</strong></p>
<ul>
<li>Reproducible. </li>
</ul>
<pre><code class="r">set.seed(1)
sample(x, 5)
</code></pre>
<pre><code>## [1] 8.0 11.0 16.5 26.0 5.5
</code></pre>
<pre><code class="r"># Repite la operaci?n
set.seed(1)
sample(x, 5)
</code></pre>
<pre><code>## [1] 8.0 11.0 16.5 26.0 5.5
</code></pre>
<ul>
<li>Semilla inicial en aleatoridad (re-sampling, bootsprating, Monte-Carlo, etc)</li>
<li><code>Mínimo</code>: Anotar los pasos del análisis que implican aleatoridad (saber donde encontraremos discrepancias)</li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-29" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><strong><code>Rule 7.</code></strong> <strong>Always store raw dat behind plots</strong> </p>
<ul>
<li>Capacidad de regenerar figuras de forma sencilla</li>
</ul>
<p><img src="images/uso.jpg" alt="usos"></p>
<ul>
<li>Realizar gráficos en R (script), nos permite regenerarlos en 1 solo paso</li>
<li><code>Mínimo</code>: Anotar que datos forman parte de la base de una figura y como podemos generar esos datos. </li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-30" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Algunos recursos</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li><p><a href="http://ropensci.github.io/reproducibility-guide/contributors/">Reproducibility Guide (ROpenSci and others contributors)</a></p></li>
<li><p><a href="http://kbroman.org/steps2rr/">Initial steps toward reproducible research (Karl Broman)</a></p></li>
</ul>
<p align="center"><img src="images/reproducible_plan.png" height="410" width="522"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="quote" id="slide-31" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><br>
<br>
<br>
<q align=right>¿Cómo generar informes <br><strong>reproducibles</strong>? </q></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="codefont centrepre bigger quote" id="slide-32" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Markdown</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li>Es un lenguaje de marcas sencillo con una sintáxis de texto plano </li>
<li>Permite agregar formatos a textos de una forma sencilla </li>
<li class='md</li>'><li>Tutoriales:
<ul>
<li><a href="http://markdowntutorial.com/">Markdowntutorial</a></li>
</ul></li>
</ul>
<h2>R + Markdown = Rmarkdown</h2>
<ul>
<li>Permite reproducibilidad total</li>
<li>Dinámico (1 click)</li>
<li>Permite generar informes, documentos, presentaciones, etc. <a href="https://github.com/karthik/markdown_science">ejemplo artículo</a></li>
<li>Tutoriales
<ul>
<li><a href="http://rmarkdown.rstudio.com/">R Markdown — Dynamic Documents for R</a></li>
<li><a href="http://pakillo.github.io/Rmarkdown_tutorial/">Reproducible Research with Rmarkdown</a> </li>
<li><a href="http://www.crcpress.com/product/isbn/9781466572843">Reproducible Research with R and RStudio</a> </li>
</ul></li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-33" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Ejemplos</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p align="center"><img src="images/rmarkdown_rstudio.png" height="273" width="489"></p>
<ul>
<li><a href="https://github.com/macroecology/Drought_CA/blob/master/pdsi/averagePdsi/average_pdsi_year.md">Evaluación de la sequía en los últimos 110 años en California</a></li>
<li><a href="https://github.com/ajpelu/ajpeluR/blob/master/prueba/trend_past_climate.md">Análisis de variables climáticas en el periodo 1960-2010 en Sierra Nevada</a></li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="quote" id="slide-34" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><br>
<br>
<br>
<q align=right>¿Cómo gestionamos las <br><strong>versiones</strong>? </q></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-35" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><img src="images/final_doc.png" alt="final_doc">
<br>
<a href="http://phdcomics.com/">phdcomic</a></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-36" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><img src="images/astorytold.png" alt="final_doc">
<br>
<a href="http://phdcomics.com/">phdcomic</a></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-37" style="background:;">
<hgroup>
<h2>¿Qué es el control de versiones?</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p>El <strong>control de versiones</strong> es un sistema que registra los cambios realizados sobre un archivo o conjunto de archivos a lo largo del tiempo, de modo que podamos recuperar versiones específicas más adelante</p>
<ul>
<li>Se puede utilizar sobre cualquier archivo. </li>
<li>Permite:
<ul>
<li>Revertir archivos (proyecto) a un estado anterior</li>
<li>Comparar cambios a lo largo del tiempo</li>
</ul></li>
<li>Facilita la identificación de errores </li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-38" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Lenguajes para el control de versiones</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p><br>
<br></p>
<p align="center"><img src="images/git_logo.png" height="251" width="600"></p>
<p><br><br>
<a href="http://git-scm.com/book/en/v2">ProGit book</a> </p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-39" style="background:;">
<hgroup>
<h2>GitHub</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<div style='float:left;width:48%;' class='centered'>
<ul>
<li>Un website donde alojar repositorios </li>
<li>Interfaz para explorar repositorios</li>
<li>Permite colaborar de una forma más eficaz (programadores):
<ul>
<li>Compartir repositorio</li>
<li>Ver cambios</li>
<li>Corregir errores </li>
<li>Discutir y Revisar cambios</li>
</ul></li>
</ul>
</div>
<div style='float:right;width:48%;'>
<p align="center"><img src="images/github_logo.png" height="300" width="400"></p>
<p><br>
<a href="https://github.com/">https://github.com/</a></p>
