Include barbet dataset in EcoData

[florianhartig]

Hi Matthias,

das hier unten ist der Text von der Übung - könntest du die beiden Datensätze in EcoData aufnehmen und ordentlich dokumentieren?

Das mit dem reduced tree würde ich nicht machen, d.h. den original TREE aufnehmen, die Reduktion sollen sie selbst machen. Ev. mal in der Studie nachlesen damit du den Datensatz besser beschreiben kannst

Download the following two datasets

http://www.phytools.org/Cordoba2017/data/BarbetTree.nex
http://www.phytools.org/Cordoba2017/data/Barbetdata.csv

These data are from a study by Corboda et al., 2017, which examined the influence of environmental factors on the evolution of song in an group of Asian bird species called “barbets.”

Check if there is a relationship between altitude at which a species is found and the length of the note in its song, which uses the variables Lnote~Lnalt

Help: you need to clean the data a bit, there are some species in the tree for which we have no observations

dat<-read.csv(url("http://www.phytools.org/Cordoba2017/data/Barbetdata.csv"),header=TRUE,row.names=1)
tree<-read.nexus(url("http://www.phytools.org/Cordoba2017/data/BarbetTree.nex"))

dat$species = row.names(dat)
plot(tree)

[Meier-Matthias]

Beim Nachsehen, was die Variablen sind, ist mir aufgefallen, dass die Veranstaltung in Córdoba 2017 stattgefunden hat, die Autoren und das Datum der Datensammlung ist also wohl nicht Cordoba et al. und 2017. Ein paper dazu gibt's gar nicht.

Welche Daten das überhaupt sein sollen, bzw. ob die nicht sogar manuell erstellt wurden, kann ich nicht sagen, dazu habe ich nichts gefunden.

Einige Variablen sind selbsterklärend, andere müsste ich raten. Eine Beschreibung davon gibt's nicht.

[florianhartig]

Ah, OK, dann würde ich einfach nur auf die Webseite verweisen, d.h. so gut wie möglich zitieren, und die Daten soweit du kannst beschreiben, und dann schaue ich noch mal drüber!

[florianhartig]

p.s. wenn du gerade an EcoData rummachst ev. doch lieber über einen Branch / PR weil wir gerade den ML Kurs machen und die Leute ev. das Package installieren, nur falls aus Versehen irgendwas bricht.

[Meier-Matthias]

Hab ich jetzt gemacht.

Länge und Frequenz können sogar negativ sein (die Daten sind nicht zentriert). Ich sehe in dem Datensatz nicht viel Sinn.

Diese "Vögel" scheinen übrigens komplett ausgedacht zu sein (die Bezeichnungen der Vögel gibt es nicht). Das alles scheint mir wohl nur ein Datensatz über die Erstellung und Eigenschaften von phylogenetischen Bäumen zu sein.

[florianhartig]

Hi Matthias, hast du das jemals gepusht? Ich kann die Sachen nicht finden

[florianhartig]

ah, OK, ich hab den Branch gefunden, war kein PR dran ... ich schau mal