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File metadata and controls

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MEPplot

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潜在的なエネルギー面（自由エネルギー面）に最小エネルギーの経路を描くプログラム。 このプログラムはstring法に基づいています(string method)。 詳細については、以下の論文を参照してください。 (Phys. Rev. B 66, 052301 – Published 12 August 2002)

ダウンロードダウンロード安装

次のリンクにあります .rar ファイル：

https://github.com/chenxin199261/MEPplot/releases

中国本土のユーザー向け (GitHub非常に遅い), ダウンロードするには、次のリンクを使用してください:

https://n459.com/file/30374101-473325811 （passwd:111111）

ダウンロードrarファイルと解凍， 次の3つのファイルを取得します，

  • MEPplot.bat :MEPplotプログラムエントリ、実行可能なスクリプト,実行可能なスクリプト
  • example: 潜在的なエネルギー表面テンプレート.
  • main: プログラムファイル.

使用法

スクリプトファイルをクリックします MEPplot.bat。 次のインターフェイスが表示されます。ガイドに従ってステップバイステップで描画を完了してください。

R2

1.潜在的なエネルギー表面データファイルを準備します

2Dポテンシャルエネルギーサーフェスファイルは、厳密な形式に従う必要があります，ファイルには3つの列（X座標、Y座標、エネルギー）が含まれています。次のように：

  -0.88235    1.99224   30.64485
   1.23646   -0.78346  420.58113
   1.03326    0.21343   18.23895
  -1.28864    1.87634   23.34170
   0.22373    0.08548  -79.56263
   0.97433    0.60216  119.97031
   0.03879   -0.50717   55.13104
...

テンプレートは、サンプルフォルダにもあります。

2. PESデータファイルをロードして2DPESをプロットします

クリック Open... 右上隅のボタン PESデータファイルを選択します. PESはで表示されます plot window すぐに. 自動生成されたプロットは、最小点と鞍点を見つけるのに完全ではない場合があります. ユーザーは、関連するパラメータを調整する必要があります PES plot control パネル.

R3

  • Max. V: カウントプロットの最大値. より大きい値 Max. V 選別されます.
  • Min. V: 最小値. より小さい値 Min. V 選別されます (調整しないでください。調整しないと、ローカルミニマを見逃してしまいます).
  • Level: PESにプロットされた等高線の数.
  • Cmap：カラーマップスタイル.

クリック Regenrate ボタン新しいPESの図が表示されます. プロットの設定を台無しにした場合, クリックするだけ Reset plot.

3. 最小エネルギー経路を検索する

まず、 ユーザーは最初の推測を提供する必要がありますストリング。 正確な初期推定ストリングは、最終結果にすばやく最適化できます。 最初の推測はビーズ（少なくとも2つのビーズ）によって定義されます。 クリック Guess beads 座標（XとY）をダイアログボックスに入力し、

R4

この例では、最初のストリングを定義するために4つのビーズが連続して提供されています。 「OK」をクリックすると、最初の推測文字列がPESに黒い実線でプロットされます。

R5

プログラムは、最適化パラメーターのデフォルト値を提供します。直接使用できます。収束に失敗した場合は、最適化のためにパラメーターを調整できます。

R6

  • No. of Beads: ビーズの数。文字列のビーズの数を定義します。より多くのビーズより多くの精度。
  • Max. iter: 最大反復回数。最適化ステップが。 最大反復回数。最適化ステップが Maxを超える場合。 iter 値の場合、プロセスは停止します。
  • Step size: Step size 値は、勾配の降順のステップサイズを決定します。

クリック Run ボタン、 最適化プロセスが開始されます。 次に、最初の推測文字列が最小エネルギーパスに最適化されます。 最適化プロセスは、プロットウィンドウで視覚化できます。ログパネルの Converged ! メッセージは、最適化が成功したことを意味します。

4. 結果を示す

最終的に、クリック Show ボタン に MEP searching パネル。最終結果が表示されます。

R7

クリックExport data ボタン、 ビーズの座標とMEPの関連エネルギーは、さらに使用するためにファイルにエクスポートできます。

チップ

  1. 最初の推測ビーズは、1回の最適化プロセスの後、最新の最適化されたビーズに更新されます。収束に失敗した場合、ユーザーは[実行]をクリックして直接実行できます。クリックする必要があります Guess beads 新しい初期推測を生成します。
  2. 弦が振動する場合、 削減してみてください step size 値。
  3. ストリング上のビーズがゆっくり動く場合、増加してみてください step size 値。
  4. 負step size値取得する maximum energy path