</div>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-40" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><img src="images/github_view.png" alt="github view"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-41" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><img src="images/github_commit_log.png" alt="github log"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-42" style="background:;">
<article data-timings="">
<p><img src="images/github_example.png" alt="github example"></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-43" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Un sencillo tutorial sobre Git</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p>Recursos:</p>
<ul>
<li><a href="https://try.github.io/levels/1/challenges/1">Interactive Tutorial Git (CodeSchool)</a></li>
<li><a href="http://rogerdudler.github.io/git-guide/index.es.html">Git - the simple guide (Roger Dudler)</a></li>
<li><a href="http://r-pkgs.had.co.nz/git.html">Git and GitHub (Hadley Wickham)</a></li>
<li><a href="https://www.biostat.wisc.edu/%7Ekbroman/talks/GitPrimer.pdf">A brief introduction to git & GitHub (Karl Broman & Samuel G. Younkin)</a></li>
<li><a href="http://jonlefcheck.net/2013/11/04/a-basic-tutorial-to-version-control-using-git/">A basic tutorial to version control using git (Jon Lefcheck)</a></li>
<li><a href="http://kbroman.org/github_tutorial/">Git/Github guide a minimal tutorial (Karl Broman)</a></li>
<li><a href="https://www.atlassian.com/git/tutorials/setting-up-a-repository">Getting Git Right (Atlassian)</a> </li>
<li><a href="https://gist.github.com/Pakillo/63c15c700c9c76fe8032">Recopilación de tutoriales (F. Rodríguez-Sánchez)</a></li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="codefont centrepre bigger quote" id="slide-44" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Crear un repositorio nuevo</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li>Crea un directorio nuevo y ábrelo</li>
</ul>
<pre><code>mkdir <nombre_directorio>
</code></pre>
<pre><code>mkdir datos
cd datos
</code></pre>
<ul>
<li>Para <strong>iniciar un repositorio</strong> utilizamos el comando</li>
</ul>
<pre><code>git init
</code></pre>
<p><br>
<br></p>
<p><a href="http://overapi.com/linux/">Ayuda sobre comandos</a></p>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="codefont centrepre bigger quote" id="slide-45" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Añadir cambios</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li>Inspeccionar el directorio</li>
</ul>
<pre><code>ls -a
</code></pre>
<pre><code class="r">. .. .git
</code></pre>
<ul>
<li>Añadir cambios </li>
</ul>
<pre><code>git add <nombre_archivo>
</code></pre>
<pre><code>git add misdatos.md
</code></pre>
<ul>
<li>Si quiero añadir todos los archivos </li>
</ul>
<pre><code>git add .
</code></pre>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="codefont bigger" id="slide-46" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Registrar cambios</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<pre><code>git commit -m "Commit message""
</code></pre>
<pre><code>git commit -m "Escribo mis datos personales en archivo"
</code></pre>
<pre><code class="r">[master (root-commit) 71fe224] Escribo mis datos personales en archivo
1 file changed, 2 insertions(+)
create mode 100644 misdatos.md
</code></pre>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-47" style="background:url(images/esquema_git.png);">
<article data-timings="">
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="minicodefont bigger" id="slide-48" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Enviar cambios</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<p>Nuestros cambios están en el <strong><code>HEAD</code></strong> (copia local)</p>
<ul>
<li>Queremos <strong><code>enviar</code></strong> los cambios a un repositorio remoto:
<ul>
<li>Conectar con un repositorio remoto (¡ojo necesitamos crear uno o clonarlo!)</li>
</ul></li>
</ul>
<pre><code>git remote add origin <server>
</code></pre>
<pre><code>git remote add origin https://github.com/ajpelu/ecoinformatica_2014_2015_ajpelu.git
</code></pre>
<ul>
<li>Para enviar cambios (una vez conectados) a un repositorio remoto </li>
</ul>
<pre><code>git push origin master
</code></pre>
<ul>
<li>Nos pedirá usuario y contraseña. </li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-49" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Reto 4_1</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li><p>Crear una cuenta en <a href="https://github.com">github</a> </p></li>
<li><p>Crear un repositorio llamado <strong><code>ecoinfo_2014_2015_reto_4_1</code></strong> </p></li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="codefont bigger quote" id="slide-50" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Clonar un directorio</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li>Importante para reproducibilidad</li>
<li>Colaboración </li>
<li>Repositorio remoto (<code>GitHub</code>)</li>
</ul>
<p>comando: </p>
<pre><code>git clone username@host:/path/to/repository
</code></pre>
<p><br>
ejemplo:</p>
<pre><code>git clone [email protected]:iecolab/ecoinformatica_2014_2015_ajpelu.git
</code></pre>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="codefont centrepre bigger quote" id="slide-51" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Actualizar, fusionar</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li>Si queremos actualizar un repositorio local al último cambio </li>
</ul>
<pre><code>git pull
</code></pre>
<pre><code>git pull origin master
</code></pre>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-52" style="background:;">
<hgroup>
<h2>Reto 4_2</h2>
</hgroup>
<article data-timings="">
<ul>
<li><p>Clonar el repositorio <a href="https://github.com/iEcolab/ecoinformatica_2014_2015">GitHub</a> de la asignatura </p></li>
<li><p>Subir todos tus retos del resto de la asignatura a su carpeta correspondiente</p></li>
</ul>
</article>
<!-- Presenter Notes -->
</slide>
<slide class="" id="slide-53" style="background:;">