diff --git "a/2023/08/02/GSEA\347\232\204\345\256\236\347\216\260/index.html" "b/2023/08/02/GSEA\347\232\204\345\256\236\347\216\260/index.html" index 37001e4..2675935 100644 --- "a/2023/08/02/GSEA\347\232\204\345\256\236\347\216\260/index.html" +++ "b/2023/08/02/GSEA\347\232\204\345\256\236\347\216\260/index.html" @@ -1,9 +1,9 @@ -first try | first blog +first try | first blog - + @@ -15,7 +15,7 @@

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GESA 脚本

GSEA分析（具体参数参考：https://mp.weixin.qq.com/s/p-n5jq5Rx2TqDBStS2nzoQ）

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IN_xml, OUT_csv = sys.argv[1],sys.argv[2]
a=sys.argv[0]

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传参sys1

import sys
IN_xml, OUT_csv = sys.argv[1],sys.argv[2]
a=sys.argv[0]

传参2 ## argparse

ArgumentParser.add_argument([][],[],[])

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-  type - 参数类型，如int,str。
-  choices - 用来选择输入参数的范围。例如choice = [1, 5, 10], 表示输入参数只能为1,5 或10。
-  default - （不指定参数时的默认值）
- action - 命令行遇到参数时的动作，默认值是 store，store_const，表示赋值为const。【action='store_true'，指触发action时为真，不触发为假；也就是说，只要运行时该变量有传参就将该变量设为True】

- nargs - 应该读取的命令行参数个数，可以是具体的数字，或者是?号，当不指定值时对于 Positional argument 使用 default，对于 Optional argument 使用 const；
nargs=’*’ 　　　表示参数可设置零个或多个
nargs=’ ‘+’ 　　表示参数可设置一个或多个
nargs=’?’　　　表示参数可设置零个或一个..
- nargs=2 参数个数

  required-可选参数是否可以省略 (仅针对可选参数)。
- metavar-在 usage 说明中的参数名称，对于必选参数默认就是参数名称，对于可选参数默认是全大写的参数名称。
- dest - 用来指定参数的位置。
@@ -176,4 +176,4 @@

示

示例3多级分类

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    parser=argparse.ArgumentParser(description="")
    subparser=parser.add_subparsers()
    one=subparser.add_parser('ONE') #添加大类
    one.add_argument('--list') #添加大类中的小类
    one.set_defaults(func=one_lncRNA)
    args=parser.parser_args() #解析
    args.fun(args)
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